C’est l’automne 1942 dans le port français occupé de La Rochelle. Le sous-marin U-612 se prépare pour son premier voyage dirigé par le capitaine Klaus Hoffmann. Succédant à son père, il ressent toute la pression de l’héritage paternel. Plus loin sur la base, Simone Strasser commence à travailler comme traductrice.

À bord du sous-marin U-612, les hommes s’adaptent à leur nouvelle vie alors qu’un désaccord surgit. À La Rochelle, Simone se retrouve coincée entre Forster, responsable local de la Gestapo, la mystérieuse Carla Monroe et les problèmes laissés par son frère.

À la fin de leur mission, l’équipage du sous-marin U-612 est ébranlé par une mort tragique alors qu’il doit s’adapter à son nouveau passager Samuel Greenwood et faire face à de nouvelles tensions constatées parmi les chefs. Sur terre, Simone continue de faire des découvertes de plus en plus choquantes.

Les habitants de La Rochelle doivent faire face aux conséquences d’une explosion tandis que Simone se retrouve tiraillée entre ses alliances avec Forster et Carla. À bord du sous-marin U-612, les tensions sont au plus haut à la suite d’une confrontation désastreuse avec l’ennemi.

Alors que l’équipage célèbre le départ d’un passager, il est surpris par la réapparition d’un autre. Pendant ce temps, sur la terre ferme, Carla tente de convaincre Simone qu’elle doit faire des sacrifices dans la lutte pour le pouvoir et commence à planifier son prochain coup.

Pris au piège d’une terrible rumeur de l’arrivée d’un navire destroyer, l’avenir semble bien sombre pour l’équipage du sous-marin U-612. Tous les membres de l’équipage doivent maintenant unir leur force et travailler ensemble pour trouver un moyen de sortir de cette crise. À La Rochelle, Simone commence à accepter sa nouvelle double vie.

L’appel à l’aide des membres de l’équipage du sous-marin U-612 se fait enfin entendre par les équipes à terre et Forster a la tâche compliquée d’annoncer la nouvelle à Simone. Alors qu’ils passent de plus en plus de temps ensemble, une découverte surprenante soulève des doutes quant à la véritable implication de Simone dans la résistance.

Alors que le sous-marin U-612 se prépare à rentrer chez lui, les membres de l’équipage ont l’occasion de se remémorer les évènements passés. L’équipage divisé pourra-t-il se mettre d’accord sur une version de l’histoire à raconter ? Sur terre, Simone est désespérée par les choix importants qu’elle doit faire pour l’avenir de sa famille.

La guerre et ses réalités ne sont pas sans conséquences pour le Commandant de sous-marin et héros de la Kriegsarine, Johannes von Reinhartz. Sa nouvelle mission lui offrira-t-elle une porte de sortie ?

Lorsque le plan de Johannes se dessine, Gluck ne connaît qu'un seul homme capable de l'arrêter. Forster se rapproche dangereusement, Margot a besoin d'aide pour faire fuir les Goldblatt.

La tension monte au fond de l'océan à mesure que Wrangel continue sa poursuite du U-822. Motivé par l'obtention d'informations vitales, Sam prend des mesures drastiques.

Sa tentative de se concilier son équipage a pour Johannes de graves conséquences. Alors que Forster et son nouvel agent Anatole arrivent à Saint-Rémy, Margot rencontre un allié vital.

À Saint-Rémy, désireux d'impressionner ses supérieurs, Forster prend des mesures sévères à l'encontre du comportement rebelle d'Anatole, tandis que Margot tente de sauver Elias. En raison d'un besoin urgent de réparation, Johannes, réticent, s'approche d'un ravitailleur.

Johannes et Wrangel tentent de faire s'entendre leurs équipages. Malgré son amour grandissant pour Cassandra, Hoffmann est contraint de chercher une échappatoire.

Wrangel rattrape Johannes. Ils se livrent un combat sans merci au beau milieu de l'Atlantique. Hoffmann blessé se présente chez Cassandra.

Un sous-marin s'approche du littoral américain. De son côté, Hoffmann attend dans sa chambre d'hôtel. Il a perdu beaucoup de sang, mais s'il veut parvenir à rentrer chez lui, il doit tenir jusqu'à l'heure du rendez-vous. À la Rochelle, Duval a disparu et Margot craint le pire. Les derniers prisonniers montent dans le train, et les membres de la résistance décident de mettre leur plan à exécution.

Ehrenberg et le lieutenant Buchner préparent le nouveau sous-marin. Harri et Pauli suivent leur formation de sous-mariniers. Forster arrive à Lisbonne pour une nouvelle mission secrète.

A Lisbonne, Forster enquête sur le meurtre d'un homme de la Gestapo. Le jeune équipage du U-949 fait sa première plongée. Le tout jeune commandant réussira-t-il à gagner leur respect?

Après une soirée instructive au casino et une nuit d'amour avec Bettina, Forster avance dans son enquête grâce à l'aide inattendue d'Ines. Dans la Baltique, Ehrenberg et son U-949 sont bloqués par une mine. A la suite de quoi Lessing convoque Ehrenberg. Qui prendra le blâme pour l'accident?

Ehrenberg sauve la peau de Pauli et Harri lors du procès. Pendant ce temps, la tension monte d'un cran entre Hannie et Lessing. A Lisbonne, est Forster vraiment sur la bonne piste ?

Forster commence à douter. Il retrouve Ines et passe la nuit avec elle qui lui fournit un alibi. A Kiel, Ehrenberg dit au revoir à Greta et le U-949 quitte le port. Durant la première attaque du convoi, une torpille reste coincée dans le tube et le le U-949 est pris en chasse par le Perseverance de la flotte royale britannique.

A bord du U-949, Pauli réussi à débloquer la torpille alors que le Perseverance de la flotte royale britannique continue de les attaquer. Grâce à Ehrenberg ils réussissent à lui échapper. Ils reçoivent de nouveaux ordres. Suspicieux, Forster file Gruber et surprend sa rencontre avec Gardiner qui lui remet un paquet.

Le U-949 retrouve un sous-marin japonais et prend en charge une très lourde cargaison – d'or! Forster parle à Gardiner et Hoffmann du complot et du contrat Wolfram.

Forster et Hoffmann vont chercher de l'aide chez Ines et essayent de trouver un plan, tandis que Wilhelm arrive à Lisbonne. Le U-949 met le cap vers sa destination : le Portugal. Le temps presse, ce qui les oblige à évoluer en surface... Une mission dangereuse, d'autant que le Perseverance est à leurs trousses.

Hoffmann suit Weiss dans un entrepôt et récupère de précieuses informations. Il découvre que son père, Wilhelm est à Lisbonne pour une séance de dédicace et veut le voir. Forster intervient et c’est finalement Ines qui entre en contact avec lui. Le U-949 subit une lourde attaque du HMS Perseverance. Le commandant Buchner met en place une stratégie risquée pour combattre le destroyer.

Le U-949 arrive au Portugal et l’or est déchargé. Soudoyé avec quelques lingots, Da Costa soutient Hoffmann et Forster dans leur tentative de rencontrer Wilhelm. Avec l'aide de Gruber qu’il menace, Hoffmann peut rentrer en Allemagne en héros. Ehrenberg revient sain et sauf à Kiel.