Longtemps après sa dernière fusion avec Ultraman, Shin Hayata apprend que la Terre est de nouveau menacée. Mais son fils semble lui aussi doté d'une force surhumaine.

Malgré sa combinaison, Shin est gravement blessé en sauvant son fils d'une attaque de Bemular. Au bord du désespoir, Shinjiro retourne à son secours.

Alors que Bemular prépare le terrain pour d'autres attaques extraterrestres, Edo de l'équipe d'investigation demande à Shinjiro de devenir le prochain Ultraman.

Shinjiro est envoyé en mission pour exterminer un extraterrestre hostile, mais celui-ci se précipite vers la ville et met en danger de nombreux civils.

Après avoir démontré l'implication des extraterrestres dans une série de crimes étranges, l'agent Moroboshi contacte un informateur qui se trouve dans une enclave alien.

La réticence de Shinjiro à exécuter les aliens meurtriers inquiète l'agent Moroboshi. Une discussion avec son père lui ouvre les yeux sur la réalité du rôle d'Ultraman.

D'abord dominé au combat par un alien hostile, Shinjiro puise dans ses ressources pour activer un pouvoir latent. De son côté, Rena se prépare pour un grand concert.

Au concert de Rena, un extraterrestre qui se fait appeler Adad exige de se battre contre Ultraman. Mais le pire est à venir, car Bemular veut lui aussi en découdre.

Shinjiro craint que son secret ne soit dévoilé par un autre élève. Lors d'un combat, il voit avec surprise un Ultraman rebelle lui venir en aide.

Seiji rêve du jour où les extraterrestres seront tolérés sur Terre. Pour défendre sa cause, il supplie les alliés d'Ultraman de l'accepter comme l'un des leurs.

Seiji a un échange tendu avec Shinjiro et Moroboshi au sujet de l'utilisation de ses pouvoirs. Rena veut transmettre un message à Ultraman.

Moroboshi, Shinjiro et les forces alliées partent protéger Seiji qui cherche à punir les responsables d'une tragédie aérienne survenue il y a 12 ans.

Le combat contre les mercenaires est bien mal engagé pour le trio Ultraman, mais contre tout espoir, Shinjiro éveille enfin un pouvoir qui sommeillait en lui.

Alors qu'il a rendez-vous avec Rena, Shinjiro reçoit un appel pour lui demander d'arrêter la furie d'un alien. Le journaliste Kotaro Higashi est témoin de l'incident.

Kotaro tente d'en savoir plus sur les curieuses « serveuses » qu'il a remarquées juste avant la disparition en masse survenue à Tokyo. Moroboshi parle à Adad.

L'alien Pedant apparaît, formule ses exigences et somme l'humanité de répondre sous 24 heures. Taro fait tout pour que Jack accepte son aide.

Tandis que Jack, Taro et Seven se rapprochent de leur cible, le siège de la PSESS est attaqué. Maya prend une décision difficile.

Comme le temps file, Shinjiro rejoint Jack, Seven et Taro afin d'affronter la forteresse dorée, l'arme ultime déchaînée par Pedant.

Jack et Taro tente de détruire la forteresse dorée de l'intérieur. Dans la bataille qui s'ensuit, Shin et Shinjiro font front ensemble pour combattre Pedant.

Shinjiro accepte de participer au développement d'une armure test capable de suivre l'augmentation de ses pouvoirs, et qu'il va devoir utiliser bien plus tôt que prévu.

Shinjiro ne se souvient pas de ce qu'il a fait et n'a temporairement plus le droit d'utiliser son armure. Son père pense qu'Ultraman est une malédiction.

Shinjiro est déterminé à agir et se venger. Mais une fois de plus, il se réveille sans aucun souvenir de ce qui s'est passé.

L'opinion publique s'est complètement retournée contre Ultraman. C'est alors que Méphisto s'empare des ondes pour délivrer un message à la population.

Ide demande à Taro et Moroboshi de retrouver Shinjiro, en cavale et perturbé par tout ce qui lui est arrivé.

De retour dans sa cachette, Daisuke Arashi raconte à Shinjiro le passé de son père. Ensemble, ils tentent d'identifier la prochaine cible de Méphisto.

Après avoir reçu de terribles nouvelles, Rena rencontre Seiji Hokuto. Shinjiro parle à Daisuke de ses rêves étranges à propos de Zetton.

Alors que Rena ne comprend pas ce qui lui est arrivé, Seiji la conduit à l'extraterrestre qui l'a élevé. Taro retrouve enfin Shinjiro.

Jack fait son apparition, à la grande surprise de Taro et Shinjiro. Rena cherche des réponses. La police fait une descente au siège de l'équipe d'investigation.

Le combat contre Méphisto ne fait que renforcer la méfiance envers Ultraman. Moroboshi et Shinjiro tentent de s'introduire dans le siège de l'équipe d'investigation.

Shinjiro et Rena se révèlent des secrets. Aux côtés de ses amis, Ultraman affronte un puissant ennemi du passé.

Tandis que Shinjiro mène son propre combat, ses amis mettent tout en œuvre pour vaincre Zetton. Un nouveau chapitre s'ouvre pour l'équipe d'investigation.