Après un mystérieux accident, Tony Stark, vivant grâce à l'exosquelette qu'il a créé, a perdu son père et doit désormais vivre chez les Rhodes. Tandis qu'il assiste à son premier jour de cours, Tony apprend qu'il n'a plus accès à l'entreprise de son père, Stark International, maintenant sous le contrôle d'Obadiah Stane. Enfilant son armure, il décide d'aller espionner le nouveau PDG. Arrêtant un train hors de contrôle, Tony, dans son armure, se fait appeler désormais Iron Man.

Obadiah Stane a transformé les inventions de Tony en armes pour l'armée. Tony décide de les détruire. Parallèlement, le Mandarin cherche à récupérer les anneaux Mackluan. Sur cinq anneaux, il possède celui qu'il a trouvé et celui d'Howard Stark.

Gene Khan, alias le Mandarin, s'inscrit au lycée de Tony afin d'en apprendre plus sur les anneaux Mackluan. Le Mandarin, chef des Tongs, est en rivalité avec une autre société criminelle, la Maggia. Tony, Pepper et Gene se font capturer par la Maggia et ils demandent à voir le Mandarin. Gene ne peut révéler son identité et c'est à Rhodey de piloter l'armure Iron Man vers Tony pour qu'il puisse les arrêter.

Tony, voulant arrêter Stane, s'allie avec Blizzard qui veut lui aussi faire tomber Stane. Lorsque Blizzard n'hésite pas à mettre des innocents en danger pour atteindre son but, Iron Man se retourne contre lui.

Le père de Pepper, agent du FBI, est sur le point de trouver la cachette du Fixeur, un criminel. Mais il se fait blesser par Whiplash. Le Fixeur envoie alors Whiplash pour s'en prendre à Pepper et c'est à Iron Man de l'arrêter.

Un spationaute soviétique revient miraculeusement sur Terre, déterminé à se venger de l'équipage qui avait été contraint de l'abandonner dans l'espace.

Tony prend enfin conscience de l'importance de ses études. Parallèlement, Iron Man rencontre un nouvel ennemi, le Laser, dont il cause accidentellement la transformation

Alors qu'il s'est introduit dans la tour Stane, Iron Man voit ses batteries déchargées. Contraint de sortir en civil, il doit trouver un moyen de se réintroduire dans la tour sans l'aide de son armure, afin de la retrouver avant Stane.

Tony emmène ses amis explorer le temple où son père avait trouvé l'anneau, mais une épreuve de sagesse se déclenche, séparant le groupe. Tony revêt alors son armure tandis que Gene se transforme en Mandarin.

Tony est accosté par un représentant de l'AIM qui lui confie le développement d'une technologie de contrôle mental des machines. Cela conduit ses amis à être manipulés par l'AIM pour le tuer ainsi que Whitney.

Tony et ses amis ont la surprise de voir Stane s'attaquer à sa propre galerie d'art. Iron Man découvre bientôt qu'il s'agit d'une mystérieuse femme masquée qui est capable de prendre l'apparence de n'importe qui.

Alors que Rhodey s'inquiète de voir Tony trop s'occuper de son arsenal, Stane engage la Dynamo Pourpre pour l'affronter. Pepper, elle, est en pleine guerre des mascottes des équipes de basket de l'académie.

Avec l'aide de Tony, Gene trouve un nouvel anneau, mais active par mégarde l'épreuve du courage: une sorte de robot géant, que rien ne semble pouvoir arrêter, se met à la poursuite de l'anneau, confié provisoirement à Rhodey.

À la suite d'un combat contre Whiplash, l'armure d'Iron Man, récemment mise à jour, se met à agir de sa propre initiative. La jugeant dangereuse, Tony et Rhodey décident de la démonter, mais elle ne compte pas se laisser faire.

Alors qu'il veut empêcher une transaction entre l'AIM et un certain Moïse Magnum, Iron Man se retrouve face à face avec la Panthère noire, un justicier cherchant à venger la mort de son père.

Le Laser reprend forme dans une station spatiale du SHIELD, qu'il prend en otage. Iron Man, vêtu d'une armure adaptée, se rend sur le satellite, mais Nick Fury et ses agents insistent pour qu'il se tienne à l'écart.

Tony est filmé en train d'ouvrir le feu à une soirée. Il s'agit en fait de Madame Masque qui tente à sa façon de lui venir en aide, car un certain Fantôme aurait été engagé pour le tuer.

Alors que le Mandarin doit négocier la paix entre son clan et la Maggia, Pepper se retrouve malgré elle au beau milieu des négociations. Pour ne pas trahir son identité, le Mandarin va devoir faire intervenir Iron Man pour la sauver.

Le projet Pégase est infecté par un virus causant des dégâts matériels. L'héliporteur du SHIELD menaçant de s'écraser sur Terre, Tony est demandé à bord pour réparer les moteurs, conçus par son père.

Alors que Gene se remémore l'enfance qui l'a poussé à devenir le Mandarin, Tony trouve l'emplacement de l'anneau suivant dans un milieu assez inhospitalier. Ne pouvant attendre Gene, Tony, Rhodey et Pepper y vont sans lui, mais l'épreuve transforme Rhodey puis Pepper en créatures de magma. Le Mandarin, lui, se lance à la recherche de Tony.

L'état du Laser, enfermé dans la prison du SHIELD, se dégrade de plus en plus. Tony Stark, gêné par les erreurs de son père, se propose de l'aider. Le Fantôme en profite pour kidnapper le Laser, et Iron Man doit le retrouver avant qu'AIM ne se serve de son énergie pour le détruire.

Rhodey accepte à contrecœur d'essayer l'armure, se crashe et abandonne l'armure, découragé. Gene, Pepper, Happy et Whitney la trouvent, Happy l'essaie, va faire un tour et tombe sur des ennemis d'Iron Man. Tony et ses amis doivent neutraliser l'idiot de la classe avant qu'il ne fasse trop de bêtises.

La Team Iron Man doit gérer l'arrivée de Hulk à Manhattan, juste au moment où le Contrôleur refait surface.

Quand Whitney tombe gravement malade, victime des radiations de son équipement de Madame Masque, Stane est contraint de se tourner vers Tony, seul capable de la sauver.

Le dernier anneau localisé, le Mandarin passe à l’offensive, mais c'est Zhang qui reprend le pouvoir, kidnappant Gene et Tony.

Contraint de se transformer en Iron Man devant Gene pour sauver Pepper, Tony découvre que lui aussi cachait son identité secrète.

Gene part à la recherche des cinq autres anneaux Makluan avec l'aide de Howard Stark, qui est toujours vivant. Le Fixeur, employé par un mystérieux patron, demande que Justin Hammer soit capturé. Pour ce faire, il se sert de Whiplash, encore plus armé qu'avant. Tony, de retour de son voyage à la recherche de Gene, a reconstruit la forge. Avec l'aide de Rhodey, alias War Machine, il réussit à protéger Justin Hammer. Mais lorsque Whiplash s'en prend à Obadiah Stane, Iron Man se fait ligoter par les fouets du criminel et son armure explose. Tony, dont l'implant cardiaque est endommagé, est amené à l'hôpital par War Machine mais son cœur ne semble pas tenir le coup...

Tony est toujours vivant et a besoin de quelques jours de repos. Seul problème, si Stane perd l'entreprise, Tony n'est pas sûr de la récupérer à ses 18 ans. Ayant construit une toute nouvelle armure plus puissante que l'ancienne version durant les vacances, Tony décide de sauver Stane... Commentaires

Le Fixeur, au service de Justin Hammer, a rematérialisé le Laser mais ce dernier se divise en deux parties. Tony doit trouver le moyen de les fusionner...

Le Fantôme, engagé par Obadiah Stane, découvre l'identité d'Iron Man et vole les plans de l'armure. Il les vend à Stane et Justin Hammer. Il ne révélera son identité que lorsqu'il aura 18 ans, afin de faire du chantage. Tony devra se préparer pour la guerre des armures...

Force et Shockwave, deux nouveaux super-héros, sont envoyés par Stane et sont dotés d'armures semblables à celle d'Iron Man. Iron Man, furieux de voir des copies de son armure, est pris pour un criminel par la population. Tony découvrira que les deux sont des criminels de la Maggia et que ce sont eux qui provoquent les accidents pour pouvoir sauver les personnes. Les choses se compliquent lorsqu'une troisième armure fait son apparition...

La Panthère noire est de retour à New York, s'attaquant à des chargements de Hammer, tandis qu'un nouveau méchant fait surface : le chevalier noir.

Iron Man s'introduit chez Justin Hammer pour tenter de récupérer les plans de son armure, mais celui-ci doit affronter un nouvel ennemi : Titanuim Man.

Fatalis négocie avec Stane pour obtenir les plans de l’armure d’Iron Man...

En essayant de récupérer sa technologie, Iron Man se heurte à Hawkeye et à la Veuve noire...

Stane a utilisé la technologie Iron Man pour créer un gigantesque robot démolisseur...

Quand la Veuve Noire refait parler d’elle, le SHIELD demande de l’aide à Iron Man...

Tony Stark s’endort en classe et se réveille bloqué dans un piège diabolique...

Poussé dans ses retranchements, Tony décide de renoncer à Iron Man...

Tandis que Whitney fait son deuil, le Mandarin refait surface et va demander une chose surprenante à Tony.

Tony a tout perdu depuis que Justin Hammer a réussi à s'emparer de Stark International et formé une unité de défense chargée d'empêcher Tony d'intervenir...

Renvoyé du SHIELD, l'agent Mallen dérobe un nano-sérum appelé «Extremis» qu'il décide d'expérimenter sur lui-même. Il se transforme en véritable machine de guerre...

Apparemment étudiante, Annie Claremont est en fait une mutante, chargée par Magneto d'éliminer le sénateur Kelly afin d'arrêter la persécution contre les mutants. Mais, ayant refusé d'obéir, elle est vite poursuivie par le criminel mutant et a besoin de l'aide d'Iron Man...

Tony se retrouve face à son petit-fils Andros et découvre que l'armure d'Iron Man 2099 est bien plus puissante que la sienne. Mais ce super héros ne semble pas avoir des visées très pacifique...

Ivre de vengeance, le Contrôleur a créé une nouvelle technologie virtuelle afin d'asservir le monde. A son réveil Tony découvre un monde. où ni Rhodey, ni Pepper n’existent...

En tentant de récupérer le neuvième anneau, Gene se fait doubler par Fatalis. Dans le même temps, Pepper enfile son armure...

Justin Hammer reçoit des messages de menaces. Devenu paranoïaque, il torture tous les criminels en les exposant à un gaz qui les zombifient...

Bruce Banner, qui travaillait étant jeune avec Howard Stark, le contacte afin d'être guéri de la maladie qui le transforme en Hulk. Tony encourage son père à aider Bruce...

Obadiah Stane semble être sorti de son coma et veut se venger de Tony pour ce qu'il a fait...

Tony, Rhodey et Pepper ont localisé le dernier anneau Makluan en Chine. Avec Gene, ils découvriront toute l'histoire sur les anneaux...

Gene est en possession des 10 anneaux Makluan mais les aliens Makluan viennent les récupérer. Ils décident de détruire la Terre...

Nick Fury, la Veuve Noire, Hawkeye, Hulk et la Panthère Noire ont rejoint la team Iron Man pour mettre un terme à l'invasion...