Gran et Vyrn vivent sur l'île lointaine et endormie de Zinkenstill. Leur vie tranquille est bouleversée par le bruit d'une explosion soudaine et la vue d'un cuirassé dans le ciel. Ils suivent une lumière qui tombe du cuirassé dans les bois interdits, où ils rencontrent une fille mystérieuse.

Gran rêve de sa jeunesse et se souvient des mots laissés par son père dans une lettre : "Je vous attendrai à Estalucia, l'île des Astrals". A son réveil, il trouve Lyria à son chevet, heureuse de le voir en bonne santé après l'incident avec Pommern et l'Hydre. Katalina et Lyria expliquent à Gran la situation dans laquelle il se trouve maintenant, et qu'il doit maintenant prendre la décision audacieuse de voyager avec elles.

Gran et son groupe quittent Zinkenstill en direction de leur objectif, l'île des Astrals. Cependant, Katalina fait atterrir le petit dirigeable en catastrophe sur une île voisine, l'île d'Eingana. Un homme nommé Rackam est témoin de l'accident. Les habitants de la ville considèrent Rackam comme un énergumène parce qu'il travaille toujours à la réparation d'un certain dirigeable qui n'a aucune chance de voler à nouveau.

Gran et ses compagnons sont pris au piège par le général Furias de l'armée impériale, qui a l'intention de reprendre Lyria. Cependant, Rackam, le timonier, leur offre un moyen de s'en sortir. Ils proposent de l'engager comme timonier pour les faire sortir de l'île, mais il refuse et leur dit qu'il ne veut pas voler à moins que ce ne soit avec le Grandcypher, le vieux dirigeable qui l'a captivé depuis son plus jeune âge.

Grâce à ses talents de barreur, Rackam fait naviguer le Grandcypher jusqu'à la masse de nuages sombres, où Tiamat les attend. Gran et ses camarades doivent affronter cette grande bête primitive pour sauver l'archipel de Port Breeze et sa divinité tutélaire.

Après avoir sauvé l'archipel de Port Breeze de la menace de Tiamat, Gran et ses compagnons partent pour le duché de Valtz. Siero les présente à un "opérateur spécial" du Duché de Valtz, qui leur demande de rechercher l'archiduc Tzaka, la personne la plus puissante de Valtz, qui a disparu. Ils acceptent la mission et commencent immédiatement à enquêter, mais quelqu'un les suit...

Gran et ses compagnons se rendent dans une usine secrète à la recherche d'un indice sur la disparition de l'archiduc Tzaka. Lyria dit avoir entendu une voix l'appeler et conduit le groupe dans les recoins les plus profonds du site, où l'archiduc et un géant de fer l'attendent.

Gran et ses compagnons se rendent sur une autre île pour se ravitailler, et se chargent d'une mission d'exploration archéologique pour Siero. Le groupe atteint l'entrée de la ruine, mais une série d'événements les divise en deux groupes. Coupés les uns des autres, ils avancent pour se retrouver et rencontrent en chemin les chasseurs de trésors Mary et Karva.

Le groupe se dirige vers les îles d'Auguste, une île qui contient un océan entier. En examinant une substance mystérieuse, Rackam rencontre un vieil ami qui les conduit à la capitale de Mizarea. Là, le groupe se sépare pour s'occuper de tâches plus modestes, tandis que Gran et Lyria s'aventurent à visiter les lieux.

Les îles d'Auguste sont sous le feu de l'attaque de l'Empire d'Erste. Gran poursuit Lyria, qui a été enlevée, et se précipite vers l'aire d'atterrissage du dirigeable, où les vaisseaux de guerre de l'empire ont fait leur apparition. Pendant ce temps, Pommern s'enfuit avec Lyria, mais à ce moment-là, une bête primitive, le Léviathan, surgit de la mer, accompagnée d'une gigantesque colonne d'eau.

Gran et ses compagnons se rendent sur les îles Lumacie pour réveiller Lyria, qui est dans le coma. Rosetta les conduit à un arbre géant niché au cœur d'une forêt. Elle invoque Yggdrasil, la bête primitive qui protège Lumacie, et explique qu'avec son aide, Gran peut entrer dans la conscience de Lyria.

Lyria retourne avec Gran et les autres à Auguste. Ils voient la ville, encore plus dévastée par la fureur du Léviathan. Eugen est sur le point d'abandonner quand Lyria dit : "Je veux aider le Léviathan". Dans le même temps, les chevaliers qualifiés commencent à travailler pour protéger Auguste.

Laissant derrière lui sa terre natale, Zinkenstill, Gran poursuit son voyage avec les autres membres de l'équipage, dans l'espoir d'atteindre l'île des Astrals.

Gran et les autres sont en fuite pour échapper à l'Empire d'Erste, quand soudain, l'Empire propose des pourparlers de paix, et l'équipage se rend à la Citadelle d'Albion pour les négociations.

Gran et son équipage sont acquittés grâce au pardon de l'Erste Empire. Mais le lendemain du banquet, ils se réveillent et découvrent que Katalina a disparu, n'ayant laissé derrière elle qu'une lettre.

En raison d'un incident passé, Katalina se sent redevable envers Vira et veut lui apporter son soutien après les nombreuses années de pression et de solitude que Vira a endurées en tant que Lord Commandant.

Elle décide alors de faire face aux sentiments de Vira, pour rattraper le passé.

Après avoir quitté Albion, le Grandcypher atterrit sur une île enveloppée d'un épais brouillard, réputé pour être inéluctable.

Lyria, Io et Orchis ont été avalées par Celeste. Abandonnés, Gran et les autres cherchent un moyen de les sauver, ainsi qu'une fille fantôme, Ferry, qu'ils ont rencontrée dans le village.

Céleste est manipulée par quelqu'un. Quelqu'un qui a forcé le primal à attaquer le village et à dévorer ses habitants morts-vivants. Gran profite de l'occasion pour sauter dans Celeste et sauver Lyria, Io et Orchis.

Gran et les autres se rendent sur l'île de Golonzo, connue pour être la Mecque de la construction navale, afin de réparer le Grandcypher endommagé.

Sous le commandement de Pommern, l'armée impériale emmène Gran et Lyria. Pendant ce temps, Noa est retenu prisonnier dans un laboratoire de recherche et souffre des effets de l'essence noire.

Gran et Lyria s'échappent de la garnison de l'empire et retrouvent Rackam et les autres. Noa tente de ressusciter le Grandcypher qui a été endommagé par l'attaque de l'empire, mais il se trouve trop faible pour fournir une puissance suffisante. Il suggère de demander à Mithra, la bête primitive des promesses sur Golonzo, de les aider.

Le Chevalier noir, piégé par son propre passé, est déterminé à atteindre le pouvoir de Lyria, mais Gran jure catégoriquement de protéger Lyria. Leurs convictions inébranlables s'affrontent, et aucun des deux ne veut plier.