Après 4 années passées sur les routes entre le Tibet et le Japon, Paï trouve enfin Yakumo Fuji à qui elle doit remettre une lettre en main propre. Dans cette lettre écrite par le père de Yakumo, le célèbre professeur Fuji, ce dernier le supplie, en guise d'ultime volonté, de bien vouloir aider Paï à devenir humaine. En effet, la jeune femme n'est autre que la dernière descendante des Sanjiyans, un peuple de triclopes (3 yeux) autrefois immortel. Pour ce faire, Yakumo et Paï devront retrouver la statue des Hommes, mais cette sculpture attire bien des convoitises...

Yakumo et Pai reviennent au Japon de Hong Kong après la disparition de la statue de l'humanité du mystérieux manoir de Mme Huang. Yakumo retourne à l'école et ses amis dans l'espoir de reprendre une vie normale. Mais rien n'est normal lorsque vous êtes un zombie mort-vivant lié à un être magique et que les démons commencent à attaquer vos camarades de classe sur la cour de récréation!

Yakumo et Pai retournent à Hong Kong lorsque la Statue de l'Humanité se présente en la possession de Steve Long, un autre collègue de Monster Buster, Inc. Avant de pouvoir l'atteindre, Steve et la statue sont kidnappés. Yakumo, Pai, Ling Ling et la soeur de Steve Meixing tentent un sauvetage. Mais c'est tout un piège pour attraper Pai, la statue et Meixing dans un sacrifice humain pour libérer l'esprit sombre de Kaiyan Wang!

Yakumo, Pai et l'équipage de Monster Buster, Inc célèbrent leur récupération de la statue dans le domaine de Madame Huang, mais la fête est gâchée par un défi horrible lancé par un puissant Wu de Kaiyan Wang. Pai rencontre les Wu pour une confrontation au port d'Aberdeen et la moitié du port est détruite par la suite. Comment Yakumo continuera-t-il sans l'ancre de sa vie?

L'heure de la résurrection du seigneur des ténèbres Kuei-Yan-Wang approche, tout comme la fin du monde. Yakuma Fuji cherche le détenteur de son âme afin qu'il puisse redevenir humain, mais doit d'abord prendre part à une bataille épique pleine de mysticisme ancien , de sang et de tonnerre.

Alors que Yakumo et Pai se lancent dans une quête pour débloquer les souvenirs cachés de Pai, ils libèrent toute l'étendue de son pouvoir. Ils font équipe avec un moine magique et un chasseur de trésors peu recommandable alors qu'ils tentent de trouver la cité perdue du Sanjiyan - avant le début de la bataille ultime.

La quête de Yakumo et Pai s'achève alors qu'ils entreprennent la partie la plus dangereuse de leur voyage. Ils arrivent à la Porte Sacrée du Temps Perdu où ils doivent voyager dans le sombre passé du peuple Sanjigan. La bataille finale approche rapidement, et les forces des ténèbres continuent de renforcer leur pouvoir, il appartient donc aux pouvoirs de Pai de s'assurer que le bien triomphe du mal.