Après avoir consommé une mystérieuse drogue, la NZT, la vie de Brian Finch prend un tournant extraordinaire. Grâce à elle, il a désormais accès à la totalité de ses capacités cérébrales. Mais lorsqu’un meurtre lié à cette drogue conduit le FBI sur ses traces, Brian se voit forcé d’utiliser ses nouvelles capacités surhumaines pour collaborer avec l’agence, afin de laver son nom et rétablir la vérité. 

Désormais consultant officiel au FBI depuis qu'il a gagné la confiance de l'agent Rebecca Harris, Brian est confiné dans les locaux lorsqu'il est sous NZT. Le bureau ignore qu'il est épargné par les effets secondaires du produit grâce à l'injection que lui a fourni le sénateur de New York, Eddie Morra. Finch va néanmoins risquer son poste en s'échappant à plusieurs reprises pour participer activement à l'enquête sur le meurtre d'un journaliste…

Brian Finch assiste les agents Harris et Boyle dans l'enquête sur le meurtre d'un ancien agent du FBI, lié à une enquête sur un cartel de drogue mexicain. Par ailleurs, Brian retrouve son ex, Shauna, mais craint qu'elle ne soit à nouveau attirée par lui grâce aux effets du NZT…

La loyauté de Brian envers le FBI est mise à rude épreuve : à peine a-t-il obtenu sa première affaire confidentielle, sur un cas d'espionnage industriel, que Jarrod Sands le charge de voler, pour le compte du sénateur Eddie Morra, les dossiers relatifs aux recherches sur le NZT…

Dans les dossiers qu'il a volés au FBI, Brian a découvert que le père de Rebecca Harris consommait du NZT avant d'être assassiné. Dans le cadre d'une enquête sur une menace d'attentat, Brian s'entraîne au combat avec l'agent Rooks, et découvre qu'il est le petit ami de Rebecca...

Confronté aux effets secondaires du NZT, Brian tente d'entrer en contact avec le sénateur Morra mais c'est Sands qu'il trouve. En échange d'une injection qui stoppera ces effets néfastes, ce dernier lui demande de tout faire pour que Rebecca arrête d'enquêter sur son père…

Sur le point de profiter d'une journée de congé, Brian est kidnappé par la CIA, qui souhaite mettre ses facultés au service d'une mission spéciale. Tandis que Rebecca et le FBI cherchent à récupérer leur consultant, Brian se retrouve dans une forêt de Pennsylvanie en compagnie de trois mercenaires. Il est chargé de localiser un soldat membre d'un groupe terroriste tchétchène. L'opération ne se déroule pas selon les plans de l'agence...

Nasreen Pouran, la chef de Rebecca, est arrêtée pour haute trahison et remplacée par Grady Johnson. Celui-ci suspend aussitôt la distribution de NZT. Au domicile de Nasreen, sa fille Ava confirme à Brian et Rebecca que les accusations sont fondées : sa mère a discrètement transféré trois millions de dollars pour délivrer un de ses proches, kidnappé par des pirates indonésiens...

Afin d'obtenir son propre « QG » dans les locaux du FBI, Brian propose à Nasreen d'arrêter les 10 criminels les plus recherchés par l'agence. Après avoir constitué une équipe, le consultant distribue les affaires à ses agents, qu'il surnomme « les Brincorruptibles », et va même dévoiler une erreur judiciaire...

Boyle demande à Brian d'innocenter son ancien partenaire, Aaron Shaw, accusé du meurtre de sa femme. Amputé d'un bras 10 ans plus tôt et désormais muni d'une prothèse ultra-perfectionnée, Aaron certifie que celle-ci a été piratée à distance... Par ailleurs, après avoir appris que Brian consomme du NZT, Dennis Finch cherche un moyen d'annuler le contrat de son fils avec le FBI...

Des cambrioleurs se sont attaqués au dispensaire qui délivre le NZT au FBI et ont dérobé, sans le savoir, les précieuses pilules. Une fois le stock récupéré par le SWAT, 80 pilules manquent encore à l'appel. Casey et ses hommes ont en effet décidé de tester le NZT au cours d'une nuit à l'issue tragique...

Le Sénateur Morra échappe de peu à une tentative d'assassinat lors d'un discours. Sands révèle à Brian l'identité du sniper, que Brian doit éliminer, et lui demande d'écarter le FBI de l'enquête. Ancien agent de Morra ayant contribué à créer le NZT, Piper Baird entre alors en contact avec Brian pour le convaincre de l'aider à éliminer le Sénateur...

Un célèbre analyste comportemental, auteur d'un livre à succès sur la traque d'un tueur en série, se rend dans les locaux new-yorkais du FBI où il est considéré comme une superstar. Bluffé par les capacités de Brian, il lui propose de venir résoudre quelques affaires non-classées à Quantico, parmi lesquelles le consultant repère une erreur judiciaire...

L'agent Mike ayant postulé dans un autre département, Brian recrute un troisième homme : le très dévoué agent Spike. Il enquête par ailleurs sur le meurtre d'une brillante ingénieure, qui avait mis au point un projet expérimental de reproduction numérique de la conscience humaine. Une expérience révolutionnaire...

Une liste de 22 agents infiltrés a été dévoilée. Brian doit retrouver les cinq qui manquent à l'appel. Parmi eux, Lucy Church refuse d'abandonner sa mission en cours et propose à Brian de l'aider à infiltrer un club d'escort girls cachant un trafic d'êtres humains...

Brian vient en aide à Sands lorsque ce dernier débarque chez lui, gravement blessé. Agissant sous la menace, l'homme de main du sénateur Morra ne dispose que d'une nuit pour abattre ses anciens partenaires du MI6. Au FBI, Rebecca et Boyle sont mobilisés sur le kidnapping d'un jeune garçon...

Une coupure d'électricité géante plonge des secteurs entiers de la ville dans le noir. Brian et Rebecca découvrent que la panne a été provoquée par une bactérie qui se nourrit d'électrons, ce qui leur vaut d'être placés en quarantaine. Par ailleurs, Rachel a découvert les mystérieuses pilules de son frère, cachées dans son appartement, et en fait part à ses parents...

Brian s'enfuit à Saint-Pétersbourg pour retrouver Piper, la seule capable de reproduire l'enzyme permettant de contrôler les effets secondaires du NZT et de le libérer ainsi du sénateur Morra. Alors que le FBI recherche activement son consultant, Rebecca rend visite aux parents de Brian...

Après son escapade en Russie sous NZT, Brian est confronté à un renforcement des règles de la part du FBI, qui dépêche des agents supplémentaires pour le surveiller. En attendant que Piper finisse la formule qui le libérera de Morra, Brian enquête sur le meurtre d'un millionnaire et le vol de son rein, premier prototype sorti d'une imprimante 3D...

Sands fait maintenant cavalier seul et a orchestré l'enlèvement de Piper. Lorsque Rebecca apprend que Sands est également le meurtrier de son père, Conrad Harris, celle-ci avale sa première pilule de NZT en même temps que Brian pour mettre toutes les chances de leur côté afin de l'arrêter.

Du NZT, renommé "Apocryphon", se répand dans les rues de New York. Viré du FBI depuis que son lien avec Morra a été révélé, Brian se procure donc le produit dans la rue pour continuer à rechercher Piper. Au FBI, Rebecca est épaulée par un agent de la DEA, Adam Bruster, pour mettre fin à ce nouveau trafic.

Se croyant toujours immunisé par sa dernière injection, Brian continue la prise de NZT au mépris des effets secondaires. Pour sauver Piper, malgré des hallucinations lui faisant penser qu'elle est morte, Brian et Rebecca doivent débusquer Sands et ses lieutenants.