A Baltimore, dans le Maryland, Caleb, six mois, a été kidnappé. Fran et Steve Reynolds, ses parents, avaient entendu des voix à consonance étrangère grâce au babyphone. Avery Ryan, agent spécial au FBI, insiste pour que cette affaire soit prise en charge par la division de cybercriminalité dont elle s'occupe. La jeune femme se rend alors à Baltimore en compagnie d'Elijah Mundo, Daniel Krumitz et Brody Nelson, un pirate informatique que Ryan espère remettre sur le droit chemin. Denny Metz, le voisin des Reynolds, affirme avoir entendu une voix de femme et une voiture démarrer rapidement, juste après l'enlèvement. Les ravisseurs seraient donc au moins deux...

A Richmond, en Virginie, dans le parc d'attractions «Le Pays du Frisson», un accident vient de se produire. Une installation de montagnes russes s'est effondrée. La catastrophe, un acte criminel, fait plusieurs victimes et blessés. L'auteur des faits a réussi à copier les données de plusieurs cartes magnétiques des employés. Il a ainsi pu pénétrer sans souci dans le parc et tester différents codes, avant de réussir à entrer dans la salle de contrôle...

Avery et son équipe sont chargés de retrouver la trace d'un tueur en série, qui a piraté un site de location de taxis baptisé «Zogo». L'homme recherché a réussi à localiser les utilisateurs de ce service, avant de les assassiner. Le système étant gratuit et les conducteurs complètement anonymes, les enquêteurs n'ont que très peu d'indices. Afin de faire avancer l'enquête, ils n'ont pas d'autre choix que de se rendre directement au siège de la société. Après quelques hésitations, les gérants finissent par révéler ce qu'ils savent. Leur site a effectivement été piraté la nuit où les meurtres ont été perpétrés...

Une série d'incendies semblent avoir été initiés via Internet, par le biais d'un code informatique. Avery et son équipe tentent d'en savoir plus. Alors que les investigations progressent, Brody est sidéré de découvrir qu'il est en partie, et bien involontairement, responsable du «craquage» du code. Mais il se demande si ce ne sont pas ses anciens collègues qui seraient à l'origine des brasiers...

Dans une salle de cinéma, en pleine projection d'un film, une personne ordonne à une autre de bien vouloir éteindre son téléphone portable, dont la lumière bleue le dérange depuis de longues minutes. Mais il s'avère d'un coup que cette lueur provient en réalité d'une bombe. L'engin a été scotché à une tablette, sur laquelle défilent les chiffres d'un inquiétant compte à rebours. A peine quelques instants après cette découverte, une explosion survient, tuant des dizaines de personnes. Mundo et Nelson sont chargés de l'enquête. Dans un premier temps, ils tentent de découvrir qui a orchestré le sinistre attentat...

Mundo et son équipe enquêtent sur le meurtre d'une femme. La difficulté des policiers est de taille. Tous les appareils électroniques indiquent en effet que la malheureuse était encore en vie trois jours après l'heure officielle de sa mort. L'assassin est de toute évidence un as en technologie de pointe...

Avery Ryan est contactée par une mère affolée, qui lui signale l'absence de sa fille Zoé, âgée de 17 ans. Accompagnés de chiens, des policiers sillonnent le parc dans lequel elle a été photographiée juste avant sa disparition. Son téléphone portable est retrouvé sur les lieux. Jordan Tan, le père de l'adolescente, est surpris de recevoir un coup de fil émanant du téléphone de Zoé, qui est pourtant en possession du FBI. Il n'y a plus de doutes. L'appareil a très certainement été piraté. Après des recherches au domicile de la victime, les enquêteurs se rendent compte que son ordinateur est également sous le contrôle d'un hacker. L'affaire s'avère compliquée...

Comment les pages de réseaux sociaux de certaines jeunes femmes peuvent-elles être à jour, alors que celles-ci ont été enlevées ? C'est l'énigme que va tenter de résoudre Avery et les membres de son équipe. Ryan, quant à lui, fait de son mieux pour aider Trish à surmonter le décès de sa soeur...

Avery Ryan et son équipe sont complètement débordés. Neuf avions nationaux, ayant tous décollé de Miami International, ont perdu leur signal Wi-Fi en plein vol. Cette panne est intervenue au moment où les appareils venaient d'atteindre les 10 000 pieds d'altitude. Grâce à ses recherches, Krumitz découvre que c'est un téléphone, qui se trouvait à bord de chaque avion, qui a provoqué le blocage. Il s'agit donc d'une attaque qui était prévue à l'avance. L'agent Ryan demande à Daniel d'identifier les numéros de sièges des neuf passagers responsables. Nelson, Ryan et Mundo se rendent ensuite à l'aéroport de Miami pour tenter de les interroger...

A Cleveland, en Ohio, monsieur Bruno, très malade, meurt après avoir pris un médicament qu'il avait acheté sur Internet. Avery et son équipe tentent d'identifier le vendeur. Il doit absolument être appréhendé avant que ses pilules mortelles n'inondent le marché et ne fassent d'autres victimes. Grâce aux recherches effectuées, les enquêteurs découvrent que le malheureux avait consulté le site d'une pharmacie canadienne réputée. Grâce aux plaintes d'autres acheteurs, l'équipe se rend compte que le site de ladite pharmacie a été piraté, et que les acheteurs ont été redirigés sur un faux site de médicaments de contrefaçon...

Avery et son équipe enquêtent sur le décès de Spencer Chapman, un garçon de 15 ans, tué accidentellement avec un revolver qu'il avait reçu d'un site de jeu en ligne. La Cyber Division est rapidement convaincue que Trigger, numéro 7 sur la liste des cyber-criminels les plus recherchés au monde, est de retour. Raven suggère à ses collègues de jeter un oeil sur la console de jeu de Spencer, qui bénéficie d'une connection Internet. C'est ainsi qu'ils tombent sur des messages entre l'adolescent et un certain «Viper75». En échange d'une armure quasi-invincible pour le personnage qu'il incarnait dans son jeu favori, Spencer avait accepté pour ledit Viper75 de livrer un certain colis, avec l'interdiction formelle de l'ouvrir...

L'équipe enquête lorsqu'un hacker profite d'une panne de courant à Detroit pour se lancer dans le braquage d'une bijouterie où les pierres précieuses n'étaient pas la cible évidente du vol...

Armé d'un fusil, Nelson pirate à distance les données contenues sur l'ordinateur d'Avery et les transfère à Ramirez. Nelson est assommé par un inconnu, qui dérobe les informations. Parallèlement, l'équipe d'Avery doit faire face à une nouvelle affaire : des personnes se sont faites volées des enregistrements personnels, rendus public. Nelson manque à l'appel…

D.B. Russell, qui vient de quitter son poste au sein de la police scientifique de Las Vegas, rejoint Quantico pour prendre la tête d'une nouvelle division du FBI opérant conjointement avec l'agence de lutte contre la cyber criminalité. Il prête alors main-forte à Avery et son équipe qui enquêtent sur un homicide perpétré par un hackeur ayant pris le contrôle du système de télésurveillance d'une maison. En parallèle, Krumitz est entendu comme témoin dans le cadre du procès de sa soeur, et Elijah doit faire face à de délicats problèmes familiaux. Et alors qu'Avery contemple la possibilité de monter en grade, de nouveaux aspects du passé de Raven et Nelson sont enfin dévoilés.

Raven et une de ses amies, Tracy, décident de passer la soirée dans un bar dansant après le travail. Grace à une appli, Heart mate, elles peuvent rencontrer des personnes pour flirter. Tout d’un coup, un homme vient accoster Tracy, mais elle ne semble pas intéressée par lui. Parallèlement, les experts font face à une nouvelle manifestation d’un homme connu de leurs équipes, qui humilie les femmes en postant des photos d’elles nues, sur son blog. Cependant, cet homme est intouchable et la cyber division a du mal à l’arrêter. Suite à cette soirée, Tracy subit de nombreux préjudices…

Des émeutes à caractère racial commencent à faire rage suite à l'assassinat d'un homme noir par un policier. L'équipe d'Avery est chargée de retrouver l'homme à l'origine de ces troubles, qui a piraté la caméra d'un officier de police. Elijah est interrogé par les forces de l'ordre.

Les Cyber Experts sont confrontés à un enlèvement d'enfant. Le ravisseur se sert d'une application téléphonique pour attirer ses proies. Elijah continue à se montrer agressif envers Avery. Pour sa part, D.B. semble être sur un petit nuage…

Un pirate prend le contrôle de tous les dispositifs médicaux dans un hôpital de Dallas et menace de tuer un patient toutes les heures si l'on ne cède pas à ses exigences. Avery et son équipe doivent localiser l'origine de cette cyber attaque et comprendre comment le hacker a accès au système de sécurité de ce centre médical, pourtant impénétrable.

Propulsés dans l'univers des courses de rue, les cyber experts traquent un hacker qui a détourné une voiture, créant ainsi plusieurs accidents. Avery devient directrice adjointe de l'unité. Russel cherche à savoir qui a dérobé tous les ressorts de stylos du département de la cyber division et pourquoi.

Une femme discute avec ses parents par vidéo quand elle se fait brutalement assassiner. L'équipe est sur le coup. Avery va devoir redoubler de sang-froid quand elle va faire face à un voisin, unique témoin du meurtre, souffrant de troubles de stress post traumatiques.

La traque est lancée : Avery risque sa vie en se lançant à la poursuite d'un des criminels les plus recherchés de la Cyber division. Il a tué un agent d'Interpol, ami d'Avery.

Avery reçoit une alerte signalant que les empreintes digitales prélevées sur un cadavre correspondent à celles d'une hackeuse condamnée, Quinn Elliot, surnommée la Dame de cœur. Alors que Krumitz étudie le téléphone de la défunte, Brody et Raven tentent de découvrir ses dernières activités. De son côté, Elijah apprend que la victime était mariée depuis neuf mois avec un certain Louis James.

Avery et son équipe enquêtent sur un braquage de banque réalisé grâce au piratage du réseau interne de l'établissement. Les premiers éléments orientent les agents vers un hacker qui s'arrange pour faire profiter ses vols à des personnes dans le besoin, une sorte de Robin des Bois virtuel. Parallèlement, Raven fait une rencontre qui la déstabilise, quelques jours avant son audience judiciaire.

Le vol Argus Air 272 est sorti de son itinéraire. Le contrôleur aérien le voit sur son radar, mais il n'arrive pas à entrer en communication avec l'avion. Puis brusquement, cinquante appareils Argus 272 apparaissent sur le radar puis, disparaissent tout aussi soudainement. Il n'y a plus aucune trace du vol 272. Il a disparu du radar. Une intrusion informatique a été repérée dans le système de gestion des plans de vol. Avery et son équipe cherchent à comprendre ce qui s'est passé. C'est le GPS embarqué dans l'avion qui donne sa position. Or, il n'émet plus. Un marshal explique à Avery qu'à bord ce cet avion, se trouve une jeune fille qui bénéficie de la protection des témoins ainsi qu'un marshall, chargé de veiller sur elle. Mais Erica Chan est aussi dans l'avion pour tuer ce témoin d'un meurtre par les triades chinoises.

La Cyber division se lance dans une terrible course contre la montre lorsqu’est découvert un virus se propageant de routeur en routeur dans tout New York et infectant tous les téléphones sur son chemin, les empêchant d’appeler les secours en cas de besoin. L’enquête révèle peu à peu qu’ils ont affaire à un ex-standardiste des secours, sadique audiophile véritablement drogué à la panique de ses victimes. Il a ainsi échafaudé un plan pour enregistrer la peur de milliers de personnes à travers la ville afin de pouvoir les écouter. La tension monte encore d’un cran lorsqu’Avery et son équipe s’aperçoivent que pour fêter l’anniversaire de son licenciement, il compte reproduire ses trois plus grandes "réussites", trois personnes qu’il a réussi à faire mourir en n’envoyant pas les équipes de secours à temps. D.B. reçoit un sms ne lui étant pas destiné dans lequel une inconnue tente de reprendre contact avec un ancien amant. Il décide, par curiosité, de retrouver cette femme dont il admire à la fois le courage et la fragilité. Par un concours de circonstances, il fait la connaissance d’une certaine Greer Latimore, ex-agent des services secrets.

Andrew Michaels, l'ex-mari d'Avery, rentre d'un voyage au Japon quand il est arrêté à la douane. Il ne peut entrer aux Etats-Unis car il est… mort. Son assurance prévient Avery, qui est effondrée. Elle réalise qu'elle l'a toujours aimé. Andrew fait appel à Avery qui le prend sous la protection du FBI et cherche à comprendre comment un certificat de décès numérique a pu être signé par un médecin ! Par ailleurs, une procureure adjointe vient la trouver car deux témoins dans un procès n'ont pas pu témoigner car eux aussi étaient officiellement morts. Malheureusement, une fois le criminel libéré, faute de témoin, ils se sont fait tuer dans le monde réel. Rapidement, les cyber experts arrêtent Stella Kaine, responsable du piratage du Système de déclaration électronique de décès. Elle a tué numériquement 75 personnes, dont Andrew. Mais elle leur assure que c'est Reaper, un autre hacker qui tue les témoins gênants pour faire libérer des criminels...

Le meurtre d’une joggeuse, devenue une proie facile grâce au piratage de son bracelet connecté, mène la Cyber division en Caroline du Sud sur les traces de ce qui semble être de prime abord une sordide affaire de trafic d’organes. Au final, l'équipe engage une course contre la montre désespérée pour sauver un proche d’une maladie héréditaire mortelle. Krumitz et Nelson parient sur la persévérance d’un petit nouveau dans l’équipe technique du FBI. Avery et D.B. décident d’assister à un match de basket où leurs équipes respectives s’affrontent.

Avery découvre dans un de ses cartons de déménagement une tablette montrant la voiture qui transportait sa fille, quelques minutes avant l'accident qui lui a coûté la vie. Puis une question : Vous n'avez pas pu sauver votre fille. Et moi, pourrez-vous me sauver ? Par élimination, Avery comprend que le "moi" désigne Grace Clarks, la meilleure amie de sa fille, avec qui elle a renoué des liens depuis quelques mois. En répondant à cette question, la Cyber division accède à l'image de Grace, attachée et reliée à des fioles de produits qui finiront par la tuer. La règle du jeu est simple : à chaque mauvaise réponse à une énigme, elle reçoit le contenu d'une fiole. C'est le moyen qu'a imaginé Python pour se venger du suicide de sa mère, dont il rend Avery responsable.

Lorsqu’une photo de meurtre est massivement diffusée sur un réseau social de partage d’images, la Cyber division se lance dans la traque d’un tueur en série hyper connecté des plus retors, qui assassine des personnes en laissant un mystérieux QR Code sur leur corps, code contenant un lien vers la photo de son crime suivant. L'équipe se rend bientôt compte que le meurtrier s’en prend à des personnes ayant violé le règlement sur la publication de contenu abusif du réseau social, que ce soit en postant des incitations à la haine, de la pornographie, des images violentes, en faisant l’apologie de la drogue ou en se rendant coupable de harcèlement moral. De son côté, Elijah explique à son père qu’une barmaid appelée Nina le harcèle. Cal décide de s’occuper lui-même du problème et se rend au Conaghan’s Pub où il entame un échange assez vif avec Nina, avant de s’effondrer. Cette dernière appelle les secours et profite de cet évènement pour se présenter comme la femme d’Elijah à l’hôpital afin de pouvoir le voir à son arrivée. Ce dernier la rejette avec véhémence et lui annonce qu’il va demander une injonction d’éloignement.

Greer a été engagée par une société qui gère une application GPS participative. Plusieurs de leurs clients ont été déroutés, puis volés. La Cyber division arrive donc à Los Angeles pour enquêter sur ce piratage. Or, trois jeunes filles, cachées sous des visières irisées, se vantent d'avoir commis les vols. Elles se sont baptisées la "Flash squad". Ces voleuses s’intéressent aux bijoux et aux articles de luxe. En localisant tous les utilisateurs de l'application, la division repère un utilisateur dont le téléphone n'a pas bougé d'une rue depuis la veille. Il s'agit de Joel Matthews. Il a été victime de la Flash squad. Son corps et celui d'une jeune fille sont retrouvés près de sa voiture. Resté à Washington, Nelson informe Raven qu'il a porté plainte contre le FBI qui a utilisé dans son procès une pièce à conviction qui n'était pas couverte par un mandat fédéral. Il y a donc vice de procédure. Nelson espère regagner ainsi sa liberté. Avery et son équipe découvrent que la jeune fille trouvée auprès de Joel Matthews est encore en vie. Elle s'appelle Riley Van Lowe et elle a 20 ans.

Lorsqu’un vol de données top secrètes laisse tout le gouvernement américain à la merci de ses ennemis, la Cyber division se voit confier la lourde tâche de remédier au problème et de récupérer les données avant qu’elles ne se retrouvent entre de mauvaises mains. L’enquête avançant, l’équipe se rend compte qu’un jeune hacker âgé de 13 ans, Jake Hazelton, est à l’origine de l’attaque, mais il n’avait pas de mauvaise intention. En effet, le pirate a alerté lui-même les autorités, les prévenant de la vulnérabilité de leurs serveurs et devant l’absence de réponse, il a mis à jour les protocoles de sécurité. Mais un autre hacker, Echo, est bien déterminé à tuer Jake et à récupérer le disque dur contenant les données pour les vendre à la Russie. De retour au centre opérationnel, Avery a la surprise de découvrir son ex-mari dans son bureau. Ils décident de se remettre ensemble. Alors que la journée se termine, Nina se glisse dans le parking souterrain du FBI pour tendre une embuscade à Elijah...