L’histoire se déroule en 2014 au Japon, dans un monde où quelques personnes possèdent des pouvoirs surnaturels et surhumains appelés les « Minimum ». On surnomme ces personnes les « Détenteurs ». Parmi eux, un duo de détectives, Nice et Murasaki, ont monté une agence appelée « Hamatora », dans la ville de Yokohama. En guise de bureaux, ils ont investi une table du Café Nowhere, tenu par le taciturne et flegmatique Master. C’est là que démarrent toutes les enquêtes. Cette fois, Nice et Murasaki partent investiguer sur deux affaires distinctes, qui se révéleront très vite avoir des points communs...

Nice et Murasaki reçoivent la visite de Seo et Rei, deux élèves du lycée Yoko Bane. Les deux jeunes gens sont à la recherche de leur professeur d’arts plastiques, M. Kitazawa, qui a mystérieusement disparu depuis 3 jours. Au fur et à mesure de l’enquête, les Hamatora découvrent un autre visage du professeur et découvrent aussi des liens entre sa disparition et les attentats à la bombe qui perturbent la ville depuis quelque temps...

Tandis que l'inspecteur Art poursuit son enquête sur les meurtres en série ayant pour victimes des Détenteurs, Nice et Murasaki reçoivent la visite de Mme Itô, présidente de l'Association de protection, de salubrité et d'égalité des enfants. Cette dernière leur demande de faire des recherches sur l'Institut Facultas, fameux institut aidant les Détenteurs à développer leur Minimum, et dont Nice et Murasaki sont eux-mêmes diplômés...

Une nouvelle affaire secoue Yokohama. Plusieurs adolescents de moins de 15 ans sont arrêtés pour tentative de vol à main armée. Tous font la même déclaration : ils ont envoyé un mail à une mystérieuse adresse, et l'arme leur a aussitôt été envoyée accompagnée d'une lettre. Nice soupçonne alors qu'il existe un lien entre l'affaire des armes et celle d'Outsider, le Détenteur tardif victime du professeur Morale. Il décide de mener son enquête. De leur côté, Honey et Three sont eux aussi embarqués contre leur gré dans cette affaire...

Hajime gagne à un tirage au sort et remporte le gros lot : un séjour de détente pour trois personnes dans une station thermale de Yokohama. Honey et Koneko l'accompagnent pour un week-end entre filles, au grand désarroi de Birthday et des garçons. Mais à peine arrivées, les filles se retrouvent au beau milieu d'une prise d'otages. Heureusement, les Hamatora, Birthday, Ratio ainsi que Three sont présent sur les lieux. Tous ensemble, ils vont tenter de résoudre cette mystérieuse affaire impliquant à nouveau un Détenteur tardif...

Nouvelle affaire pour les Hamatora. Chiyû, illustratrice de renom et vieille amie de Birthday et Ratio, est victime d'un enlèvement. Le ravisseur ne réclame pas une rançon, mais l'annulation d'une collaboration décrochée par Chiyû avec un réalisateur hollywoodien. De fil en aiguille, nos deux binômes de détectives découvrent les dessous de ce complot qui les ramène curieusement à l'affaire des meurtres en série perpétrés sur des Détenteurs. À force de recherches, Nice finit par percer l'identité du coupable, le professeur Morale, dont l'inspecteur Art refusait obstinément de lui parler...

Au fil de ses recherches, Nice finit par percer l'identité du coupable des meurtres de Détenteurs en série, un certain "Morale". Mais malgré son insistance, Nice ne parvient pas à soutirer des informations à l'inspecteur Art à ce sujet. Grâce à l'aide de Honey et de Three, Art tente de son côté de résoudre le vol du spécimen de Minimum sauvegardé, vol venant s'inscrire dans la lignée de l'affaire des Détenteurs tardifs...

Nice et Murasaki partent en déplacement à Okinawa où ils sont missionnés pour retrouver le fabricant d'une drogue appelée « Idéal ». Le commanditaire de l'enquête n'est autre que le frère de ce dernier, lui-même domicilié à Okinawa. Les Hamatora prennent l'avion en compagnie des lycéens de Yokobane, dont Seo et Rei, qui partent en classe de mer au même endroit. Parallèlement à leur enquête, les Hamatora sont contraints de participer au fameux "Triathlon explosif inter-lycéens d'Okinawa", qui se conclut par la redoutable épreuve du combat au concombre amer...

Honey et Three apprennent que l'inspecteur Art (ou plutôt celui qu'ils croient être l'inspecteur) les a écartés de l'enquête sur Morale. Three disparaît alors de la circulation, à l'insu de sa partenaire qui se réfugie au Café Nowhere. Peu de temps après, un client se présente à l'agence Hamatora en demandant des informations sur Three suite à une rumeur qui circule sur son compte. Les Hamatora découvrent alors que Three gère un centre d'aide sociale à l'enfance, et qu'il est soupçonné de maltraitance et d'obscurs trafics. Reste à découvrir quel est le vrai visage de Three...

L'affaire de Three et de l'orphelinat Poena accélère le mouvement d'agitation des Détenteurs tardifs qui sèment la zizanie un peu partout en ville. L'existence des Détenteurs fait la une de tous les médias, au point que la liste des noms de tous les anciens et actuels élèves de l'Institut Facultas est révélée au grand jour. S'engage alors une grande chasse aux Détenteurs qui se font injurier et persécuter de toute part. Pendant ce temps-là, Morale entame la dernière partie de son plan machiavélique avec lequel il espère rétablir un monde plus juste. Désormais, la rencontre entre Morale et Nice semble imminente...

Nice a retrouvé la trace de Morale. Tous deux s'installent au Café Nowhere, et Nice demande à Morale d'expliquer la raison qui l'a poussé à concevoir des Détenteurs tardifs et la méthode qu'il a employée pour y parvenir. Morale s'exécute, et les pièces du puzzle s'assemblent dans la tête de Nice. À l'extérieur, les émeutes de Détenteurs tardifs font rage. Murasaki, Hajime et Takahiro affrontent certains d'entre eux, mais les choses tournent mal...

Nice décide d'aller retrouver Morale pour mettre un terme à son plan machiavélique. Morale lui révèle alors qu'il a mis en place un dispositif susceptible de blesser de nombreuses personnes, et que seul Nice pourra l'arrêter s'il parvient à sortir vainqueur de leur affrontement. Nice parviendra-t-il à venir à bout de son redoutable adversaire ? Nul doute que ce dernier lui réserve encore de nombreuses surprises...

Trois mois se sont écoulés depuis les émeutes déclenchées par Morale. Les esprits se sont apaisés et la ville de Yokohama a retrouvé son calme, mais non sans peine. Beaucoup de sang a coulé et de nombreux sacrifices ont dû être faits... Ces événements ont entaché l'image des Détenteurs et les détectives de Hamatora, amputés d'un membre, reçoivent de moins en moins d'offres de travail, et doivent trouver un autre moyen de subsister...

Nice est de retour... Et ses camarades ne lui font pas l'accueil chaleureux qu'il souhaitait. Art, qui a tenté de le tuer trois mois auparavant, pourrait bien revenir à la charge s'il apprenait que Nice est encore en vie. Mais pour le moment, l'équipe Hamatora doit retrouver Chiyû, une jeune illustratrice de talent qu'ils avaient aidé quelques mois plu tôt. Cette dernière se serait échappée de l'hôpital où elle était en convalescence et aurait rejoint un groupe de jeunes fugueurs...

L'explosion à l'Institut a laissé l'équipe de Hamatora perplexe : bien que les élèves aient eu la vie sauve, ils se retrouvent dans un état euphorique préoccupant et n'ont pas conscience que leurs Minimums ont été volés. La police, quant à elle, est déjà sur une autre affaire : un Détenteur emprisonné fait des siennes...

Il semble que Honey soit touché par un syndrome lié à son Minimum. À chaque fois qu'elle active son pouvoir, elle retombe aussitôt en enfance, ce qui n'est pas de tout repos pour ses camarades. Ne sachant pas comment réagir dans un premier temps, elle choisit de s'isoler. Elle reçoit une offre de mission venant de l'organisation des Minimums. Une mission de garde du corps pour le professeur Doktor, responsable médical de l'organisation, de retour au Japon suite à l'incident de Samuro...

Art réapparaît soudainement et barre la route aux Hamatora alors que ces-derniers s'étaient lancés à la poursuite des Freemums. Art semble vouloir collaborer avec les Freemums et offre à ces-derniers son aide en échange d'un service...

Gasquet, suite à l'attaque du centre de détention, a succombé à ses blessures. Murasaki et Nice consultent Mao, qui est le dernier à avoir vu Gasquet le jour de l'incident. L'indic leur donne la seule piste qu'il a, celle du Cauchemar. Honey découvre grâce à Mighty les coupables de l'attentat. Les Freemums en seraient à l'origine, appuyés par ce fameux Cauchemar, un personnage puissant et influent...

Nice et ses camarades découvrent le corps apparemment sans vie de Murasaki devant le Café Nowhere. Mais ce dernier respire encore. Après le passage à tabac que lui ont fait subir les Freemums, le voilà coincé pour quelques jours à l'hôpital. C'est l'occasion pour tous ses amis de venir lui rendre visite...

Murasaki a reçu de nombreuses visites de ses camarades. Nice, arrivé le dernier à l'hôpital cherche Hajime, quand Theo et Rei lui apprennent qu'elle est partie avec une inconnue. La femme mystérieuse a été honnête dès le départ avec Hajime, en lui précisant bien qu'elle était quelqu'un de dangereux, mais qu'elle pouvait lui parler de son passé. Intriguée, Hajime l'a suivie de son plein gré, mais Nice a senti le danger et se lance aussitôt à la recherche de la jeune fille.

Three et Honey réquisitionnent de force leurs camarades du Café Nowhere pour un spectacle au profit des enfants d'un orphelinat touché par un incendie. Pendant ce temps, la révolte gronde. Les Freemums, avec pour symbole Art et grâce au financement de Momoka, surnommée le "Cauchemar", recrutent des Détenteurs sauvages pour se rebeller contre l'organisme des Minimums et leur assujettissement.

Birthday, suite aux effets secondaires liés à une utilisation intensive du Minimum, se retrouve à l'hôpital pour y subir une batterie d'examens. Ratio cherche un moyen de le secourir et pense avoir trouvé : parmi les Freemums se cache un Détenteur qui pourrait bien être la clé car il détient le Minimum de guérison. Hélas, il n'est pas si facile d'accès...

Les Freemums se sont réunis dans la plus haute tour de Yokohama, la Tour Landmark, achetée grâce aux ressources de Momoka. Leurs revendications sont claires : que le gouvernement reconnaisse Yokohama comme un État indépendant appartenant aux Détenteurs. Pour se faire entendre, le groupe Freemum prend en otage toute la ville, et menace de tuer ses habitants par dizaines s'ils ne sont pas entendus...

Art a utilisé les Freemums pour parvenir à ses fins. En poussant Hajime à déclencher son Minimum, il a créé une réaction en chaine détruisant ainsi tous les pouvoirs des Détenteurs réunis à Yokohama. Les ancien Détenteurs et les civils ordinaires sont tous dans un état euphorique. Seul Art est resté sain d'esprit, et il observe le nouveau monde qu'il vient de créer...