Yoda est attiré par le Général Grievous hors du Temple Jedi. Pendant son absence, Grievous en profite pour voler les sabres laser des Padawans. Grâce aux cristaux de ceux-ci, lui et le comte Dooku prévoient de créer des clones pouvant utiliser la Force.

Sur Géonosis , Dark Sidious dévoile sa nouvelle arme du côté obscur : JEK-14, un clone Sith. Mais JEK dispose de ses propres idées, et souhaite devenir son propre maître. Commence alors une lutte entre Jedi et Sith pour celui qui réussira à ramener JEK-14 dans son propre camps.

Obi-Wan découvre que plusieurs Seigneurs Sith et leurs apprentis sont réunis sur Mustafar. Les Jedi et la République sont envoyé sur place mais il découvre que c'est un piège et la flotte de la République est détruite. Yoda, Anakin et les Padawans se rendent sur Endor pour trouver JEK. Tous les espoirs reposent sur ses épaules.

Yoda et Obi-Wan évoquent la mission au cours de laquelle ils ont sauvé les Holocrons du temple Jedi… Ces cristaux, qui contiennent toute l’histoire des Jedi, vont permettre à Luke de compléter son enseignement; mais Dark Vador les convoite également…

Obi-Wan parle à Luke de l'existence des Holocrons Jedi et le presse d'aller sur Tatooine où ils ont été cachés pendant toutes ces années. Malheureusement pour Luke et ses amis, Dark Vador est également sur leurs traces...

Fort de son expérience de maître Jedi, Yoda entre en guerre contre Dark Sidious. Celui-ci projette de fabriquer l'arme pour renverser la République.

Les Holocrons détruits, l'Empereur Palpatine envoie ses armées à la poursuite de la Rebellion et de Luke Skywalker. Han doit trouver un nouveau repère pour la Rebellion tandis que Luke attend son duel avec Dark Vador...