Deux virologues civils, Rachel Scott et Quincy Tophet, prétendant étudier les oiseaux, rejoignent le capitaine Tom Chandler son équipage à bord de l'USS Nathan James sur le chemin de l'Arctique. Ce bateau est resté isolé (silence radio total). Les forces russes attaquent soudainement les deux scientifiques et Chandler apprend que ces derniers sont envoyés par le Pentagone et ont pour but de recueillir des échantillons d'un virus mortel qui a infecté 80 % de la population humaine. L'endroit le plus sûr de développer un vaccin est sur leur bateau en eau libre.

Chandler et son équipage se dirigent vers la base navale de Guantanamo Bay, dans l'espoir d'y trouver de la nourriture, des équipements médicaux et du carburant. Trois équipes sont envoyées et sont attaquées par des prisonniers d'Al Qaïda qui se sont évadés de la prison. Pendant ce temps, de retour à bord, le Dr Quincy, le bras droit du Dr Rachel Scott, suit les ordres d'une source inconnue par radio et tente de saboter l'opération. Cette dernière est retardée assez longtemps afin qu'un croiseur russe arrive sur les lieux et bloque l'USS Nathan James.

Le Nathan James affronte un croiseur russe et son commandant, un amiral russe légendaire que Chandler a étudié. Le Dr Quincy tente de kidnapper le Dr Scott et échoue il finit par révéler que les Russes tiennent sa famille en otage. Chandler tente de s'échapper par la ruse et envoie les lieutenants Green et Foster afin de faire diversion pendant que le navire s'engage dans une zone périlleuse.

Après avoir quitté Guantanamo Bay, le navire et son équipage sont en danger lorsque le système de propulsion rencontre de graves problèmes mécaniques. Les échantillons du Dr Scott sur le virus et toute sa recherche doivent être protégés car ils doivent rester à une température constante. De son côté le capitaine Chandler et son équipage essayent tant bien que mal à faire face aux faibles réserves d'eau potable ainsi que l'absence de propulsion. Des parachutes serviront de voile pour faire tourner les hélices du bateau, et ainsi alimenter les générateurs.

Afin de chercher des singes pour la recherche contre l'agent pathogène, une partie de l'équipage débarque sur une ile, séparée en deux par un cours d'eau. Sur une rive, les gens sont contaminés, sur l'autre, ils sont sous la dictature d'« El Toro ».

Chandler et Slattery retournent sur le bateau mais se réserve le droit de dévoiler ce qu'ils ont vu au Nicaragua. Alors que Quincy tente de défendre sa cause pour rejoindre les Etats Unis, Rachel constate que les tests sur les primates sont négatifs. L'équipage devient de plus en plus tendu par la rumeur d'une éventuelle contamination.

Il ne reste que deux singes vivants pour les tests de Rachel, très inquiète. Mais un espoir se présente lorsque l'équipage reçoit un appel de détresse d'un bateau de pêche sur lequel survie une Jamaïcaine entourée de cadavres infectés par le virus. Son immunité l'encourage à faire un prélèvement d'ADN qui s'ajouterait à ses recherches.

Les Russes ont capturé Chandler et Tex et proposent de les échanger contre le Dr Scott, qui vient juste d'élaborer un premier vaccin. Alors que la scientifique est transférée sur le paquebot russe, Slattery organise un plan d'attaque pour les libérer…

Maintenant qu'elle a développé un vaccin, Rachel Scott doit le tester sur des êtres humains. Six personnes se portent alors volontaires mais toutes vont présenter de nouveaux symptômes. Sur le sol américain, le père et la femme de Chandler tentent de réparer leur radio pour joindre l'USS Nathan James…

Maintenant qu'ils disposent du vaccin et du remède contre le virus, surnommé « la grippe rouge », Chandler et l'équipage de l'USS Nathan James rentrent à Baltimore, où politiques et seigneurs de guerre s'affrontent pour garder le contrôle de la ville. Chandler espère y retrouver sa famille et la sauver avant que l'infection ne les emporte…

Alors que l'USS Nathan James est pris d'assaut par des hommes armés d'Avocet, et ses marins faits prisonniers, Chandler, avec l'aide de son équipe à terre, réussit à retrouver et sauver ses enfants. Pendant que l'un tente activement de mettre la main sur la souche originelle du vaccin, l'autre met tout en œuvre pour arrêter ce carnage. C'est ainsi que Chandler fait la rencontre des Seigneurs de Guerre qui luttent pour la même cause. Ils s'unissent alors pour vaincre Amy Granderson. Au même moment, le Docteur Scott, toujours prisonnière d'Avocet, tente de venir en aide aux survivants...

À la centrale électrique, Chandler, son équipe et les Seigneurs de Guerre sont prêts à couper le courant et prendre d'assaut Avocet afin de mettre hors d'état de nuire Granderson et mettre fin au carnage. Le docteur Scott et Tex en profitent alors pour délivrer Kara et la sauve in extremis. Au même moment, à bord de l'USS Nathan James, la rébellion se met en place et l'équipage reprend le navire en main...

À Baltimore, le docteur Scott recrée des milliers de doses de vaccins. Suite à un message crypté du Secrétaire de la Marine, Chandler et elle décident d'aller jusqu'à Norfolk afin de trouver des ressources nécessaires qui permettront à des laboratoires du monde entier, restés protégés et en état, de produire des vaccins. Sur place, certains membres d'équipage tentent de retrouver leur famille. À Port St. Lucie, le porteur sain du virus rencontre un groupe de survivants qui pensent être des élus... 

Le Nathan James part à la recherche d'un navire-hôpital qui croise à proximité et à bord duquel se trouvent médecins, matériel et des pirates.

Le Nathan James traque le sous-marin des pirates qui ont pris d'assaut le Solace. Une furieuse bataille navale s'engage quand il le retrouve.

Chandler poursuit une nouvelle menace dans le nord de la Floride. Pendant ce temps, Rachel tombe sur une formule secrète que son mentor, le docteur Hunter, a perfectionnée.

Dans le camp où tous les immunisés se regroupent, Chandler et ses hommes tentent de ne se pas faire repérer. Green découvre que Niels collabore avec Sean et son frère. Pendant ce temps, sur le Nathan James, Rachel expérimente le vaccin en poudre sur des souris. Aidé de Ravit et Burk, Chandler sauve le nouveau président des États-Unis d'une fausse alerte à la bombe et parvient à se faire engager en tant que garde du corps.

En tentant toujours de reconstituer la formule perdue du docteur Hunter, Rachel est aux prises avec le fait que Niels, son ennemi juré, est maintenant à bord du Nathan James, tandis que Chandler travaille pour gagner la confiance de Michener et le convaincre que les vrais ennemis sont les Ramsey.

Une fois remis de ses blessures, Niels demande à parler au docteur Scott. Elle refuse tout d'abord, puis accepte car elle a besoin de son aide et de ses connaissances. Elle recherche une solution pour vaporiser le vaccin et a besoin de la séquence de stabilisation du virus. Au même moment, Chandler et son équipe se rendent sur la terre ferme et croisent une bande d'adolescents armés. Ils apprennent alors que les immunisés ont mis une prime sur leur tête.

À bord de l'USS Nathan Jame, une enquête est ouverte sur la mort suspecte de Niels et une autre afin de savoir à quoi servent les téléphones retrouvés sur les immunisés, puisque les réseaux de communication sont hors-service. Pendant ce temps, le navire continue de faire route vers la Nouvelle-Orléans. Le docteur Scott poursuit ses tests pour élaborer un remède contagieux.

Suite à l'attaque subie par les navires sur les côtes de la Nouvelle-Orléans, l'équipe Cobra se rend sur place afin d'aider au mieux la population et les blessés. Pendant ce temps, l'équipage du Nathan James tente de comprendre comment Sean émet ses messages de propagande contre la Navy et d'où. Bien décidé à ne pas laisser les Américains se faire manipuler, le Président enregistre un message divulguant toute la vérité...

Après l'assaut vécu sur la plateforme pétrolière, Chandler est plus décidé que jamais à en finir avec les frères Ramsey. Afin de retrouver et couler le sous-marin, il ordonne qu'un sonar de fortune soit reconstitué et Valerie réussit à se reconnecter au réseau Valkyrie. Suite à cela, avec son équipe, il élabore un plan. Au même moment, le Président, le docteur Scott, les enfants-soldats et le vaccin sont débarqués pour leur sécurité...

L'USS Nathan James transmet en boucle à la population américaine un message du Président divulguant toute la vérité sur la situation et les invitant à se réunir dans certaines villes où le navire accostera prochainement afin de recevoir le vaccin. Le docteur Scott fait de chaque membre à bord un vecteur de transmission du remède. Au même moment, la Navy est toujours à la recherche de Kevin McDowell, un des premiers lieutenants de Ramsey, en fuite...

Dans une allocution diffusée depuis le palais de justice de St. Louis, le président Jeffrey Michener annonce que le plan de reconstruction se poursuit. Peu après, il est informé de rumeurs concernant une mutation du virus, ce qui pourrait annoncer une nouvelle pandémie. Il charge Chandler de se rendre en Asie pour en savoir davantage.

Tom Chandler doit retrouver son ancien équipage et enquêter sur un dangereux nouvel ennemi.

Une course contre la montre s'engage entre Chandler et l'équipage pour trouver des réponses. Slattery commence à démêler la vérité sur sa situation.

Chandler doit affronter son nouvel ennemi. Slattery en apprend plus sur la mutation du virus alors que la situation se détériore, la pression commence à monter sur le président Michener.

Alors que la position de Chandler se détériore, sa mission devient de plus en plus compliquée. Le Président Michener fait face à la pression des dirigeants de la région.

La mission de Chandler est sur le point de se conclure, lorsqu'il prépare la dernière partie de son plan. Le président Michener s'interroge sur le destin de sa présidence.

Le Nathan James doit échapper à une écrasante menace. Une révélation à Saint-Louis met le président Michener dans une terrible position.

L'Amérique fait face à la tragédie tandis que Chandler enquête sur la possible mutation du virus.

Chandler fait une avancée qui pourrait lui permettre de répondre aux questions sur la menace. Kara fait, quant à elle, des recherches à la Maison Blanche.

Chandler se retrouve dans une situation délicate et doit prendre une décision difficile lorsqu'un ordre arrive directement de la Maison Blanche.

Chandler fait face à son puissant ennemi dans un affrontement final. Kara rejoint quelqu'un qui peut l'aider dans sa mission.

Chandler retourne en Amérique pour trouver ce qu'il s'est réellement passé.

Le combat pour l'Amérique arrive à son terme. Chandler se retrouve face à un challenge qui pourrait bien changer sa vie pour toujours.

La population mondiale étant désormais immunisée contre la grippe rouge, le virus a muté et s'attaque maintenant aux plantes. Toutes les cultures sont peu à peu touchées, ce qui entraîne famines et affrontements partout dans le monde. Cooper, Fletcher et leur équipe sont à la recherche d'une graine de palmier primitif qui serait immunisé contre le virus. Mais au moment d'une transaction qui leur aurait permis de récupérer ces graines, ils se font attaquer...

Alors que la famine s'étend, le Nathan James se dirige vers le Maroc pour récupérer les graines quand il est pris dans un filet de pêche au niveau de colonnes d'Hercules. Pendant ce temps, Chandler découvre l'organisation de Giorgio et fait la connaissance de sa soeur Lucia. Remportant un combat contre un challenger, il se voit affublé du surnom d'Hercule...

L'équipage se rend à Oran pour enquêter sur la famille de Mahmoud, mais Omar est arrivé avant lui. De son côté, Tom Chandler travaille désormais pour Giorgio et enquête pour lui-même sur un certain nombre d'agissements qu'il trouve étranges. Chandler et son ancien équipage se retrouvent en Sardaigne dans de drôles de circonstances : un combat à mains nues dans une arène...

Slattery est en fuite avec les graines, tandis que la ville est fouillée par les hommes de Giorgio qui désire les récupérer. Il réussi à envoyer des signaux au Nathan James. Chandler mène les recherches et le retrouve mais l'extraction est compliquée, puisque Lucia, à bord du navire grec, menace de détruire leur hélicoptère. Chandler revient pour la première fois sur le Nathan James...

Slattery récupère doucement tandis que l'équipage se pose des questions sur le retour de Tom Chandler. L'objectif principal est de ramener les graines aux Etats-Unis. Mais Vellek et ses navires grecs posent un problème. Le Nathan James reçoit un appel de détresse d'un chalutier rempli de personnes affamées. Parmi les réfugiés, Fletcher reconnaît Harry, travaillant comme lui pour le Royaume Uni. Celui-ci lui annonce que leur collaboration avec les Etats-Unis prend fin et que l’Angleterre fait désormais cavalier seul. Meylan et Chandler sont en désaccord sur la marche à suivre...

Vellek a tendu un piège au Nathan James et plusieurs navires le forcent à se diriger vers l'île d'Astéris où une embuscade semble avoir été prévue. Sentant le piège se refermer, Chandler décide de s'engouffrer dans une tempête afin d'échapper aux navires grecs. De son côté, Fletcher tente de s'emparer des graines afin de les remettre à Giorgio...

Afin de retrouver les graines volées par Fletcher, Chandler propose d'aller chez Giorgio pour trouver des indices qui leur permettraient de découvrir où est situé le labo de Vellek. De son côté, Vellek commence à chercher un remède contre la Rouille grâce aux graines apportées par Fletcher, mais l'amiral Demetrius ne voit pas cette alliance d'un bon oeil...

Après avoir découvert que le labo de Vellek est sur un navire, l'équipage du Nathan James essaie de le localiser. Une équipe se rend sur l'île de Kléos, afin de pirater un signal satellite pour pouvoir remonter jusqu'au labo. Pendant ce temps, Fletcher commence à avoir des doutes sur les intentions de Vellek...

Le Nathan James est toujours à la recherche de Vellek et des graines. Décidés à en finir une bonne fois pour toutes, américains et grecs se préparent à l'affrontement. Tandis que chacun élabore sa stratégie, Vellek est furieux de ce contretemps. Mais quand il se retrouve à court de Nostos, il n'a plus que son obsession en tête : arriver à Malte le plus vite possible...

Privé de flotte, Vellek cherche à rejoindre Malte pour obtenir des avions et disperser son produit aux quatre coins du monde. Slattery charge Green et Burk de les détruire avant qu'ils ne partent, mais sur place, la situation dégénère. Lucia cherche toujours à éliminer le Nathan James. Heureusement, Chandler et Sasha réussissent à l'aborder et à mettre son système d'armement hors d'usage. Les deux équipages s'affrontent alors d'homme à homme...

Pendant que Sasha, Wolf, Danny et Azima tentent de convaincre le président du Panama de s'allier aux Etats-Unis afin de garder une forme de contrôle sur le canal, la flotte américaine fait route vers la base navale de Mayport. La présentation de la flotte est une première et l'évènement attire beaucoup de monde...

Après les bombardements de Mayport et la destruction de la flotte, l'Etat-major est paralysé, manquant d'effectifs et de moyens de communications, mais Chandler est convaincu que le Nathan James a survécu et qu'il ne tardera pas à reprendre contact...

Après la destruction de la moitié de leur stock d'explosifs, Sasha et les rebelles cherchent un nouveau plan pour détruire le pont qui permettrait à Gustavo de faire passer ses troupes au Panama...

Allié au Mexique et à Cuba, le Nathan James prépare l'offensive contre la flotte de Gustavo. L'issue de cette bataille sera décisive sur les rapports de force du conflit opposant la Grande Colombie et les Etats-Unis...

Sasha a identifié le stratège qui a conçu le plan de guerre de Gustavo. Il s'agit du professeur Montano qui se trouve à la Jamaïque...

Les informations de Montano indiquent qu'il faut absolument s'emparer de l'île de Cuba et soutenir la rébellion locale dirigée par El Gallo. L'Etat-Major prépare une mission avec les Marines que Chandler commandera depuis l'avion, mais alors que les hommes ont sauté en parachute, l'avion est frappé par un missile, malgré le brouillage des radars...

Les forces conjointes de Chandler et des Cubains butent contre les défenses du camp X et n'arrivent pas à prendre la forteresse. Sasha comprend vite que la raison pour laquelle le camp est si bien défendu, c'est parce que le président Cubain s'y trouve...

Le centre de commandement de la Nasa est attaqué par des hommes de Gustavo. C'est un dénommé Octavio qui commande l'opération. Alors que l'état-major est pris en otage, Chandler et Sasha qui ont découvert l'endroit où Octavio et ses hommes ont préparé leur opération, tentent de trouver une solution à bord du Nathan James pour intervenir...

L'équipage du Nathan James prépare sa mission la plus ambitieuse à ce jour...

Alors que Chandler doit affronter ses peurs, il doit également faire face à la plus grande menace jamais rencontrée...