Benjamin Sisko perd sa femme à la suite d'une attaque borg (dont Jean-Luc Picard fait alors partie). Trois ans plus tard, il prend le commandement de la station bajorane Deep Space Nine (DS9), anciennement Terok Nor, récemment abandonnée par l'Empire cardassien. Il découvre un vortex, permettant de passer du quadrant alpha au quadrant gamma, habité par des êtres intemporels, appelés les Prophètes, que vénèrent les Bajorans. Cette découverte donne alors une grande importance stratégique et économique à la station. Entrant en contact avec ces êtres intemporels, Sisko cherche à leur expliquer la notion de temps linéaire, mais revit sans cesse dans le vortex l'instant de la mort de sa femme, d'une manière non-linéaire, comme le remarquent les entités.

Suite à une réunion d'anciens membres de la résistance bajorane, le major Kira Nerys doit choisir son camp entre son peuple et ses fonctions d'officier de liaison avec la Fédération.

Odo, chef de la sécurité de la station Deep Space Nine, est soupçonné de meurtre après la découverte du cadavre d'un Bajoran.

Une maladie provoque une aphasie chez les malades qui ne sont plus capables de communiquer qu'en gibberish. Les victimes tombent ensuite dans le coma et meurent.

Un extraterrestre arrive avec un vaisseau endommagé sur la station Deep Space Nine, et il est donc le premier visiteur du quadrant Gamma. Il reste cependant très mystérieux et le personnel de Starfleet se demande s'il a affaire à un ami ou un ennemi.

Une navette en difficulté se présente sur DS9, amenant à son bord une ancienne connaissance du Capitaine Jean-Luc Picard, Virad, et annonçant le retour de l'entité Q.

Le Lt Jadzia Dax fait l'objet d'une tentative d'enlèvement qui va faire ressortir son passé en tant que Curzon Dax.

De retour d'une mission dans l'espace, le major Kira Nerys et le docteur Julian Bashir tentent de sauver un vaisseau spatial en perdition. Hélas ils ne peuvent sauver qu'une femme car les 2 autres passagers sont morts. Pourtant la femme affirme que l'un d'eux est un criminel qui peut vaincre la mort. Plus tard sur la station Deep Space Nine, les événements semblent lui donner raison.

La première délégation officielle vient dans le quadrant Alpha et le seul désir qu'ils ont est de jouer. Sisko les emmène donc chez Quark, mais celui-ci essaye de tricher. Les gens du quadrant Gamma décident alors de défier Quark à un jeu de chez eux. Bien qu'en apparence innocent, ce jeu s'avère beaucoup plus complexe que prévu. Dans le même temps, Odo s'inquiète de la disparition de tous les officiers supérieurs de Deep Space Nine, qui ne semblent même plus être sur la station.

Le Nagus, dirigeant suprême des Ferengis vient sur la station pour y organiser une réunion avec d'autres notables Ferengis. À l'école, Nog n'est pas un bon élève et a une mauvaise influence sur Jake, ce qui est rapporté à Sisko, qui va chercher à les séparer. L'école ne faisant pas partie de la culture Ferengi, Quark est humilié devant le Nagus à cause de ça et décide que Nog n'y ira plus. Le Nagus décide de prendre se retraite et appointe Quark comme son remplaçant, créant une grande confusion chez les autres notables. Une lutte pour le pouvoir va s'engager, la vie de Quark ne tient plus qu'à un fil.

Une tentative de vol sur la station dégénère et un homme est tué. Son frère demande vengeance contre l'assassin, Croden. Croden vient de la planète Rakhar, dans le quadrant Gamma, avec laquelle la Fédération n'a jamais eu de contact auparavant. Sisko prend contact avec la planète où il s'avère que l'homme est recherché : il est un ennemi du peuple. Sisko décide de renoncer à poursuivre Croden pour l'homicide et de l'expulser vers Rakhar, où un châtiment sévère lui sera délivré pour ses autres "crimes". Cet abandon des poursuites va déclencher la colère du frère de la victime. Pendant ce temps, Odo découvre que Croden connaît un endroit où se trouve d'autres de son espèce (des métamorphes), mais Croden doit être renvoyé vers Rakhar, sans pouvoir indiquer cet endroit à Odo. Odo escorte le prisonnier, mais le frère de la victime le poursuit.

Le Kai, dignitaire Bajoran rend visite à la station, et insiste pour visiter le vortex. Sisko, Kira et le docteur Bashir l'accompagnent, mais une fois de l'autre côté, ils reçoivent un signal en provenance d'un des corps du plus proche système. Le Kai évoque une prophétie et insiste pour que Sisko aille inspecter le signal. Un système de défense leur tire dessus et ils se crashent sur un satellite. Le Kai décède dans le crash, ils sont capturés par un groupe de locaux. Ils s'avèrent qu'ils sont dans un satellite pénitentiaire, où deux groupes, les Ennis et les No-Ennis ont été exilés. Ennemis jurés ils sont en guerre permanente. On découvre alors qu'une propriété bio-médicale de la planète fait ressusciter les morts, à commencer par le Kai. La guerre entre les deux peuples est éternelle, mais les victimes des combats ressuscitent sans cesse. Sisko offre de les téléporter hors du satellite dès que les secours arriveront, à condition qu'ils parviennent à faire la paix, et Shel-La, le chef des Ennis organise une rencontre avec le chef des Nol-Ennis.

Deux dignitaires bajorans arrivent sur la station pour un sommet arbitré par Sisko afin de résoudre un différend qui risque de dégénérer en guerre. Il s'agit de Varis Sul, belle jeune fille adolescente, tretrarque des Paqus, et de son homologue, représentant des Navots. Jake et surtout Nog la voient sur la promenade et en tombent amoureux ; ils l'emmènent faire les quatre cents coups dans la station entre deux réunions diplomatiques. Pendant ce temps, Bashir et O'Brien sont envoyés soigner une maladie qui risque de décimer un village. Mais il n'y a qu'un seul malade, le guide spirituel du village, le Sirah, seul capable de les protéger d'un monstre, le Dal'Rok, qui vient chaque année pendant les cinq nuits qui suivent la moisson. Lorsque le Dal'Rok arrive, nuage immatériel qui commence à détruire le village, le Sirah le repousse mais décède, après avoir désigné O'Brian comme son successeur. Ce dernier va devoir rester au village assumer sa nouvelle charge.

Les Bajorans s'apprêtent à prélever une quantité massive d'énergie géothermique d'un de leur satellites naturels (de classe M). La technologie utilisée libèrera dans l'atmosphère des gaz délétères mortels pour les humanoïdes. Tous les habitants ont été évacués, sauf un vieux fermier, Mullibok, et ses deux compagnons, qui ont fui l'occupation cardassienne pour venir s'installer sur cette terre vierge, qu'ils ont travaillé dur pour la rendre habitable. Mullibok refuse de partir et Kira reconnaît en lui la force de lutte qui l'animait lorsqu'elle combattait l'occupant, et ne parvient pas à se résoudre à l'exproprier par la force, mettant en péril sa carrière. Pendant ce temps là, une erreur de commande dans le bar laisse sur le bras de Quark 5000 unités d'une sauce cardassienne. Nog saisit l'opportunité : il en débarrasse son oncle et cherche à la vendre avec Jake. Malheureusement, personne ne veut rien lui acheter, et il doit les troquer contre un stock de 15000 verrous, qu'il va encore devoir troquer…

Les rêveries et fantasmes des occupants de DS9 deviennent réalité. Ca commence par un certain Rumpelstiltskin (nain tracassin), en passant par une copie de Dax amoureuse que Bashir a fantasmé pour lui. Puis, un problème technique survient, s'envenime et met la station en danger.

Lwaxana Troi rend visite à DS9, et entreprend qu'Odo tombe amoureux d'elle. L'ordinateur de la station fait montre d'un changement de personnalité, ce qui inquiète Moiles O'Brian.

Divers personnages de la station commencent à montrer des comportements inhabituels, et des tensions s'installent entre eux, au point que Kira, sous le contrôle d'une volonté parasite, entreprend une mutinerie avec une partie de l'équipage contre laquelle Sisko et ses proches se préparent.

Un Cardassien débarque sur DS9 et se fait remarquer par une maladie rare, caractéristique de telle planète utilisée comme camp de travail pendant la guerre, et qui le rend suspect d'être un criminel de guerre. Kira l'arrête, et enquête sur sa véritable identité.

Keiko, enseignante à l'école, se fait rappeler à l'ordre par une leader d'un groupe religieux orthodoxe bajoran, au motif que les réalités scientifiques qu'elle enseigne sont du blasphème au regard de la foi. Sisko la soutient, mais des mouvements d'humeurs secouent la station. En même temps, O'Brien et Odo enquêtent sur le décès d'un des officiers, lié à une affaire de sécurité.

Kira Nerys et Miles O'Brien partent en mission pour Cardassia IV pour rammener un ancien héros Bajoran, Li Nalas, retenu prisonnier, car lui seul pourra apporter la paix sur Bajor entre les factions politiques et religieuses. Ces mêmes factions ne cessent de semer de plus en plus le trouble sur la station.

Li Nalas est nommé officier de liaison sur la station et Kira Nerys revenue à la vie civile, passe du temps sur Bajoran en compagnie de Vedek Bareil celui qui selon toute probabilité doit devenir le prochain Kai. Sur la station, Odo est prévenu par Quark qu'un coup d'État mené par « le cercle » se prépare sur Bajor. Sisko décide de s'y rendre. Le Ministre Jaroh chef de la rebélion, quant à lui s'associe avec Vedek Winn qui souhaite par-dessus tout devenir la prochaine Kai.

Le commander Benjamin Sisko se prépare à faire évacuer la station à la suite de la guerre civile qui menace sur Bajor et à la suite des ordres de Starfleet, mais celui-ci a aussi un autre plan, sachant que les Cardassiens alimentent "le Cercle" en armes et que ce même "Cercle" est au commande du Ministre Jaroh qui déteste les Cardassiens. L'armée régulière de Bajor ignorant les intrigues politiciennes et aux commandes du Ministre Jaroh envahissent la station sabotée. Pendant ce temps, Jadzia Dax et Kira Nerys (qui a rejoint de nouveau la Fédération), tentent d'apporter les preuves impliquant les Cardassiens et la trahison du Ministre Jaroh au gouvernement provisoire.

Alors que la station a été en grande partie évacuée à la suite d'une tempête de plasma, l'équipage porte secours à un vaisseau spatial en perdition. Aussitôt arrivés, les 4 personnes du vaisseau prennent l'équipage réduit de la station en otage pour voler le symbiote de Dax.

Un incident politique mineur dégénère après qu'un enfant Cardassien adopté par les Bajorans, morde le tailleur Cardassien de la station, Elim Garak.

Une extraterrestre du nom de Melora est la première de sa race à intégrer Starfleet, mais la gravité sur sa planète étant nettement moins importante, doit se déplacer en fauteuil roulant sur la station pour sa toute première affectation. Melora et le docteur Julian Bashir tombent amoureux. Pendant ce temps, une vieille connaissance de Quark vient ouvertement pour le tuer.

Une femme Ferengi se fait passer pour un homme et aide Quark à passer un marché avec une race belliqueuse du quadrant Gamma. Hélas dans la société Ferengi, faire des bénéfices est strictement interdit chez les femmes qui se doivent d'être soumises.

Quark et Rom dérobent une boîte avec une liste de noms. Peu de temps après Quark se fait tirer dessus par le sbire d'une mystérieuse femme de Bajor. Rom effrayé rapporte alors l'histoire à Odo qui se souvient d'un meurtre non élucidé alors qu'il était sur Terok Nor sous le contrôle des Cardassiens et de Gul Dukat qui le nomma chef de la sécurité à cette occasion. C'est aussi à cette occasion que Odo fit la connaissance de Kira Nerys et de Quark.

Le commandeur Benjamin Sisko ne cesse de voir apparaitre et disparaitre une très belle femme mystérieuse du nom de Fenna et dont le charme ne le laisse pas insensible. Pendant ce temps, la station reçoit le Dr seyetik un "Terra-formeur" dont la réputation n'est plus à faire et qui souhaite relancer une étoile éteinte afin de lui redonner vie et de recréer un système solaire. Chose étrange, les deux affaires sont liées.

Une race inconnue du quadrant Gamma arrive avec un vaisseau en perdition sur la station, mais bizarrement le traducteur universel ne semble pas fonctionner pour cette race particulière. L'ordinateur arrive finalement à traduire leurs langue, et les officiers de la station apprennent que cette race est en danger après une autre race du quadrant Gamma, le Dominion. Bientôt une foule innombrable de cette nouvelle race envahie la station pour y trouver refuge.

Un nouveau rival s'installe en face du bar de Quark, et même son frère va travailler pour la concurrence. Pendant ce temps, Miles O'Brien dispute une sorte de squash du xxive siècle, contre le docteur Bashir et de toute évidence, il ne fait pas le poids.

Une sonde stellaire Bajorane a découvert sur une planète du quadrant Gamma de l'ADN correspondant à celle d'Odo. Le Dr Mora qui a découvert Odo qui l'a élevé tout en pratiquant des expérience sur lui, vient sur la station afin d'aller explorer cette planète avec l'aide d'un confrère, de Jadzia Dax et d'Odo lui-même.

Miles O'Brien et le docteur Julian Bashir sont tous les deux en mission sur une planète étrangère où deux races extraterrestres ont décidé de faire la paix. Pour ce faire ils ont besoin de supprimer définitivement un fluide mortel qui a décimé de nombreuses personnes pendant cette guerre. Hélas, tout le monde semble ne pas souhaiter la paix et pendant une attaque surprise, Miles O'Brien est touché par ce fluide.

Miles O'Brien fuit dans le quadrant Gamma et se remémore sur son journal de bord qu'à un de ses retours de mission, beaucoup de personnes sur la station semblaient différentes, même sa propre famille.

En exploration pour trouver une colonie proche du vortex dans le quadrant Gamma, Benjamin Sisko et Miles O'Brien se téléportent sur une planète entourée d'un champ empêchant toute technologie. Chose curieuse, un habitant reconnaît les uniformes de Starfleet.

Odo et Jadzia Dax en exploration dans le quadrant Gamma arrive sur une planète où les gens disparaissent mystérieusement. Odo et Jadzia décident d'aider les habitants à découvrir ce qui se passe. Pendant ce temps sur la station, Jake Sisko commence à travailler, sur la demande de son père sous la direction de Miles O'Brien, ce qui ne plait pas trop à Jake car il ne souhaite pas trop intégrer l'académie de Starfleet, et Vedek Bareil vient sur la station et se rapproche de Kira Nerys.

Un Trill doit passer du temps avec Jadzia Dax afin de savoir s'il est apte à recevoir un symbiote. Jadzia et lui vont faire un tour dans le quadrant Gamma et accroche une anomalie qui endommage l'une de leurs nacelles à plasma. De retour à la station, en analysant l'anomalie, les officiers s'aperçoivent que c'est un micro univers et qu'il ne cesse d'augmenter sa taille risquant de mettre la station et plus tard le système solaire Bajoran en danger.

Une cardassienne arrive sur la station avec un vaisseau en perdition à la suite d'une pluie de météore. Cette femme, se présente comme une professeur accompagnée de deux de ses élèves. À peine aperçoivent-ils Elim Garak, qu'ils essayent de s'enfuir de lui au plus vite. En fait cette femme est un ancien amour de Quark quand elle était sur Terok Nor comme agent de renseignement, et chose curieuse, son vaisseau a en fait été attaqué par un autre vaisseau cardassien.

Trois célèbres klingons âgés, arrivent sur la station, et en entendant leurs noms, Jadzia Dax se précipite pour les rencontrer. Curzon Dax a passé un pacte de sang il y a 80 ans avec ces hommes dont il était un ami proche, afin de se venger et de tuer un albinos. Les klingons considèrent que Jadzia n'a plus besoin de respecter ce pacte, mais Jadzia y tient, au moins pour se venger de cet albinos car il a tué chacun des premiers fils de ses trois amis.

Un vaisseau cardassien explose près de la station, et tout de suite après, il est prouvé qu'il s'agissait d'un sabotage. Un commandeur de Starfleet arrive sur la station et informe officieusement Benjamin Sisko que le traité passé entre les Cardassiens, les Bajorans et la Fédération est injuste et profite de trop aux Cardassiens qui ne sont même pas reconnaissants. Gul Dukat vient sur la station pour informer Sisko et l'emmener voir que dans la zone neutre du nouveau traité, les Cardassiens et la Fédération ont commencé à faire une guerre non officielle. En fait, les colons appartenant à la Fédération ont été priés de déménager pour faire place aux Cardassiens dans la nouvelle zone cardassienne.

Benjamin Sisko recherche toujours Gul Dukat qui s'est fait enlever sur la station et se rend compte que les personnes de pouvoir au sein de la Fédération sont complètement déconnectés de la réalité. Il retrouve enfin Dukat dans un repaire du Maquis, le libère avec l'aide d'Odo et lui sauve la vie, ne serait-ce que parce que le gouvernement Cardassien veut sa mort à la suite d'un trafic d'armes illégal. Dans ce sauvetage, Sisko fait des prisonniers, mais pas son ancien ami Calvin Hudson.

Un implant situé dans le cerveau de Garak le tue à petit feu et le docteur Bashir fait tout pour le sauver contre sa volonté. Ironie du sort, cet implant était fait pour que Garak ne souffre pas en cas de torture.

Alors que Kira Nerys et Julian Bashir reviennent du quadrant Gamma, un dysfonctionnement de leur vaisseau juste avant qu'il ne franchisse le vortex, se rétabli lors du passage dans le vortex, mais ce qu'ils voient en sortant les intrigues au plus haut point car la station n'est plus là mais de nouveau dans l'orbite de Bajor. Ils sont arrivés dans un univers alternatif.

Kira Nerys et Vedek Bareil étant désormais amants, Kira est certaine de la prochaine réussite de Vedek en tant que prochain Kai, ce dont il doute car ce qui préoccupe Vedek est le fait que l'Orbe de la prophétie, ne cesse de lui donner des images désastreuses de son avenir. Pendant ce temps, l'ancien agent de liaison de Bajor sur Terok Nor pour les Cardassiens, Kubus, est de retour sur la station et est aussitôt arrêté par Odo. Ce même Kubus accuse Vedek Bareil d'être responsable d'un massacre, ce que Winn Adami s'empresse de colporter.

Alors qu'il part en vacances avec sa femme avec une navette, Miles O'Brien se fait aborder par des Cardassiens qui l'accusent d'un crime dont il ignore tout.

Benjamin Sisko décide d'emmener son fils Jake faire un voyage d'étude sur une planète du quadrant Gamma, mais Jake veut emmener son ami Nog avec eux. Benjamin accepte mais au moment du départ, Quark s'invite officiellement pour servir de chaperon et officieusement pour demander un service à Benjamin. Hélas, lors de leurs première soirée, une femme extraterrestre apeurée, arrive au campement car elle fuit les Jem'Hadar qui arrivent rapidement. Ils capturent cette femme ainsi que Quark et Benjamin Sisko. En captivité, ils apprennent que cette race fait partie du Dominion et qu'ils ne souhaitent plus que des vaisseaux viennent dans le quadrant Gamma.

Benjamin Sisko revient sur la station avec un nouveau vaisseau : le Défiant, 1er vaisseau de Starfleet à être un vaisseau de guerre doté en plus d'un bouclier occulteur Romulien. Au départ prévu pour les Borgs, le projet a été abandonné vu la faible menace présente des Borgs. Si Sisko souhaite l'avoir avec lui, c'est principalement pour aller voir les Fondateurs dans le quadrant Gamma, ces mêmes Fondateurs qui sont les chefs du Dominion.

Benjamin Sisko s'est échappé avec le docteur Bashir à bord d'une navette à la dérive. Ils sont secourus par Miles O'Brien et Jadzia Dax qui leurs annoncent une très bonne nouvelle car la Fédération est en pourparler de paix avec les Fondateurs sur la station. Pendant ce temps, Odo ravi d'avoir retrouvé les siens en compagnie de Kira Nerys dans le quadrant Gamma, apprend qu'il a été exilé comme 100 autres enfants, exprès par son peuple, juste pour pouvoir en apprendre plus de la galaxie des "solides" dont ils ont été exclus. De son côté Sisko déchante vite quand il s'aperçoit que l'accord de paix est en fait une absurdité et que la station commence à ressembler à un champ de bataille.

Quark tue accidentellement un Klingon saoul dans son bar. Au début pour se vanter, ensuite pour ne pas se faire assassiner par les Klingons en représailles, Quark fait croire qu'il a vaillamment luté et sauvagement tué ce Klingon. À la suite de cela, et comme le mort n'avait pas d'héritier, Quark se fait enlever par la veuve et est obligé de se marier avec elle sur la planète des Klingons. Pendant ce temps et à cause de l'élection de la nouvelle Kai Bajorane, l'école n'ayant plus que 2 élèves, est fermée, ce qui contrarie Miles O'Brien car sa femme se retrouve sans activité.

Depuis qu'elle a entendu une musique dont elle ne se souvient plus de la provenance, Jadzia Dax se comporte étrangement et a des hallucinations. À la suite de cela le docteur Julian Bashir l'examine et décide de la ramener sur la planète Trill car elle risque de perdre son symbiote. Selon toute probabilité, cela serait dû à un ancien hôte de Dax.

Kira Nerys reçoit une communication des autorités pénitentiaires bajoranes lui demandant des informations concernant son incarcération pendant l'occupation cardassienne, ce que Kira réfute. Plus tard, Kira dit se rendre sur Bajor pour de plus amples informations et se réveille peu de temps après sur Cardassia où elle apprend qu'elle est en fait elle-même cardassienne et qu'elle travaillait en tant qu'espionne avec de faux souvenirs.

En achetant à bon marché des débris d'un vaisseau spatial du quadrant Gamma au marché noir à l'une de ses contact, Quark trouve un bébé parmi ceux-ci. Or il se trouve que c'est un enfant Jem'hadar et qu'il grandit anormalement vite. Parallèlement, le commandeur Sisko semble se plaindre que son fils grandit trop vite lui aussi.

Un ancien code de défense Cardassien est activé par erreur par Miles O'Brien, ce qui le piège avec Jake et Benjamin Sisko dans une ancienne partie de la station pour les mineurs Bajorans. Même les anciens de Terok Nor comme Odo, Quark ou Garak ne connaissent pas le code de désactivation de ce piège. Cela empirant avec le temps, c'est tout le personnel de la station qui est en passe de risquer leurs vies du fait de cette sécurité obsolète.

En visitant le quadrant Gamma, l'équipage du vaisseau Defiant tombe sur une planète multidimensionnelle aux gens très accueillants qui hélas ne restent que très peu de temps dans cette dimension et sous cette forme humanoïde. D'autant plus regrettable que Jadzia Dax tombe amoureuse d'une de ces personnes. Pendant ce temps, sur la station, Quark qui a promis à un étranger amoureux de Kira Nerys de l'inclure dans un programme de la holo-suite, cherche un prétexte pour amener Kira à y participer pour pouvoir la dupliquer.

Alors que Kira Nerys montre le vaisseau "Défiant" au commandeur William T. Riker en visite sur la station, Riker utilise son arme contre elle et en profite pour voler le vaisseau. Il s'avère rapidement que ce n'était pas le vrai Riker, mais son double, qu'il fait partie du Maquis et qu'il a l'intention d'attaquer les Cardassiens.

Alors que la fête Bajorane du "renouveau" bat son plein sur la station, et que Lwaxana Troi, Vedek Bareil et Keiko O'Brien sont en visite arrivant de Bajor exprès pour cette occasion, une atmosphère de plus en plus érotique flotte dans les airs et affecte à peu près tout le monde sauf les couples officiels dont les partenaires cherchent d'autres personnes dont elles semblent tomber rapidement amoureuses.

Un problème avec le téléporteur du "Défiant" envoie Benjamin Sisko, Julian Bashir et Jadzia Dax sur la Terre en 2024. Alors que Jadzia évolue dans la haute société, Sisko et Bashir sont envoyés dans les ghettos et changent sans le faire exprès le passé, ce qui supprime Starfleet de la ligne du temps.

Participant à une prise d'otage, le docteur Bashir aide le commandeur Sisko à se faire passer pour un martyr de l'époque, héros d'une révolution. Pendant ce temps, Miles O'Brien et Kira Nerys recherchent activement les 3 disparus.

Un vaisseau de Bajor arrive en perdition à la station, à son bord se trouve Vedek Bareil très gravement blessé. Kai Winn qui était aussi à bord se demande s'il s'agit d'un sabotage car ils avaient rendez-vous avec des Cardassiens pour entamer un traité de paix avec Cardassia.

De retour d'une mission en navette, Odo et Kira Nerys voient sur leurs détecteurs un vaisseau rebelle qui semble être du maquis. Ils décident de le prendre en chasse et se posent sur une lune du secteur pour en savoir plus. En inspectant les grottes, Kira se trouve prise au piège dans un étrange bloc de cristal qui ne cesse de s'envelopper rapidement autour d'elle au point de l'englober totalement et risquer de la tuer. Odo essaye de la sauver par tous les moyens. Pendant ce temps sur la station, Nog offre une somme d'argent à Benjamin Sisko pour que celui-ci prenne en compte sa candidature à Starfleet. L'idée d'un Ferengi à Starfleet, plait beaucoup à Jadzia Dax, même si elle se trouve surprise que ce soit Nog.

Alors que des scientifiques Cardassiennes doivent venir sur la station pour aider à poser un relai trans-subspatial pour communiquer avec le quadrant Gamma, une délégation religieuse Bajorane intervient pour demander au commandeur Sisko de ne pas les recevoir sous peine de la destruction du vortex donné par la 3e prophétie.

Le Grand Nagus Zek arrive sur la station et prend possession de l'appartement du Quark pour faire un livre sur les nouvelles "devises de l'acquisition". Or, rien ne plait à Quark qui est non seulement obligé de cohabiter avec son frère, mais en plus, dont les nouvelles devises ne sont plus axées sur le profil mais sur l'honnêteté. Pendant ce temps, le docteur Bashir est nommé pour le titre de meilleur médecin pour le prix "Carrington", et ce, à son corps défendant.

Après qu'un tube à plasma a explosé à côté de Miles O'Brien, celui-ci voyage à travers le temps pour de courtes périodes et voit ce qui va arriver 5h00 avant. Hélas, les visions de son avenir et celui de la station sont de pires en pires et tout semble désigner un groupe de Klingons. Pendant ce temps, une délégation Romulienne arrive à la station afin de mener une enquête et d'en apprendre encore plus sur le Dominion.

Alors que Julian Bashir déjeune avec Elim Garak, il lui fait part qu'il n'apprécie pas d'avoir 30 ans dans quelques jours et que vieillir ne lui fait pas plaisir. C'est alors que Quark lui demande un gel interdit pour un client extraterrestre du nom d'Altovar, ce que Julian s'empresse de refuser. Le déjeuner terminé, le docteur rejoint son infirmerie et prend sur le fait cet extraterrestre en train de voler le gel. Il tente de s'interposer, mais Altovar emet de ses mains un courant électrique qui fait s'écrouler le docteur. Plus tard en se réveillant, le docteur découvre une station presque déserte et quasiment en panne. Tout cela ne serait presque rien si le docteur n'entendait pas des voix lointaines et s'il ne vieillissait pas à très grande vitesse au fil du temps. La faute à un virus, au Dominion ou à Altovar ?

Sisko est enlevé par un double d'O'Brien, qui l'entraîne dans un univers parallèle. Dans ce monde que Kira et Bashir ont visité un an plus tôt, le double de Sisko était le chef du mouvement rebelle qui s'opposait à l'Alliance Klingons-Cardassiens. Il a été assassiné et O'Brien veut que Sisko se fasse passer pour lui...

Elim Garak est victime d'un attentat, Odo tente de trouver celui qui en veux à la vie de Garak mais lui et le docteur Julian Bashir doivent naviguer au milieu des mensonges et demi-vérités du tailleur.

Après la fin de l'épisode précédent Cause improbable Garak semble avoir rejoint le camp d'Enabran Thain. La flotte Cardasso-Romulienne franchit le vortex dans le but de son opération coup de poing contre le Dominion. Odo reste prisonnier, confiné dans ses appartements entourés de champs de force.

Le commandeur Benjamin Sisko reviens de Bajor avec des plans d'un vaisseau à voile solaire datant de 800 ans. Il le construit et part avec son fils prouver que ces vaisseaux pouvaient voler et auraient même rejoint Cardassia. Durant ce temps, le Docteur Julian Bashir retrouve sur D.S.9 une vieille connaissance.

Quark et Rom partent sur Ferenginar, la planète mère Ferengi, car leur mère est accusée par le MCF (Ministère du Commerce Ferengi) de faire du profit. Dans la station, la vie continue et Jake Sisko essaie de jouer les entremetteurs amoureux pour son père.

Kira Nerys est envoyée en mission spéciale sur Bajor pour arrêter l'ancien chef de sa cellule de résistance qui est à la tête d'un groupe terroriste luttant contre la nomination de Kai Winn au poste de Premier ministre du gouvernement provisoire de Bajor.

Jadzia Dax doit faire face aux sentiments respectifs qu'elle éprouve face aux précédents hôtes de Dax lorsqu'elle doit procéder à un ancien rite trill au cours duquel elle confie les souvenirs des anciens hôtes de son symbiote à ses amis. Les choses se compliquent lorsque Odo fusionne avec les souvenirs de Curzon et refuse de les restituer à Jadzia.

Le Défiant est saboté par un Fondateur dont le but est de déclencher une réaction en chaîne devant aboutir à une guerre destructrice dans le quadrant Alpha. Mais il s'agit en fait du prélude à l'invasion du Dominion...

Une force armée d'au minimum une vingtaine de vaisseaux klingons dirigés par le général Martok arrive sur DS9 pour prêter main-forte dans l'éventualité d'une guerre contre le Dominion. Mais les Klingons usent de méthodes sécuritaires peu au goût de Benjamin Sisko. Devant la tension engendrée, Sisko fait appel aux services du lieutenant commandeur Worf.

Jake Sisko, devenu vieux, vit dans le bayou en Louisiane. Une jeune femme arrive chez lui au début de l'épisode. Il lui raconte alors pourquoi il a cessé d'écrire : cela a commencé à la mort de son père alors qu'il avait 18 ans. Dans son histoire, il s'avère rapidement que Benjamin Sisko est en fait vivant mais prisonnier d'un autre plan temporel. On voit la suite de la vie de Jake, et le dénouement remet les choses en place et ramène au continuum espace-temps de la série.

Le docteur Julian Bashir et Miles O'Brien s'écrasent à bord du Runabout sur une petite planète. Ils sont alors capturés par un groupe de Jem'hadars renégats qui tentent de se désintoxiquer de leur drogue de synthèse. Sur la station, Worf peine à s'adapter à ses nouvelles fonctions au grand dam d'Odo.

Obligée d'emmener Dukat en mission à la recherche du Ravinok, transporteur de prisonniers depuis longtemps disparu, Kira découvre pourquoi son vieil ennemi a tant tenu à l'accompagner : pour retrouver sa fille naturelle, mi-bajoranne, mi-cardassienne.

Un groupe de scientifiques Trill vient sur la station étudier le vortex afin in fine de pouvoir créer des vortex artificiels. Ce groupe est dirigé par le docteur Lenara Kahn, qui dans une de ses anciennes vies, fut mariée à une ancienne incarnation de Jadzia Dax. Leurs sentiments perdurent, mais réunir des couples d'une ancienne vie est un terrible tabou pour la société Trill. Lenara et Jadzia devront faire un choix. Cesser de s'aimer ou bien être à jamais exilés de la société Trill.

Dans le quadrant Gamma à bord de l'USS Defiant, se retrouvent Quark et un négociant karemien, pour discuter de commerce. Deux vaisseaux Jem'hadar les prennent alors pour cible. L'USS Defiant est mis à mal et l'équipage tente de survivre.

Nog doit partir sur Terre rejoindre Starfleet Academy. Son oncle Quark, qui vient de recevoir une navette spatiale en cadeau, propose de l'emmener, en profitant pour charger une cargaison de contrebande pour le système Orion. La navette est piégée et Rom parvient a sauver le vaisseau, mais les trois Ferengis arrivent sur Terre en 1947.

Kor, vieux compagnon de Curzon Dax, retrouve Jadzia Dax sur DS9. À eux se joint Worf et tous trois partent dans le quadrant Gamma à la recherche de la plus mythique des reliques sacrées des Klingons, le Bath'less de Kahless.

Julian Bashir suit un nouveau programme dans le holodeck, dans lequel il est un agent secret de choc et de charme dans la plus pure tradition James Bond. Elim Garak vient s'inviter dans son programme. C'est alors que survient un incident de téléporteur dans le monde réel. Eddington met en mémoire les empreintes de Kira Nerys, Sisko, Jadzia Dax, O'Brien et Worf dans l'ordinateur qui les transpose en programmes dans le holodeck. Bashir va devoir arriver au bout de sa mission tout en sauvant la vie de ses amis qu'ils soient alliés ou ennemis dans la simulation.

À la suite d'un grave attentat perpétré sur Terre par un Korrigan, Benjamin Sisko et Odo sont envoyés enquêter.

Benjamin Sisko s'aperçoit que le sabotage de la fin du précédent épisode n'est pas l’œuvre des Fondateurs, mais une manœuvre de l'amiral Layton visant à placer la Terre sous contrôle militaire.

Alors que Shakaar, devenu premier ministre de Bajor, se rend sur la station DS9 pour des pourparlers, un groupe terroriste cardassien émet des menaces de mort à son encontre. À l'occasion de cette visite, Shakaar se rapproche intimement de Kira Nerys, ce qui place Odo dans un position difficile : il doit d'un côté protéger Shakaar et de l'autre faire face à ses sentiments amoureux pour Kira.

Dukat demande son aide à Kira pour retrouver son rang dans l'Empire cardassien.

Kurn, le frère de Worf, vient sur la station DS9. Ce dernier, depuis que Worf a tourné le dos à Gowron, a tout perdu, y compris son honneur. Il en vient donc demander à Worf d'exercer sur lui le Mok'Tovor, un suicide rituel Klingon.

À la suite d'une baisse de salaire, les employés du bar de Quark décident, sous l'impulsion de Rom, de créer un syndicat et de faire grève. Mais ceci n'est pas du goût de Quark et encore moins celui de l'ACF (Association du Commerce Ferengi).

Un célèbre poète bajoran, Akorem Laan, disparu plus de deux siècles auparavant, sort du vortex et convainc Sisko qu'il est le véritable Émissaire.

Worf détruit accidentellement un vaisseau civil lors d'une bataille. Une audition a lieu pour décider s'il doit ou non être extradé vers l'Empire Klingon.

Miles O'Brien sort de 20 ans de réclusion pour espionnage d'une planète. En réalité, il s'avère que sa peine n'a duré que quelques heures et qu'il était plongé dans une peine virtuelle. Mais les conditions d'incarcération étaient très dures et les souvenirs et les traumatismes lui restent.

Jake Sisko, attiré par le double de sa mère, part dans la réalité parallèle. Le capitaine Sisko, parti à sa recherche, se retrouve également coincé dans cette réalité parallèle, dans laquelle la station Deep Space 9, toujours sous son nom de Terok Nor, est aux mains des rebelles. Ces derniers sont prêts à renvoyer les Sisko, père et fils, dans leur réalité si Benjamin les aide à régler les derniers problèmes techniques du Defiant qu'ils sont en train de construire.

Tandis qu'une femme mystérieuse aide Jake à écrire son roman, Odo assiste Lwaxana Troi, enceinte, qui cherche à fuir son mari.

Eddington et Odo soupçonnent Cassidy Yates d’œuvrer pour le Maquis. Avec l'accord réticent du capitaine Benjamin Sisko, ils mènent l'enquête.

En revenant de mission à bord de l'USS Defiant, le capitaine Benjamin Sisko et son équipage découvrent que la station vient d'être attaquée par un commando Jem'Hadar. Ils partent aussitôt à la poursuite de l'ennemi. Chemin faisant, ils croisent un vaisseau de guerre Jem'Hadar dans un état critique. Téléportant les derniers membres d'équipage à bord avant sa destruction, ils apprennent que le vaisseau a été attaqué par les mêmes agresseurs que la station.

Le Dr Bashir aide les habitants d'une planète du quadrant Gamma à se soigner d'une maladie jusque là mortelle et apportée par le Dominion.

Quark revient de Ferenginar où il a appris qu'il est atteint d'une maladie mortelle, le syndrome de Dorek, et se prépare à vendre son corps aux enchères selon la tradition Ferengi. Il trouve un acheteur pour 500 barres de Latinium. Mais il s’avère que le médecin a fait une erreur et qu'il n'est pas malade. Cependant, l'acheteur n'est autre que le liquidateur Brunt qui entend bien réceptionner sa marchandise malgré le changement de diagnostic. En parallèle, Keiko, la femme d'O'Brien, est blessée dans un accident de navette, et le Dr Bashir se voit contraint de placer son bébé à naître dans le corps de Kira

Odo est gravement malade et parvient à peine à maintenir sa forme humanoïde. Dans l'incapacité de le soigner de cette maladie inconnue, l'équipe de DS9 l'emmène dans le quadrant Gamma avec l'USS Defiant auprès de son peuple, les Fondateurs. Mais il s'avère qu'Odo doit encore y être jugé pour le meurtre de l'un de ses congénères.

(Suite de l'épisode 26 de la saison 4) Starfleet missionne Benjamin Sisko pour se rendre dans l'Empire Klingon démasquer Gowron qui a été remplacé par un Korrigan. Ce dernier choisit Miles O'Brien, Odo (tout trois grimés en Klingons) et Worf pour l'accompagner dans cette mission délicate.

L'équipage du Défiant explore une planète du Quadrant Gamma pour voir s'il est possible d'y installer une colonie de forage, quand un vaisseau inconnu pénètre dans l'atmosphère pour s'écraser.

Grilka, qui fut fugacement mariée à Quark, débarque dans la station. Worf en tombe amoureux, mais finit par aider Quark a conquérir le cœur de la klingone. Durant ce temps, le Major Kira Nerys continue de vivre chez les O'Brien, et une intimité gênante se crée entre elle et Miles O'Brien.

Jake écrit un essai sur le Docteur Bashir et le suit dans un de ses périples. Ils captent alors un appel de détresse d'une colonie de la Fédération.

Lorsque son épouse revient de Bajor, O'Brien est choqué quand celle-ci lui révèle qu'elle est en fait une entité qui a pris possession du corps de Keiko.

L'espion Klingon Darvin remonte le temps pour modifier certains événements. L'équipage du Deep Space Nine doit l'en empêcher sans altérer le cours de l'histoire.

Les relations se tendent entre Dax et Worf, et celui-ci envisage une conversation à cœur ouvert pendant leurs vacances sur Risa, la "planète des plaisirs".

Benjamin Sisko, Odo, Dax et Garak sont retrouvés inconscients. Alors que Bashir tente de les réanimer, ils se réveillent pendant l'occupation cardassienne de Bajor.

Après un atterrissage en catastrophe sur une planète désertique, Odo et Quark perdent leur système de communications, leur réplicateur et la plupart de leurs rations.

En regardant un tableau qui représente B'hala, la légendaire cité perdue de Bajor, Benjamin Sisko trouve l'inspiration pour redécouvrir ce fameux site.

Kira est intriguée par le meurtre de Latha Mabrin, un des membres de son ancien groupe de résistants. Ses soupçons se renforcent lorsqu'elle reçoit un message enregistré.

Kira se prépare finalement à accoucher, mais Odo s'occupe de son propre "bébé" : l'ex-métamorphe a fait l'acquisition d'un bébé métamorphe auprès de Quark.

Sisko est confronté à Michael Eddington, son ancien responsable de la sécurité de Starfleet, qui l'a trahi et rejoint le Maquis.

La station DS-9 reçoit un appel de détresse cardassien venant du Quadrant Gamma. Ce message émane d'Enabrane Tain disant qu'il est vivant. Elim Garak et Worf partent à sa recherche et découvrent un flotte d'invasion Jem'Hadar.

(Suite de l'épisode précédent). La flotte du Dominion n'attaque pas DS-9, mais il s'avère qu'elle se dirige vers Bajor. Gul Dukat a mené des tractations avec le Dominion, et les Cardassiens ont rejoint celui-ci. Dukat est devenu le nouveau chef du gouvernement Cardassien. Durant ce temps sur la station, on recherche le Korrigan qui a saboté le vortex, le rendant plus résistant. Sur la prison, Enabrane Tain est mort; le vrai Julian Bashir, Elim Garak, Worf et Martok tentent de s'évader.

Bashir est choisi comme modèle pour le programme de médecin holographique de Starfleet. Il en est informé par le Docteur Zimmerman, responsable du projet.

Odo rencontre une belle jeune femme dont les capacités d'observation l'impressionnent. Plus tard, il est intrigué lorsqu'elle tente de pirater l'ordinateur de la station.

Le cousin de Quark arrive sur la station et lui propose de participer à son activité de vente d'armes, ce qui lui permettrait de rembourses ses dettes en moins d'un mois.

Kira retrouve Tekeny Ghemor, célèbre dissident Cardassien qui fut dupé pour lui faire croire que Kira était sa fille, en espérant qu'il mènera l'opposition à l'alliance Dominion-Cardassienne.

Dégoûté de son existence, et surtout de son exclusion pas l'Autorité Commerciale Ferengie, Quark retourne chez lui pour chercher du réconfort auprès de sa mère.

Le Général Martok reçoit du Haut-Conseil Klingon l'ordre de rechercher un vaisseau Klingon, le B'Moth, qui a disparu non loin de la frontière cardassienne.

Dans le Quadrant Gamma, Dax enquête sur une planète entourée d'une barrière énergétique, qui endommage le Défiant et provoque la duplication de Kira.

Un message secret est transmis à Sisko. Les quelques terroristes du maquis qui n'ont pas encore anéantis par le Dominion lancent des représailles massives contre Cardassia.

Deep Space Nine est endommagée. Ne pouvant pas répliquer les pièces cardassiennes voulues pour réparer, O'Brien mène une mission de sauvetage vers une station spatiale.

Apprenant que Quark envisage de vendre aux enchères des objets de collection, dont une carte de baseball de Willie Mays, Jake décide d'obtenir cette carte pour son père.

Alors qu'un autre convoi de vaisseaux Jem'Hadar émerge du vortex en direction de Cardassia, Sisko se rend compte que le Dominion prend le contrôle du Quadrant Alpha.

Plusieurs mois après que le vaisseau Deep Space Nine ait été livré au Dominion, la situation de la Fédération semble désespérée et la guerre perdue. Sisko et l'équipage du Défiant sont affectés à une nouvelle mission : ils doivent détruire un stock de Ketracel, drogue utilisée par les Jem'Hadar, en se servant d'un de leurs vaisseaux détenu par la Fédération...

Très sérieusement endommagé, le vaisseau commandé par Sisko s'écrase sur une planète isolée. Gravement blessée, Dax est désormais aux bons soins du docteur Bashir. C'est alors qu'un groupe de Jem'Hadar, également survivants d'un crash, les enlève afin de soigner leur dirigeant souffrant. Les deux membres d'équipage voient leur espérance de vie dangereusement diminuer...

À sa grande stupéfaction, Worf retrouve son fils Alexandre à bord d'un croiseur principal klingon. Passé le premier moment de légitime surprise, il tente de l'approcher. Alexandre se laisse faire. Bientôt, père et fils partagent d'agréables moments de complicité. Worf souhaite lui inculquer les bases nécessaires à tous les guerriers de sa race...

Alors que Dax est placée aux commandes du Defiant, sur le vaisseau Deep Space Nine, Kira est chargée d'un mission extrêmement périlleuse : empêcher la destruction d'un champ de mines stratégique. Sa seule alternative est de faire diversion par tous les moyens possibles : il lui sera très simple de monter les Jem'Hadar contre les Cardassians. Le résultat ne se fait pas attendre et les deux peuples s'affrontent...

Afin de gagner la guerre et de remonter le moral de la Fédération, Sisko tente de convaincre le haut commandement que Deep Space Nine est la première possession à reprendre. De son côté, Damar espère réussir à désactiver le champ de mines qui empêchait le Dominion de recevoir des renforts...

En voulant rejoindre Deep Space Nine, Sisko doit affronter toute une flotte dominion. De leurs côtés, Kira, Jake et Leeta sont suspectés de trahison et emprisonnés. Ils étaient chargés de saboter la désactivation d'un champ de mines. Quark se retrouve en charge de cette mission et parvient à les libérer au moment même où la flotte ennemie approche. Il est hélas trop tard : le champ protecteur est déjà hors service...

Comme prévu avant la guerre avec le Dominion, Worf et Dax envisagent de se marier. Préparant la cérémonie, ils ne voient pas venir les nuages qui s'amoncellent à l'horizon. Lorsque la femme du général Martok provoque Dax et l'interroge sur sa loyauté envers Worf, c'est tout l'édifice sentimental de cette belle union qui semble compromis...

Alors que tout le monde le croyait mort, Vedek Bariel Antos est de retour à la station. Mais son comportement est étrange et il kidnappe Kira. Tout porte à croire qu'il s'agit de son double venu d'un univers miroir pour se racheter. Reste qu'il faut savoir comment agir avec ce double qui ne se laisse pas facilement approcher et qui ne montre pas toujours les signes les plus évidents de fraternité...

Des humains génétiquement «améliorés» sont invités à travailler en collaboration avec le docteur Bashir sur les conséquences de la guerre avec le Dominion. Les statistiques sont effroyables : la défaite de la Fédération coûterait la vie à plus de neuf cents milliards d'individus. Au contraire, un accord de soumission en sauverait sept cents milliards. Le docteur décide d'en parler au commandant Sisko...

Lorsque sa mère est capturée par le Dominion, Quark demande à la Fédération de procéder à un échange de prisonniers. Celle-ci accepte et charge Quark de faire l'échange sur la station Empok Kor. Un équipage ferengi est constitué : parmi eux, deux anciens ennemis de Quark. De son côté, le vorta Yelgrun s'est entouré de nombreux Jem'Hadar...

Sisko se rend au procès de Gul Dukat organisé par la Fédération. Il est dans la même navette que l'inculpé. Soudain, le convoi est attaqué par le Dominion et s'écrase sur une planète isolée. Là, Dukat souffre d'hallucinations au cours desquelles il se voit tuer Sisko. Il s'en faut de peu pour que ces visions ne deviennent réalité...

Un accident de navette a coûté la vie à Morn. Quark est fort surpris lorsqu'il découvre qu'il est l'héritier du défunt. Mais, outre ses biens, il se retrouve également, bien malgré lui, avec tous les problèmes de Morn sur le dos, et il y en a beaucoup...

Le commandant Sisko souffre d'étranges visions : il vit dans les années 50, et écrit pour un journal de science-fiction. Dans son rêve, il s'imagine ayant de nouvelles idées pour un roman. Celui-ci se passerait sur une station spatiale et mettrait en scène un homme noir, commandant de la base...

Dax, O'Brien et Bashir empruntent la navette Rubicon pour explorer une nébuleuse. Mais, au fur et à mesure qu'ils s'en approchent, la taille de la navette diminue. C'est alors que les Jem'Hadar en profitent pour attaquer le Défiant, qui se montre dès lors incapable de redonner une taille normale au vaisseau devenu modèle réduit. A toute chose malheur est bon : le mini-équipage parvient sans difficulté à pénétrer dans le Défiant pour essayer de sauver la mise...

Miles O'Brien reçoit l'ordre d'infiltrer le syndicat d'Orion afin de déterminer si celui-ci est en relation avec le Dominion. Pour cela, il doit gagner la confiance d'un des membres du syndicat, un certain Bilby. O'Brien commence sa mission mais ne sait pas encore qu'il met les pieds dans un véritable panier de crabes. Pour devenir l'ami de Bilby, il doit marcher sur des œufs...

Envoyé en territoire ennemi pour venir en aide à un déserteur cardassian, Worf est confronté à un cruel dilemme : sauver la vie de sa femme ou réussir la mission. Une donnée renforce son désarroi : des millions de vies peuvent être sauvées si le Cardassian accepte effectivement de collaborer. Worf hésite toujours et ne sait que faire...

Lorsque Kira apprend par Gul Dukat que sa mère a été sa maîtresse, elle décide de demander la permission de consulter l'Orbe temporelle afin de voyager dans le passé et de connaître la vérité. Elle espère ainsi tout connaître de celle qui lui a donné le jour. Pour l'instant, elle rejette les propos tenus par Dukat...

Dépêché sur Starfleet, un officier est chargé d'enquêter sur les fuites provenant de Deep Space Nine. Le docteur Bashir est bientôt soupçonné de trahison. Les premiers éléments recueillis semblent montrer que le médecin aurait eu des contacts suspects avec des personnages peu recommandables...

Le capitaine Benjamin Sisko et Elim Garak doivent à tout prix convaincre les Romuliens d'être leurs alliés dans la guerre contre le Dominion. Sans eux, les chances qu'ont la Fédération et les Klingons de gagner la bataille sont infimes. Les Romuliens ont toutefois signé un pacte de non-agression avec le Dominion. Garak prend alors contact avec d'anciens amis qui possèdent des preuves de l'implication du Dominion dans de funestes projets. Mystérieusement, ces témoins bienvenus sont assassinés les uns après les autres...

Epris de Kira, Odo met tout en oeuvre pour la séduire. Il utilise ainsi le programme holographique du docteur Bashir qui les transpose dans les années 60. Vic Fontaine, qui fait partie de la programmation, apporte aide et conseil à Odo. L'entraînement se déroule sous les yeux bienveillants de Dax et ceux, moqueurs, de Quark...

Le commandant Sisko a ramené une ancienne tablette, retrouvée dans des ruines de la planète Bajor, afin de l'étudier. Il a soudain la vision d'un prophète lui annonçant que la station va être le lieu d'un affrontement entre le Bien et le Mal, ce dernier étant réincarné dans les personnes de Kira et de son fils Jake...

Nog et Jake, de retour vers Ferenginar, sont attaqués par le Dominion. Un vaisseau de la Fédération, le Valiant, porte secours aux naufragés. A son bord se trouvent les meilleurs cadets de la Starfleet, appelés le Red Squad. En dépit de la présence de Nog et Jake, l'équipage souhaite poursuivre sa mission, attaquer et détruire le plus puissant des vaisseaux ennemis...

Ishka, la mère de Quark, persuade le Grand Nagus Zek d'abolir l'interdiction pour les femmes de la planète Ferenginar de faire du commerce. Peu favorables à voir les droits des femmes égaler ceux des hommes, les traditionalistes de la FCA prennent aussitôt le pouvoir. Zek et Ishka demandent alors à Quark de les aider à convaincre un représentant politique influent de Ferenginar que les femmes peuvent être de très bonnes commerçantes...

Miles O'Brien emmène sa famille pique-niquer sur une autre planète pour fêter leurs retrouvailles. Tout se déroule pour le mieux, jusqu'à ce que la petite Molly tombe dans une faille temporelle. La fillette se retrouve projetée 300 ans en arrière...

Le vaisseau du capitaine Lisa Cusak s'écrase sur une planète à forte émanation de gaz toxiques. Elle envoie un appel de détresse au Défiant. Les secours s'activent mais en attendant de la rejoindre, l'équipage se relaie pour parler avec elle à la radio, afin de la soutenir. Ses réserves en oxygène vont en effet bientôt s'épuiser...

La Fédération s'allie aux Klingons et aux Romuliens, dans le but d'éliminer le Dominion. Benjamin Sisko est choisi pour mener à bien la mission. En son absence, Dax prend les commandes de la station. Pendant ce temps, sur Cardassia, Gul Skrain Dukat obtient un «Pah-wraith» lui permettant de détruire le «Trou de Vers» et les Prophètes...

Jadzia Dax est désormais mort depuis trois mois et la situation a évolué sur Deep Space 9. Kira a pris le commandement du vaisseau depuis le départ de Benjamin Sisko. L'équipage s'apprête à accueillir à bord des Romuliens, qui sont devenus de nouveaux alliés contre le Dominion. Sur Terre, Sisko tente de retrouver les Prophètes disparus. Au cours d'une vision, il aperçoit le visage d'une femme, enfoui dans le sable. Le père de Sisko, Joseph, lui apprend alors qu'il s'agit du visage de sa véritable mère, Sarah...

Benjamin Sisko part à la recherche de sa mère. Il doit également retrouver l'Orbe de l'émissaire qui lui permettra d'entrer en contact avec les Prophètes. Aidé par Ezri, Joseph et Jake, il atteint son but et parvient à communiquer avec les Prophètes : ceux-ci lui apprennent que l'un d'entre eux a pris possession de sa mère afin de venir au monde et d'assurer sa destinée. Worf, O'Brien, Bashir et Quark détruisent un chantier spatial Dominion, pour faciliter l'entrée de l'âme de Jadzia dans Sto-vo-kor, le paradis Klingon...

Ezri arrive à la station Deep Space Nine avec le symbiote de Jadzia. Sur place, elle doit faire face aux réactions des membres de l'équipage, qui ont plus ou moins accepté la disparition de Jadzia. Kira et Sisko sont plutôt avenants, et Quark n'est pas loin de lui faire la cour. Worf, en revanche, ne supporte pas la présence de la nouvelle venue et Ezri pense sérieusement à quitter la station. Mais un nouvel événement complique la situation : en proie à une violente crise de claustrophobie, Garak est incapable de rester à bord de Deep Space Nine. Sisko propose alors à Ezri de prendre sa place...

Perturbé par quelques ennuis techniques, un vaisseau aborde la station Deep Space Nine, le temps d'effectuer quelques réparations. Mais il se trouve que l'équipage vulcain du vaisseau endommagé est dirigé par le capitaine Solok, un ancien de l'Académie, tout comme Sisko. Les deux officiers, qui sont en conflit depuis plusieurs années, décident de régler leur différend au cours d'une partie de base-ball. Ils réunissent chacun leur équipe et tout le monde se rend dans la holosuite pour le début du match. Malheureusement pour Sisko, son équipe fait preuve d'une stupéfiante inaptitude au base-ball...

La station Deep Space Nine accueille des hôtes confrontés à une situation périlleuse. En effet, plusieurs humains génétiquement modifiés viennent demander l'aide du docteur Bashir. Selon eux, lui seul est capable de sauver leur amie Sarina, qui se laisse peu à peu dépérir. Après une opération particulièrement délicate, Bashir parvient à sauver la jeune femme. Sarina se remet peu à peu de sa longue maladie. Bashir l'accompagne dans sa convalescence et tombe éperdument amoureux de la jeune femme...

Odo est secrètement contacté par Weyoun, qui souhaite déserter le Dominion en échange d'un asile offert par la Fédération. Comme preuve de sa bonne volonté, il est prêt à fournir des renseignements vitaux qui pourraient mener la Fédération à la victoire. Alors qu'Odo et Weyoun font route vers Deep Space Nine, ils sont interceptés par un navire cardassien : à son bord, Damar et Weyoun sont enchantés d'avoir capturé leur proie. Odo comprend alors qu'il n'était qu'en présence du sixième clone de Weyoun...

Se sentant inutile, le vieux guerrier klingon Kor demande à Worf de l'affecter sur un nouveau vaisseau, en l'occurrence celui de Martok. Malheureusement, les deux hommes sont des ennemis de longue date. Par le passé, Kor avait refusé de nommer Martok comme officier sous prétexte qu'il ne venait pas d'une bonne famille. Si le vieux guerrier a oublié l'incident, la rancune de Martok, elle, est toujours intacte...

Au cours d'une mission de ravitaillement près du front, Sisko et son équipage décident de venir en aide aux soldats en poste depuis cinq mois sur une planète stratégique, car elle abrite un poste de communication dominion. Épuises et décimés par les Jem'Hadar et les mines anti-personnel «Houdini», les soldats ne se préoccupent plus que de leur survie. Un pari, étant donné leur situation plus que délicate...

Un moine bajoran, ancien mentor de Kira, lui rend visite et lui remet un cristal qui la transporte sur Empok Nor, une navette abandonnée où elle retrouve un ancien ennemi, Dukat. Celui-ci est désormais leader d'un nouveau culte bajoran. Parmi ses fidèles dévoués, Kira fait la connaissance d'un jeune couple dans l'attente prochaine d'un enfant...

Nog, qui a perdu une jambe lors de la bataille sur l'AR-558, se remet péniblement de son traumatisme. Il bénéficie d'une prothèse qui lui permet de marcher. Ses amis le soutiennent au quotidien. Il décide de passer sa convalescence dans le Holosuite et rejoint l'univers de Las Vegas, en 1962. Il y retrouve le chanteur Vic Fontane. Nog est en train de devenir «accro» à ce monde virtuel...

Sisko est furieux quand il apprend que O'Brien a disparu pendant un voyage secret à New Sydney. Ezri, dont la famille dirige une grosse entreprise dans cette ville, est dépêchée sur les lieux. A son arrivée à New Sydney, elle retrouve sa mère, toujours aussi dominatrice et ses deux jeunes frères. Pendant son séjour, Ezri va découvrir de terribles secrets familiaux...

Le Grand Nagus Zek disparaît brusquement lors d'un voyage d'affaires dans l'Univers Miroir. Le double d'Ezri Dax vivant dans cet univers annonce que Zek est retenu par l'Alliance et qu'il sera exécuté si Quark ne les rejoint pas avec un dispositif de camouflage, rendant les vaisseaux invisibles...

Ilario, un jeune officier, est retrouvé mort dans ses quartiers, tué par une arme assez rare. Pendant ce temps, Ezri fait un terrible cauchemar dans lequel elle rencontre Joran, un assassin, ancien hôte de Dax. Ce dernier propose à Ezri de l'aider à démasquer le meurtrier. Le temps presse : un nouveau crime vient d'être commis...

En chemin pour retourner à DS9, Odo est abordé par une navette dans laquelle se trouve un autre Fondateur, Laas. Comme Odo, il est l'un des disséminés, envoyé quelque part dans la galaxie pour étudier les autres espèces. Il demande alors à Odo de l'accompagner pour retrouver les autres disséminés et ainsi fonder un nouveau Lien...

Alors que O'Brien et Bashir se relaxent tranquillement dans le programme holographique de Vic Fontane, un truand dénommé Frankie Eyes fait irruption dans le bar. Il prétend avoir racheté l'hôtel de Vic et en profite pour renvoyer ce dernier. Révoltés, O'Brien et Bashir décident de monter un plan de sauvetage mais le seul moyen de se débarrasser de Frankie est de le faire à l'intérieur de la simulation : avec les moyens du Las Vegas des années 40 !...

Alors que Bashir se prépare pour une conférence chez les Romuliens, il reçoit la visite de Sloan, un officier de la section 31, une branche secrète et extrémiste de la Starfleet. Sloan lui demande de se renseigner discrètement sur le pouvoir des Romuliens. Méfiant, Bashir accepte néanmoins la mission mais se rend vite compte qu'il est le pion involontaire d'une partie qu'il ne maîtrise en rien...

Sisko a décidé de demander Kasidy Yates en mariage, malgré les mauvais oracles des Prophètes. Il se met aussitôt à la recherche d'un terrain sur Bajor afin d'y construire la maison de ses rêves. Pendant ce temps, Worf est porté disparu suite à une violente bataille contre le Dominion. Ezri, qui est envahie par les souvenirs de Jadzia en compagnie de Worf, vole une vedette et part à sa recherche...

Finalement, devant leur insistance, Sisko s'est rangé à l'avis des Prophètes ; il annule son mariage. Kasidy est effondrée et refuse de comprendre. Pendant ce temps, de leur côté, Worf et Ezri sont toujours retenus prisonniers par les soldats de Breen, sans connaître les motifs de leur incarcération. Jusqu'à ce qu'ils apprennent qu'une nouvelle alliance est née entre Breen et le Dominion...

Toujours prisonniers, Worf et Ezri sont transportés sur le vaisseau amiral de la nouvelle alliance Dominion-Breen. Représentant les intérêts Cardassian, Damar s'oppose au traité car les gens de son peuple sont de plus en plus considérés comme des esclaves. C'est alors que Damar aide Worf et Ezri à s'échapper...

Sisko reçoit un message urgent de la Fédération : l'alliance Dominion-Breen vient d'attaquer le quartier général de Starfleet sur Terre. Pendant que l'alliance savoure sa victoire, Damar, le leader des Cardassians, se prépare à changer de camp. En se rangeant du côté de la Fédération, il espère libérer son peuple du joug du Dominion...

Kira doit mettre sa haine des Cardassians de côté afin d'aider le mouvement rebelle de Damar en enseignant des techniques de sabotage. Pendant ce temps, Bashir et Odo travaillent sur l'étrange mal qui ravage les Fondateurs et font une découverte surprenante. Sur Bajor, Kai Winn suit les conseils de Dukat et étudie le texte interdit censé libérer les Pagh Wraiths....

Kira continue d'appuyer la résistance des Cardassians mais la situation est délicate. En compagnie de Damar et d'autres soldats, elle décide de voler une arme Breen sur un vaisseau ennemi afin de pouvoir trouver la parade. Sur DS9, l'état de santé d'Odo se dégrade progressivement. O'Brien et Bashir cherchent un moyen d'attirer un membre de la section 31, soupçonné d'être à l'origine de cette maladie qui touche exclusivement les Fondateurs...

Bashir et O'Brien exposent leur plan : faire croire qu'ils ont trouvé un remède à la maladie d'Odo et attirer ainsi un membre de la section 31. Le piège fonctionne et Sloan est retenu prisonnier. Mais il refuse de leur répondre. Bashir lui implante alors une sonde dans le cerveau mais la manoeuvre échoue quand Sloan tente de se suicider. Bien décidés à arriver à leurs fins, O'Brien et Bashir décident de se connecter au cerveau de Sloan...

Toujours sur Cardassia, Kira, Garak et Damar se sortent de justesse d'une embuscade préparée par le Dominion. Malheureusement, toutes les autres bases rebelles ont été détruites. La rumeur de la mort de Damar transforme ce dernier en véritable héros de la résistance. Profitant de cette aura, il attaque un entrepôt ennemi et parvient à rallier de nouveaux Cardassians à sa cause...

L'heure de l'assaut final a sonné. A bord de DS9, Julian Bashir et Ezri Dax rejoignent le Defiant, rejoints par O'Brien. Sisko lance la Fédération dans une attaque contre le Dominion. Kira, Damar et Garak détruisent une réserve énergétique de Cardasia et retournent la population contre le Dominion. Mais ils ne tardent pas à tomber entre les mains des forces de Jem'Hadar...