Une équipe de recherche forcée d'évacuer une base secrète se retrouve à bord d'un gigantesque navire "Ancien", âgé de plusieurs millions d'années. Les équipements de survie sont défaillant et il n'y a aucun moyen de regagner la Terre.

Quand l'équipe de recherche est forcée d'évacuer leur base secrète, ils se retrouvent sur un vaisseau de plusieurs millions d'années qui ne peut pas leur permettre de rentrer chez eux.

Comme la distribution d'air est en défaut, une équipe est mise en place afin de rechercher, sur une planète désertique, un minéral nécessaire aux épurateurs d'air du vaisseau. Durant ce temps, alors que la vie à bord devient maussade, et avec l'aide des pierres de communication, le Colonel Young fait son rapport auprès d'O’Neill, et Chloe a une dernière chance de dire au revoir à sa mère.

Lorsque les réserves d'énergie du Destinée baissent à un niveau critique, l'équipage reçoit l'ordre de n'utiliser l'énergie que pour les besoins essentiels seulement, mais le rationnement n'est pas suffisant pour empêcher Rush d'annoncer que tous à bord vont mourir dans quelques jours.

Alors que le Destinée plonge vers le soleil, Young organise une loterie pour déterminer les Dix-sept survivants à prendre la dernière navette qui reste et se réfugier.

Le Destinée manque d'eau. Alors Scott et Young sont obligés d'explorer une planète glacée pour renflouer le précieux liquide. Pendant ce temps, des créatures mystérieuses attaquent l'équipage.

Un terminal de communication créé par les Anciens permet à quelques membres de l'équipage de transférer leur conscience sur Terre.

En mission sur une nouvelle planète, une équipe découvre une Kino contenant des images d'eux vivant de évènements dramatiques qui n'ont pas encore eu lieu.

A bord du Destinée, le Dr. Rush continue d'organiser l'exploration du vaisseau à la recherche de nouvelles ressources.Il découvre un siège Ancien, mais les risques qu'il y a à l'utiliser pousse le Colonel Young à refuser qu'on s'y assoie.Pendant ce temps, le lieutenant Scott et Camille Wray retournent sur Terre grâce aux pierres et contactent leurs proches...

Lorsque le colonel Young devient le principal suspect d'un crime le reste de l'équipe s'organise pour juger de sa culpabilité pendant que le Dr. Rush mène l'enquête. Mais il apparaît qu'une planète recèle un secret qui pourrait bien représenter une menace pour le Destinée.

Le Colonel Young se retrouve accidentellement sur un vaisseau Alien tandis qu'il manipulait un appareil Ancien, quelques secondes après cet évènement il est de retour sur le Destinée sans savoir ce qu'il lui est arrivé. Pendant ce temps, Rush est capturé par des Aliens qui le mettent dans un caisson.

Camille et Rush décident de prendre le contrôle du vaisseau alors qu’une menace extérieure apparaît.

Le Destinée découvre une planète en orbite autour d’une étoile inconnue. Une partie du vaisseau s’y installe pour 4 semaines.

Rush se soumet lui même à une expérience grâce à l'ordinateur du vaisseau qui lui fait revivre des flash back de son recrutement dans le programme Stargate. Il est alors forcé de revivre des évènements personnels et tragiques de son passé auxquels il n'avait jamais réellement fait face.

Ronald Greer se retrouve piégé sur une planète et laissé pour mort par le reste de l'équipage qui n'arrive vraisemblablement pas à le sauver avant que le Destinée ne retourne en FTL. Il tente alors tout ce qu'il peut pour rester en vie et se remémore son passé tragique avec son père abusif et sa mère trop protectrice.

L'équipe fait appel à un brillant scientifique sur Terre pour aider à résoudre une crise à bord du vaisseau. Ce scientifique, tétraplégique, prend alors possession du corps de Camille Wray.

Alors que l’équipage souffre de vives hallucinations, en rapport avec leurs craintes personnelles, Tamara Johansen les isole des autres et tente de trouver l’origine du mal avant que celui-ci ne finisse par menacer la survie de l'équipage.

Le Dr Rush est en proie à un rêve étrange dans lequel il est retourné sur Terre et dévoile des informations sensibles lors d’une réunion de l’Alliance Luxienne, or dans son rêve, il est le Colonel Telford. Il se confie alors au Colonel Young et lui demande s’il est possible que deux jours plus tôt, la mémoire de Telford ait pu se chevaucher avec la sienne. Soupçonnant Telford d’être un espion de l’alliance, Rush parvient à convaincre Young de le laisser à nouveau échanger sa place avec Telford, et retourne sur Terre à l’aide des pierres de communication afin d’en savoir plus. Young, de son côté, à une idée, mais il a besoin, pour cela de l’aide du général Jack O’Neil et du Dr Daniel Jackson.

Avec les informations du Destinée, O'Neill envoie Carter, avec le vaisseau Hammond, arrêter les membres de l'Alliance Luxienne. Grâce à une porte des étoiles de la Voie Lactée, quelques membres de l'Alliance Luxienne réussissent à s'infiltrer sur le vaisseau, et tuent quelques membres de l'équipage.

L'équipage du Destinée découvre qu'il y a un passager clandestin à bord et se dit qu'il y a peut-être un espoir de retourner sur Terre. Chloé et Eli sont dans une situation dramatique et le reste de l'équipage va vivre des heures sombres sur le vaisseau.

Le colonel Young et la majeure partie des militaires sont tenus en joue par les membres de l'Alliance luxienne et sont obligés de traverser la porte des étoiles vers une planète rocailleuse et inhospitalière. Au moment où une tempête électrique mortelle commence à sévir, les ravisseurs et les otages doivent s'aider pour survivre. Pendant ce temps, Rush, Brody et Chloe s'enferment dans le laboratoire hydroponique et réussissent à récupérer une partie du contrôle de l'alimentation du vaisseau. De plus, tandis que T.J se trouve étendue dans l'infirmerie entre la vie et la mort, son subconscient visite un lieu familier d'où elle reçoit des nouvelles surprenantes.

Lors d'une exploration sur une planète, la navette du lieutenant Scott et son équipe s'écrasent et se retrouvent coincées par la faute du docteur Rush. C'est alors que l'un des membres de l'équipage se retrouve bloqué sous les débris... Le docteur Rush prend conscience de ses erreurs, et commence à avoir des hallucinations dans la salle qu'il a découverte secrètement. Le Colonel Young a quelques soupçons à cause de l'attitude de Rush.

Les radars détectent un objet non-identifié vers lequel fonce le Destinée. A l'approche dudit objet, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accostés, Young envoie une équipe en repérage. Sur place, les découvertes sont nombreuses. Parallèlement, Eli constate que le vaisseau éclaireur contient encore assez d'énergie pour activer la Porte des étoiles vers la Terre...

Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime il découvre qu'elle écrit en ancien. Elle aurait subi une manipulation génétique par les aliens qui la transformerait petit à petit en l'une des leurs. Rush profite de la situation pour lui faire déchiffrer des équations. De son côté, Eli utilise les pierres de communication pour rendre visite à sa mère, mourante...

Au cours de l'exploration d'une planète, Scott se fait infecter par une créature mi-animale, mi-végétale. Tamara doit le soigner sur place pour ne pas qu'il contamine le reste de l'équipage, car la lésion se propage très vite. Inconscient, Scott rêve d'une vie idéale sur Terre où il épouse Chloe...

Le colonel Young, abattu par son divorce, fait chaque nuit le même rêve aboutissant toujours à la destruction totale du Destinée. Ce n'est que lorsqu'il se reprend en main que le vaisseau reprend sa route. De son côté, Eli fait équipe avec Ginn, membre de l'alliance luxienne, pour faire avancer ses recherches qui stagnent...

L'équipage du Destiné découvre un vaisseau alien abandonné et très endommagé. Le Docteur Rush et le Colonel Young partent en expédition à la recherche d'informations et d'éventuelles technologies utiles. Rush arrive à démarrer les systèmes principaux à bord mais l'allumage des moteurs fait dériver le vaisseau bien loin du 'Destiné'. Rush garde secret qu'il a les connaissances et le contrôle presque total du 'Destiné' et suggère qu'à l'aide des pierres de communication, le Docteur Perry se rende sur le vaisseau pour relancer les moteurs et les sortir de ce mauvais pas. Mais quand Eli découvre leur plan, il révèle le secret de Rush au Colonel Young.

Croyant tuer Ginn, Simeon abat Amanda. Pour se sauver, il force Volker à composer une adresse et s'enfuit sur une planète par la Porte des étoiles. Immédiatement, une équipe se lance à ses trousses. Rush, qui souhaite venger la mort d'Amanda, veut le tuer, alors que Scott et Greer espèrent le capturer vivant car il détient des informations sur la future attaque terrienne de l'alliance luxienne...

L'équipage est surpris quand il reçoit un message de la navette avec, à son bord, toutes les personnes laissées il y a un an sur la planète Eden. Ne sachant pas s'il s'agit bien d'eux ou d'une intervention alienne, Young les fait prisonniers. Chacun essaye de se rappeler son séjour sur la planète idyllique, mais à chaque fois qu'un souvenir revient, la personne meurt. Dans sa cellule, Chloe est de plus en plus contaminée. Elle commence à faire ses adieux...

Le Destinée repère une signature énergétique éloignée, sans doute synonyme de vie. Le vaisseau se retrouve au milieu d'une multitude de débris de navettes. Scott, Greer et Brody partent en exploration. Alors que tous les débris semblaient inactifs, tous se réveillent et, contrôlés par un vaisseau-mère, attaquent l'équipage. En pleine bataille, un vaisseau surgit : il s'agit du vaisseau éclaireur abandonné il y a quelques temps avec le colonel Telford à son bord, accompagné des Ursinis, les aliens qui l'habitaient...

Chloe s'est échappée et a envoyé un message aux aliens qui l'avaient capturée et qui la cherchent depuis. Elle affirme que c'est pour faire diversion auprès des drones afin que le Destinée puisse attaquer le vaisseau-mère. Mais d'autres drones font leur apparition, cette fois-ci commandés par une machine. Alors qu'une équipe part capturer un drone inactif pour l'étudier, les aliens s'emparent de Chloe afin de récupérer toutes les données qu'elle a accumulées...

A bord du Destinée, l'heure est au bilan des dégâts. De leur côté, Eli a trouvé comment créer un vortex dans une étoile afin de retourner sur Terre. Rush est totalement opposé à cette idée et pense qu'il faut continuer la mission du Destinée. Eli utilise les pierres de communication pour faire analyser ses équations sur Terre. Soudain, le poste de contrôle reçoit un appel d'urgence : une navette approche avec Rush à son bord...

Wray et Greer vont sur Terre et échangent leurs corps avec la sénatrice Michaels et le docteur Covel, venus visiter le Destinée. Alors qu'ils sont au loin, l'Alliance luxienne attaque le SGC. Pris au piège à l'intérieur du bâtiment, Wray et Greer sont les seuls à pouvoir désamorcer la bombe avant qu'elle ne détruise tout, mais du naquadria commence à se répandre. A bord du Destinée, Rush essaye de les faire revenir grâce aux pierres de communication...

Le Destinée n'arrive plus à établir de connexion avec la Terre, et personne ne sait si la bombe a pu être désamorcée à temps. Chacun se relaie auprès des pierres de communication. Lors du tour de garde de Chloe, la liaison se rétablit soudain. Parallèlement, Tamara découvre que Volker est gravement malade et qu'il a besoin d'une greffe de reins dans les plus brefs délais...

A Washington, le docteur McKay propose une solution pour ravitailler le Destinée : le SGC doit collaborer avec la planète Langara. A bord du vaisseau, Rush s'est plongé dans un coma profond afin de rejoindre Amanda, dont la conscience est prisonnière du Destinée, et passe un moment avec elle dans une réalité virtuelle. Lorsqu'Eli constate que Rush est bloqué dans ce monde parallèle, il cherche une solution pour l'en libérer au plus vite...

Alors qu'une équipe explore une planète, elle est attaquée par une bête surpuissante qui capture Reynolds. Immédiatement, les secours partent à sa recherche. Varro, toujours prisonnier à cause de son passé luxien, propose de diriger les recherches avec ses hommes. A bord du Destinée, Rush, Eli et Brody découvrent une salle de stase. Malgré les avertissements de Rush, Eli et Brody décident de retourner analyser cette salle en cachette. C'est alors que Rush leur joue un tour...

Alors qu'ils s'arrêtent sur une planète pour se ravitailler, Scott, Eli, Camille et Greer découvrent qu'elle est habitée par leurs descendants. Cette civilisation a été créée il y a 2000 ans par leurs doubles, perdus dans le vortex lors de la tentative de retour sur Terre de l'équipage du Destinée. Avant, tous vivaient sur Novus, une planète qu'ils ont dû abandonner. Ils souhaitent maintenant que le Destinée les ramène sur leur planète, car des millions de personnes y habiteraient encore...

De retour sur leur planète, les descendants du Destinée découvrent que celle-ci a été abandonnée et est sur le point d’être détruite par une réaction sismique en chaîne...

À force de se faire attaquer par les drones à chaque plein d'énergie près d'une étoile, le Destinée décide de changer de variété d'étoile et ainsi surprendre les drones. Le vaisseau se dirige donc vers une supergéante bleue. Mais cette option se révèle très dangereuse. Tout l'équipage est évacué sur une planète, sauf Rush, Eli et Park. Eli réussit la manoeuvre, non sans quelques dégâts...

Le Destinée est dans l'impasse : les drones sont postés à chaque porte et devant chaque étoile. Refusant l'aide de la Terre, l'équipage arrive à contrôler les drones et les contraint à s'autodétruire. Dans une dernière tentative pour regagner la Terre, Eli propose un saut en vitesse-lumière d'une durée de trois ans, afin d'atteindre l'autre côté de la galaxie. Comme il est impossible de faire des réserves pour un voyage aussi long, chaque membre de l'équipage est mis en stase. Tous, sauf un...