Dans les derniers moments d’une bataille épique avec le maléfique Professeur Blakk, le légendaire protecteur de Slugterra, Will Shane, réussit à envoyer un message final à son fils resté à la surface. Eli, nommé comme le successeur de son père, descend dans les entrailles de Slugterra afin de rétablir la paix, mais il réalise très vite qu’il ne sera pas capable de le faire seul. Avec l’aide de ses nouveaux amis Pronto, Trixie et Kord, Eli se fait lentement une réputation dans les prestigieux tournois de lancer de Slugs , mais il montre sa véritable force lorsqu’il est confronté à l’ancien ennemi de son père : le Professeur Blakk.

Dans les derniers moments d’une bataille épique avec le maléfique Professeur Blakk, le légendaire protecteur de Slugterra, Will Shane, réussit à envoyer un message final à son fils resté à la surface. Eli, nommé comme le successeur de son père, descend dans les entrailles de Slugterra afin de rétablir la paix, mais il réalise très vite qu’il ne sera pas capable de le faire seul. Avec l’aide de ses nouveaux amis Pronto, Trixie et Kord, Eli se fait lentement une réputation dans les prestigieux tournois de lancer de Slugs , mais il montre sa véritable force lorsqu’il est confronté à l’ancien ennemi de son père : le Professeur Blakk.

Leur tanière ayant été ravagée par les sbires de Blakk, Eli et sa bande doivent racheter tout leur matériel mais ils doivent payer en slugs. Eli, accepte contre son gré mais, pris de remord, il part sauver Electra, la slug qu’il a troquée, et défie Blakk en combat singulier.

Eli se rend avec ses amis dans la ville de Prairie Calme pour y faire réparer son blaster. La ville est sous le joug des sbires de Blakk qui font régner la terreur. Grâce au super blaster que lui donne Croc Rouge, l’armurier, Eli bat Billy, le chef des méchants, en combat singulier. Une slug en apparence sans aucun pouvoir se révèle être un Guérisseur.

Pronto inscrit toute la bande pour un week-end au Club des slugs, un camp de vacances pour chevaliers et d’entraînement pour les slugs qui doivent y acquérir une puissance immense grâce à une technique spéciale pendant que leurs maîtres se reposent. Eli, loin d’être convaincu, va prouver qu’il s’agit d’une supercherie dont les slugs sont les premières victimes.

Eli persuade la bande de participer à la Course des slugs , une compétition extrêmement périlleuse. Son plus grand rival semble être le tenant du titre, Vance Volt, un aventurier intrépide, à la solde de Blakk mais le véritable danger vient d’un autre espion de Blakk et Pronto sauvera tout le monde en se vengeant de son ennemi de toujours.

Alors que Eli et son équipe soupçonnent que la mécanique de leur Meca-bête a été modifiée, ils ne tardent pas à comprendre que c’est le Professeur Blakk qui tire les ficelles de ce désastre

Quand Eli et son équipe découvrent que le Professeur Blakk a transformé l’Eau Sombre de la Caverne des Terres Brûlées…ils comprennent que les mineurs qui ont vécu ici se sont métamorphosés en fantômes dressés à obéir à Blakk. Eli, avec l’aide de Pronto, de Kord et de Trixie , essayent de mettre au point un plan pour libérer les mineurs de l’emprise du Professeur Blakk.

Eli et sa bande doivent apporter les slugs Fandango à la Caverne de l’œil du Taureau avant que toute vie n’y disparaisse. Poursuivis par les jumeaux Locke et Lode, experts en démolition au service de Blakk, ils sont contraints de s’aventurer sur le territoire des Ombres.

Eli veut faire évader de prison son ami Pronto, victime d’un juge malfaisant. Pour mener son plan d’évasion à bien, il va demander l’aide de Mario Bravado, le plus grand tireur d’élite de Slugterra.

Eli, Trixie, Pronto et Kord se préparent à rencontrer la Slug Enigma, qui est considérée comme la dernière Slug de son espèce. Malheureusement, ils se retrouvent en compétition avec des chasseurs de Slugs qui souhaitent la capturer pour la revendre à un très bon prix.

En voulant échapper aux gardes de Blakk, Eli et sa bande se trouvent emportés sur le Flume, un vaste fleuve souterrain sous le contrôle de Drake, un terrible pirate.

Eli, Pronto, Kord et Trixie se rendent au centre commercial local, afin de profiter d’un peu de repos et de relaxation. A leur grande surprise et horreur, ils trouvent le centre commercial rempli de zombies, rendus esclaves par un mystérieux M. Samedi. Avec l’aide d’un très zélé policier de centre commercial nommé Millard, le gang Shane va devoir trouver une façon de vaincre Samedi et de rendre le centre commercial à son état normal.

Eli et sa bande, poursuivis par les gardes de Blakk, sont sauvés in extremis par Twist, un Lanceur de Slug solitaire et inconnu. Eli l’invite à rejoindre la bande et à participer à une opération contre Blakk malgré les soupçons de Kord.

Eli et sa bande volent un train pour s’emparer de l’Eau Sombre de Blakk et l’empêcher de transformer les Slugs en Goules. Mais la suite de l’opération ne se déroule pas comme prévue car Twist, le nouveau venu dans la bande, est un traître à la solde de Blakk .

Eli et ses amis vont au cinéma dans une caverne sous un glacier mais Billy et son gang des Houlas viennent perturber la séance. Billy qui se prend pour une star, veut prouver qu’il est plus fort qu’Eli et le défie en duel en obligeant Trixie à tout filmer. A force de tirer à tort et à travers, Billy réveille les monstrueux ogres des glaces en hibernation dans la caverne.

En pleine nuit, Eli surprend une cambrioleuse qui avoue être venue chercher sa part d’un mystérieux trésor inconnu de lui. Après l’avoir mise en fuite, la bande fouille la maison et trouve un coffre recouvert d’un métal que seule une Slug Forgeron peut faire fondre. Ils décident d’aller affronter les monstres de lave dans les Cavernes de Magma où vivent les Slugs Forgerons et Eli fait la rencontre du chef du Clan des Ombres.

Gar Revelle, un aventurier, monte une expédition à la découverte du « Monde Brûlant ». Eli, comprenant qu’il s’agit de la surface de la Terre s’engage aux côtés de Revelle pour en savoir plus sur ses connaissances et protéger Slugterra. Mais il devra partager son terrible secret avec ses amis.

Après une bataille contre Locke et Lode, Eli se retrouve séparé de ses slugs qui entreprennent de rentrer à la tanière. Malheureusement il doit affronter Munch, un horrible cyclope pour libérer une caverne, sans l’aide de ses meilleures slugs qui vont vivre une drôle d’aventure avant de le retrouver.

Quentin, un savant traumatisé par les slugs dans son enfance a inventé des slugs robots pour asservir ses collègues chercheurs et diriger l’Institut de Technologie de Slugterra. Appelés à la rescousse par Katherine, une scientifique, Eli et ses amis auront bien du mal à maîtriser ce slugophobe et son robot géant.

Shanai, l’Invincible Grand Maître Lanceur de slugs, invite Eli à participer au concours où le meilleur lanceur sera choisi pour devenir son disciple. Eli devra affronter Twist qui cherche également à connaître tous les secrets du Maître, dont le tir fusion de slugs. Mais Blakk fait irruption dans la compétition pour battre l’Invincible Grand Maître.

Eli et ses amis sont forcés de faire alliance avec Drake, le pirate dont ils ont naguère détruit le navire. Le but d’Eli est de détruire le puit de forage sous-marin d’Eaux Sombres de Blakk mais il ne connaît rien au monde des profondeurs. Quant à Drake, il veut se venger de son frère, Brutale, qui lui a enlevé tout son équipage et redevenir le maître de la Mer des Cavernes.

Eli et ses amis traquent une vieille connaissance, Dana Por, voleuse insaisissable qui pénètre partout y compris chez Blakk dont elle vole le blaster. Furieux, ce dernier engage un redoutable chasseur de primes se faisant appeler « Le Gentlemen » pour lui rapporter son arme et sa voleuse. En grand danger, Dana doit faire cause commune avec Eli, tant pour sauver sa vie que pour empêcher Blakk de faire main basse sur l’arme secrète qu’elle détient.

Pour s’emparer du minerai de la caverne Lumino, Blakk a fait répandre un nuage de gaz neurotoxiques dans la caverne. Après avoir bouché l’entrée de la caverne, Eli et ses amis partent à la recherche de Blite, un vieil ennemi de Will Shane, seul capable de maîtriser les gaz mortels. Pour cela, ils doivent trouver le moyen d’entrer et de ressortir de la Caverne du Temps, un labyrinthe où Blite a été enfermé par le père d’Eli.

Eli et ses amis s’aventurent dans la plus grande casse de Slugterra, la Montagne de Ferraille, à la recherche du Cristal Vitalis, indispensable pour fabriquer le prototype de blaster que Kord a imaginé, seul capable de réaliser le tir-fusion et de rivaliser avec le gattler de Blakk. Ils sont attaqués par la bande qui contrôle la zone profonde de stockage dont le chef Ember, défie Eli en combat singulier. Eli finira par l’emporter et trouver le cristal mais lui et ses amis auront le plus grand mal à s’extirper de cet immense dépotoir.

Poursuivis par Blakk et ses sbires, Eli et ses amis sont acculés au bord du Gouffre Abyssal et plongent dans l’abîme. Au fond, ils découvrent un portail gardé par un membre du clan des Ombres et des Slugs Gardiens. Ce portail est l’entrée des Cavernes Profondes peuplées par les Darkbane, des créatures maléfiques qui rêvent de briser le portail et d’envahir Slugterra. Eli et sa bande vont combattre les Darkbane dans un monde où les règles ordinaires n’ont plus cours et ils devront faire un terrible choix pour s’en sortir.

A bord du Blakk Steel, son nouveau train indestructible, Blakk détruit la Méca-Forge et se dirige vers la Caverne Lumino pour lui faire subir le même sort. Eli est enlevé par le Clan des Ombres et comprend qu’il doit percevoir l’aura des ses slugs pour réaliser le Tir Fusion. Pendant ce temps les amis d’Eli font tout ce qu’ils peuvent pour arrêter Blakk.

Eli et sa bande sont invités aux phases finales de la coupe de slugball par leur ami Grendel, capitaine des Rollers de Choc, l’équipe de la Mécaforge. Grendel est blessé en demi-finale, Kord le remplace pour finir le match et l’emporter contre l’équipe des Mineurs des Terres Brûlées. Tous les Rollers étant KO pour la finale, c’est toute la bande d’Eli qui va prendre leur place contre les Brutes de Blade City, une formation rachetée par Blakk mais le match est dangereusement truqué.

Locke et Lode, à la tête des mercenaires de Blakk, prennent possession d’une caverne sur la route des Terres Lointaines, aux confins de Slugterra. Le roi local, qui se fait appeler « le roi des lanceurs », est un fanfaron incapable de résister aux envahisseurs mais fier et courageux et il refuse qu’Eli le défende. Les Shane doivent inventer un stratagème pour sauver la caverne en aidant le roi sans qu’il perde la face devant son peuple.

Suite à une erreur tactique, Eli, Trixie et Kord sont capturés et retenus dans la prison de haute sécurité, Stalagmite Dix-sept, par Monsieur Samedi qui a transformé les gardiens en zombies. Blakk, enchanté par cette nouvelle, décide de venir personnellement prendre livraison des trois prisonniers. Pronto et la slug Burpy, qui ont échappé aux zombies, entreprennent de délivrer leurs amis mais Pronto accumule les gaffes en refusant d’écouter la slug.

Eli et ses amis, en pleine bataille avec El Diablos Nachos, se retrouvent au Mont des Taupoïdes. Il s’avère que Pronto est le roi des Taupoïdes et qu’il doit assurer sa charge mais son pouvoir est contesté par Sédo, son ennemi juré. La bande, privée de son pisteur, doit empêcher Diablos Nachos de s’emparer de la Carta Mundi, une carte taupoïde qui recense tout ce qui existe sur Slugterra et qui donnerait à Blakk une connaissance parfaite de la géographie de Slugterra et des passages secrets qui mènent aux Cavernes Profondes et à la Trappe.

Eli et ses amis reçoivent un appel de détresse d’une mystérieuse inconnue retenue captive dans la Caverne du Bout du Monde, les suppliant de venir la libérer. Ils se retrouvent pris au piège d’un génie fou de l’informatique qui se fait appeler le Grand Maître du Jeu. Il les contraint à jouer la plus dangereuse partie de toute leur carrière dont l’enjeu est leur vie même.

Burpy tombe malade lors d’un affrontement entre les Shane et les mercenaires de Blakk. Eli et ses amis vont demander de l’aide au Clan des Ombres. La seule façon de sauver Burpy est de trouver le puits de lumière où elle pourra se régénérer. Seul Eli peut accomplir cette périlleuse mission mais Blakk l’a suivi car il veut détruire le puits de lumière pour instaurer l’âge des ténèbres sur Slugterra.

Eli et ses amis sont appelés à la rescousse dans un lointain village pour libérer la population d’un terrible monstre qui s’attaque à leurs slugs chaque nuit et les vide de toute leur énergie. Ils se retrouvent en concurrence avec d’autres lanceurs appâtés par la récompense promise pour la capture du monstre. Mais ce n’est qu’en unissant leurs forces qu’ils viendront à bout de la terrible créature.

Eli et ses amis sont appelés dans une lointaine caverne où ils découvrent Blakk dans un piteux état et sous les barreaux. Ils décident de transférer Blakk à Stalagmite Dix-sept, la prison de haute sécurité. En route, ils affrontent les mercenaires de Blakk dirigés par Quentin, sa nouvelle recrue, aux commandes d’une monstrueuse machine de guerre. Heureusement, Kord a apporté des améliorations techniques révolutionnaires à leurs méca-bêtes.

Blakk qui est enfermé dans la prison de haute sécurité Stalagmite Dix-sept se confie à Eli et lui raconte sa vie. Pendant ce temps, la prison subit les assauts des mercenaires de Blakk qui veulent le délivrer, mais la bande d’Eli parvient à les repousser avec l’aide des agents de sécurité publique. Mais Blakk a d’autres alliés, beaucoup plus puissants, qui finissent par investir la prison et l’emporter.

Eli et ses amis vont délivrer une île que l’armée de Blakk a envahie. Ses mercenaires ont installé un centre de la transformation de slugs en goules dans une forteresse très bien gardée au centre de l’île et sont commandés par un Darkbane venu des Cavernes Profondes. Un enfant dans un village de résistants donne sa goule à Eli qui la nomme Rookie. N’ayant jamais été lancée, elle ne sait pas faire grand-chose, mais elle finit par découvrir son pouvoir et comment l’utiliser. Quand Burpy est faite prisonnière, c’est grâce à Rookie qu’elle sera libérée avec les autres slugs retenues dans la forteresse.

Eli et ses amis ne peuvent plus lutter contre Blakk et les Darkbane maintenant dotés de blasters surpuissants qui lancent des goules mégamorphes. Ils découvrent que ces armes ont été fabriquées par Croc Rouge que Blakk a fait prisonnier. En route pour aller le délivrer, ils sont attaqués par les Darkbane qui capturent Eli et l’emmènent à la forteresse de Blakk. Mais les monstres ignorent qu’Eli s’est laissé attraper intentionnellement et que Burpy l’accompagne.

Avec l’énergie négative des goules, Blakk, dans sa forteresse et Brimstone, dans les Cavernes Profondes, creusent un tunnel-portail pour que les Darkbane déferlent sur Slugterra. Eli confie une mission secrète à Pronto et se rue à la forteresse avec Trixie et Kord pour empêcher Blakk, qui s’imagine pouvoir commander les Darkbane, de parvenir à ses fins. Mais ils arrivent trop tard et doivent livrer un combat inégal contre les monstres. C’est grâce à l’arrivée du Clan des Ombres accompagné de Doc, la slug guérisseuse, que la catastrophe est évitée de justesse.

Maintenant que Slugterra est débarrassée de Blakk, tous les méchants de moindre importance réapparaissent au grand jour comme le Chef Ember qui s’empare du centre commercial. Mais le véritable danger se situe à l’Est où un sorcier, capable de posséder l’esprit des lanceurs et de fabriquer des goules, menace d’envahir les Quatre-vingt-dix-neuf Cavernes.

Junjie, le lanceur des cavernes de l’Est fait maintenant partie de la bande d’Éli. Les slugs commencent à se transformer en goules. Éli, guidé par le chef du Clan des Ombres découvre un hologramme de son père. Celui-ci lui explique que les Slugs Élémentaires représentant le feu, l’eau, la terre, l’air et l’énergie et dont dépend l’équilibre de Slugterra, sont en passe d’être perverties par le sorcier Goune qui s’est emparé de l’esprit d’un nouveau lanceur. La mission d’Éli et sa bande est de réunir les cinq Slugs Élémentaires pour sauver Slugterra.

Junjie emmène Eli pour lui enseigner le Slug Fu, une technique de contrôle des slugs par la pensée mais Eli n’arrive pas à maîtriser cette discipline. Pendant ce temps les autres membres de la bande doivent veiller sur les slugs élémentaires et régler un problème du côté des cavernes lointaines mais les élémentaires s’échappent et finissent par tomber entre les pattes d’une monstrueuse araignée qui compte s’en servir pour décimer les êtres humains et instaurer un royaume arachnoïde sur Slugterra.