Pour valider ses acquis en éducation physique sportive, Kuzco doit gagner une course organisée par son école, la Kuzco Académie. Afin de battre le champion et teneur du titre, Kronk, ses amis villageois Pacha et sa famille lui font faire des exercices de mise en forme. A l'issue de l'entrainement Kuzco se sent prêt à remporter la course, mais se fait par la suite changer en lapin par une des potions d'Yzma (dont celle-ci est la proviseur Amzy de l'école). Si Kuzco ne remporte pas la course, ce sera l'échec scolaire et la voie pour accéder au titre d'empereur sera perdue d'avance, laissant l'opportunité à Yzma de devenir impératrice. Kuzco découragé va découvrir que malgré sa nouvelle apparence, a plus de capacités qu'il ne l'imaginait...

Kuzco pense que parler l'écureuil comme deuxième langue vivante est inutile. Le professeur Moleguaco lui attribue comme compagnon Bucky l'écureuil. Celui-ci permettra à Kuzco d'apprendre cette langue en communiquant avec lui...

Kuzco a le mal du pays. Sa vie au palais lui manque et il ne peut plus supporter celle qu'il mène au village de Pacha. Il fait donc croire qu'il est malade pour retrouver tous ses avantages d'empereur...

Kuzco est perturbé par la présence d'un bouton qui défigure le visage de Malina. Afin de s'en débarrasser, Yzma (sous l'apparence de Kronk) lui refile une fiole pour remplacer le bouton par un bec de toucan, ce qui aggrave la situation...

Kuzco ne supporte pas les grenouilles les jugeant comme des créatures dégoûtantes. Un jour il se transforme en grenouille par Yzma et Kronk et découvre qu'être une grenouille n'est pas si terrible que ça. Il se donne même le surnom de l'homme grenouille au yeux rouges..

Le professeur Moleguaco recalera Kuzco si celui-ci présente une nouvelle fausse excuse pour ne pas avoir fait son devoir. Yzma envoie donc Kronk sous la forme d'un lama pour aller manger le devoir de Kuzco.

Kuzco, Malina et Kronk doivent passer un examen de survie en pleine jungle. Kuzco ne parvient pas à s'adapter à cet environnement et part donc s'installer dans son bunker impérial d'urgence...

Les élèves de l'école montent leurs propres stands de lavage de charette pour récolter 100 pièces pour accomplir leur devoir de "Charité". Malgré ses efforts Kuzco découvre 95 pièces qu'il s'approprie alors qu'elles appartiennent à quelqu'un d'autre...

Kuzco doit créer un projet pour le concours annuel d'invention, et s'en va donc dans le labo d'Yzma pour chercher. Il trouve un grand robot de bois, qu'il active avant que celui-ci ne commette des dégâts...

Les élèves reçoivent leurs bulletins de note du semestre. Malina, qui a d'habitude que des A+ dans toutes les matières, se retrouve avec un A- en sport et se fait donc écarter de pom-pom girls de l'école. Ne pouvant plus retourner pratiquer son activité préférée ou encore essayer d'autres activités qui ne lui conviennent pas, Malina finit par fréquenter la bande de Moxxie et devient une rebelle contre l'autorité. Kuzco et Kronk, craignant de perdre Malina pour toujours se changent en filles pour se joindre à bande de Moxxie dans le but de se rapprocher de Malina...

Kuzco doit garder les enfants de Pacha et Chicha pendant qu'ils vont à un centre de remise en forme pour leur anniversaire de mariage. Kuzco se sentant pas prêt pour garder trois enfants fait appel à Malina...

Pour s'être moqué de Kavo et de son langage ridicule, Kuzco est provoqué en duel par Kavo. Le combat singulier aura lieu au coucher du soleil, et Kuzco après avoir tout essayé pour échapper à la bagarre, finit par se changer en chaton pour affronter la grosse brute épaisse...

Kuzco doit faire une rédaction sur son meilleur ami. L'inconvénient est qu'il n'en a aucun. Alors il s'en invente un qu'il baptise "Bill Bol Lama". Tout allait bien jusqu'à ce que Monsieur Moleguaco demande à Kuzco de lui présenter son meilleur ami imaginaire. Alors que Kuzco cherchait un plan pour faire apparaître son meilleur ami imaginaire, il se fait accidentellement cloné par Kronk, et Kuzco se retrouve avec un double de lui, le faisant passer ainsi pour son meilleur ami "Bill Bol Lama". Ce dernier va finir par éclipser Kuzco en se faisant passer pour lui, comme le souhaitait Yzma....

Kuzco devient le nouveau rédacteur en chef du magazine quotidien de la Kuzco Académie, et ses histoires à dormir debout dans ses nouveaux articles comme aller faire un voyage sur le soleil, agacent en tout point Malina...

Kuzco doit s'occuper d'un chaton pour prouver qu'il est responsable. Cependant après avoir laissé son devoir dans son casier, il le retrouve sous la forme d'une panthère changé par Yzma...

C'est la journée d'hommage à Kuzco, et celui-ci est enthousiaste de vivre cette journée qui lui ait reservé. Ne pouvant supporter cette comédie, Malina décide de trafiquer le cours de Monsieur Moléguaco, en attribuant à Kuzco comme aux autres élèves, une pierre normale pour le désigner comme un simple villageois, et une pierre dorée à Kronk pour le nommer empereur pour un jour. Kuzco est contraint de se conduire comme un modeste villageois, pour réussir ces travaux pratiques et gagner en humilité...

Pour manipuler Kuzco et l'obliger à céder son titre d'empereur, Yzma adresse à Kuzco des biscuits de bonne fortune. A chaque biscuit, Kuzco incrédule, voit que sa prédiction se réalise...

Kuzco cherche par tout les moyens de se procurer de l'argent pour s'acheter un Carto-cycle. Pour ce faire, il doit aller chercher une créature magique, le Chouaca, et celui-ci lui donnera son trésor si Kuzco l'aperçoit...

Une expedition dans les ruines anciennes du Micchu Pachu est organisée par l'école. Kuzco pense qu'il n'est pas un trouillard pour visiter les vestiges, habités par un fantôme de fourmilier squelettique, et que si il déguerpit, il sera recalé...

Yzma soupçonne et accuse Kuzco d'avoir volé un masque sacré . Tout les suspects de la scène de crime, Kronk, Malina, et Yzma donnent chacun leurs propres versions des faits...

Kuzco doit intégrer un club pour obtenir son dîplome, et finit par aller chez les ragondins juniors tenu par Kronk. Kuzco devra remporter un badge pour passer le test, tout en évitant les coups fourrés des deux jumeaux d'Yzma, Zim et Zam...

Le choc des familles, évènement de l'année où chaque famille s'affrontent dans une mulititude d'épreuves sportives, vient de commencer. Kuzco pensant qu'il n'a pas sa place dans l'équipe de Pacha pour gagner, s'en va avec l'équipe de Kronk...

Kuzco fait la connaissance d'un autre empereur qui a intégré l'école, Oscar. Supposant qu'il s'agit d'un nouveau déguisement d'Yzma pour l'empêcher d'obtenir son diplôme, Kuzco tente de neutraliser le nouveau...

Yzma nomme Kronk le nouveau surveillant de la Kuzco Académie, et Kuzco va profiter de cette occasion pour lever les interdits qu'il n'a pas le droit de pratiquer dans son école...

Kronk se fait virer du Labo d'Yzma pour toute ses fautes professionnelles et son incompétence dans l'objectif d'éliminer Kuzco. Ne sachant pas où aller vivre il est recueilli par Pacha et Chicha, ce qui n'enchante pas Kuzco...

Kuzco n'a pas encore validé ses acquis au jardin d'enfant. Il doit donc s'y rendre pour faire un stage et s'entendre avec les autres enfants. Yzma quant à elle, s'introduit dans le jardin d'enfant pour pourrir le stage de Kuzco...

Kuzco, s'amuse à jouer les fauteurs de troubles, et doit affronter une redoutable exterminatrice d'empereur, Miss Ni, qu'Yzma vient d'engager...

Imatcha, l'entremetteur de Kuzco annonce à celui-ci qu'il lui a trouvé une fiancée. Si Kuzco l'épouse, il redeviendra empereur. Seulement Kuzco se rend compte qu'avec sa nouvelle future compagne, la vie d'empereur n'aura rien à voir avec celle qu'il croyait...

Kuzco pense qu'il existe des petits hommes verts de l'espace qui cherche la planète Terre pour venir le voir...

Kuzco souhaiterait que Monsieur Moleguaco prenne du repos, afin que Kuzco puisse avoir moins de devoir. Seulement quand arrive le remplaçant Monsieur Nadaempa, qui est très sévère avec les élèves, Kuzco commence à regretter Monsieur Moleguaco et prie pour qu'il revienne...

Yzma tente de saboter la fête de la Kuzcoween pour la remplacer par la Yzmaween...

Malina reçoit une invitation d'un admirateur secret pour l'emmener au bal costumé. Kuzco et Kronk se mettent à la recherche de cet admirateur...

Après avoir causé quelques désagréments dans son entourage, Kuzco se rend au temple du dieu du ciel pour faire le vœu de n'avoir jamais été empereur. Ce vœu, bien qu'il se soit réalisé correctement, fait que tout le monde a oublié Kuzco et a permis à Yzma de devenir impératrice et de créer son empire Yzmapolis...

Malina participe à un concours de culture de pommes de terre, mais lorsque tout échoue, elle fait la pire chose qui soit : tricher.

Kuzco n'a plus de chambre au palais et n'en peut plus de partager sa chambre avec Chaca et Tipo, alors il les met en vente à l'extérieur. Kronk passe et propose de nettoyer la maison pour eux. Cependant, il s'agit d'un plan d'Yzma qui veut que Kronk trouve le permis d'empereur de Kuzco afin qu'elle puisse le modifier pour en faire son impératrice.

Kuzco se rend à la plage avec Pacha et Chicha, mais il craint que les deux "vieux" ne gâchent son côté cool. Yzma utilise une potion de jouvence pour se transformer en une adolescente séduisante, s'approcher de Kuzco et le frapper avec un marteau. Par erreur, Chicha et Pacha redeviennent des adolescents. Lorsque le couple de 18 ans se révèle plus soigné que Kuzco, tout change.

Un homme que Kuzco a emprisonné à tort sept ans plus tôt cherche à se venger.

À l'école, Ramon, un nouvel Espagnol, attire l'attention de toutes les femmes et, qui plus est, il remplace Kronk comme homme de main d'Yzma.

Kuzco demande à Guaka de réaliser un documentaire sur lui, afin d'obtenir suffisamment de votes pour le prix Mosty "le plus populaire". Lors de la première, cependant, Kuzco laisse échapper le peu d'estime qu'il a pour Guaka... qui lui rend la monnaie de sa pièce en soumettant un montage du film très différent, bien que beaucoup plus précis.

Kuzco prétend pouvoir escalader l'Académie Kuzco afin de faire apparaître Ramon, avec l'intention de le remplacer par un singe.

Kuzco doit apprendre à garder des lamas. Cependant, au même moment, Yzma teste sa potion démoniaque, qui affecte également les lamas de Pacha.

Malina essaie de détruire tous les annuaires à cause de sa mauvaise photo.

Lorsque Kronk passe à la télévision, Kuzco devient jaloux.

Kuzco fait renvoyer l'agent de sécurité du centre commercial, ce qui entraîne le chaos au marché de Kuzco. Star invitée : Kevin McDonald dans le rôle de l'officier Achamare

Pour la semaine du Kuzclub, Kuzco et Malina décident d'aider les Lamantins mais réalisent qu'ils doivent s'occuper de l'un d'entre eux.

Le Kuzcarnival est en ville et Kuzco prévoit un rendez-vous avec Malina, mais Ramon l'a invitée à sortir en premier.

Lorsqu'il y a un mauvais service au Mudka's Meat Hut, Malina s'en mêle. Cependant, lorsque Mudka Jr. arrive, Yatta est renvoyé.

C'est le jour de la farce, et Kuzco (contrairement à Kronk) est sûr d'être la prochaine victime de la bête lunaire.

Kuzco et Kronk se transforment en écureuils, avant d'être pourchassés par les villageois pour ce que Kuzco a fait au Festival de la Noix.

Lorsque Victor, le célèbre lama mascotte, disparaît, Kuzco se déguise en Victor mais doit aider Yzma à se venger de ses anciens camarades de classe.

Tout le monde se lance dans un nouveau jeu de cartes et lorsque Kuzco échange sa meilleure carte avec Kronk, il compte bien la lui reprendre.

Le dernier plan d'Yzma pour régner sur l'empire consiste à transformer Kuzco en puma. Elle prévoit de glisser la potion de puma dans la tasse de viande de Kuzco, car c'est la seule chose qu'il accepte de manger. Mais comme Kronk refuse de modifier la recette, Yzma s'introduit chez Mudka et vole la recette. Lorsque Kronk l'apprend, Kuzco et lui se rendent à la hutte du commandant Mudka pour récupérer la recette secrète. Parallèlement, Kronk et Yatta tentent de convaincre Kuzco de manger plus sainement.

Kuzco ne veut pas être à l'Académie, il décide donc de faire l'école à la maison avec Chicha.

Kuzco et Malina organisent une comédie musicale pour récolter des fonds afin de sauver l'Académie Kuzco et Kuzco veut le rôle principal. Mais lorsque la célèbre idole de la pop, Dirk Brock, arrive, il devient jaloux. Star invitée : Joey Lawrence dans le rôle de Dirk Brock

Kuzco veut sortir de la liste des méchants de Papa Santos. Mais après qu'Yzma ait gelé l'un des rennes de Papa Santos, Kuzco se transforme en lama et guide le traîneau, sauvant ainsi Noël.

Le dernier plan d'Yzma pour se débarrasser de Kuzco est un peu plus simpliste que d'habitude. Elle décide de le mettre dans une boîte et de l'expédier. Lorsque Kronk tend un piège à Kuzco, il finit également par capturer Malina et les expédie sur une île déserte. Tandis qu'Yzma décide de commencer la rénovation de son palais, Kronk se rend sur l'île pour sauver Malina, et peut-être Kuzco. Afin d'empêcher Kronk de sauver Kuzco, Yzma se rend sur l'île. Pendant ce temps, Malina devient une idole pour les singes, qui font tout ce qu'elle veut. Kuzco obtient alors qu'ils fassent de lui leur roi, mais tous deux finissent par être sacrifiés à leur véritable idole, un singe géant.

Kuzco invite Malina, Kronk, Yatta et Guaca à jouer et ils découvrent que Guaka a "peur" de dessiner. Son père veut qu'il devienne un artiste et l'a donc inscrit au concours d'art qui aura lieu le lendemain. Kuzco n'aime pas voir Guaka si déprimé (il n'arrête pas de renverser ses verres), alors il se faufile dans le laboratoire d'Yzma pour trouver une potion de peinture. Quand il s'avère qu'Yzma a utilisé la dernière, Kuzco doit en fabriquer une autre. Lorsqu'il va la tester à la foire d'art, son dessin de ptérodactyle prend vie et enlève le père de Guaka. C'est maintenant à Guaka de sauver son père.

Kuzco en a assez que Kronk attire toute l'attention. Il décide donc de rejoindre l'équipe d'Inca-ball (un jeu de basket-ball) mais découvre qu'il n'est pas bon.

Après avoir appris qu'il vient d'un endroit appelé Kronkenitza et avoir été taquiné par Kuzco, Kronk déménage dans un endroit où tout le monde lui ressemble.

Malina invite tout le monde au Bloom Ball pour son anniversaire, et Kuzco gâche tout. Il se transforme en mouche et après s'être retourné, il utilise le cadeau de Kronk, une montre temporelle, pour tout réparer.

Le talentueux Kuzco vole le poncho conçu par Guaka afin de gagner des vacances lors d'un défilé de mode inspiré de Project Runway. Pendant ce temps, deux vers à soie se vengent d'Yzma qui les a escroqués après leur avoir fait créer un poncho pour qu'elle puisse participer au défilé.

Malina organise l'élection du vice-président. Kuzco boit une potion pour ressembler à Kronk et ruiner sa réputation.

Après avoir trouvé un "Pajama Pass" dans un rouleau de bande dessinée - valable pour un pique-nique avec Pajama Llama, le super-héros préféré de Kronk - Kuzco demande à Kronk d'être son majordome en échange du Pass. En fait, Kuzco n'a aucune intention de donner à Kronk le laissez-passer... qui a déjà expiré. Puis la culpabilité de Kuzco déclenche des cauchemars qui l'empêchent de dormir, alors il organise un pique-nique avec Pajama Llama -- en échange d'un "travail" dans la boutique de yaourts tenue par le dessinateur de BD qui a créé Pajama Llama.

Kronk dit à Kuzco qu'il devrait se défendre auprès d'Yzma, et Guaka et lui élaborent un plan pour se débarrasser d'elle.

Kuzco a disparu de l'école depuis 10 jours. Guaka et Malina doivent retrouver Kuzco, tout en évitant Kronk et Yzma, et arriver à l'école avant la dernière sonnerie, sinon Yzma sera impératrice et Kuzco sera renvoyé.

Lorsque Yzma confie à Kronk la mission de désintégrer Kuzco, ce dernier consulte son ange et son diable d'épaule. Cependant, ils se disputent à nouveau et Kronk leur demande de s'en aller. Sans eux, Kronk ne peut plus prendre de décisions. Yzma capture alors son ange des épaules dans une cage et rend le démon des épaules à Kronk. Kronk est alors d'accord avec tout ce que dit le démon, ce qui le pousse à essayer de désintégrer Kuzco.

Alors qu'ils sont perdus dans une tempête, Kuzco, Kronk, Malina et Guaka se perdent dans les bois et se retrouvent au Mudka's #13, un restaurant supposé maudit. Ils décident d'y rester jusqu'à ce que la pluie s'arrête, contre la volonté de Kuzco. Cependant, le secret du restaurant est bientôt révélé lorsque Kuzco se promène dans des parties inconnues du bâtiment.

Une vente aux enchères de célibataires est organisée pour récolter des fonds pour une œuvre de charité, et Kuzco, Kronk et Guaca y participeront tous. Lorsque Kuzco insulte Malina, elle enchérit pour Kronk afin de le rendre jaloux. Kuzco convainc alors Yata d'enchérir pour lui afin de rendre Malina jalouse. Les quatre se retrouvent par hasard dans le même restaurant pour leurs rendez-vous, ce qui transforme la fête de la jalousie en une véritable bataille.

Après avoir été touché par le canon à rayons d'Yzma, Kuzco acquiert des superpouvoirs qui lui montent rapidement à la tête. Yzma utilise alors le rayon sur elle-même pour acquérir des pouvoirs similaires afin de détruire Kuzco... qui, pour se protéger, rassemble ses camarades de classe pour former un groupe de type Mighty Morphin Power Rangers appelé les Kuzconian Super-Amigos.

Après une excursion, M. Moleguaco découvre que Guaka est l'empereur légitime. Kuzco et Malina décident de trouver un calice qui fera de Kuzco un nouvel empereur. Pendant ce temps, Kronk et Yzma décident de détruire Guaka comme ils ont essayé de détruire Kuzco dans le film.

Malina est stressée à l'idée d'une interview avec Incan Teen, alors elle essaie de passer le test de stress de Kuzco et Kronk.

Kuzco simule une infection par les termites dans la hutte de Pacha pour obtenir la permission de vivre dans le palais. Malheureusement, la famille de Pacha, puis tout le village, s'installent dans le palais désormais surpeuplé et Kuzco doit s'occuper de tous ses invités. Pendant ce temps, Yzma profite de la présence de Kuzco au palais pour tenter de le détruire et lui tend plusieurs pièges.

Un homme s'impose comme le père de Kuzco.

Yzma prépare une dinde et y met une potion de beauté, de sorte que lorsque Kuzco la mange, les filles (et tout le reste) ne peuvent pas lui résister.

Kuzco et ses camarades de classe sont organisés en paires, puis chargés de créer et de gérer leur propre entreprise. Kuzco accueille Kronk comme partenaire et ils ouvrent leur propre stand de vente de choux aux épinards. Kuzco fait égoïstement faire tout le travail à Kronk tout en empochant l'argent... qu'il utilise pour ouvrir un restaurant gras appelé Casa De Puff, où les choux aux épinards sont fabriqués sur une chaîne de montage équipée d'un four à micro-ondes. Bientôt, Kronk suit sa propre voie et les autres employés de Kuzco - une bande de singes ! -- Kuzco se retrouve seul à gérer le restaurant, ce qui laisse la Casa De Puff vide et endettée.

Après l'échec d'Yzma à l'examen d'embauche du conseiller de l'empereur, elle est remplacée par une femme plus sympathique nommée Obssesia.

Yzma se remplace par un robot pendant son absence, mais Kuzco et Kronk apprennent qu'il s'agit d'une machine de destruction.

Lorsque Kuzco est attaqué par des pumas, Pacha le sauve, et Kuzco pense que c'est grâce à ses incroyables talents d'esquive. Lorsqu'il s'en vante à l'école, Guaka lui organise un combat de lutte contre les pumas.

Le plan d'Yzma visant à effacer Kuzco des archives royales se retourne contre elle lorsque Kronk remplace Kuzco dans les archives après avoir sauvé le gardien des archives royales. Pour annuler ce changement, Kuzco et Yzma font équipe jusqu'à ce que l'ancien futur empereur reconnaisse sa chance et se retourne contre elle.

Malina et Kuzco participent au Kamp Kuzco en tant que tuteurs d'un groupe de Chipmunks juniors. Bientôt, les déclarations de Kuzco sur "l'avantage masculin" amènent les tuteurs à organiser une course entre les filles et les garçons du groupe. En voulant assurer la victoire de ses garçons, Kuzco se perd avec les filles dans la jungle. Malina et Kronk doivent alors les sauver et Yzma profite de l'occasion pour attaquer à nouveau Kuzco.

Yzma donne à Kuzco une potion qui lui permet de posséder immédiatement les défauts des autres personnes dont il se moque.

Kuzco est placé dans le club des surdoués après avoir eu des ennuis, mais il empêche le club d'utiliser l'argent récolté pour la charité afin de s'acheter des choses. Yzma se déguise en mauvaise influence pour que Kuzco soit renvoyé de l'école.

Kuzco s'assoit pour lire les lettres de fans et en trouve une qui lui dit qu'il devrait changer son émission. C'est ce qu'il fait, mais il reçoit une autre lettre. Il s'avère qu'il s'agit d'Yzma qui essaie d'utiliser les nouvelles émissions comme méthode pour détruire Kuzco.

Lorsque Malina refuse de lui prêter attention, Kuzco utilise la nouvelle machine d'Yzma pour séparer toutes les personnalités de la jeune femme. Il commence alors à sortir avec "Smoochy Malina". Cependant, lorsqu'elle devient trop collante, il la laisse tomber. Toutes les Malinas se retournent alors contre lui et Kronk et lui doivent trouver un moyen de les transformer en une seule Malina.

Kuzco obtient des A sur son bulletin scolaire, tandis que Chaca n'a que des D. Yzma utilise ses potions pour tenter de les transformer en F.

Lorsque Yzma jette ses vieilles potions dans la rivière, la plupart des habitants du village se transforment en animaux après avoir bu l'eau du village.

Kuzco devient une rockstar, mais il ne peut pas chanter avec les fans de Kuzco.

Kuzco obtient un chinchilla, mais Chicha ne veut pas d'animaux dans la maison, alors il essaie de le cacher. Pendant ce temps, Malina admet qu'elle aime Kuzco mais elle pense qu'il a une petite amie et Kronk essaie de transformer Kuzco en perroquet bleu.

C'est l'heure de la fête annuelle de Cornivale et Kuzco veut l'éviter. Il fait semblant d'être malade et décide de partir à la plage pour le week-end. Cependant, son chauffeur de taxi l'ennuie constamment et finit par les bloquer dans la forêt et les voler. Cependant, la discussion avec le chauffeur de taxi pourrait bien être ce dont il a besoin pour réaliser ce qui est vraiment important. Pendant ce temps, Yzma se déguise et rejoint la famille de Pacha pour Cornivale afin de transformer Kuzco en épi de maïs pour que Pacha le mange.

Le jour de la remise des diplômes est enfin arrivé ! Mais après avoir vécu comme un paysan pendant si longtemps et appris à apprécier les choses les plus simples de la vie, Kuzco n'est plus sûr de vouloir devenir empereur. Pendant ce temps, Yzma a un dernier plan pour détruire Kuzco et le convainc de boire une potion de poulet éternel pour éviter d'être empereur. Finalement, Kuzco devient empereur mais invite Pacha, Chicha, Chaca, Tipo et Yupi à vivre avec lui dans le palais, ce qu'ils acceptent. Kuzco et Malina deviennent enfin un couple, tandis que Kuzco fait de Kronk l'un de ses conseillers royaux.