Le supercalculateur XANA vient de lancer une nouvelle attaque contre la planète Terre. Cette fois, il a pris le contrôle de l'ours en peluche de la jeune Milly.

Alors qu'Odd tente de monter un groupe de musique, XANA prend le contrôle du réseau électrique qui alimente le collège.

Jérémie a trouvé le moyen de se faire coller pendant les vacances scolaires pour être là au cas où XANA déciderait de lancer une nouvelle attaque.

Sissi se sert du journal intime d'Ulrich, qui contient des détails sur ses activités secrètes, pour l'obliger à s'intéresser à elle.

XANA a créé un virus informatique qu'il a diffusé sur Internet. Toutes les bases de données de la ville sont perturbées.

Quand le proviseur décide d'agrandir le gymnase, XANA ne perd pas de temps pour transformer les bulldozers du chantier en armes.

Yumi disparaît puis réapparaît, inconsciente, dans l'un des scanners de l'usine. Jérémie, Ulrich et Odd décident alors de l'emmener à l'infirmerie.

Un réalisateur de cinéma envisage de tourner son prochain film dans l'usine. Mais que se passera-t-il s'il découvre le laboratoire, le supercalculateur et Lyoko ?

En plein cours de sciences, les téléphones portables de tous les élèves se mettent à sonner. Quand ils décrochent, il n'y a personne au bout du fil.

La nouvelle élève qui arrive au collège est le portrait craché d'Aelita. Imaginez la surprise de nos héros !

Jérémie a un gros problème : il est trop intelligent. Ses professeurs pensent qu'il devrait être transféré dans un lycée réservé aux surdoués.

Après avoir reçu une lettre, Ulrich prend son courage à deux mains et avoue ses sentiments à Yumi, mais il n'obtient pas la réaction qu'il espérait.

Après une autre tentative infructueuse de Jérémie pour donner vie à Aelita, le programme informatique de la jeune fille virtuelle se met à bugger.

L'usine déserte retrouve un nouveau souffle quand XANA en investit chaque rouage.

Yumi va mal, car ses parents, d'habitude si proches, ont décidé de se séparer le temps de faire le point.

Un nouvel élève débarque au collège. Il s'intéresse aussitôt à Sissi, mais Hervé ne l'entend pas de cette oreille.

En utilisant un nouvel appareil du laboratoire du collège, XANA parvient à créer des nanovirus, de minuscules machines capables d'attaquer la mémoire du cerveau humain.

Laissé seul dans sa chambre, Odd entre dans un état de transe étrange, puis cesse de bouger. Le lendemain, Sissi subit le même sort.

Après s'être disputé avec Aelita, Jérémie décide d'aller sur Lyoko en personne pour retrouver son amie et lui demander pardon.

Alors que XANA a pris le contrôle de la chaîne de montage de l'usine déserte, les robots d'Hervé et de Jérémie s'affrontent dans le gymnase.

Ulrich est obsédé par la finale du championnat de foot. Mais quelques minutes avant le coup d'envoi, XANA met tous les environs en apesanteur.

Las de l'indifférence apparente de Yumi à son égard, Ulrich commence à fréquenter une autre fille, ce qui met Yumi en colère et provoque une dispute.

Odd en pince pour Sam, une adolescente rebelle d'un collège voisin. Ils se donnent un rendez-vous secret à Kadic.

Lorsque Jérémie se retrouve en cours de sciences 12 heures plus tôt, il se rend compte qu'Odd, Yumi et Ulrich manquent à l'appel et ne sont pas rentrés de Lyoko.

Jérémie termine le programme de matérialisation d'Aelita. Les héros vont enfin être tous réunis pour anéantir le supercalculateur !

La matérialisation d'Aelita est un succès, et le moment est maintenant venu de détruire XANA ! Mais quand Jérémie commence à tout désactiver, Aelita s'évanouit.

Des surprises attendent la bande sur Lyoko : Jérémie a programmé des engins ultra performants et XANA a généré de nouveaux monstres.

En enquêtant sur l'Ermitage, où Aelita a eu des visions, Jérémie découvre que la maison appartient à un certain Franz Hopper.

Les héros explorent le Cinquième Territoire dans l'espoir de découvrir les secrets qu'il recèle.

XANA a pris le contrôle du programme « retour dans le temps » du supercalculateur et les héros se rendent vite compte qu'il a envoûté Sissi.

Aelita est assaillie par des visions de plus en plus angoissantes. Depuis quelques jours, elle n'arrive plus à fermer l'œil.

C'est la Saint-Valentin ! Yumi et Ulrich se disputent au sujet de William. Aelita reçoit un joli collier et pense que c'est Jérémie qui le lui a offert en cadeau.

Tandis qu'Aelita se prépare à jouer les DJ lors d'une soirée au collège, XANA prévoit de s'en prendre à elle.

En voulant sauver Aelita d'une attaque de la Méduse, Yumi se retrouve engagée dans un combat acharné contre le monstre.

Yumi et sa famille vont devoir déménager. Effondré par la nouvelle, Ulrich formule un plan pour qu'ils puissent rester.

En décryptant une partie du journal de Franz Hopper, Jérémie tombe sur une théorie intéressante sur les systèmes multi-agents.

La pile nucléaire qui alimente le supercalculateur est à court de combustible. Sentant le danger venir, XANA élabore un plan pour voler de l'uranium.

Jérémie insiste pour retourner dans le temps, mais ses amis sont conscients du danger que cela représenterait.

Les élèves de 4e et de 3e suivent une formation au code de la route. La tension est palpable entre Ulrich et William qui veulent tous les deux impressionner Yumi.

XANA se sert de Kiwi pour propager un virus qui transforme les humains en zombies ayant pour unique objectif de tuer nos héros.

Sous l'emprise de XANA, le proviseur, kidnappe Yumi et Odd et lance un ultimatum à Jérémie.

Au terme d'une autre mission réussie sur Lyoko, nos héros se rematérialisent dans les scanners. Mais quelque chose ne tourne pas rond.

Tout le monde est amoureux au collège ! D'abord, Jérémie embrasse Heidi ! Ensuite, c'est Yumi qui embrasse Mathias !

Humilié pendant un cours d'EPS, William part ruminer dans les bois... au moment précis où XANA décide d'attaquer.

En utilisant à son avantage un relais de la télévision nationale, XANA fait jaillir des spectres des antennes et des émetteurs dans toute la ville.

Une fois de plus, Aelita est en proie à d'étranges visions qui semblent liées à un passé qu'elle n'a pas vécu. Il s'agit en fait de l'un des plans de XANA !

C'est le jour de la visite médicale au collège ! Mais l'infirmière scolaire se retrouve sous l'emprise de XANA et Aelita se fait capturer.

Après avoir entendu des bruits étranges dans la chaufferie, Sissi est certaine que le collège Kadic est hanté.

Un homme étrange débarque au laboratoire informatique, se faisant passer pour Franz Hopper. Nos héros n'en croient pas leurs yeux.

Les héros ont des soucis avec Sissi, qui a un comportement étrange. Serait-elle sous l'emprise de XANA ?

Afin de décrypter plus facilement le journal de Franz Hopper, Jérémie décide d'activer à nouveau une tour.

Grâce au journal de Franz Hopper, que les amis ont enfin déchiffré, Jérémie comprend ce qui relie Aelita à XANA.

C'est la rentrée. Après le calme des vacances d'été, nos héros ne tardent pas à devoir affronter XANA à nouveau.

Il est temps d'élire les délégués de classe. Jérémie, persuadé qu'Hervé sera son unique adversaire, est certain d’être élu.

XANA a trouvé un moyen de faire monter le niveau de la mer numérique, « inondant » ainsi Lyoko et bloquant l'accès des héros au Cinquième Territoire.

Une agence gouvernementale ultra secrète découvre que Jérémie a piraté son système informatique.

Aelita a du mal à accepter la disparition de son père. Elle se confie à Jérémie et lui fait part de ses doutes : et si Franz Hopper était toujours en vie quelque part ?

Johnny, l'ami d'Hiroki, a le béguin pour Yumi. Timide et inexpérimenté, il a besoin de conseils pour la séduire.

Après avoir croisé Yumi en pleine nuit dans la rue, William est déterminé à découvrir ce qu'elle manigance !

Ulrich et Odd sont victimes d'un étrange phénomène : bien qu'ils soient de retour dans le monde réel, ils sont persuadés d'être toujours sur Lyoko.

Jérémie remarque qu'un homme sous l'emprise de XANA a saboté le supercalculateur. Ce dernier sera irrémédiablement détruit si Jérémie ne le répare pas rapidement.

Jérémie pense avoir enfin trouvé le moyen de virtualiser ses amis directement dans le Cinquième Territoire. Ulrich est désigné pour jouer les cobayes.

Odd est frustré : Ulrich, Aelita et Yumi ont tous les deux des pouvoirs spéciaux, tandis que lui n'a rien, à part ses minables flèches laser.

Nos héros sont épuisés. Ils passent leur temps à lutter contre XANA, ce qui a des conséquences désastreuses sur leurs résultats scolaires.

William a rejoint la bande des Lyoko-guerriers. Il a hâte d'affronter XANA et les monstres virtuels pour la première fois !

Grâce aux données envoyées depuis le réseau par Franz Hopper, Jérémie et Aelita parviennent à recréer une partie de Lyoko : le Cinquième Territoire.

Jérémie crée un spectre polymorphe à son image qui le remplacera en cours de sport. Il pourra ainsi plancher sur un moyen de ramener William de Lyoko.

Tout Kadic est en émoi : le batteur du célèbre groupe de rock Les Subdigitals va venir au collège !

Le foyer du collège est inauguré. C'est la réplique de William qui sera chargée de gérer ce nouveau lieu pour les élèves.

Jérémie et Aelita achèvent la création d'un vaisseau virtuel capable d'emmener les Lyoko-guerriers dans les tréfonds du réseau informatique mondial.

Sous la pression de Lyoko-guerriers impatients, Jérémie accepte de lancer le vaisseau virtuel Skidbladnir pour son voyage inaugural.

XANA a tendance à s'attaquer spécifiquement à Jérémie et Aelita. Jérémie s'en inquiète, car les autres ne savent pas utiliser seuls le supercalculateur.

Les Lyoko-guerriers repartent en mission dans la mer numérique pour explorer un nouveau monde virtuel que XANA semble avoir créé sur le modèle de Lyoko.

Jérémie s'est mis en tête d'entraîner les Lyoko-guerriers afin de lutter plus efficacement contre XANA.

En utilisant un satellite militaire, XANA parvient à détourner la trajectoire d'une comète, qui menace maintenant de s'écraser sur l'usine et le collège.

Pour enseigner un cours sur les écosystèmes, Mme Hertz emmène la classe de troisième camper sur une île isolée au milieu d'un lac.

Afin d'impressionner Milly en lui apportant un scoop, Hiroki tente de lui procurer le journal intime de sa sœur.

Les Lyoko-guerriers envisagent une mission de recherche et de destruction contre le supercalculateur qui a généré le premier Réplika.

Nos héros retournent dans le laboratoire d'Amazonie, bien décidés à détruire une bonne fois pour toutes le supercalculateur qu'il abrite.

Lors d'une mission de routine, Odd prend la décision d'emmener Kiwi sur Lyoko avec lui, contre l'avis de Jérémie.

Jérémie, embarrassé par le comportement de plus en plus humain de la réplique de William, fait part de ses craintes à ses amis.

Les Lyoko-guerriers retournent dans leurs familles respectives pour les fêtes de fin d’année... à l'exception d'Aelita, dont le passé reste un sujet douloureux.

Nos héros retournent vers la base du désert où ils font une découverte inquiétante, tandis qu'Odd semble être poursuivi par le mauvais sort.

Grâce à Odd, Jérémie gagne un baptême de l'air à bord d'un avion de chasse. Mais que se passerait-il en cas d'attaque de XANA ?

Sissi accueille sa correspondante venue d'Islande, un véritable canon qui rend fous tous les garçons du collège.

Les Lyoko-guerriers ne supportent plus Kiwi, le chien d'Odd. Ils décident donc de le laisser au labo pendant deux semaines.

Lors d'une inspection surprise des chambres, Odd supplie Yumi de cacher Kiwi chez elle. Pendant ce temps, Jérémie a repéré un nouveau Réplika.

Patrick, le cousin de Jérémie, débarque à Kadic. Contrairement aux autres Lyoko-guerriers, qui le trouvent très sympa, Jérémie ne peut pas le supporter.

C'est le grand soir : Aelita mixe en première partie du concert des Subdigitals !

Aelita découvre une photo d'elle en compagnie de Franz Hopper à l'Ermitage. Jérémie essaie d'en extraire des informations.

Lors de la visite des parents d'Odd, XANA passe à l'attaque en se servant des téléphones portables pour rendre leurs propriétaires particulièrement agressifs.

Tandis qu'Ulrich et Aelita affrontent un nouveau monstre virtuel géant indestructible, Odd et Yumi sont « translatés » vers une base en Sibérie.

Les Lyoko-guerriers retournent en Sibérie pour tenter de libérer définitivement William des griffes de XANA.

Ayant abandonné l'idée de détruire les Réplikas, Jérémie concentre à nouveau ses efforts sur les systèmes multi-agents.

Après leur victoire contre XANA, les héros se réunissent une dernière fois afin d'éteindre le supercalculateur pour de bon.