Gon Freecs est un jeune orphelin qui vit avec sa tante Mito Freecs et sa grand-mère. Au cours d'une escapade en forêt, il tombe né-à-né avec un monstre.

Au port de l'île Baleine, Gon cherche le bateau censé le conduire là où se déroulera l'examen. Alors qu'il parcourt la ville, il rencontre Leorio.

À bord du bateau, Gon vogue en direction de l'île Dole, où va se dérouler l'examen des Hunters.

Gon, Kurapika et Leorio sont arrivés sur l'île Dole, et doivent chercher l'endroit exact où se déroulera l'examen. Leorio choisit de prendre un bus censé aller à Zaban City, mais celui-ci s'avère être un piège.

Après avoir réussi le quiz, Gon et ses compagnons se mettent à la recherche de navigateurs, qui peuvent les conduire précisément là où se déroule l'examen.

Peu après, Satotsu, le Hunter examinateur, se présente aux candidats et annonce le déroulement la première épreuve : il s'agit de rejoindre le lieu de l'épreuve suivante à pied.

Dans le tunnel, Leorio est en proie à des hallucinations. On découvre alors qu'il souhaite devenir Hunter afin de pouvoir réaliser son rêve : devenir médecin.

L'homme blessé tente de convaincre les candidats de le suivre, mais se fait tuer d'un seul coup par Hisoka, qui confirme que Satotsu est le véritable examinateur.

La deuxième épreuve commence. Les candidats doivent cuisiner deux plats afin de satisfaire le goût des deux Hunters gourmets, Buhara et Menchi.

Menchi déclare la fin de l'épreuve, et tous les candidats sont recalés. Devant les protestations de ceux-ci, le comité d'organisation de l'examen des Hunters se rend sur place.

À bord du dirigeable du comité d'organisation, les candidats ont quartier libre. Alors qu'ils explorent le dirigeable, Gon et Killua rencontrent Anita, une candidate ayant échoué à la deuxième épreuve.

Killua et Gon essayent de reprendre la balle des mains de Netello, mais ils sont complètement désemparés. Après un moment, Killua abandonne, car ses pulsions meurtrières font surface.

Les candidats ont 72 heures pour descendre au pied de la tour. Après avoir cherché une porte d'entrée, le groupe tombe sur le chemin du « choix de la majorité ».

Sedokan offre à Gon le choix entre deux bougies, et de voir laquelle brûlera le plus longtemps.

Ailleurs dans la tour, Hisoka combat un adversaire et est le premier à atteindre l'arrivée. Pendant ce temps, Leorio s'impatiente et souhaite confirmer la mort de Majitani.

La jeune femme parvient à affaiblir psychologiquement Leorio, et remporte le quatrième match.

Après avoir traversé plusieurs salles, le groupe se trouve face à la dernière porte du chemin, et doit choisir entre un chemin court mais accessible trois d'entre eux, ou long accessible à tout le monde.

Les candidats sont amenés par dirigeable sur une île où se trouve un bateau encastré dans la roche faisant office d'hôtel.

Plusieurs heures passent sans que les réceptionnistes ne reviennent. Après avoir cherché dans le bateau, Kurapika découvre que cette île fait partie de l'épreuve.

Les candidats restés sur le bateau comprennent qu'ils n'ont que 24 heures avant que la deuxième vague ne submerge l'entièreté de l'île, et le bateau avec.

La quatrième et avant-dernière épreuve de l'examen démarre : il s'agit d'une chasse à l'homme ayant lieu sur l'île Zebiru, où chaque personne doit récupérer les badges des autres candidats.

Gon, une fois sa stratégie prête, se met en quête d'Hisoka. Leorio se fait duper par Tompa, dont il était la cible, mais est secouru par Kurapika, qui avait pour cible Tompa.

Hisoka récupère un point supplémentaire de la part de Kurapika et Leorio, mais ressort avec des pulsions meurtrières plus grandes que jamais.

Killua est pris en filature par Imori, rejoint peu après par ses frères Umori et Amori. Killua les neutralise et récupère le badge d'Amori, qui était sa cible.

Le groupe est coincé dans la grotte avec Ponzu, qui explique que le piège ne peut être retiré car elle a tué son utilisateur.

À bord du dirigeable, les neuf candidats restants réfléchissent à la dernière épreuve, que Netello ne souhaite pas dévoiler.

Netello révèle qu'il suffit de faire abandonner son adversaire pour réussir l'examen. Le premier match entre Hisoka et Kurapika commence.

Le deuxième match entre Hanzo et Gon commence Hanzo s'adonne à diverses techniques de torture pour forcer Gon à abandonner, mais celui-ci campe fermement sur ses positions.

Hanzo décide d'abandonner face à Gon, qui a fait preuve d'une grande détermination. Or, celui-ci refuse l'abandon, et Hanzo est obligé de frapper Gon pour mettre fin au combat. À son réveil, Gon est devenu un Hunter, et l'examen est enfin terminé...

Satots raconte à Gon la fin de l'examen. Il lui apprend que Killua a dû affronter son propre frère et que celui-ci l'a poussé à abandonner. Au cours du combat de Leorio, Killua tue son adversaire...

Killua a disparu après la fin de l'examen et Gon est bien décidé à le retrouver...

Gon, Kurapica et Leorio se rendent au mont Kukuru pour retrouver leur ami Killua. Mais l'accès à la maison de la famille de l'assassin n'est pas facile...

Zeburo le gardien décide d'aider Gon et ses amis à ouvrir la porte donnant accès à la propriété des Zoaldyeck. Ils passeront la nuit dans un abri se trouvant dans la forêt où ils rencontreront Sikuanto, un autre employé. Celui-ci doutant de la capacité des trois Hunters à parvenir à la maison de Killua, Gon décide de s'entraîner pour pouvoir ouvrir la porte d'entrée sans l'aide de personne...

Après être parvenu à pousser la porte d'entrée par eux-mêmes, Gon, Kurapika et Leorio poursuivent leur chemin en direction de la maison de Killua, mais Kanaria, une apprentie majordome, leur bloque le chemin...

Gonn rencontre la mère de Killua, qui lui apprend que celui-ci est en isolement. En effet, Killua subit la vengeance de son frère Milki, qu'il avait blessé lors de sa fuite...

Gon, Kurapica et Leorio arrivent à la loge des domestiques, où ils attendent leur ami Killua. Goro leur propose un jeu...

Gon et Killua partent ensemble à la tour céleste afin de gagner de l'argent tout en s'entraînant pour affronter Hisoka dans six mois...

Gon et Killua arrivent au centième étage de la tour céleste, et c'est sans difficulté qu'ils éliminent leur adversaire...

Gon et Killua parviennent à traverser le nen d'Hisoka et à s'inscrire à temps. Désormais, les adversaires sont redoutables et Gon sera le premier à devoir affronter l'un d'eux...

Gon, qui a perdu son combat, est blessé et doit se reposer pendant deux mois après en avoir fait la promesse à Wing. Un mois plus tard, Gon est guéri et Killua part assister seul à un combat d'Hisoka...

Gon et Killua reprennent l'entraînement de Wing afin d'apprendre à maîtriser le nen. Constatant de loin les progrès de Gon, Hisoka se décide à accepter un combat contre lui...

Gon est parvenu à frapper Hisoka au visage et peut donc lui rendre son numéro lors de l'examen pour devenir Hunter. Cependant, le combat est loin d'être terminé et les deux combattants donnent leur maximum pour gagner...

C'est au tour de Killua de combattre. Il a affaire à Dorado, qu'il bat sans grande difficulté. Ne parvenant pas à se maîtriser, Killua doute de pouvoir continuer l'entraînement de Wing, mais celui-ci l'y autorise...

Gon doit affronter pour la deuxième fois Guido mais cette fois, il n'a aucune difficulté pour le vaincre. Il en est de même pour l'adversaire de Killua que Gon bat également...

Kurapica a également appris qu'il fallait qu'il maîtrise le nen afin de devenir plus fort et réussir l'examen irrégulier de Hunter...

Gon retourne sur l'île de Kujira pour rendre visite à sa tante Mito, accompagné de Killua. Durant la nuit, des braconniers attaquent les animaux, mais Gon et Killua parviennent à les faire fuir. Cependant, un petit ours est gravement blessé et un désaccord se créé entre Killua et Gon...

Tante Mito raconte à Gon ses souvenirs de Jing, le père de Gon et lui remet une étrange petite boîte...

Le comité Senjikai envoie Kurapica au palais de Naustrad pour y accomplir sa première mission en tant que Hunter. Sur les lieux, il n'est pas le seul et l'employeur décide de les mettre à l'épreuve avant de leur confier la véritable mission...

Les Hunters se trouvant au palais de Naustrad sont attaqués mais très vite Kurapica comprend qu'il ne s'agit que de pantins et trouve le traître qui les a mis à l'épreuve. Il semblerait qu'il ne soit pas le seul traître. Pendant ce temps, Gon et Killua découvrent que la carte mémoire laissée à Gon par son père comprend les données d'un jeu extrêmement rare...

Gon et Killua partent à la recherche d'informations sur le jeu Greed Island. Ils apprennent sa mise à prix lors de la vente du jeu à York Shin City et vont devoir gagner énormément d'argent. Pendant ce temps, Kurapika en apprend plus sur sa mission après avoir prouvé sa valeur en tant que Hunter...

Killua, Gon, Kurapika et Leorio se rendent à York Shin City. Leorio retrouve Killua et Gon et ils établissent à eux trois un plan pour gagner suffisamment d'argent pour participer aux enchères du jeu Greed Island. Pendant ce temps, Kurapika continue sa mission de protection accompagné d'autres Hunters...

La première vente aux enchères commence mais elle est très vite interrompue par la Brigade fantôme qui élimine tout le monde afin de s'emparer de tous les lots...

La Brigade fantôme est poursuivie par la mafia qui est rapidement éliminée. Alors que les Hunters se demandent s'ils doivent intervenir, les Injiyu entrent en action pour tenter d'éliminer Ryodan...

Kurapika a réussi à capturer Uvo mais les autres membres de la Brigade comptent bien le délivrer...

Uvo est bien décidé à retrouver Kurapika afin de l'éliminer. De son côté, Kurapika prend la tête du groupe de gardes du corps.

Uvo est parvenu à retrouver Kurapika. Le combat peut alors commencer...

Alors que Leorio part à la recherche d'informations sur la Brigade, Killua et Gon, eux, décident de trouver des objets rares afin de les revendre à un meilleur prix.

Leorio est parvenu à retrouver la trace de deux membres de la Brigade et en à informer Killua et Gon. Ces deux derniers vont alors les prendre en filature.

Gon et Killua se sont fait capturer par la Brigade fantôme. Ils sont emmenés dans leur repaire afin d'être interrogés sur l'homme aux chaînes…

Gon et Killua parviennent à s'échapper et partent à la recherche de Kurapika. Ce dernier apprend la disparition de la fille de Naustrade...

La Brigade fantôme passe à l'attaque et détruit tout sur son passage tout en se dirigeant vers le lieu de la vente aux enchères.

Zeno et Silva Zoaldiek affronte le chef de la Brigade fantôme. Cependant leur combat est interrompu lorsqu'Illumi annonce à son père que leurs commanditaires sont morts.