Kazuya Kujo est un étudiant japonais qui participe à un programme d'échange. En explorant la bibliothèque, il rencontre Victorique de Blois. Tout en discutant, son extravagant frère Grevil arrive et interroge Victorique, par l'intermédiaire de Kujo, sur un meurtre commis dans une pièce fermée à clé. Victorique s'attelle à la tâche et trouve une réponse improbable mais tout à fait logique.

Se faisant passer pour la devineresse assassinée, Roxane et ses serviteurs, Victorique et Kujo, sont montés à bord du Queen Merry. Une fois à bord, ils découvrent qu'ils sont tombés dans un autre mystère, celui-ci avec des intentions mortelles pour tout le monde.

Le piège se referme et l'architecte qui en est à l'origine est révélé, ou l'est-il ? Victorique met le doigt sur un projet plus vaste qui a mis en branle des choses bien plus importantes. La question est de savoir si ces choses sont encore en mouvement aujourd'hui.

Kazuya est témoin de l'étrange décapitation d'un homme à moto. Alors qu'un suspect correspondant à la description faite par Victorique est arrêté, une nouvelle fille rejoint l'école de Kazuya et correspond également à la description.

L'affaire de l'homme décapité prend fin lorsque Victorique révèle la véritable identité du nouvel élève de l'école.

Kazuya est déconcerté par la disparition d'une assiette de valeur dans un bazar local. Au même moment, il voit dans le journal une annonce appelant tous les "descendants des loups gris" à retourner sur leur terre ancestrale. Après en avoir parlé à Victorique, celle-ci insiste pour se rendre immédiatement en ville.

Victorica et Kujo explorent le "village des loups gris" où vivait sa mère à la recherche d'indices prouvant son innocence, mais Victorica est déçue lorsqu'elle découvre la vérité et se rend compte qu'elle n'a pas les moyens de laver son nom. Pour compliquer les choses, deux des touristes qui visitaient le village avec eux sont tués dans des circonstances étranges.

Victorica parvient à trouver le coupable des récents décès survenus au village et à laver le nom de sa mère en dénonçant la femme qui l'a piégée. Cependant, lorsque la femme tente de s'échapper, elle commence à incendier tout le village, et Kujo doit l'affronter tout en protégeant Victorica au péril de sa vie.

Victorica a de la fièvre alors que Kujo part seul faire des courses à Sauville. En cherchant un souvenir pour sa sœur, il rencontre une jeune fille parmi une pile de mannequins. La jeune fille lui demande de l'aide, mais lorsqu'il retourne au grand magasin avec l'inspecteur, elle est introuvable. Kujo appelle Victorica au téléphone pour lui demander de l'aide, mais l'appel est interrompu car il est emmené.

Kujo rencontre la même fille qu'au grand magasin, et avec l'aide de celle-ci et d'un jeune sans-abri brillant, il parvient à remettre la police sur l'affaire. Kujo et Grevil demandent alors l'avis de Victorique sur le magasin, pour découvrir qu'elle avait déjà fait des recherches à ce sujet, et elle propose un plan pour démasquer les coupables.

Jaqueline, une vieille amie de Grevil, se rend à l'Académie pour faire un don et rencontre soudainement Victorique dans la tour de la bibliothèque. Elle lui raconte l'histoire d'un mystérieux incident passé où elle a été accusée à tort d'un meurtre, ignorant le lien avec Victorique et la raison pour laquelle Grevil a commencé à arborer une coiffure inhabituelle.

Tout le monde à l'école se prépare pour les vacances d'été. Kujo a annulé son voyage de vacances avec Avril pour rester avec Victorique. Kujo a un flash-back de son passé et de la raison pour laquelle il a quitté le Japon, alors qu'il se détend sur un arbre. Lorsque Kujo est entré à l'académie, Victorique a voulu grimper à l'arbre sur lequel Kujo se trouvait et s'est retrouvée coincée dans l'arbre, obligeant Kujo à la sauver. Kujo va ensuite se détendre chez Victorique alors qu'il pleut, mais elle renverse du thé sur son kimono, obligeant Kujo à le nettoyer. La scène se termine avec Kujo qui se souvient d'acheter des bonbons pour Victorique.

Kujo et Avril explorent l'une des tours de l'école et Avril pense qu'elle est liée à la légende de Léviathan, un alchimiste qui y a vécu des décennies auparavant. Victorique tombe sur un livre pop-up contenant un message crypté censé provenir de Léviathan lui-même et, lorsqu'un décès survient au sommet de la tour, elle décide de mener sa propre enquête.

Victorique est traînée par son professeur jusqu'à sa salle de classe et est présentée au reste de ses camarades. Avril tente d'attirer son attention, mais elle se met en colère. Kujo demande à Victorique de s'excuser, et comme elle refuse, il décide avec Avril de continuer à enquêter sur l'affaire du Léviathan sans son aide. Pendant ce temps, Victorique rencontre Brian Roscoe, un ami de la victime, au sommet de la tour de l'horloge.

Kujo demande à Brian Roscoe quel est son lien avec Victorique et sa mère, mais il se contente de l'avertir de se méfier de son père. Pendant ce temps, Victorique réussit à percer les secrets du Léviathan, de la tour de l'horloge et à découvrir la vérité sur ses propres origines.

Le père de Victorique la fait emmener de l'académie à un couvent connu sous le nom de "Crâne de Belzébuth" en Lituanie. Kujo apprend par Grevil où elle se trouve et prend un train pour aller la chercher. Guidé par une femme qui lui ressemble beaucoup, Kujo parvient à trouver l'endroit où Victorique est détenue et apprend d'elle que la femme est probablement sa mère, Cordelia.

Victorique révèle à Kujo que son père l'a amenée au couvent pour appâter Cordelia et Brian. Alors que les deux s'échappent, ils sont séparés par une illusion. Victorique rencontre Brian, qui lui révèle qu'il a l'intention d'arrêter son père et l'Académie. Pendant ce temps, Kujo tombe sur Cordelia, qui lui confie une bague et quelques mots d'encouragement pour sa fille, puis sur le marquis Albert de Blois en personne. Albert tente de forcer Kujo à lui remettre Victorique, mais Kujo refuse et s'en va. Les vannes qui protègent le couvent sont ouvertes par un piège à retardement mis en place par Albert, inondant toute la zone, et Kujo s'échappe de justesse avec Victorique.

Après avoir échappé au déluge, Victorique, Kujo et le reste des passagers du Masquerade Express se retrouvent impliqués dans un concours sanglant pour un objet insaisissable qui peut ébranler l'équilibre des pouvoirs entre l'Académie et le Ministère de l'Occulte.

Kujo part à la capitale pour trouver un cadeau pour l'anniversaire de Victorique qui, par coïncidence, tombe le jour de Noël. Pendant ce temps, Victorique reçoit un message de sa mère et se met à la recherche de Kujo, sans succès, jusqu'à ce qu'elle soit convoquée par son père et emmenée par Grevil à la capitale pour résoudre le plus grand mystère du pays, qui implique son ancienne reine, Coco Rose, dont la vie est rejouée dans une pièce au Théâtre Fantôme.

Découvrant que Victorique a de nouveau été convoquée par son père, Kujo se précipite pour la rattraper, mais elle disparaît de nouveau.

En enquêtant sur la tombe d'une femme ressemblant étrangement à la Reine Coco Rose, Victorique parvient à reconstituer la vérité sur sa mystérieuse disparition. La vérité sur l'affaire Coco Rose et la disparition de Nicole Lulu est révélée, et Albert libère Victorique lorsqu'elle n'est pas en mesure d'identifier le meurtrier de façon concluante. Sur le chemin du retour à l'Académie, Victorique et Kujo rencontrent un couple apparemment ordinaire qui est en fait Coco Rose, toujours vivante, et son fils engendré par le Léviathan. Cordelia veille sur eux à leur arrivée à la maison, et est bientôt rejointe par Brian, puis par un homme qui semble être le jumeau de Brian.

Kujo profite de Noël avec Victorique lorsqu'il est emmené de force de l'Académie, le roi Rupert ayant déclaré que tous les citoyens étrangers devaient être renvoyés dans leur pays d'origine malgré l'imminence du conflit à Saubure. Cependant, Kujo parvient à s'échapper et retourne à l'Académie, impatient de retrouver Victorique, sans savoir qu'il est devenu un otage entre les mains d'Albert pour s'assurer de sa coopération avec son plan.

Au printemps 1925, toutes les pièces du plan d'Albert se sont mises en place. Kujo a été déporté et Victorique est depuis longtemps emprisonnée dans le palais royal de Sauville. Utilisant sa sagesse, Albert révèle l'identité de Jupiter Roget en tant que loup gris aux autres nobles et le chasse, puis persuade le roi Rupert de conclure une alliance avec la puissance montante de l'Allemagne.

Après avoir tenté de tuer Victorique, Brian Roscoe qui l'accompagnait tombe d'une falaise et est grièvement blessé, tandis que son frère meurt en tenant la main de Cordelia. Il est sauvé par elle et emmené au port où ils sont retrouvés par Grevil qui avait l'ordre de les capturer, mais qui les laisse s'échapper.