"La paix et la tranquillité sont ce qu'il y a de mieux !" C'est la devise du lycéen de tous les jours, Tomoki Sakurai. Mais sa vie paisible est déchirée après qu'un jour la fille Ikaros soit soudainement tombée du ciel. Elle se fait appeler une "Angéloïde de classe Pet" et Tomoki son "Maître" parce qu'il est la première personne sur Terre qu'elle a rencontrée. De plus, elle a le pouvoir mystérieux de réaliser tous ses souhaits !

Sohara est de mauvaise humeur après avoir vu Sakurai au-dessus d'Ikaros et s'être fait une mauvaise idée. Ikaros la poursuit à la hâte et, en tant que tel, Ikaros le suit à l'école. Une carte que Sakurai reçoit d'Ikaros brille, et à cet instant, la culotte de Sohara se détache et s'envole dans le ciel. Il ne faut pas beaucoup de temps avant que toutes les filles en culotte d'école s'envolent dans le ciel !

Tomoki, souffrant d'une quantité interminable de devoirs de mathématiques, décide de demander à Sugata-senpai de l'aider. Le président Satsukitane le conduit à la maison de Sugata, pour découvrir qu'il s'agit d'une tente dressée au bord d'une rivière ! Tomoki et la bande s'amusent à camper au bord de la rivière après avoir terminé leurs devoirs. On dit à Ikaros d'aller acheter des ingrédients quand ils décident tous de faire du curry, mais...

Le troupeau de culottes qui s'est envolé dans le ciel dans l'épisode 2 est de retour à Tomoki ! Tomoki est statique, mais Sohara utilise l'une des cartes d'Ikaros pour faire en sorte que toute culotte que Tomoki voit explose. Tomoki décore sa maison avec toutes les culottes, sans savoir ce que Sohara a fait. Tomoki sera-t-il capable de s'échapper de chez lui avec des explosions de culottes qui se profilent à chaque coin de rue ? C'est la première vraie action dans "SoraOto" !

Pour faire court, la maison de Tomoki est détruite. Errant sans but, à la recherche d'un endroit où rester, Tomoki et Ikaros reçoivent l'aide du président de classe, Satsukitane. Sohara et Sugata se joignent au mix alors qu'ils sont invités chez le grand patron n°1 de la ville. Ils reçoivent un accueil chaleureux. Mais quand ils se réveillent le matin, il y a une foule en colère avec eux !

Vacances d'été. L’ensemble du New World Discovery Club se dirige vers la plage. Tomoki est entouré de jolies filles en maillot de bain, mais finit par devoir affronter Ikaros. Sohara explose de jalousie alors que Tomoki porte toute son attention sur Ikaros. Ikaros montre une autre facette effrayante d'elle-même à cause d'une petite situation et du deuxième Angéloïde...

Ikaros et Nymph s'installent également dans la maison de Sakurai. Ils s'ennuient pendant qu'Itsuki est à l'école, utilisent une carte et sont transférés dans son école ! Ils deviennent instantanément populaires en tant que deux nouveaux beaux étudiants transférés. Mais alors que fait Nymphe quand elle s'ennuie vite à l'école... ?

Un festival amusant dans la ville de Sorami. Mais, à la suggestion du président du corps étudiant, la ville entière se transforme en un jeu de survie ! Le gagnant remporte 100 000 $ ! Des coups de feu et des cris retentissent dans l'air, et qui est le vieil homme mystérieux qui se cache la nuit ? Admettez le chaos, Nymph et Ikaros font équipe pour se battre pour leur vie !

Tomoki et le gang vont à un barbecue en plein air. Tomoki essaie d'ouvrir un stand pour gagner de l'argent, mais quoi qu'il fasse, cela échoue. Il obtient alors l'aide de Nymph pour ouvrir un club d'accueil ! Pendant ce temps, Ikaros essaie d'agir comme un humain pour le bien de Tomoki lorsqu'elle entend les mots "C'est humain de mentir".

C'est le rendez-vous musical à la Foire culturelle ! Ikaros est la star du spectacle lorsque Tomoki et la bande forment un groupe et affrontent l'orchestre classique de l'académie privée voisine !

Tomoki a pour mission de se faufiler dans la zone de baignade des filles. Avec l'aide de Sugata (et d'une des cartes d'Ikaros), il conçoit le déguisement parfait pour atteindre son objectif : il se transforme en une jolie fille !

Peu importe les efforts déployés par leurs amis pour les aider, Ikaros et Nymph n'arrivent tout simplement pas à sourire. Après que les Angéloïdes décident de travailler ensemble sur le problème, ils emmènent Tomoki en ville pour un rendez-vous à trois !

Après avoir surpris Tomoki avec des adieux soudains, Ikaros subit une rencontre perfide avec Harpy et Gamma. Si Ikaros parvient à trouver un moyen de les vaincre, elle pourra enfin briser ses chaînes et trouver le bonheur qu'elle désire.

Tomoki fait un autre rêve dans lequel l'ange mystérieux le met en garde contre un autre Angéloïde et après avoir révélé l'information à ses amis, Nymph leur suggère de visiter son rêve via Dive Game qui leur permet de visiter les rêves des humains. Le groupe, composé de Tomoki, Sugata, Mikako et Suhara, part dans le rêve pour se retrouver confronté aux rêves de chacun et à une révélation embarrassante pour Suhara. En fin de compte, ils sont incapables de visiter le rêve de Tomoki et atterrissent à la place sur un monde bizarre avec un pilier avec des mots illisibles et des arbres à feuilles persistantes en hibernation. Ils reviennent avec plus de questions que de réponses et Sugata se souvient enfin d'un souvenir oublié il y a un an, lorsque Ikaros est tombé pour la première fois sur Terre et a annoncé l'arrivée d'Astraea.

Tomoki, à sa grande irritation et confusion, se retrouve excité par les pitreries d'Ikaros et de Nymph. Cela le dérange beaucoup alors il part dans les montagnes pour s'entraîner au monastère Zen. Au même moment, Astraea, la nouvelle angéloïde, atterrit au monastère pour envoyer Tomoki tandis que Sugata informe les autres à son sujet. Nymph et Ikaros ignorent la menace qualifiant Astaea d'« idiot » et laissent tranquille Tomoki qui lui-même a du mal à se débarrasser de ses « désirs terrestres ». Plus tard, Sugata découvre Astraea et apprend la menace qui pèse sur la vie de Tomoki et plus d'informations sur Synapse, le monde d'où viennent les Angéloïdes.

Après avoir divulgué de manière inattendue des informations sur sa mission, Astraea tente d'attaquer Sugata pour garder son secret en sécurité. Malheureusement, elle tombe entre les mains de Mikako, qui, voyant la nature crédule du nouvel Angéloïde, la trompe en lui faisant participer à un match de lutte au festival local. Tout comme la dernière fois, Mikako incite Tomoki à se joindre à lui en lui offrant un prix de dix millions de yens et une chance de se baigner avec la geisha de sa famille. Nymph est aux prises avec ses émotions après avoir perdu ses ailes et son maître et se retrouve à aspirer à un nouveau, Tomoki étant son nouveau candidat.

L'hiver arrive en ville et Astraea est encore loin d'avoir terminé sa mission d'élimination de Tomoki. Mikako l'entraîne dans une autre de ses crises de colère sadiques et met en scène une simulation de bataille entre les filles et les garçons de son école en nommant Tomoki comme général du groupe de garçons tout en agissant elle-même comme générale du groupe de filles. Cette fois, elle incite Tomoki à tomber dans son piège en offrant la récompense pour pouvoir faire n'importe quoi à l'équipe perdante. Nymph aspire toujours à un nouveau maître et Astraea est confrontée à un dilemme lorsqu'elle est incapable d'envoyer Tomoki car sa question est de savoir si ses actions sont son propre choix ou non.

Sugata et Sohara se rendent à Synapse avec l'aide de Nymph. Sohara laisse tomber accidentellement un objet dans le monde d'en bas qui tombe entre les mains de Tomoki qui le transforme en vélo à pédales qui se transforme en robot. Chez Synapse, les deux humains apprennent de nouveaux détails sur le Nouveau Monde tandis que Tomoki savoure son temps avec son nouveau jouet pour assouvir ses actions perverses. Sohara détruit plus tard le jouet et un nouvel Angeloïde est révélé après le générique.

Astraea s'inscrit à l'école de Tomoki et tente en vain de l'éliminer. Plus tard, Nymph, Mikako, Sohara, Tomoki et Astraea se joignent à un concours de quiz pour déterminer que Tomoki lui-même n'est pas un « idiot » comme le qualifient ses camarades de classe. Sa tentative s'avère vaine et les événements le font être un « idiot » pour toute la ville, plus seulement pour l'école d'avant. Astraea se retrouve à passer du temps avec le groupe et à l'accepter, ce qui ajoute à son dilemme et Daedalus découvre que Chaos, le nouvel Angeloïde de deuxième génération a été envoyé sur Terre.

Même si elles savent que c'est une décision risquée, Astraea et Nymph décident de s'en prendre au champ de pastèques d'Ikaros. Pendant ce temps, Sugata et Nymph se retrouvent en grave danger après avoir infiltré Synapse.

Le moment est venu pour Astraea de faire un choix. Va-t-elle exécuter les ordres du Maître du Ciel et détruire Ikaros et Nymph une fois pour toutes ? Ou va-t-elle écouter Tomoki et trouver la force de choisir son propre destin ?

Pendant le Festival d'Été, Mikako organise un concours de pêche à la piscine. Il n'y a qu'une seule façon de gagner : ramener la prise la plus courbée ! Plus tard, Ikaros essaie de trouver la meilleure façon de dépenser son argent de poche.

Sohara enseigne à Ikaros les tenants et les aboutissants du mariage. Pendant ce temps, Tomoki met la touche finale à son projet d'été : un vaste réseau de tubes de type périscope qui lui permet de jeter un coup d'œil aux filles de toute la ville !

Tomoki passe à l'action lorsqu'Ikaros, Nymph et Astraea sont maîtrisés dans la bataille contre le Chaos ! Une fois le combat terminé, il semble que des jours paisibles s'annoncent - jusqu'à ce qu'il devienne évident qu'Ikaros est toujours confronté à une grave crise.

Tomoki fait sensation auprès des filles en cours de natation lorsqu'il se transforme en eau de piscine. Plus tard, toute la bande se rend à un mariage – mais qui marchera dans l'allée ?