L'histoire commence avec un jeune garçon nommé Dan qui n'a jamais perdu un match de Bakugan. Lors d'un match contre un tyran, Dan a une vision de deux Bakugan se bagarrant. Y a-t-il plus dans le jeu que ce que pensent les joueurs ?

Un mystérieux joueur de Bakugan nommé Masquerade, classé n°1 sur la liste des joueurs de Bakugan, vole le Bakugan aux joueurs du monde entier. Dan lance un défi ouvert à Masquerade et perd deux de ses Bakugan au profit de ce mystérieux joueur, grâce à une Doom Card, qui fait disparaître à jamais un Bakugan. Dan a la chance de ne pas perdre Drago, mais il pourrait le faire s'il perd à nouveau contre Masquerade.

Masquerade fait équipe avec un joueur de Rikimaru, en lui offrant un Bakugan très spécial. Lorsque Rikimaru et Dan se battent, Drago finit par utiliser un mouvement dangereux pour se sauver et gagner la bataille. Dan se met en colère et jette Drago dans une rivière, maudissant le jour de leur rencontre.

Dan a du mal à s'adapter à la vie sans Drago. Il finit par faire tomber son ordinateur par un camarade de classe nommé Ryo et s'enfuir, blessant les sentiments de Ryo. Masquerade profite des sentiments blessés de Ryo et Ryo bat Dan dans une bataille. Dan trouve Drago et essaie de se réconcilier avec Ryo.

Dan et Runo se rencontrent pour la première fois, en dehors du site Bakugan, et se rendent compte qu'ils vivent dans la même ville. Dan laisse tomber son BakuPod et Runo le récupère, remarquant que Dan a combattu Masquerade. Elle va à sa place, mais finit par se battre contre un garçon nommé Tatsuya.

Dans un parc d'attractions, Dan et Runo sont invités sur scène pour assister à un numéro de magicien de deux frères. Dan choisit une carte et se rend compte que c'est une carte Doom. Les frères travaillent pour Masquerade, et Dan et Runo se retrouvent impliqués dans une bataille.

Marucho révèle qu'il a secrètement déménagé dans le quartier de Dan et organise une fête de bienvenue élaborée. Masquerade fait une offre commerciale avec le célèbre duo de groupes pop, Jenny and Jewels. Le duo organise la fête de bienvenue et défie les Battle Brawlers.

Dan et Marucho se battent contre le duo pop star Jenny & Jewels. Après une victoire serrée, Drago raconte aux bagarreurs comment les Bakugan sont arrivés sur Terre et comment un humain est entré dans le monde Bakugan de Vestroia.

Masquerade manipule deux garçons, Kosuke et Takashi, pour qu'ils utilisent ses cartes Doom contre les Bakugan Battle Brawlers. Il promet qu'il réunira leur amie Ai avec son frère s'ils l'aident. Voulant aider leur amie, ils mordent à l'hameçon et tombent bientôt sur Runo et Marucho, qui sont à l'aéroport pour récupérer leur amie du site Web, Alice. Heureusement, Alice maîtrise les subtilités des combats combinés et entraîne ses amis vers la victoire. Alice a cependant un secret qui pourrait bien ruiner son amitié avec les Brawlers.

Julie et son ami d'enfance, Billy, s'affrontent en tête-à-tête dans une bataille de Bakugan. Bien que Julie soit vaincue par Billy, elle est impressionnée par ses compétences et son Bakugan, « Cycloïde ». Ils forment une excellente équipe et Julie souhaite pouvoir se lier d'amitié avec un Bakugan qui parle. Plus tard, quand Julie avoue à quel point elle se sent seule, le Bakugan Gorem apparaît. Les deux semblent être destinés l'un à l'autre.

Marucho et Runo se rendent compte que les pouvoirs combinés des Bakugan Brawlers ne suffisent pas pour vaincre Masquerade. À l'insu de Dan, ils rendent visite à Shun pour essayer de le convaincre de les rejoindre. Le grand-père de Shun essaie de les faire partir, mais Shun conclut un accord. S'ils gagnent, il les rejoint. S'ils perdent, il s'en ira.

Alice se rend compte qu'elle a peut-être un lien avec le mystérieux Hal-G, mais n'a pas le courage de le dire aux autres bagarreurs. Pendant ce temps, Dan se souvient de la dernière bataille qu'il a eue avec Shun. La mère de Shun donne à Shun un Bakugan, "Skyress", pour veiller sur lui.

Masquerade a détruit les Bakugans des enfants du monde entier, et les Brawlers doivent y mettre un terme. À contrecœur, Dan accompagne Runo et Marucho chez Shun pour le recruter un autre, mais découvrez qu'il rejoint Masquerade ! Dan accepte le défi du combat et, avec Drago, se bat contre Shun et Masquerade.

Attirés par une invitation à célébrer leur classement de classe mondiale, cinq des dix meilleurs joueurs de Bakugan se réunissent dans un mystérieux manoir. Là, ils rencontrent Masquerade et le maléfique Bakugan "Naga". Ils sont soumis à un sort pour éliminer Dan et les autres Battle Brawlers du tableau. Pendant ce temps, Alice avoue qu'elle pense que son grand-père Michael est responsable de la destruction de Vestroia. Ils décident de jeter un œil dans le laboratoire de Michael pour trouver des preuves de ce qui lui est arrivé.

Les Brawlers rencontrent enfin Julie de près et personnellement, mais l'ambiance passe de la joie à la tristesse lorsqu'ils voient ce qui se passe à Vestroia. Julie et Shun se battent avec Billy, l'ami de Julie, le 9ème joueur de Bakugan, et son voisin Komba, le 5ème joueur de Bakugan, sachant qu'ils ont été trompés par Masquerade pour éliminer Dan et le reste des bagarreurs.

Julie est toujours bouleversée par la trahison de Billy, mais essaie de mettre cela derrière elle pour pouvoir soutenir les autres bagarreurs. Pendant ce temps, Shun leur parle d'une vallée similaire à la vallée de Bakugan. Tout le monde s'y rend, mais en chemin, il est révélé que Shun a menti sur la similitude, et c'était un stratagème pour essayer de comprendre pourquoi Masquerade sait toujours où ils se trouvent à tout moment. Il leur dit qu'il doit y avoir quelqu'un qui les espionne. Dans la vallée, le 3ème meilleur bagarreur Chan Lee apparaît et défie Dan dans une bagarre.

Les Brawlers ont du mal à trouver l'Infinity Core. Lorsqu’ils apprennent que leur position pourrait être diffusée, ils coupent leur signal.

Lorsque Marucho perd son Bakugan au profit de Klaus, lui et Runo se lancent à sa poursuite et se retrouvent dans le château de Masquerade !

Après une dispute entre les Brawlers, ils se séparent tous. Julie décide de poursuivre son ami Billy et d'essayer de le sauver des mauvaises voies de Masquerade.

Lorsque Shun quitte le groupe, Alice le poursuit. Pendant ce temps, Dan va affronter Masquerade seul.

Klaus, Chan-Lee et Julio reviennent pour achever les bagarreurs. Dan, Runo et Marucho les affrontent, mais que se passera-t-il lorsque Klaus utilisera le Bakugan volé de Marucho ?

Les Brawlers ont été repoussés, mais le retour de Preyas et l'évolution de Drago suffiront-ils à les mener à la victoire ?

Apprenant que le webmaster Joe est à l'hôpital, Dan et les autres s'y rendent. Cependant, alors qu'il se dirige vers la chambre de Joe, Drago se perd.

Alice aide un petit garçon à vaincre son plus grand rival.

Des tensions se forment entre le groupe de Brawlers lorsqu'on pense que l'un d'eux est un agent double.

Les Brawlers affrontent Masquerade dans une bataille finale.

Les Battle Brawlers apprennent par l'intermédiaire du webmaster Joe (qui était en voyage avec sa mère) que Masqerade a vaincu les meilleurs joueurs de Bakugan au monde, alors ils essaient de trouver une stratégie pour le battre. La stratégie semble se retourner contre lui lorsque Masquerade visite la maison de Dan et lui fait accepter une bataille. Maintenant, le Drago évolué et l'Hydranoid évolué s'affronteront avec le perdant obtenant un aller simple vers la Dimension Doom, qui se révèle plus tard être pleine de Bakugan transformé en pierre.

Les Brawlers pleurent la perte de Dan et Drago. Pendant ce temps, Shun relève un défi de Masquerade et décide de rejoindre Dan dans la dimension Doom. Lorsque Skyress apprend ce plan, elle essaie de rassembler les autres Bakugan et de sauver Vestroia sans mettre leurs partenaires humains en danger. Bientôt, les autres bagarreurs comprennent son plan et décident de le rejoindre, mais Runo fait d'abord une promesse à la mère de Dan : il est en sécurité et sera bientôt à la maison.

Dans la Dimension Doom, les anciens guerriers légendaires de Vestroia se préparent à tester les pouvoirs des bagarreurs, pour voir s'ils sont assez dignes pour sauver Vestroia. Les bagarreurs sont séparés et Julie se retrouve avec Gorem pour affronter le guerrier Subterra, Clayf, et l'ombre de sa sœur parfaite, Daisy. Avec l'aide de Gorem, Julie apprend qu'elle n'est pas sa sœur et qu'elle ne peut faire que de son mieux. Pour cette raison, Gorem évolue vers Subterra Hammer Gorem et bat Clayf.

Marucho doit combattre le guerrier élémentaire Aquos, Frosch, et il est obligé d'envoyer Preyus tôt lorsqu'il apprend qu'il combat l'ombre de lui-même. Preyus ne se sent pas bien tout au long de la bataille, mais il est capable de guider Marucho pour qu'il accepte son passé. Marucho savait qu'il ne faisait que ce que ses parents lui disaient pour les rendre heureux, mais il n'aimait pas être toujours aussi obéissant. Cela amène Marucho à détester son ancien moi. En acceptant le passé, Marucho a pu aider le problème de digestion de Preyus. Cela permet à Preyus d'évoluer en crachant ses frères : Aquos Angelo/Aquos Diablo Preyus. La force combinée de ces frères s’avérera-t-elle suffisante pour vaincre l’Aquos Warrior ?

Shun est coincé avec la femme Ventus Lord, Oberus, qui a convoqué un enfant qui ressemble à la mère de Shun pour se battre. L'enfant convainc Shun de jouer avec elle pendant que le soleil se couche encore, ce qu'il ne fait jamais. Shun doit également se battre lorsqu'il est obligé de choisir entre retourner ou rester dans ce monde avec sa mère. Dans la bataille contre Oberus, Shun pense qu'il n'a pas besoin de ses amis. Sa croyance fait mourir Skyress après un grand impact avec Oberus. Lorsque Shun se rend compte de son erreur, une larme tombe sur la carte de capacité de Skyress, la changeant et faisant revivre miraculeusement Skyress, qui a évolué en Storm Skyress. En fin de compte, lorsque Shun choisit de retourner dans son monde, Skyress évolue vers Ventus Storm Skyress.

Runo et Tigrerra doivent combattre un jeune garçon du passé de Runo (une version plus petite de Dan) invoqué par le seigneur Haos, Lars Lion. Le test consiste pour Runo à réaliser à quel point elle chérit vraiment son amitié et son amour ainsi que ceux de Dan. Lorsque Tigrerra est frappée par les flèches de lumière perçantes de Lars Lion, Runo réalise l'amitié/l'amour qu'elle chérit et dit "Nous sommes amis pour toujours, Dan !" dans le doublage anglais, alors qu'elle dit "Je t'aime Dan!" dans la version japonaise. Lorsque Runo s'en rend compte, Tigrerra évolue en Haos Blade Tigrerra.

Dan doit combattre le Seigneur Pyrus, Apollonier, pour que lui et ses amis retournent dans leur monde. Lui et Drago découvrent bientôt qu'ils combattent un clown. Dan parvient à gagner la bataille, mais Drago n'évolue pas. Lorsque Dan arrache le masque du clown, il s'avère que c'est Runo. Pour que Drago évolue et que Dan réussisse son test, il doit se battre et gagner contre chacun des bagarreurs.

Joe est déterminé à découvrir où sont allés ses amis, alors il défie Masquerade dans une bataille. Au début, Joe semble surpassé, mais Wyvern revient pour aider Joe. Les Brawlers reviennent également et Masquerade se rend compte que son combat ne fait que commencer. Dan explique tout sur le Bakugan à sa mère, qui le croit et demande à Drago de prendre soin de lui. Naga se révèle comme l'un des Bakugan les plus dangereux au monde.

Dan dit à Shun, Julie et Marucho qu'il n'a pas encore réussi le test dans la dimension Doom et que la seule façon de faire évoluer Drago, il doit vaincre ses amis un par un. Julie combat d'abord Dan et Dan gagne. Ensuite, il combat Marucho et gagne à nouveau. Shun dit qu'il affrontera Dan le lendemain matin. Masquerade est dans la dimension Doom et est sur le point de commencer une bataille avec Alice.

Le dernier test de Dan consiste à battre ses amis pour que son Dragonoid puisse évoluer au niveau suivant et devenir l'Ultimate Bakugan. Dan combat Runo et Shun pendant que Masquerade va voir le Seigneur Darkus, Exeedra, et il finit par combattre Alice comme un mirage.

Joe se présente après que Dan ait vaincu Julie, Marucho et Runo pour Wyvern afin de vérifier les compétences de combat de Drago lorsque Dan et Shun se battent pour terminer le test de Dan. Pendant ce temps, le Seigneur Darkus et Masquerade terminent leur bataille. À la fin, Drago bat Skyress et devient le Pyrus Ultimate Dragonoid, et Duel Hydranoid bat le Darkus Lord et évolue vers le Darkus Alpha Hydranoid.

Alice semble disparaître tout le temps. Dan va parler avec Marucho, Runo, Shun et Julie et finit par trouver Alice ! Alice n'explique rien et s'en va. Plus tard, Joe reçoit un message de Masquerade et Dan décide qu'il prendra le relais pour combattre Masquerade avec Drago pour y mettre fin une fois pour toutes avec Masquerade. Dan gagne et propose à Masquerade de rejoindre les Battle Brawlers pour aider à vaincre Naga. Mais Masquerade refuse et enlève son masque. Il est révélé qu'Alice était Masquerade tout le temps !

Hal-G semble expliquer l'origine d'Alice et Masquerade. Parce qu'elle est incapable de se pardonner, Alice disparaît alors. Pendant ce temps, un énorme trou s’ouvre dans l’océan et des conditions météorologiques étranges se produisent partout sur la terre. En les convaincant, les Brawlers convainquent leurs parents du Bakugan. Que trouveront-ils dans la Vestroia en décomposition ? Dan et les Brawlers décident de faire un petit road trip, à Vestroia !

Alice raconte à Klaus ce qu'elle a fait en tant que Masquerade et est entraînée dans une bataille pour la punir pour avoir envoyé son Bakugan dans la dimension Doom alors qu'elle était Masquerade. Cependant, Klaus essayait juste de lui donner une leçon, à savoir que tout le monde et tout doivent travailler ensemble afin de créer l'harmonie.

Les Bakugan Battle Brawlers entrent dans Vestroia et réalisent que Vestroia est devenue un monde hybride où deux éléments sont mélangés pour n'en former qu'un seul. Ils entrent dans le monde Ventus et Aquos où ils rencontrent Tayghen et Hairadee : deux Bakugan des éléments Ventus et Aquos. Alors qu'ils se battent, ils voient soudainement le portail vers le prochain monde hybride de Vestroia se fermer et ils conviennent donc que Shun et Marucho doivent rester dans le monde Ventus et Aquos pour vaincre les deux Bakugan. Le reste de l'équipe Bakugan disparaît via le portail vers une autre dimension de Vestroia.

Alors que les Brawlers restants entrent dans le monde hybride de Subterra et Haos, deux sœurs Subterra/Haos Bakugan nommées Rabeeder et Tricloid tombent amoureuses de Dan. Les sœurs disent que la seule issue est de les battre dans une course. Dan et Drago gagnent et partent dans l'autre monde.

Dan et Drago entrent dans le monde hybride de Pyrus et Darkus où l'armée noire sévit. Dan et Drago sont sauvés des Bakugans hybrides Pyrus/Darkus Centorrior et Druman par Nobilion : un Pyrus Tigrerra qui est le plus ancien et le plus sage de tous les Bakugan. Nobilion explique comment l'énergie négative a influencé toute Vestroia, à l'exception de ceux qui peuvent se cacher. Nobilion a également mentionné que l'énergie négative a également créé le mal hybride Bakugan. En rencontrant à nouveau Centorrior et Druman, Drago et Nobilion finissent par les engager dans la bataille. Avec le sacrifice de Nobilion, Dan et Drago tentent de vaincre Centorrior et Druman.

Alice arrive à Vestroia en tant que Masquerade afin d'aider ses amis. Masquerade trouve Dan et il commence à aider Dan et Drago affaiblis. Centorrior et Druman sont cependant capables de contrer un bon jugement et tous les bonus donnés à leur Bakugan. Dan et Masquerade doivent travailler ensemble pour vaincre Centorrior et Druman aux côtés d'une armée de Serpénoïdes et de Gargonoïdes. Avec Masquerade et Hydranoid utilisant une astuce de coupure et de fuite, Dan et Drago les attirent au bon endroit où l'attaque d'Hydranoid parvient à vaincre Centorrior. Drago utilise ensuite son attaque pour vaincre Druman. Masquerade disparaît ensuite, encourageant Alice à continuer à être une Bakugan Brawler et Alice obtient Hydranoid dans le processus. Lorsque les bagarreurs se réunissent, Centorrior et Druman regardent de loin et déclarent qu'ils sont ensemble exactement comme Naga l'avait prévu.

Les Battle Brawlers ont réussi à unir chaque élément et ils reçoivent la bénédiction en tant que six nouveaux guerriers. Cependant, Hal-G et Naga continuent de semer le chaos sur Vestroia et attaquent maintenant la Terre avec l'aide des Bakugan hybrides (Taygen, Hairadee, Rabeeder, Tricloid, Centorrior et Druman) menant leurs armées Bakugan. Les Brawlers doivent trouver un moyen de sauver les deux mondes. L'aide est cependant en route. Chan Lee, Billy Gilbert, Komba O'Charlie, Julio Santana et Klaus Von Hertzon sont à la tête de tous les joueurs de Bakugan du monde lorsqu'ils ont décidé de prêter assistance. Une fois que Naga commence à attaquer avec une énergie négative, ses serviteurs se chargent de renverser la situation contre les joueurs de Bakugan. Joe contacte les bagarreurs que Naga dans le monde réel. Drago sent que Wayvern est en difficulté lorsqu'il envoie ses serviteurs à la recherche de l'Infinity Core, alors les bagarreurs retournent affronter Naga.

Wayvern installe un bouclier énergétique autour de Wardington alimenté par l'Infinity Core pour retenir Naga et ses troupes. Pendant ce temps, les bagarreurs reviennent et se joignent à la bataille pour protéger toute la Terre et vaincre Naga avant qu'il ne puisse réunir les deux noyaux. L’échec signifie que les deux mondes seront détruits. Jenny, Jewels et Marucho protègent la ville par la mer, où l'hybride Ventus/Aquos Tayghen a créé des tsunamis. Le chant de Jenny et Jewels incite les fans de Bordington à venir applaudir. Marucho, Jenny et Jewels pourront-ils vaincre Tayghen ?

La bataille contre les troupes de Naga se poursuit alors que Julie et Billy font équipe pour affronter le Bakugan hybride Subterra/Haos appelé Tricloid, qui a été alimenté par l'énergie négative de Naga. Au début, les deux semblent maîtrisés, mais l'adaptation des styles de combat de chacun peut être ce qui est nécessaire pour les aider à comprendre à nouveau comment travailler en équipe, surtout lorsque Naga décide de gâcher la fête. Shuji et Akira semblent également essayer d'obtenir des stratégies de leur sœur Nene. Avec l'aide de Nene et de son Ravenoid, Gorem et Cycloid battent Tricloid en se débarrassant de l'énergie négative que Naga lui a placée. À la fin, Julie demande à Billy de sortir avec lui.

Les troupes de Naga ont finalement infiltré Wardington après deux défaites. Alice découvre que la sœur de Tricloid, Rabeeder, envahit la ville. Elle ne sait pas que celui qu'elle a entraîné, Christopher, sera également impliqué dans la bataille. Dan est informé que Hairadee, Centorrior et Druman s'approchent également de la ville après la défaite de Tayghen et Tricloid. Quand il apparaît que ces deux-là sont maîtrisés, Klaus arrive. Les trois se rendent vite compte que tout ce que fait Rabeeder est contrôlé par son inquiétude pour sa sœur Tricloid. Alice commence à douter d'elle mais Christopher l'aide. Hydranoid bat Rabeeder et retrouve Tricloid alors que tous deux retournent à Vestroia.

Le retour de Hairadee, l'hybride serviteur Ventus/Aquos de Naga, a apporté de nouveaux problèmes à Komba et Shun. Alors que Skyress est piégé dans une barrière de glace, Shun révèle ses talents de ninja pour libérer Skyress et vaincre l'hybride. Julio organise la fête et participe à la bataille. Est-ce qu'ils seront tous les trois suffisants pour affronter le serviteur de Naga ?

Dan et Runo constituent les seules défenses contre Centorrior et Druman. Alors que Dan se souvient de sa bataille passée avec eux, il se rend compte qu'ils n'ont aucune chance sans aide. Julie, Billy, Marucho, Klaus, Julio et Komba sont également impliqués dans la bataille car Hal-G fait une transmission floue par Hal-G se faisant passer pour Kato. Ailleurs, Alice est prête à aider son grand-père, Hal-G, qui semble être redevenu pleinement lui-même. Elle l'emmène là où se trouvent Joe et Wayvern. Mais ce n'est qu'un piège. Il libère Naga. Shun a soupçonné un piège, alors il se présente et combat Naga. Lorsque Joe est capturé, Chan-Lee le libère et rejoint la dernière ligne de défense de la ville en déclenchant la forteresse. Tandis que Drago se bat contre le dernier serviteur de Naga, Wayvern est en grande détresse.

Wayvern appelle Drago pour lui dire qu'elle a besoin d'aide, les bagarreurs les mieux classés doivent vaincre Centorrior et Druman. Pendant ce temps, l'énergie négative de Naga s'avère trop forte pour Wayvern et Fortress. Centorrior étant vaincu, les autres s'occupent de Druman tandis que Dan et Drago se dirigent vers Naga. Quand Drago arrive, il combat Naga. Avec l'aide de Julios, Runo demande à Tigrerra de détruire Druman. Wayvern demande à Drago de l'attaquer pour qu'elle puisse lui donner l'Infinity Core. Il le fait et Wyvern disparaît. Drago devient Infinity Drago. Drago continue alors son combat avec Naga. Ils ont tous les deux 1000 G. Dans une bataille épique, les deux semblent à égalité. Cependant, Hal-G envoie son 5ème Paladins pour aider Naga.

Alors que Hal-G libère le 5e Paladins, tout semble désespéré jusqu'à ce que les bagarreurs envoient leur Bakugan pour aider Drago blessé. Ils détruisent les 5ème Paladins alors que Naga absorbe les énergies des 5ème Paladins. Avec le dernier de ses pouvoirs, Drago tire une brillante rafale de feu.