Un étrange climat règne dans le monde réel et la neige tombe en plein mois de juillet au Japon. Tai Kamiya, Matt Ishida, Sora Takenouchi, Izzy Izumi, Mimi Tachikawa, Joe Kido et T.K. Takaishi se retrouvent en possession de digivices qui les amènent directement dans le digimonde. Chacun d'eux possède son propre digivice et partenaire digimon. Peu après la découverte du nouveau monde dans lequel ils ont atterri, le groupe est attaqué par Kuwagamon. Ils sont finalement pris au piège sur une falaise, surplombant une rivière, qui s'écroule.

Les sauveurs et Kuwagamon tombent finalement dans la rivière, mais sont plus tard sauvés. Agumon, le partenaire de Tai révèle qu'ils sont les tout premiers humains à être parvenu dans le digimonde. Tai conduit le groupe vers un océan et une plage remplie de cabines téléphoniques. Alors que le groupe détermine quel plan ils utiliseront pour retourner chez eux, ils sont attaqués par un Shellmon. Aucun digimon excepté Agumon n'a la force de se battre à cause de la faim. Tai est capturé par Shellmon, ce qui provoque la digivolution d'Agumon en Greymon. Greymon balance Shellmon par-dessus la mer.

Une fois qu'ils quittent la plage, Tai réveille accidentellement Seadramon. Durant cette bataille, Gabumon se digivolve en Garurumon et bat Seadramon.

En entrant dans une forêt, le groupe découvre d'étranges objets volants, des roues noires. Plus tard, ils découvrent un village de Yokomon. Installés dans le village pour se rassasier, les sauveurs découvrent que le village est menacé par un Meramon. Celui-ci est battu par Biyomon digivolvée en Birdramon. Les Yokomon, pour remercier les sauveurs, leur offre généreusement de la nourriture, mais les sauveurs découvrent qu'ils ne peuvent pas manger la nourriture du digimonde.

Les enfants se perdent dans une drôle d'usine abandonnée et découvrent un androïde, Andromon. Après avoir été réanimé, celui-ci attaque les sauveurs. Izzy découvre un étrange code et l'utilise pour digivolver Tentomon en Kabuterimon. Kabuterimon détruit ensuite la roue noire qui était plantée dans le dos d'Andromon. S'excusant pour son comportement, Andromon les guide jusqu'à la prochaine zone.

Alors qu'ils tentent d'échapper à un groupe de Numemon, les sauveurs se séparent et Mimi et Palmon se perdent dans une ville de jouets contrôlée par Monzaemon. Ici, elles y retrouvent les autres sauveurs agissant bizarrement. Palmon se digivolve en Togemon et détruit la roue noire implanté dans le dos de Monzaemon.

Tai et Matt décident qu'ils doivent grimper au sommet du Mont éternel. Joe et Gomamon décident de grimper la montagne par eux-mêmes. Cependant, ils sont attaqués par Unimon. Tai et Sora viennent à leur rescousse et, alors qu'Unimon fait tomber Joe dans le vide, Gomamon se digivolve en Ikkakumon pour le sauver et détruit la roue noire implantée dans le dos d'Unimon.

Les enfants rencontrent celui qui contrôle l'Île des Fichiers Binaires, Devimon, celui qui commande les roues noires. Commandés par lui, Ogremon et Leomon attaquent les sauveurs, qui réussissent à s'échapper. Ils finissent dans un mystérieux manoir révélé être une hallucination créée par Devimon. Devimon morcelle l'île en petits îlots, qui s'éloignent du centre de l'île, et sépare les enfants en les envoyant dessus. Devimon parvient presque à battre Tai, mais le digivice de Tai libère Leomon de son emprise de la roue noire. Leomon parvient à libérer Tai à temps avant qu'il ne se fasse tuer.

Tai et Agumon se retrouvent sur une île remplie de neige et sont forcés de se battre contre Frigimon. Peu de temps après avoir délivré Frigimon de sa roue noire, Tai et Agumon retrouvent Matt et Gabumon sur la même île. Les deux se battent jusqu'à ce qu'un Mojyamon les attaque. Grâce à Frigimon, les deux digimon peuvent se battre et se digivolver. Ils battent Mojyamon et arrivent à faire que l'îlot se redirige vers le centre de l'Île des Fichiers Binaires.

Mimi et Palmon sont harcelés par Sukamon et Chuumon. Elles leur échappent en passant sur un îlot voisin du leur, sur lequel ont atterri Izzy et Tentomon. Une fois réunis, Mimi et Tentomon se perdent dans un labyrinthe où ils sont attaqués par Centarumon. Izzy et Palmon les trouvent finalement et détruisent la roue noire. Après la bataille, Leomon apparaît et attaque les enfants, mais il redevient à nouveau conscient grâce à leurs digivices.

Après l'attaque d'Ogremon, Joe et Gomamon se retrouvent sur une île avec Sora et Biyomon. Ils sont capturés par une bande de Bakemon dans le but de les manger. Gomamon et Biyomon réussissent à s'échapper et à se digivolver pour se battre contre Lord Bakemon. Ils le battent finalement grâce à une chanson insoutenable de Joe. Bakemon est ensuite détruit par Birdramon et Ikkakumon.

T.K. et Patamon arrivent dans un village, qui est celui où les bébés digimon naissent. Ils sont confrontés à Elecmon, le gardien des bébés digimon. Il combat Patamon, pensant combattre deux intrus. Pour éviter la violence, les deux digimon se confrontent dans une épreuve arbitrée par T.K., pour décider qui est le meilleur. Patamon gagne la partie mais également le respect et la confiance d'Elecmon.

Tout le groupe des sauveurs se réunit et est finalement attaqué par Leomon. Une fois Leomon conscient, il explique aux sauveurs la prophétie ainsi que le but de leur venue. Le groupe part finalement au Mont éternel, au centre de l'Ile des Fichiers Binaires, combattre Devimon. Finalement, Patamon se digivolve en Angemon et bat Devimon. Seulement, Angemon disparaît et revient sous forme de digi-œuf.

Un mystérieux vieil homme nommé Gennai apparaît en hologramme après leur combat contre Devimon et appelle les digisauveurs à combattre un ennemi encore plus puissant. Pour y arriver, ils doivent trouver les symboles de chacun et les scanners, qui permettront à leurs digimon de se digivolver à un niveau supérieur. Par la suite, les sauveurs rencontrent Whamon qui les transporte à travers l'océan pour trouver le symbole de chacun.

Les enfants arrivent dans un village de Koromon pris en otage par des Pagumon qui, finalement, capturent Tokomon. Etemon apprend l'arrivée des sauveurs par un de ses sous-fifres Gazimon et les affronte. Il utilise son réseau mégabug pour piéger les enfants, puis ceux-ci trouvent finalement le symbole du Courage de Tai.

Durée une traversée dans le désert, les sauveurs s'arrêtent temporairement dans un colisée. Ils sont pris au piège par Etemon et Greymon est forcé à combattre un autre Greymon. Joe, ayant découvert son symbole de la Responsabilité, le groupe s'échappe, et Tai force Greymon à se digivolver. Greymon se digivolve finalement en SkullGreymon et perd tout contrôle en attaquant et détruisant le colisée. SkullGreymon revient sous la forme de Koromon et s'excuse pour son comportement.

Après s'être perdu dans le désert, le groupe est transporté à bord d'un bateau commandé par Kokatorimon. Kokatorimon capture tous les garçons et pétrifie leurs partenaires. Biyomon et Palmon se digivolve et le battent, le bateau se crashe dans un cactus géant. Le haut du cactus se révèle être le symbole de la Sincérité de Mimi.

Le groupe est attaqué par un Kuwagamon et Tai ne parvient pas à faire se digivolver Agumon. Piximon intervient et les sauve. Il prend ensuite en charge un entraînement intensif pour Agumon et Tai. Lorsque Matt trouve son symbole de l'Amitié et Izzy trouve son symbole de la Connaissance, ils sont attaqués par un Tyrannomon. Piximon le retient, et veut que Tai et Agumon le battent. Agumon se digivolve en Greymon et bat Tyrannomon.

Après la découverte du symbole de l'Espoir de T.K., Izzy reçoit un e-mail de Datamon lui demandant de l'aide dans le quartier général, une large pyramide inversée. Datamon promet que s'ils le libèrent, il leur montrera le symbole de Sora. Une fois délivré, il s'échappe et kidnappe Sora. Il parvient à faire une copie de Sora pour contrôler Biyomon.

Tai parvient à sauver Sora. Greymon combat Datamon. La bataille se termine par une ouverture d'un portail qui détruit Etemon et transporte Tai et Agumon vers Tokyo.

Tombés dans le vortex, Tai et Koromon se retrouvent dans la ville du jeune garçon. Celui-ci constate avec surprise que tout est exactement comme le jour de son départ pour le camp de vacances. Il s’étonne aussi de voir que sa sœur Kari connaissait déjà Koromon. Chez lui, il reçoit un message d'Izzy lui disant de ne pas revenir dans le digimonde.

Tai et Agumon réussissent finalement à revenir dans le digimonde. Demidevimon fait croire à T.K. que les autres enfants ne veulent plus le voir et le petit garçon se fâche avec Tokomon. Mais l’arrivée de Tai arrange les choses et T.K. se réconcilie avec son digimon. Furieux, Demidevimon veut faire manger aux enfants des champignons faisant perdre la mémoire.

Matt retrouve Joe dans un restaurant tenu par Digitamamon. Celui-ci le fait travailler comme un esclave pour payer un repas pris des semaines plus tôt. Peu après, Matt devient lui aussi un esclave. Peu après, il est révélé que c'est un coup monté par Demidevimon pour les garder à cet endroit le plus longtemps possible. Heureusement, Tai et T.K. arrivent à temps pour les délivrer.

Demidevimon réussi à envoyer Izzy dans l'univers de Vademon. En persuadant Izzy d'« abandonner sa curiosité », Vademon le transforme en un véritable zombie et lui confisque son scanner et son symbole. Tentomon, totalement impuissant, régresse et se retrouve digivolvé en Motimon. Heureusement, Izzy se ressaisit et récupère ce qui lui appartient avec l'aide de Pabumon.

Les enfants retrouvent finalement Mimi devenue princesse d'un beau château, occupé par des Gekomon et des Otamamon. Ceux-ci pensent que Mimi peut réveiller leur chef tout puissant en chantant. Mais pour savourer plus longtemps cette vie de château, la jeune fille cherche toujours des excuses pour remettre son tour de chant à plus tard. Et quand elle se décide enfin à chanter, tout se complique.

Tous les enfants ont vu leur symbole briller, excepté Sora. Elle est contrariée depuis que Demidevimon lui a dit que son symbole de l'amour ne brillerait jamais. Myotismon, leur nouvel ennemi, se bat contre tous les digimon et prend l'avantage sur eux. Sora réagit alors comme une maman voulant protéger son enfant et son symbole de l'amour se met à briller.

Gennai apprend aux enfants qu'il existe un huitième digisauveur et que c'est à eux de le trouver. Ceux-ci essayent alors de regagner le monde des humains par un portail situé au sous-sol du château de Myotismon mais, ils sont attaqués par Gatomon qui les empêche de quitter le monde digital. Pendant ce temps, les méchants digimon partent à la recherche du huitième enfant.

Gatomon franchi les portes reliant les deux mondes pour essayer de trouver le huitième enfant. Pendant ce temps, Gennai invite les autres enfants chez lui et leur remet des cartes de digimon, qui les aideront à rouvrir le portail, sans leur dire comment les utiliser. De retour au château de Myotismon, Izzy découvre comment se servir des cartes pour ouvrir le portail juste avant l’arrivée de Dokugumon.

Les enfants sont de retour au camp de vacances, là où leur aventure avait commencé, bien déterminés à retrouver le huitième digisauveur avant Myotismon. Ensuite, ils s'arrangent pour revenir en ville, dans le quartier de Bellevue où ils habitaient étant petits. Ils se souviennent du combat entre deux digimon qui s’y était déroulé quelques années plus tôt.

Pour retrouver le huitième digisauveur, les enfants doivent traverser la ville et ils prennent le métro en portant leurs petits digimon avec eux. Yokomon est énervé par un bébé qui pleure et provoque une forte réaction des passagers. Après le métro, les enfants sont par chance emmenés en voiture par le cousin de Sora qui passait par là, mais ils le regretteront.

Les enfants ont beaucoup de difficulté à cacher l’existence des digimon à leurs parents, tout en essayant de chercher le huitième digisauveur. Un signal émis par un mystérieux digivice les alerte et ils essayent d’attraper celui-ci. Mais Raremon, un méchant digimon nauséabond intervient. Heureusement, Kabuterimon est plus fort que lui et le bat.

Les sauveurs savent maintenant que le huitième digisauveur habite quelque part en ville, et ils se séparent dans l'espoir de le trouver plus rapidement. Pendant ce temps, la sournoise Gatomon fait des siennes pour les prendre de vitesse. Mimi et Sora rencontrent le méchant Skullmeramon qui veut s’en prendre à elles, mais MetalGreymon intervient à temps.

En cherchant Patamon en ville, les enfants rencontrent deux envoyés de Myotismon. Ils étaient censés trouver le huitième enfant, mais en réalité ils ne pensent qu’à s’amuser et à prendre du bon temps. Furieux, Myotismon les renvoie en prison dans le digimonde et s’en prend ensuite aux enfants, mais Angemon le met en fuite.

Wizardmon, un vieil ami fidèle de Gatomon apprend à celle-ci qu’elle est destinée à devenir un jour le digimon du huitième Digisauveur. Pourtant, Gatomon avait vécu pendant longtemps seule dans le digimonde et Myotismon l’avait persuadée de le servir. C’est pourquoi il compte sur elle pour savoir qui est réellement le huitième enfant.

Myotismon bloque tous les accès qui mènent à un quartier de la ville et il envoie les Bakemon et leur chef Phantomon capturer les habitants et les emprisonner dans le centre de conférences. Grâce à l’intervention de Palmon qui se digivolve en Lillymon et qui écarte Dark Tyranomon du chemin des enfants, les choses s’arrangent, jusqu’à l’arrivée de Myotismon.

Tai confie la garde de sa sœur Kari à Matt pendant son absence. Il rêve de se battre contre les méchants digimon. Izzy, avec l’aide de Gennai, découvre où se trouve le générateur de brouillard qui recouvre tout un quartier de la ville et essaye de le détruire. Pendant ce temps, Phantomon intervient contre Kari qui lui avoue être le huitième enfant.

Kari s’est rendue à Myotismon, en espérant que son geste allait entraîner la fin des attaques de celui-ci contre ses amis. En réalité, elle découvre que le méchant digimon veut les faire disparaître Gatomon et elle, et il faut le sacrifice de Wizardmon pour empêcher le pire. Gatomon se digivolve ensuite en Angewomon et réussit à battre Myotismon.

Gennai raconte une très ancienne prophétie aux enfants, qui d’abord n’y comprennent pas grand-chose. Mais petit à petit, elle leur paraît plus claire. En suivant les diverses phrases de la prophétie, ils luttent contre Myotismon et arrivent à le battre quand Matt et Tai demandent à leurs amis digimon de décocher leurs flèches d’espoir et de lumière sur eux. Angemon et Angewomon, d'après la fin de la prophétie, tirent leur flèche sur Tai et Matt, permettant à Agumon et Gabumon de se surdigivolver en WarGreymon et MetalGarurumon.

Le combat contre VenomMyotismon a laissé des traces. Greymon et Garurumon se sont digivolvés pour la première fois en digimons de niveau mega mais, ils n’ont pas réussi à gagner seuls. Par la suite, à la grande stupéfaction des enfants, le monde digital apparaît dans le ciel et ils décident d’y retourner, en laissant leurs parents derrière eux.

De retour dans le digimonde, les enfants découvrent que les choses ont beaucoup changé. Ce sont maintenant les maîtres de l’ombre qui dirigent ce monde, à partir de leur repaire, la Montagne Spirale. Les digisauveurs apprennent que huit digimons au niveau champions ne peuvent pas battre un digimon de niveau mega. Piximon fait une diversion et leur permet de fuir.

Les enfants sont très reconnaissants à Piximon d'être venu combattre les maîtres de l'ombre, même s'il ne réussit pas à les vaincre. Un peu plus tard, ils trouvent ce qu’ils pensent être un restaurant de plage, mais qui est en réalité un piège tendu par Scorpiomon. L’intervention de Zudomon et de Lillymon leur permet de s’en sortir à temps.

La traversée de l’océan s’est révélée périlleuse, mais l’intervention de Whamon sauve les enfants. Traqués par les Divermon, ceux-ci doivent plonger dans une profonde fosse pour pouvoir les semer. Remontés à la surface, ils pensaient être enfin hors de danger, mais Metal Seadramon les attendait et son accueil n’allait pas être chaleureux.

MetalSeadramon attend les enfants et les suit dans le tunnel sous-marin pour les attaquer. Heureusement, les digimon sont intervenus et Wargreymon a réussi à battre le terrible allié des maîtres de l’ombre. Dans la bagarre, Whamon se désintègre. L'océan en fait autant et les enfants se croient au bout de leurs peines.

Après la dernière rencontre des enfants avec les maîtres de l’ombre, Matt décide de quitter le groupe. Il estime que tous les enfants ont changé d'attitude en bien, mais que lui est resté comme avant, il veut rester seul pour faire le point, seul Gabumon peut l’accompagner. Cherrymon accentue encore le malaise en lui disant qu’il lui faudrait battre Tai pour s’affirmer.

Pendant que Tai et Matt se disputent pour ne pas changer, une entité inconnue leur parle par l’intermédiaire de Kari. Elle leur explique ce qui s’est passé quatre ans plus tôt au cours de la première rencontre des enfants avec des digimon et le rôle qu’avait joué Gennai pour sauver les digi-œufs. Ensuite, comme Matt, Mimi et Joe décident de quitter le groupe.

Fatigués des combats incessants et de la violence permanente qui les entoure, Mimi et Joe décident de se séparer de leurs amis et de se reposer un peu. C’est alors qu'Etemon, digivolvé en MetalEtemon, réapparaît pour se venger des digisauveurs qui l'avaient battu. Mimi et Joe trouvent Ogremon blessé et le soignent à la grande surprise de celui-ci.

Les éternels adversaires Leomon et Ogremon décident d’arrêter momentanément de se combattre et d’affronter ensemble MetalEtemon. Pendant ce temps-là, les autres digimon essayent de venir à bout de Puppetmon. Il faut que Gomamon se digivolve en Zudomon pour réussir à vaincre le terrible MétalEtemon, malheureusement Leomon disparaît.

Alors que le groupe d’enfants traverse un nouveau désert, Kari, malade, s’effondre soudainement sur la route. Tai s’en veut terriblement parce que sa sœur avait déjà été très malade quelques années plus tôt, à cause de lui. Les digisauveurs trouvent une ville déserte et décident de laisser Kari se reposer, sous la surveillance de Sora et de T.K., mais leurs ennemis les surveillent.

Sora, Kari et T.K., séparés des autres enfants découvrent que Warumonzaemon oblige les Numemon à fournir de l’énergie à la ville, en les traitant comme des esclaves. Une étrange lumière apparaît et permet aux digimon de libérer les Numemon. Ceux-ci, pour les remercier, aident les enfants à combattre Machinedramon, qui est battu par Wargreymon.

Mimi et Joe arrivent au village qui sert de maternité aux bébés digimon, qui y éclosent, loin des violences et des dangers. Sachant que Mimi est désormais à l’abri, Joe décide de faire comme Matt et de partir tout seul à la recherche de lui-même. Pendant ce temps, Tai et son groupe rencontrent et affrontent LadyDevimon. Sora et T.K. essayent de rameuter tout le monde.

Terriblement déprimé, Matt s'engage dans une profonde caverne pour s'isoler du reste du monde. Heureusement, Gabumon réussit à lui faire comprendre qu'il est très apprécié par les autres et le fait sortir de la caverne. Sora connaît un peu le même problème et Matt et Joe l’aident à le surmonter. Le combat contre Piedmon devient de plus en plus incertain.

En dépit de l’aide de deux digimon de niveau mega, les enfants n'arrivent pas à venir à bout de Piedmon. Celui-ci transforme les enfants qu’il attrape en porte-clés et bientôt il ne reste plus que T.K et Kari pour mener le combat. Angemon se digivolve alors en MagnaAngemon et sauve les enfants. Piedmon est enfin vaincu et expédié à travers la porte du destin.

Les Maîtres de l’Ombre ont été vaincus, mais les digisauveurs ne sont pas au bout de leurs peines. Il leur faut maintenant affronter la force du mal créatrice de tous ces digimon maléfiques. Apocalymon, est doté des pouvoirs de tous les digimon qui ont été battus par les digisauveurs et il envoie ceux-ci dans le monde informatique. Les enfants se préparent pour le combat final.

Une bataille épique commence entre les sauveurs et Apocalymon et ils gagnent grâce aux attaques de WarGreymon et de MetalGarurumon. Apocalymon, en tout dernier recours, lance son attaque Total Annihilation qui pourrait détruire les deux mondes. Grâce aux digivices des enfants, Apocalymon est détruit par sa propre attaque et les deux mondes sont sauvés. Le digimonde se reformate et les digisauveurs décident de passer le reste de leur été dans le digimonde. Cependant, Gennai leur informe qu'ils doivent rapidement quitter le digimonde, ou ils resteront ici pour toujours. Après des adieux déchirants à leurs partenaires digimon, les sauveurs repartent dans leur monde et Tai, le chef de la bande, est sûr qu'un jour, le digimonde s'ouvrira de nouveau sur leur monde.

L’histoire reprend 3 ans après les évènements lorsque Tai trouve un chemin vers le digimonde et sait Agumon en danger. Trois nouveaux digisauveurs -- Davis, Yolei et Cody -- reçoivent leurs digivices. Izzy trouve un portail vers le digimonde que T.K. et Kari ainsi que Davis traversent pour aller aider Tai. Patamon et Gatomon retrouvent alors T.K. et Kari. Davis rencontre Veemon, son partenaire. Veemon s’hyperdigivolve en Flamedramon pour combattre un Monochromon contrôlé par l’Empereur des digimon.

Tout le groupe d’anciens digisauveurs (à part Mimi) se réunissent pour parler de la crise dans le digimonde. Davis, Yolei, Cody, Sora, Izzy, T.K. et Kari vont dans le digimonde. Sora et Izzy retrouvent Biyomon et Tentomon, Yolei et Cody rencontrent leurs partenaires Hawkmon et Armadillomon qui s’hyperdigivolvent en Halsemon et Digmon. Davis et Veemon sont capturés par l’Empereur des digimon et les autres doivent le délivrer.

Le groupe traverse une fois encore le portail vers le digimonde attaqué par l’Empereur des digimon. Alors qu’ils se cachent de lui, T.K. et Kari découvrent leurs propres digi-œufs, permettant à Gatomon et Patamon de s’hyperdigivolver en Nefertimon et Pegasusmon.

Gabumon est capturé après avoir sauvé un village de Gazimon. Il s’échappe mais il est sérieusement blessé. Matt et les nouveaux digisauveurs vont dans le digimonde pour le sauver. Après une bataille contre un RedVegiemon sous l’emprise d’une Tour Noire, Gabumon se digivolve en Garurumon et le combat tourne à son avantage. La tour est détruite et tout le monde est sauvé.

Gomamon est pris en otage par l’Empereur des digimon. Joe part avec les nouveaux sauveurs pour le sauver. Mais lorsqu’ils retournent dans le digimonde, Cody est blessé, et Joe reste pour l’aider. Pendant que les autres attaquent, Joe et Cody sont blessés par un Shellmon et un Ebidramon. Digmon les combat et libère Shellmon mais Ebidramon lui n’est pas combattu. Par chance, les autres détruisent la Tour Noire et Gomamon se digivolve en Ikkakumon, libérant Digmon et détruisant Ebidramon.

Mimi (de passage au Japon) et les nouveaux digisauveurs partent pour un pique-nique dans le digimonde. Mais Mimi tombe dans un trou, avec Yolei, et sont séparées du reste du groupe. Elle rencontre Palmon, mais sont toutes les trois attaquées par deux frères Roachmon qui sont sous l’emprise de l’Empereur. Après avoir piégé les frères Roachmon, la tour noire est détruite et Palmon se digivolve en Togemon et les combat.

Après avoir détruit une tour noire localisée dans une ville, Kari est séparée du reste du groupe. Davis et T.K. reviennent pour la sauver. Kari réussit enfin à libérer Andromon de l’emprise d’un anneau noir et celui-ci détruit la tour noire.

L’équipe de football de Davis joue contre celle de Ken Ichijouji. Les digisauveurs découvrent plus tard qu’il est l’Empereur des digimon.

Ken fuit de chez lui, préférant retourner dans le digimonde. Il capture Agumon, et le force à se digivolver au niveau Ultime, ce qui provoque l'apparition de l'incontrôlable SkullGreymon. SkullGreymon à bout de souffle se dé-digivolve en Agumon, mais l’Empereur arrive quand même à mettre son plan à exécution.

Ken, furieux de son incapacité à contrôler SkullGreymon, travaille sur une spirale maléfique. Wormmon, dans l’espoir que Ken ne réussisse pas à la créer, libère Agumon. Cependant, alors qu’il retourne aux côtés de Tai, Ken le capture de nouveau grâce à une spirale, et le fait se digivolver en Metalgreymon (mode virus) et attaquer les digisauveurs.

Après avoir trouvé un nouveau digi-œuf, les digisauveurs sont attaqués par Flymon et MetalGreymon, sous le contrôle de la nouvelle spirale de l’Empereur. Flymon faillit détruire Patamon, mais Tentomon réussit à trouver Garurumon pour qu’il le sauve. Davis réussit finalement à activer le digi-œuf (après avoir prouvé son amitié à Veemon). Veemon s’hyperdigivolve en Raidramon et lui et Garurumon détruisent la spirale, délivrant Agumon.

Biyomon manque et l’équipe (excepté T.K. et Kari), accompagnée de Sora, atterrit dans une ville fantôme tirée d’un film de cowboys. Starmon, sous le contrôle de Ken, enferme les digisauveurs en prison. Les filles du groupe sont délivrées par Deputymon qui leur fait jouer aux cartes. Les garçons réussissent à faire s’hyperdigivolver Veemon en Flamedramon et combattent Starmon. Flamedramon bat Starmon et l’envoie valser dans une tour noire, la détruisant et le délivrant ainsi de l’emprise de l’Empereur.

Kari est attirée dans un monde autre que le monde réel et proche de celui du digimonde. T.K., Gatomon et Patamon la suivent, et ensemble, combattent Airdramon. Patamon s’hyperdigivolve en Pegasusmon et détruit la tour noire. Les créatures, les Divermon, qui ont amené Kari dans leur monde, veulent la capturer, mais Angewomon la délivre et ils parviennent à s’échapper. T.K. dit à Kari à quel point il tenait à elle. À la fin de l’épisode, Dragomon est aperçu sortant étrangement de la mer.

Les nouveaux digisauveurs mangent. Le propriétaire du restaurant, Digitamamon, devient furieux car ils n’ont pas de quoi payer. Michael et Mimi viennent dans le restaurant et payent l’addition. Plus tard, Digitamamon est contrôlé par l’Empereur et attaque Mimi. Yolei active son digi-œuf de la Sincérité et fait s’hyperdigivolver Hawkmon en Shurimon (après avoir à moitié crié sur Digitamamon) et libère Digitamamon de la spirale infernale.

Les digisauveurs atterrissent dans une ville. Alors qu’ils libèrent des Floramon et Mushroomon de l’emprise de leurs anneaux, ils rencontrent ShogunGekomon. Peu après, Ninjamon met une spirale sur ShogunGekomon et les digisauveurs doivent l’arrêter.

Un MegaSeadramon réussit à bloquer les digisauveurs sur une plateforme pétrolière. Cody admet avoir peur de l’eau et les autres tentent de l’aider à surmonter sa peur. Il va trouver Joe et sauvent ensemble le reste de l’équipe. Pendant ce temps, les autres trouvent le digi-œuf de la Responsabilité, le second digi-œuf de Cody. Cody ne peut accepter d’avoir menti à son grand-père. Mais grâce aux paroles de Joe, son digi-œuf s’illumine. Les autres sont sauvés par Joe et un Whamon pendant que Submarimon et Ikkakumon battent et libèrent MegaSeadramon. À la fin, Submarimon explore les profondeurs de la mer avec Cody.

Les digisauveurs, anciens comme nouveaux, commémorent les évènements d’il y a trois ans. Pendant ce temps, la chaîne de TV japonaise a des problèmes techniques et clame que c’est un fantôme qui cause le problème. Les digisauveurs découvrent que le fantôme est en réalité Wizardmon. Wizardmon leur transmet un message énigmatique pour leur révéler le moyen de battre l’Empereur des digimon, avant de disparaître.

Les digisauveurs reviennent dans le digimonde pour trouver la base de Ken. Tai, Matt, et Izzy emmènent le père de Matt à un camp de vacances pour éviter tout soupçon. Le groupe est suivi par Jun, la sœur de Davis, et réussit à la semer. Pendant ce temps, Yolei s’emporte et est suivie par Sora et Biyomon. Au même moment, Ken tente de créer un monstre à l’aide de plusieurs parties du corps de certains digimon.

Tous les nouveaux sauveurs (excepté Davis) s’infiltrent dans la base de Ken. Devimon apparaît, et T.K. devient furieux lorsqu’il se rappelle ce qu’il a fait à Patamon lors de leur dernière rencontre et frappe Ken. Lorsque Ken s’échappe face à T.K., il libère son nouveau digimon, Kimeramon.

Kimeramon réussit apparemment à vaincre les nouveaux digisauveurs. Wormmon conduit Davis et Veemon à la source de la base. Dans cette salle est implanté un digi-œuf, celui-ci aide Davis à hyper-digivolver Veemon en Magnamon.

Kimeramon et Magnamon se battent. La base de Ken explose, et Wormmon donne tout son pouvoir pour aider Magnamon à vaincre Kimeramon. Magnamon détruit Kimeramon, et Ken est anéanti de voir que Wormmon est mort comme l’était son grand frère, Sam. Davis trouve le Symbole de la Gentillesse sur le sol et le donne à Ken, et lui dit de retourner auprès de sa famille. Les digisauveurs retournent dans le monde réel et rejoignent l’autre groupe au camp de vacances.

Les digisauveurs retournent dans le digimonde pour aider les digimon à rebâtir leur monde. Davis, tentant d’attirer l’attention de Kari, veut que Veemon se digivolve naturellement (sans digi-œuf) comme Patamon. Ses efforts ne font qu’énerver un Tortomon qui les chasse par la suite. Veemon se digivolve en ExVeemon pour le combattre.

Ken se remémore les souvenirs à propos de son grand frère Sam, son digivice, l’e-mail qu’il a reçu, et la première fois qu’il est venu dans le digimonde (malgré son amnésie temporaire dans le monde réel). Il retourne dans le digimonde et trouve Leafmon, la forme bébé de Wormmon, dans le Village des bébés digimon.

Davis, Kari et T.K. découvrent que leur digimon ne peut plus se digivolver naturellement bien que les tours noires aient été détruites et que l’Empereur des digimon ait été vaincu. Cody est attaqué par Thundermon, ce qui conduit à la digivolution inattendue d’Armadillomon en Ankylomon. Ken aperçoit une étrange femme dans sa chambre et celle-ci ne lui dira pas son nom. Les sauveurs sont dans le doute lorsque Thundermon est tué par Ken et un mystérieux digimon.

La mystérieuse femme change les tours noires en digimon. Elle en transforme une en Rockmon qui essaye de détruire un barrage. Les digisauveurs ne peuvent pas le détruire et sont forcés d’appeler Ken et Stingmon (niveau champion de Wormmon) pour les aider à détruire Rockmon. Après avoir appris un peu plus sur les tours noires et sur ce qu’est devenu Ken par Palmon, Yolei est capable d’aider Hawkmon à se digivolver en Aquilamon qui détruit Rockmon.

Les sauveurs aperçoivent la base de Ken sur le point d’exploser. Okuwamon, un digimon créé à partir de 10 tours noires, attaque les digisauveurs. Ken arrive, et Davis lui parle d’amitié. Soudain, ExVeemon et Stingmon fusionnent en Paildramon.

Paildramon et Okuwamon se battent et Paildramon détruit Okuwamon. Ken pose son symbole de l’amitié dans sa base, mais rien ne se passe. Paildramon détruit entièrement la base et Izzy explique aux sauveurs la digivolution ADN et le fait que les digimon ne peuvent plus devenir des ultimes.

Les sauveurs arrivent dans une énorme demeure, endroit dans lequel l’étrange femme les attend avec impatience. Alors qu’il se dirige vers elle, le groupe est attaqué par un tas de digimon insectes. Lorsqu’ils aperçoivent cette femme araignée, celle-ci utilise sa flûte pour contrôler Stingmon et les autres digimon insectes du groupe.

Yolei crée une parade contre la musique jouée par l’araignée. Celle-ci révèle alors sa forme originale de digimon, Arukenimon. Alors que le groupe est sur le point de la vaincre, un autre digimon, Mummymon, vient à son aide.

Alors que les doutes de Cody envers Ken forcent Ken à quitter le groupe, Mummymon et Arukenimon créent BlackWarGreymon à partir d’une centaine de tours noires. Yolei réussit à ramener Ken dans le groupe et ainsi apparaît Paildramon, BlackWarGreymon gagne face aux digisauveurs sans le moindre effort, mais refuse de finir son travail, et fuit Mummymon et Arukenimon, pour chercher un adversaire digne de lui.

Alors qu’ils cherchent l’anneau de la queue de Gatomon, Yolei, Kari, Ken et leurs digimon tombent dans l’océan des ténèbres. Lorsqu’ils sont attaqués par Blossomon, une autre création d’Arukenimon, Gatomon et Aquilamon fusionnent en Silphymon (seulement après que Yolei a mis une baffe à Kari, quelque chose que Kari a également fait plus tôt dans l’épisode) et détruit Blossomon, les libérant. Cependant, ils ne trouvent toujours pas l’anneau de Gatomon.

BlackWarGreymon a une discussion sérieuse avec Agumon à propos de la vie. Arukenimon et Mummymon tournent leur attention sur les Pierres du Destin, et en détruisent une causant à BlackWarGreymon une énorme souffrance.

Yolei, pendant son voyage scolaire, rencontre BlackWarGreymon et de nombreux autres digimon dans le monde réel après qu’il a détruit une autre pierre du destin. Ken amène son Poromon, et l’aide à combattre le digimon jusqu’à ce qu’ils reviennent dans le digimonde après avoir battu Musyamon en le faisant revenir dans le digimonde à travers un ordinateur portable.

Lorsque BlackWarGreymon détruit la troisième pierre, un digimon apparaît brièvement et BlackWarGreymon est convaincu que c’est son adversaire, celui qui est digne de lui. Par la suite il détruit aussi la quatrième pierre.

Cody, inquiet de T.K., va voir Matt, qui lui dit à quel point T.K. souffre des blessures du combat contre Devimon. BlackWarGreymon détruit l’une des deux dernières pierres du destin, après avoir détruit la cinquième pierre.

Les digisauveurs partent pour manger dans un autre restaurant tenu par Digitamamon. Arukenimon et Mummymon sont déjà dedans, tentant d’obtenir les ingrédients de sa soupe. Lorsqu’il refuse, ils regardent par eux-mêmes et découvrent la dernière pierre du destin. BlackWarGreymon se montre et Angemon et Ankylomon fusionnent en Shakkoumon.

Pendant que Shakkoumon combat BlackWarGreymon, Davis a l’idée de déplacer la pierre à l’aide des digivices. En essayant de la bouger, ils invoquent Azulongmon, le digimon qui est apparu plus tôt dans la saison lorsque BlackWarGrreymon avait cru aperçevoir son adversaire. BlackWarGreymon attaque Azulongmon mais il est rapidement repoussé, et part. Après avoir expliqué le véritable but des tours noires et des digivolutions ADN, Azulongmon avertit le groupe d’un véritable ennemi, celui qui contrôle Arukenimon et Mummymon. Plus tard, Davis aperçoit une tour noire dans le monde réel.

Alors que Noël approche, les digisauveurs sont d’humeur festive. Un groupe de digimon gâche le concert de Matt et l’équipe doit les arrêter. Paildramon, Silphymon et Shakkoumon finissent le boulot.

Grâce à Azulongmon, Paildramon se digivolve en Imperialdramon.

Les digisauveurs japonais coopèrent avec ceux du monde entier. Mimi et Davis font équipe avec les digisauveurs américains pendant que Kari et Izzy partent à Hong Kong.

En Australie, Cody et Joe rencontrent Derek et son Crabmon pour combattre des digimon marins. En France, à Paris, T.K. et Tai reçoivent l’aide du grand-père de T.K et partent à Versailles pour sauver une digisauveuse française et son Floramon des griffes de BigMamemon, MetalMamemon et Mamemon.

Ken et Matt font équipe avec des digisauveurs mexicains, pendant que Sora et Yolei font équipe avec ceux de Russie et de Sibérie. Yolei et Sora perdent l’avantage à cause des conditions climatiques. Avant qu’elles ne soient vaincues, elles sont sauvées par Imperialdramon. Ils retournent tous au Japon, juste à temps pour célébrer Noël. Cependant, Arukenimon et Mummymon manigancent quelque chose.

Un nouvel ennemi, Daemon, apparaît. Avec l’aide du pouvoir d’Azulongmon, Imperialdramon gagne face à SkullSatanmon en se digivolvant en Imperialdramon Mode Combattant grâce aux sacrifices des pouvoirs des anciens digimon. Malheureusement, l’équipe n’a d’autre choix que de détruire SkullSatanmon, un choix qu’ils regrettent profondément.

Yukio Oikawa et ses acolytes kidnappent Ken, et utilisent ses spores noires pour les implanter dans d’autres enfants. Pendant ce temps, les serviteurs de Daemon doivent tuer les digisauveurs.

Oikawa tente d’échapper à Daemon qui veut récupérer Ken, avant que Davis n’intervienne. Les autres digisauveurs arrivent, et avec leur aide, Ken est capable d’ouvrir un portail vers l’océan des ténèbres pour y envoyer Daemon.

BlackWarGreymon vient à la rencontre d'Oikawa, qui lui explique ses origines. Le digimon tente de détruire Oikawa, mais il est finalement arrêté par WarGreymon et Imperialdramon. Après un énorme combat, ils tentent de sympathiser avec BlackWarGreymon.

Les spores noires d’un des enfants grandissent en une fleur noire. Le grand-père de Cody tente de convaincre Oikawa d’abandonner sa méchanceté, mais il échoue. Avant qu’Oikawa ne le tue, cependant, BlackWarGreymon se sacrifie et prend le coup. Le digimon méga mourant tente d’utiliser ses dernières forces pour sceller le portail digital. Il est révélé qu’Oikawa est possédé par une force maléfique, une que BlackWarGreymon reconnaît mais qu’il est incapable d’identifier.

Oikawa et les enfants infectés par les spores noires tentent d’aller dans le digimonde, mais, à cause du sacrifice de BlackWarGreymon, tentent d’y accéder par le biais d’un autre portail. La force le possédant s’expose et Gatomon reconnaît effroyablement cette force en entendant sa voix : Myotismon ! Il est celui qui cause tous les problèmes (excepté pour Daemon). Il revient sous sa forme la plus puissante, MaloMyotismon, utilisant le pouvoir des spores noires des enfants, et détruit cruellement Arukenimon et Mummymon.

MaloMyotismon possède les digisauveurs à l’aide d’illusion de leurs rêves, mais Davis, dont le rêve était qu’ExVeemon puisse devenir plus puissant pour vaincre les opposants, les a guidé. Les autres suivent son exemple, ce qui permet la digivolution de tous les digimon. Malheureusement, l’attaque finale de tous les digimon repousse MaloMyotismon dans le digimonde, endroit dans lequel il est devenu plus puissant en absorbant les spores. Il commence alors à recouvrir les deux mondes de ténèbres.

Les six digisauveurs, assistés de tous les digisauveurs dans le monde ainsi que d’Oikawa (n’étant plus possédé), détruisent MaloMyotismon en révélant leurs rêves et espoirs ce qui l’affaiblit. Tout le monde donne sa puissance à Imperialdramon Mode Combattant qui détruit l’esprit de MaloMyotismon avec son attaque Méga Crash. Oikawa est laissé mourant et tente d’utiliser le peu de sa force pour restaurer la paix dans le digimonde. Vingt ans plus tard, lorsque tout le monde possède un partenaire digimon dans le monde réel, les deux groupes de digisauveurs ont grandi et mûri, et leurs enfants ont maintenant le devoir de protéger les deux mondes.