À l’Académie Mihama, les étudiantes apprennent à devenir des agents d’élite dans l’ombre de la société. Taiga Sengoku, une nouvelle recrue déterminée, rejoint l’équipe malgré son jeune âge. Entre entraînements intensifs et défis personnels, elle devra prouver qu’elle est prête à affronter les ténèbres du terrain.

Chris repense à son enfance et à la raison pour laquelle elle est devenue spécialiste en engins explosifs. Un attentat a eu lieu dans une université où se trouvait Taiga, par un groupe terroriste appelé The Final Answer. Chris souhaiterait intervenir au plus vite, mais les choses ne vont pas selon ses attentes.

L'équipe arrive à l'université pour libérer les otages et pour soutenir Chris et Taiga dans leur évasion. Ichiru révèle à Haruto les manigances de la famille de Taiga qui se sont tramées derrière les coulisses.

Yûki revient à Mihama après une longue absence. Sa sœur, Murasaki, semble toutefois mitigée par sa présence.

Haruto se rend chez la famille de Yûki et Murasaki pour apprendre une technique secrète. Un soir, une attaque bouleverse tout…

L'histoire d'Aoi, appelée le Phantom Trigger, agent d'excellence du CIRS qui s'est vu confier Haruto à sa naissance.

Enishi Urushihara est accusé d'être un espion. Le CIRS tente de lever le voile sur sa possible culpabilité, à ses frais.

Arisaka assiste aux entraînements des filles. Un jour, des traumatismes ressurgissent.

Les forces armées interviennent pour permettre au SORD de s'infiltrer dans la base de la TFA.

Un groupe de survivants tente de survivre aux assauts menés par le SORD.

La TFA est au pied du mur, mais ses soldats ne semblent pas vouloir capituler.

Les derniers soldats s'affrontent pour déterminer qui survivra.

Haruto termine son combat ultime contre Kuroe, le chemin s'achève pour Urushihara.