Quand le diabolique Aku revient pour s'attaquer au Japon, le jeune fils de l'empereur est emmené dans des contrées lointaines afin de suivre un entraînement digne d'un guerrier. Après ça, il peut ainsi manier l'épée magique de son père afin de stopper Aku qui étendre son pouvoir à travers le monde entier.

Aku a envoyé le samouraï dans un futur lointain où il domine le monde. Le samouraï doit maintenant trouver un moyen de revenir dans le passé tout en s'adaptant à son nouvel environnement. Il se fait désormais appeler Jack.

Jack, le samouraï, est confronté aux sbires d'Aku. Pour se défendre, il devra utiliser tout ce qu'il a à sa portée.

Alors qu'il chassait pour se nourrir, Jack croise de minuscules Tridonites et les aide à capturer un Pure Laine qui s'est échappé. Mais alors qu'il est invité à dîner au sein de leur village, le samouraï commence à avoir des doutes.

Jack apprend l'existence d'un puits à souhait placé au sommet d'une tour et gardé par trois archers imbattables. Il décide de tenter sa chance et utiliser son souhait pour retourner à son époque.

Jack rencontre un groupe de scientifiques qui construisent secrètement une fusée afin d'échapper à la tyrannie d'Aku. Quand ils découvrent l'histoire de Jack, ils décident de l'aider à retourner dans le passé.

Jack s'aventure dans les profondeurs de l'océan après avoir entendu parler d'un portail temporel qui se trouverait à Oceanis, une cité sous-marine.

Après avoir réussi à passer une grotte remplie de pièges, Jack fait face à un monstre de lave géant qui était jadis un guerrier viking vivant de jours heureux.

Malgré la grosse récompense sur sa tête, aucun chasseur de primes n'arrive à battre le samouraï. Aku décide donc de créer un double maléfique de Jack afin de l'éliminer.

Alors que Jack traverse un étroit pont en corde qui semble sans fin, il rencontre un autre homme recherché qui traverse le pont dans le sens inverse : l'Écossais. Alors qu'ils se battent sur une impasse, ils sont obligés de faire équipe quand des chasseurs de primes débarquent et les enchaînent tous les deux.

Jack, aidé par une habile guerrière qui cache un sombre secret, part à la recherche d'un cristal avec des propriétés magiques.

Jack reçoit la proposition de rejoindre un groupe de gangsters au « Cabaret du Singe Bleu ». Il accepte afin de pouvoir se rapprocher d'Aku. Les gangsters prévoient de voler quelque chose qu'Aku n'arrive pas à obtenir : le légendaire bijoux de Neptune, gardé par la Terre, le Vent et le Feu.

Le samouraï est devenu un héros très populaire auprès des enfants. Aku décide donc de raconter ses propres contes où Jack est présenté comme le grand méchant.

Après avoir été à deux doigts d'atteindre un portail temporel qu'Aku place à une hauteur inaccessible, Jack croise la route d'un homme sauvage avec des aptitudes incroyables pour le saut. Il propose donc à la tribu de singes qui a élevé l'homme sauvage de leur apprendre à se défendre et, en échange, de lui enseigner à sauter.

Trois histoires effrayantes : 1) Jack arrive dans le pays du ver magique afin de lui accorder un vœu. 2) Une nuit, Jack rencontre une famille de robots cannibales qui sont affamés en voyant son épée magique. 3) Jack essaye de sauver des griffes d'une gargouille, une fée qui a le pouvoir de réaliser un souhait.

Jack est embusqué alors qu'il était en train de dormir et est emmené dans un lieu où il doit se battre jusqu'à la mort pour divertir les spectateurs.

L'Écossais demande à Jack de l'aider à sauver sa femme du Grand Maître des démons, qui prévoit de la dévorer dans le château de Brulgueul.

Jack suit un chemin de destruction qui le conduit à un groupe de robots tueurs spécialement construits pour le vaincre.

Pendant son voyage, Jack arrive dans ce qui était jadis son foyer et se remémore son enfance.

Après avoir de nouveau échoué à atteindre un portail temporel, Jack n'est pas certain de pouvoir continuer. Il rencontre trois moines et décide de les rejoindre dans leur quête consistant à gravir la montagne de Fatoum.

Jack suit un sentier de puanteur afin de débarrasser un pays de cette odeur nauséabonde. Cela le conduit à une cime où un dragon souffre d'un mal de ventre.

Aku embauche les meilleures chasseurs de l'univers, les Imacandis, afin de poursuivre et capturer le samouraï.

Pour se débarrasser de Jack, Aku envoie Demongo, un démon possédant les âmes de guerriers ayant jadis menacé son maître.

Alors que Jack prend un bain, ses vêtements et son épée sont dérobés par ce qui semble être un lapin blanc. Quand Jack suit le coupable dans un trou, il découvre un étrange royaume.

Jack rejoint des guerriers dans leur guerre les opposant à une armée de robots.

Les sandales de Jack sont réduites en miettes par une bande de trois robots motards. Incapable de les battre pieds nus, il décide d'essayer les paires de chaussures dernier cris du « Palais de la Chaussure », mais aucune ne convient.

Jack bouscule accidentellement un sorcier qui, irrité, le transforme en poulet. Avant de pouvoir le rattraper, Poulet Jack est capturé et forcé à se battre pour sa vie au « Club de combat de créatures ».

Jack entre dans une ville où tous les enfants ont succombé à la musique d'Aku.

Jack embarque dans un train et se retrouve coincé par le chasseur de primes Ezkiel et Josephine.

Aku dirige Jack vers un cimetière où les morts-vivants obéissent à ses ordres maléfiques.

Aku libère les serviteurs de Seth, qui avaient été emprisonnés en Égypte, et leur ordonne de détruire le samouraï. Heureusement, Jack avait exploré ce pays lorsqu'il était enfant.

Plusieurs créatures aident Jack à se diriger vers une île où se trouverait un portail temporel. Mais ce portail est protégé par un imbattable guerrier. Seul celui qui arrivera à le vaincre pourra passer.

Jack est incapable de se débarrasser d'un gros animal velu qui, par instinct, suit le samouraï.

Un vieil ermite vivant dans un marais confie à Jack la tâche de rassembler les trois gemmes des titans : l'Œil de Chronos, le Poing de la Force et le Poing de l'Habilité.

Jack poursuit une enfant afin de lui rendre la poupée qu'elle a oublié dans les bois. Elle le mène jusqu'une maison hantée par ses anciens propriétaires.

Tandis que Jack combat deux moines Shaolin, ils sont surpris de reconnaître leurs styles de combat. Ils l'emmènent donc dans leur temple secret ou le Grand Maître Tan Zang lui indique comment se rendre à un portail temporel. Seulement, le chemin vers ce portail est incroyablement bien gardé.

Jack a reçu la carte d'un labyrinthe piégé où se trouve un puissant diamant qui peut le renvoyer dans son époque. Mais le samouraï est concurrencé par un maître voleur.