Dans le Japon féodal, Nio et sa sœur Iroha mènent une vie insouciante dans la ville de Kyoto, dans laquelle l'arrivée des Miburo, un groupe de samouraïs errants réputés pour leur violence, est rapidement devenu source de tensions avec les habitants. Mêlé à une série de kidnappings, Nio se retrouve à croiser le chemin de Sôji Okita et de Toshizô Hijikata, rencontre qui formera en lui le désir ardent de changer le monde.

Nio arrive chez les Miburo et découvre un monde où violence et justice se confondent. Saura-t-il reconstruire ses convictions, chamboulées par ses premières missions ?

Nio fait la rencontre de Tarô, un autre jeune garçon au service des Miburô, à travers lequel il découvre les sombres réalités de la vie parmi les samouraïs.

Lors d'une patrouille avec Toshizô Hijikata et Hajime Saitô, Nio voit de nouveau son sens de la justice remis en cause.

Katamori Matsudaira, le commissaire militaire de Kyoto, décide de faire appel aux Miburo pour résoudre une récente série de meurtres visant les ressortissants d'Aizu.

Face à Jutarô Kimura, Nio choisit le dialogue, donnant ainsi l'opportunité à l'assassin de dévoiler ses convictions.

Jutarô étant vaincu, les Miburo partent à la recherche de ses quatre complices. L'enquête commence par un passage chez Seto, Nio étant persuadé que le jeune homme est impliqué.

Les Miburo affrontent enfin les assassins restants. De leur victoire dépend leur association avec le domaine d'Aizu et la pérennité de leurs activités.

Alors que Serizawa et Hijikata profitent d'un soir de fête pour discuter de l'avenir des Miburo, Nio retourne chez sa grand-mère et lui fait part de ses doutes.

La troupe repart pour une bonne journée de travail chez la grand-mère de Nio, jusqu'à l'arrivée d'un jeune homme mystérieux, pourchassé par un géant vêtu de blanc…

Le shogun Iemochi Tokugawa tente de rejoindre le château, mais aucun des stratagèmes de Nio ne semble capable de venir à bout du terrible assassin vêtu de blanc…

Déterminé à sauver le shogun, Nio s'efforce de ralentir Naozumi, mais il lui faudra bien plus que du courage pour l'arrêter…

Après une nuit de repos, bien que perturbée par un visiteur mystérieux, Nio se réveille et explore le château de Nijo en compagnie du shogun.

La mission est simple : réunir 250 ryô pour lancer la fabrication des haori qu'utiliseront les Miburo. Maintenant, il ne reste plus qu'à partir en ville, où chacun y va de sa petite idée…

Tandis que les Miburo peinent à réunir les 250 ryô nécessaires pour leurs haori, Nio et Tarô se retrouvent embarqués dans une balade sur la rivière avec une jeune femme enceinte.

Alors que le duel entre Yôtarô et Kondô bat son plein, Hajime semble remarquer quelque chose d'étrange dans la foule…

Les Miburo s'élancent dans la nuit, prêts à contrecarrer les sombres ambitions du Chi no risshi.

Alors que Shinpachi s'apprête à venger Chien de chasse, Tôshizô fait face à un terrible adversaire…

Hajime affronte le mystérieux Muguet. Les enseignements de son maître seront-ils suffisants pour en venir à bout ?

Nio, Kondô et Sakura arrivent au dojo Kyôhachi, mais plutôt que de tomber sur Nagi, ils se retrouvent nez à nez avec Yôtarô, visiblement prêt à en découdre…

Alors que Nio et Sakura s'affairent à transporter Nagi chez la grand-mère de Nio, Yôtarô doit faire face à Kondô et à son passé…

Pendant que Kondô déplore la mort de Yôtarô, Serizawa continue son combat contre Naozumi, l'occasion pour ce dernier de repenser à ce qui l'a mené sur ce pont.

Libérés de la menace du Chi no Risshi, les Miburo s'apprêtent à rentrer chez eux… sauf Nio, qui fait tout son possible pour que l'accouchement de Nagi se déroule sans encombre.

Incapable de se remettre de la mort de Nagi, Nio reste terré dans la chambre de Serizawa.