Jeff Winger, un avocat dont le diplôme a été invalidé, se retrouve au Greendale Community College. Il forme alors un groupe d'étude avec des personnages hauts en couleur tels que Abed, un assoiffé de culture pop; Troy, ancien héros de l'équipe de football de son lycée; ou bien encore Britta, 28 ans, qui reprend tout juste ses études.

Jeff veut tout faire pour s'assurer que Britta soit bien sa partenaire en cours d'espagnol. Le sort ne lui est pas favorable : il se retrouve avec Pierce...

Britta se retrouve entre Abed et son père au sujet d'un projet de cinéma ; Jeff, quant à lui, risque d'échouer lorsqu'il s'agit de relever un autre défi...

Troy et Abed participent à une expérience de science comportementale organisée par Annie ; le nouveau petit ami hippie de Britta fait impression...

Alors que Pierce se porte volontaire pour composer le nouvel hymne de l'université, Jeff est contraint de défendre Britta devant un tribunal disciplinaire. Celle-ci est, en effet, accusée d'avoir triché pendant un contrôle d'espagnol. Jeff cherche des arguments convaincants pour fléchir les juges. Les conséquences pour la carrière universitaire de Britta peuvent être très graves. Elle risque d'être interdite d'examens...

Le rêve d'Annie d'être la petite amie d'une ancienne star de football est compromis alors qu'une personne fait chanter Jeff pour qu'il fasse rentrer Troy dans l'équipe de l'université. Pierce aide le doyen à choisir une mascotte. Britta essaye de devenir l'amie de Shirley...

Jeff a le béguin pour son professeur de statistiques. Il est déterminé à lui demander de sortir avec lui. Mais cela semble compromis par la fête d'Annie. Annie cherche, en effet, à améliorer sa réputation et à gagner quelques points en espagnol en organisant la fête du Jour des morts....

Alors que des problèmes d'argent poussent Jeff à quitter son appartement et à emménager dans le dortoir d'Abed, Annie cherche à attirer l'attention de Troy en l'aidant à préparer un pique-nique romantique avec une autre étudiante...

Britta essaye d'arrêter de fumer et trouve de l'aide auprès de Pierce qui ne manquera pas d'en profiter. Jeff participe à un débat avec Annie, tandis que Shirley est persuadée que Abed a le pouvoir de prédire l'avenir.

La semaine de l'écologie bat son plein à Greendale. Abed et Troy essaient de domestiquer leur rat en cours de science. Pierce conseille Shirley afin qu'elle puisse gérer son stress. Jeff sympathise avec Señor Chang afin qu'il annule une punition collective et découvre que l'enseignant a un chagrin d'amour, qui le pousse à malmener sa classe...

Annie doit préparer un exposé sur la sexualité, mais ne connaît pas grand-chose sur le sujet, et encore moins l'anatomie masculine. Face à l'ignorance de leur camarade, Britta et Shirley décident de lui venir en aide. Elles finissent par voler un mannequin dans le bureau du doyen Pelton. Pendant ce temps, Abed entre en compétition avec Troy afin de lui démontrer qu'il est un meilleur athlète que lui. Après avoir fait un pari, Jeff doit trouver une partenaire pour un double rendez-vous en compagnie de Pierce...

Shirley organise une grande fête pour Noël. C'est l'occasion de débattre des différentes religions représentées au sein du groupe d'étudiants. Britta en profite pour essayer de contrer le sempiternel optimisme chrétien de Shirley. Jeff se dispute violemment avec une brute du campus et un combat est organisé entre les deux ennemis. Le groupe soutient Jeff dans cette épreuve et finit par être touché par l'esprit de Noël...

La bande de l'université refuse d'intégrer un étudiant insupportable de leur cours d'espagnol à leur groupe d'études. Pendant ce temps, Jeff, l'avocat déchu, se voit nommé rédacteur du journal universitaire par le doyen. Annie y enquête sur une affaire de racisme qui pourrait impliquer le doyen...

Jeff, l'avocat déchu, est surpris en train d'embrasser le professeur Slater dans la bibliothèque et demande à ses amis de garder le secret. Britta réalise que cette histoire est sérieuse. Au même moment, elle découvre qu'elle partage une passion commune avec Troy : ils prennent des cours de danse en secret...

Lorsque Britta et Jeff découvrent qu'Annie sort avec Vaughn, l'ex de Britta, ils se jurent de la protéger, même si Britta trouve la situation inconfortable. De son côté, Pierce se sent exclu lors d'une soirée cinéma organisée dans la chambre de Troy et Abed. Toutes ses blagues tombent à plat...

Jeff tente de rectifier le tir après avoir passé un coup de téléphone à Britta dans un état d'ébriété. Leur relation devient un peu étrange. De leur côté, Annie et Shirley veulent mettre au point un plan pour humilier Senor Chang. Elles espèrent ainsi venger Troy et Pierce...

Troy découvre dans son livre d'espagnol le portrait romantique d'un homme qui ressemble à Abed. Grâce à Monsieur Chang, il apprend que le livre appartenait à une certaine Jenny Adams. A l'exception de Jeff, le groupe tente de convaincre Abed de la rencontrer. Plus tard, à la cafeteria, Annie, l'une des étudiantes, reconnaît Jenny Adams. Abed refuse d'aller la voir. Ses amis réalisent alors qu'il n'arrive pas à être lui-même face à elle...

Alors que Jeff se sent prêt à s'engager avec le professeur Michelle Slater, cette dernière décide de le quitter sans donner de raison. Pendant la «Journée de la famille» de l'université, chaque étudiant doit ramener un membre de sa famille. Les rencontres se révèlent compliquées pour chacun d'entre eux : Britta rencontre quelques problèmes avec la grand-mère de Troy, Shirley s'accroche avec le père d'Abed à cause de ses enfants, et Pierce tente de se rapprocher de sa belle-fille qui préfère visiblement Jeff...

Tout nouveau en cours de poterie pour obtenir des points facilement, Jeff, l'avocat déchu, ne supporte pas les facilités de l'un des élèves, au point de risquer d'échouer à l'examen. De son côté, trop mauvais en voile, Pierce compromet les chances de réussite de son groupe à son examen de voile...

C'est le 1er avril, et Britta qui n'a pas l'habitude d'être drôle, tente le tout pour le tout. Elle prépare un canular inoffensif, qui vire au cauchemar. Pierce se prend pour un magicien. Annie et Shirley sont chargées de la sécurité mais Abed sème la zizanie en leur demandant qui jouera «la mauvaise flic»...

Jeff a beau faire, il ne parvient pas à trouver assez d'ailes de poulets pour ses amis qui lui en réclament. Tous décident de placer Abed en cuisine pour monter un trafic. Grâce à ce subterfuge, le groupe devient très populaire à l'université. Une célébrité qui monte vite à la tête des étudiants. Britta fait le point sur toutes les causes qu'elle soutient en vain...

Jeff et Britta veulent se venger par tous les moyens d'un groupe d'étudiants qui s'est moqué d'eux parce qu'ils ont repris leurs études. De son côté, Pierce est renvoyé du groupe pour avoir humilié Shirley. Troy aide Abed à planifier ses objectifs de l'année...

Toutes les conversations du groupe tournent autour de la tension sexuelle palpable entre Jeff et Britta. Pendant ce temps, le doyen organise une partie de paintball, avec à gagner une inscription prioritaire à l'université l'année suivante. Le campus habituellement si tranquille se transforme alors en champ de bataille et l'amitié des uns et des autres est mise à rude épreuve : seul un élève obtiendra le prix...

La période des examens démarre et Annie décide de dénoncer Señor Chang qui a confié à Jeff ne pas avoir son diplôme de professeur. Pour elle, c'est la garantie que le groupe se retrouvera l'année suivante pour suivre des cours d'espagnol. De son côté, Troy se découvre un don en plomberie...

Durant le bal de fin d'année, le professeur Michelle revient vers Jeff et s'excuse de l'avoir blessé. Britta, élue «Reine de promo» entend leur conversation et décide de déclarer sa flamme à Jeff. Complètement pris de panique, il s'éclipse de la fête. Pendant ce temps, Troy est très déçu que son ami Abed ne l'invite pas à dormir chez lui pendant les vacances...

De retour de vacances, le étudiants de Greendale assistent à un nouveau cours, «Anthropology 101», auquel participe également Señor Chang, qui s'inscrit comme étudiant. Britta, qui a osé avouer ses sentiments en public à Jeff durant le Bal de fin d'année, devient malgré elle la coqueluche du lycée. Mais cette situation l'embarrasse terriblement. Les tensions s'exacerbent entre Jeff, Britta et Annie. Troy, qui a passé l'été chez Pierce, s'amuse à poster sur un réseau social les propos désobligeants tenus par ce dernier durant l'été. Des propos bientôt relayés sur tout le campus...

A Greendale, Jeff tombe sur Alan, un ancien ami et collègue avec lequel il avait l'habitude de faire les 400 coups, venu participer à une réunion pour Narcotiques Anonymes. Alan invite alors Jeff à une soirée donnée par le cabinet d'avocats. Annie, qui a déjà croisé son chemin lors d'une réunion NA, se souvient l'avoir un jour entendu se vanter d'avoir fait radié un collègue. Pensant qu'il s'agit de Jeff, le groupe tente de mettre son ami en garde contre Alan et enquête durant la soirée. De son côté, Senor Chang espère pouvoir rejoindre le groupe lors de la compétition de danse organisée par le doyen...

Avec l'aide de ses amis, Pierce doit faire face au décès de sa mère. Ses croyances le poussent à croire qu'elle n'est pas partie pour toujours et que son âme vit dans une lampe. D'abord indifférent, Jeff se met en tête de lui prouver son erreur. Il est contrarié après avoir appris qu'il doit surveiller son cholestérol. Britta et Annie tentent de recueillir des donations pour la sauvegarde des fonds marins menacés après une marée noire. Le professeur Duncan, qui a remplacé June Bauer, peine à assurer le cours d'anthropologie...

Le doyen Pelton fait l'acquisition d'un vieux simulateur de vol, bien décidé à ne pas se laisser devancer par l'université rivale, sur le point de révéler sa propre navette. Alors que le groupe d'amis s'active pour remettre en état la machine, il déclenche accidentellement sa mise en route. Les apprentis astronautes entament alors un voyage inattendu et forcé dans l'espace. Abed, parti chercher sa combinaison au moment du départ, est le seul resté à terre. Il tente d'aider ses amis à reprendre le contrôle de la machine tout en oeuvrant à distance pour leur retour...

Pour exprimer sa foi chrétienne, Shirley se lance dans la réalisation d'une vidéo sur Jésus. Elle fait alors appel aux talents artistiques d'Abed. Mais celui-ci reprend vite le projet à son compte, allant même jusqu'à envisager d'interpréter le premier rôle. Choquée, Shirley tente de stopper la folie créatrice de son ami avant qu'il n'aille trop loin. Pendant ce temps, Pierce, le doyen du groupe, est recruté par un groupe d'élèves de son âge, une bande de têtes grises qui sème le trouble sur le campus...

Une étrange épidémie se propage durant la fête d'Halloween qui bat son plein à Greendale. Pierce, déguisé en Capitaine Kirk, et plusieurs autres élèves victimes d'une intoxication alimentaire se transforment progressivement en zombies. Jeff découvre alors que l'excentrique doyen Pelton, qui a profité de l'occasion pour se déguiser en Lady Gaga, s'est fourni en nourriture auprès d'un stock de surplus militaire. Ce dernier fait appel à l'armée qui décide de placer le campus en quarantaine. Elle recourt aussi à un produit chimique censé effacer la mémoire des participants. Pendant ce temps, Shirley et Señor Chang se rapprochent...

Un conflit éclate en plein cours entre un groupe d'étudiantes populaires et médisantes et les trois filles du groupe. Britta, Shirley et Annie appellent Abed à la rescousse. Chargé de remettre à sa place la bande d'arrivistes menée par la redoutable Meghan, Abed prend son rôle très à coeur. Il se transforme en vraie machine de guerre, s'en prenant même à ses amies. Pendant ce temps, Jeff et Troy découvrent un vieux trampoline sur le campus qui devient leur zone secrète de méditation. Mais Pierce, bien décidé à découvrir la source de leur félicité, se joint au binôme et transforme leur paradis en enfer...

Au moment où le groupe d'études s'apprête à sortir pour assister à un défilé de chiots dans la cour, Annie découvre que son stylo favori a disparu. Furieuse, elle soupçonne un de ses camarades de l'avoir dérobé et propose de fouiller les sacs un à un. Le groupe décide de s'enfermer jusqu'à ce que le coupable soit démasqué. Alors que Jeff prend la tête des opérations de recherche, l'équipe découvre un test de grossesse positif dans les affaires de Shirley. Abed, lui, a consigné dans un journal les dates des cycles menstruels de ses amies. Mais le fameux stylo, lui, reste introuvable...

En vérifiant les horaires des classes, le doyen de Greendale découvre une irrégularité dans le planning de Jeff. Ce dernier est accusé de s'être inscrit à un cours fictif consacré aux théories du complot, ce dont il se défend. Mais quand ce dernier semble sur le point d'être confondu, un mystérieux professeur dénommé «Professorson» sort de l'ombre et confirme la version donnée par Jeff. Celui-ci finit par avouer à Annie qu'il n'a jamais vu cet homme de sa vie, et les deux amis décident d'enquêter sur l'intrus. Ce faisant, ils reçoivent des menaces. De leur côté, Abed et Troy entament la construction d'un fort en couvertures et en coussins...

Troy a 21 ans. Pour fêter sa majorité, le groupe décide d' aller écumer les bars en sa compagnie. Les amis atterrissent au Ballroom, une adresse que connaît bien Shirley. Toute la soirée, la mère de famille tente de dissimuler des photos d'elle compromettantes affichées sur les murs de l'établissement. Abed fait la connaissance d'un geek fan de science-fiction en quête d'un partenaire sexuel. Britta et Jeff, visiblement éméchés, enchaînent les cocktails. Spectateur impuissant des ravages de l'alcool sur ses amis, Troy choisit l'abstinence et devient l'adulte du groupe pour un soir...

C'est le dernier jour de classe avant les fêtes. A son réveil, Abed se trouve immergé dans un monde animé en stop-motion. Il prend cela comme un signe et invite ses amis à partir avec lui à la recherche du véritable sens de Noël. Inquiets pour sa santé mentale, Jeff et Britta font appel au professeur Duncan qui propose d'hypnotiser Abed afin de trouver la source de son délire. Celui-ci se laisse finalement convaincre par une thérapie de groupe. S'engage alors un curieux voyage, entraînant le groupe d'amis jusque dans les souvenirs d'enfance les plus enfouis d'Abed...

Le groupe d'amis se retrouve après les vacances d'hiver. Annie laisse entendre qu'elle a rencontré quelqu'un mais garde le secret sur son identité. Quand le professeur Rich fait une arrivée surprise en plein cours de poterie et se rapproche d'Annie, le groupe d'amis comprend alors qu'il s'agit de lui. Jeff voit d'un mauvais oeil cette idylle avec son ennemi juré, qu'Annie voudrait intégrer au groupe au détriment de Senor Chang. Shirley, quant à elle, s'est réconciliée avec son ex-mari André et dévoile sa grossesse. Mais Troy sème le trouble en révélant sa relation sexuelle avec Chang durant la fête d'Halloween...

Annie entreprend la réalisation d'un pièce de théâtre pour sensibiliser les jeunes d'un collège environnant contre les dangers de la drogue. Pierce tente par tous les moyens d'obtenir le premier rôle, quitte à manipuler Annie et à mettre en péril le spectacle. Appelé à la rescousse, Senor Chang suscite l'admiration de ses camarades. Parallèlement, il continue de courtiser Shirley, la harcelant de questions au sujet du bébé. De son côté, Britta entretient une relation équivoque avec son jeune cousin, à qui elle envoie des messages érotiques. Jeff la prend sur le fait...

Préoccupé par la situation de Neil, un camarade un peu solitaire souffrant de surpoids, Jeff en parle au groupe. Poussés par Abed, les amis décident alors d'organiser autour de lui une partie de Donjons et Dragons, pensant ainsi lui remonter le moral. Mais lorsqu'il s'aperçoit qu'il a été exclu du jeu, Pierce décide de s'y inviter de force. Pour se venger, il s'en prend à Neil et l'humilie, menaçant de ruiner la délicate stratégie du groupe et de gâcher la partie. Solidaire, les étudiants unissent leurs forces contre Pierce pour protéger Neil...

C'est la Saint-Valentin. Tous deux tombés sous le charme de la jolie bibliothécaire de Greendale, Troy et Abed rivalisent d'imagination pour s'attirer ses faveurs quitte à mettre en jeu leur amitié. Pour se prouver à elle et à ses camarades qu'elle a l'esprit ouvert, Britta sympathise avec une fille qu'elle pense lesbienne. Jeff, en quête de tranquillité, passe la soirée dans son appartement en compagnie du professeur Duncan, qui s'est invité pour regarder un match de foot. Mais une autre fête s'organise chez Señor Chang. D'abord agacé, Jeff réalise peu à peu que ses amis lui manquent. Sous antidouleurs, Pierce est frappé d'hallucinations...

Trouvé inconscient sur un banc du parc suite à une overdose d'antidouleurs, Pierce est admis d'urgence à l'hôpital. Ses amis se précipitent à son chevet. Amer, Pierce décide de se venger du manque d'attention du groupe à son égard. Il leur fait croire qu'il est agonisant et charge Abed de tourner un documentaire sur ses derniers instants. Il offre alors à chacun d'entre eux un cadeau d'adieu, secrètement choisi pour les tourmenter. Britta, la plus «désintéressée» du groupe en pleine difficulté financière, se voit remettre un gros chèque destiné à une action de charité. Il fait croire à Jeff que son défunt père est en route pour l'hôpital...

Greendale est en pleine effervescence après l'annonce de la visite prochaine du vice-président Joe Biden, imminente. En signe de bienvenue, le doyen Pelton décide d'organiser une élection de dernière minute pour désigner un représentant des étudiants. Tous deux candidats, Annie et Jeff font campagne. Ce dernier entend bien réfréner l'idéalisme naïf de la jeune femme, et la lutte politique tourne rapidement à l'affrontement personnel. De son côté, Abed remarque la présence féminine d'un agent secret en repérage sur la campus. L'attirance est réciproque. S'engage entre les deux une relation clandestine et éphémère...

Annie organise une fête prénatale pour Shirley. Chang fait tout pour apparaître normal aux yeux de la future maman, désireux de faire partie de la vie de l'enfant. Mais il se heurte à un mur : Shirley veut lui faire signer des papiers pour qu'il renonce au bébé. Ses maladresses finissent par l'entraîner jusque dans la case prison. De son côté, Britta tombe sous le charme du nouvel ami de Troy et Abed, Lukka, un jeune homme au passé trouble originaire des Balkans. Malgré l'interdiction de ses amis, Britta sort avec Lukka jusqu'à ce qu'elle apprenne qu'il a participé à un génocide...

Pour fêter dignement l'anniversaire de leur ami Abed, le groupe d'étudiants organise une soirée surprise autour de son film préféré Pulp Fiction. La soirée doit avoir lieu dans le snack de Britta, où chaque membre, déguisé pour l'occasion, attend impatiemment l'arrivée d'Abed. Mais le geek de la bande se fait attendre. Attablé dans un restaurant chic en compagnie de Jeff, Abed confie à son ami son intention de changer. Fini les références cinématographiques et télévisuelles permanentes. Mais Jeff, étonné par son invitation et son attitude étrangement normale, découvre bientôt qu'Abed est en train de jouer un nouveau rôle...

Les membres du groupe doivent choisir leur option pour le nouveau semestre. Britta encourage Troy à rejoindre son cours d'interprétation, tandis qu'Abed s'associe à un spécialiste qui mène une étude poussée sur la sitcom des années 80, «Madame est servie». Pendant ce temps, Jeff et Pierce participent à un cours de dégustation de vins. Ils y rencontrent une mystérieuse chinoise nommée Wu Mei, qui fait immédiatement tourner la tête de Pierce. A la grande surprise de Jeff, la jeune femme accepte de se marier avec ce dernier. Suspicieux, il décide de mener l'enquête...

Les membres du groupe travaillent sur leur projet final d'anthropologie à la bibliothèque. Tout à coup, le singe apprivoisé par Troy fait son apparition puis disparaît aussitôt par une bouche d'aération, emportant avec lui un pinceau. Señor Chang se lance à sa poursuite et refait surface muni du butin accumulé par l'animal suite à ses nombreux rapts. L'incident fait ressurgir les souvenirs marquants vécus en commun par le groupe, déjà victimes du singe, durant l'année. Ils évoquent les rendez-vous galants clandestins de Jeff et Britta, la panoplie des costumes portés par le doyen Pelton, les bons moments et les disputes...

Au beau milieu de l'examen final d'anthropologie, Shirley ressent ses premières contractions. Rapidement, la future maman perd les eaux et le travail s'enclenche sous le regard médusé de Señor Chang, impatient de savoir s'il est le père. Dans le même temps, Greendale accueille un festival international consacré à l'alimentation. Dehors, une émeute éclate, empêchant les étudiants de rejoindre l'hôpital. La tension monte et le groupe se dispute au sujet de la marche à suivre pour mener à bien l'accouchement. La scène se déroule en présence d'un journaliste venu écrire un article sur le doyen Pelton...

Pour marquer la fin des cours, le doyen Pelton annonce la tenue d'un nouveau tournoi de paintball à Greendale, espèrant que les étudiants n'en profiteront pas pour dégrader les lieux. Le sponsor, un grand fabricant de crème glacée, promet une énorme récompense au vainqueur. Durant la partie, Neil est harcelé par Mike et sa bande. Des alliances se font et se défont, ébranlant les amitiés au sein du groupe. Alors que celui-ci parvient à faire partie des derniers survivants, un combattant d'un genre particulier fait son apparition. Ce «cavalier noir» semble un peu trop concerné par l'élimination des membres du groupe...

La partie de paintball a dégénéré de façon dramatique. Désormais Greendale est un champ de bataille dans lequel les étudiants sont peinturlurés par de mystérieux soldats en combinaison blanche. Qui est le responsable de ce carnage coloré ? Le doyen Black de l'université concurrente ! Ce dernier ne souhaite qu'une chose: la destruction de Greendale. Jeff et ses camarades décident de répliquer et élaborent un double plan audacieux mais risqué...

Jeff refuse de reprendre Pierce dans le groupe. Abed va mal à cause de la nouvelle programmation de Cougar Town, et Britta essaye de lui trouver d'autres séries afin de lui remonter le moral. Jeff se fait virer de biologie et Pierce prend sa place. Quant au doyen, il se fait un nouveau rival...

Annie rencontre une élève qui lui ressemble énormément, lorsque cette dernière lui vole son idée d'ONU à Greendale, un débat est organisé. Jeff prend parti pour Annie. Britta quant à elle essaye de se révolter mais elle se heurte au nouveau vigile : Chang.

En classe de biologie, Kane désigne pour chacun un partenaire de laboratoire. La présence de Todd sème la zizanie. Le doyen cherche à faire des économies.

Troy et Abed organisent la pendaison de crémaillère de leur nouvel appartement. Pierce, triste de voir partir Troy, tente de cacher sa déception.

Comme Halloween approche à Greendale, Britta se met en tête d'organiser un groupe d'étude pour préparer la grande fête annuelle de l'université.

Pierce découvre avec stupeur que les lingettes qui ont fait la fortune de sa famille connaissent un grand succès au sein de la communauté gay.

Annie est ravie de quitter le quartier dangereux où elle vit pour emménager chez Troy et Abed, malgré les avertissements de Britta sur la colocation.

Après avoir été chargé de réaliser un spot télévisé, Dean fait passer un casting au groupe d'étude. Abed décide de filmer les coulisses du tournage.

Jeff est dérangé par des Allemands très bruyants qui jouent au baby-foot dans le salon des étudiants. Pour tenter de calmer le jeu, il leur lance un défi.

Après une crise de nerf, le Glee Club est envoyé à l'hôpital. Le spectacle de Noël étant en péril, le doyen demande au groupe d'étude de les remplacer.

Suite à la mort de son père, Pierce veut développer la société Hawthorne Industries et investit dans le projet de Shirley : une sandwicherie dans la cafétéria. Britta quant à elle, s’occupe d’organiser le nouveau mariage de Shirley et André. Elle se découvre un don pour l’organisation et a peur de devenir un jour une épouse et pire encore, une mère. Pour assurer le jour du mariage, Troy et Abed se purgent de leur bizarrerie et Jeff sombre dans l’alcool, n’ayant aucune idée pour l’écriture de son speach.

Grâce à sa thérapie, Jeff est enfin relax et reprend confiance en lui. Un peu trop peut-être. Britta craint que son ego grandissant ne prenne possession de sa personnalité. Abed engage des sosies pour rejouer des scènes de film avec lui, ce qui inquiète Troy qui voit son ami perdre tout contact avec la réalité. Abed s’endette auprès de l’agence et tout le groupe accepte d’interpréter gratuitement des célébrités lors d’une bar mitzvah, même Pierce qui doit jouer le «Gros Marlon Brando».

Alors que Pierce et Shirley sont sur le point d'ouvrir leur sandwicherie, une boutique concurrente voit le jour sur le campus de Greendale. Jeff découvre qu'une étudiante lui a écrit une lettre d'insultes...

La bataille d'oreillers entre Abed et Troy se transforme en une guerre impitoyable. Alors que les étudiants de Greendale sont entraînés dans le conflit, Shirley et Pierce doivent choisir leur camp. Pelton, qui craint que la situation ne dégénère, demande à Jeff d'intervenir...

Alors que le carnaval de Greendale approche, Britta craint de retomber dans les bras de son ex-petit ami, qui travaille pour l'événement. Elle demande à Annie de l'empêcher de succomber à la tentation. Celle-ci enferme alors son amie dans l'appartement et lui confisque son téléphone portable...

Un cours de biologie est annulé au dernier moment. Annie y voit l'occasion rêvée d'organiser un tête à tête entre Troy et Britta. Elle propose à Abed, abandonné par son compagnon de jeu, d'aller au «dreamatorium» avec elle...

Troy et Abed tentent de démasquer celui qui a volontairement détruit la pomme de terre de la classe de biologie, objet d'expériences inédites. Ils apprennent ainsi que l'un des élèves disposait de la clé du laboratoire la nuit du délit et mettent sur pieds une opération d'infiltration...

Les élèves de Greendale font le deuil de «Star-Burns», décédé dans l'explosion d'un laboratoire de chimie. A cause de la tragédie, les cours de biologie sont annulés. Chacun doit alors s'inscrire aux cours d'été pour rattraper son retard...

Le groupe, expulsé de Greendale pour incitation à l'émeute, se retrouve pour un dîner. Abed débarque sous escorte policière : il a été arrêté en essayant de s'introduire sur le campus. Le doyen accepte de ne pas porter plainte si Abed prend rendez-vous chez un psychiatre...

Le groupe cherche à prouver que Chang a kidnappé le doyen Pelton. Troy demande au réparateur de la climatisation de l'école de lui fournir des informations. Celui-ci découvre alors que le doyen est enfermé au sous-sol...

Un avocat, dont la licence a été suspendue, est contraint de retourner sur les bancs de l'université pour obtenir à nouveau le droit d'exercer.

Jeff est confronté à son vieil ennemi, Alan, lors d'un procès au Greendale Tribunal, où s'affrontent Shirley et Pierce. Abed succombe à son alter-ego maléfique et Troy décide d'embrasser sa destinée à l'école de l'air conditionné.

Le groupe d'études découvre qu'à cause d'un problème administratif, ils vont devoir se retrouver mélangés à une autre classe pour un cours d'Histoire. Abed angoisse à l'idée de se retrouver séparé des autres à la fin de l'année.

Le groupe d'études se prépare pour une fête de Halloween mais apprend que Pierce s'est accidentellement enfermé dans sa chambre de panique et ne connait pas le code de sortie. C'est l'occasion de découvrir de nombreux secrets cachés au sein du manoir.

Le groupe se rend à une convention sur la série préférée de Troy et Abed. Pierce et Shirley assistent à une projection-test du remake, pendant qu'Annie est prise pour la femme de Jeff et décide de jouer le jeu. Un fan se lie d'amitié avec Abed mais Troy le prend mal.

Le groupe se rend à un cours d'histoire européenne qu'il doit partager avec les élèves allemands que Jeff et Shirley ont affronté l'année précédente. Pendant ce temps, Chang souffrant d'amnésie fait son retour au campus.

Shirley organise un repas de Thanksgiving auquel tout le monde participe sauf Britta qui souhaite rapprocher Jeff de son père. Jeff fait aussi la connaissance de son demi-frère.

Le groupe cherche à comprendre les causes de la soudaine amnésie de Chang pendant que Jeff pense qu'il simule et qu'Abed les filme pour son documentaire.

Jeff, Annie et Britta sont recrutés par le doyen afin d'aider un étudiant d'une famille riche à mieux s'intégrer au campus pendant que Shirley et Troy suivent des cours d'enseignement d'éducation physique et qu'Abed rejoint un nouveau groupe.

Lorsque le doyen organise une soirée danse au campus, Britta décide de faire une contre-soirée sous le regard de Jeff qui attend de la voir échouer. Annie et Shirley organisent toutes les deux un rendez-vous pour Abed.

Un malaise plane sur le groupe et le doyen décide d'utiliser des marionnettes pour les aider à régler le problème. Ils racontent donc comment après un accident de montgolfière, ils ont croisé la route d'un homme en forêt et vécu une mauvaise expérience.

Annie invite le professeur Cornwallis à la fête de Noël chez Jeff afin qu'il puisse montrer son bon côté. Mais lorsque le groupe apprend que Cornwallis a l'intention de leur donner une mauvaise note, tous décident d'agir.

Shirley et Annie tentent d'empêcher Leonard d'être le major de la promotion et de prendre sa place pendant qu'Abed et Troy prétendent qu'ils ont échangé leurs corps.

Abed révèle que le groupe était destiné à se rencontrer en rassemblant des morceaux du passé de chacun, et va découvrir que les liens sont plus forts qu'il ne le pensait. Chang essaye de détruire l'université une bonne fois pour toutes.

Avec assez de crédits pour valider son diplôme, Jeff réfléchit à sa vie future et comment les choses pourraient tourner si la « continuité la plus sombre » avait pris place.

Sa nouvelle carrière d'avocat ayant échoué, Jeff Winger a une nouvelle offre de son ancien rival : retourner à Greendale pour retrouver le dossier scolaire d'un architecte incompétent et diplômé de cette faculté. Quand le doyen le voit, il croit que Winger est venu sauver son école et appelle ses anciens camarades à la rescousse.

Lors de sa première journée à Greendale en tant qu'enseignant, Jeff découvre grâce à Buzz Hickey, le professeur de criminologie, les privilèges des professeurs et la façon de gérer ses élèves, qui déplaisent à Annie. Abed décide de suivre un cours sur Nicolas Cage qui va le fasciner et le perturber.

Jeff et Annie essaient de démasquer le Ass Crack bandit, un délinquant qui s'amuse à glisser des pièces dans la raie des fesses des étudiants et qui terrorise Greendale.

Après les funérailles de Pierce, un avocat veut interroger son groupe de travail pour honorer ses dernières volontés et vérifier qu'ils ne sont pas responsables de sa mort. La salle va devenir un lieu de confessions où tous vont s'avouer leurs mensonges.

Le jour du départ de Troy est arrivé. Abed organise donc un jeu : tout le sol de Greendale doit être considéré comme de la lave, avec 50 000 dollars à la clé. Seule Britta essaie de ne pas prendre le jeu au sérieux, mais comme souvent, Greendale finit par devenir un champ de bataille.

Annie se lance dans sa première tâche pour restaurer Greendale : donner aux étudiants un panneau d'affichage. Mais avec le professeur Hickey, elle va découvrir l'organisation de l'intendance de Greendale. Le reste du groupe se voit confier l'organisation de la fête de milieu d'année. Quant à Britta, elle tente de spoiler Abed par tous les moyens.

Ian compte sur Jeff pour être son co-pilote lors d'une soirée où il compte séduire Britta. Abed et Buzz se découvrent une passion commune : la création scénaristique. Chang accomplit un one-man-show devant un public inhabituel.

Jeff et Shirley se disputent pour une invitation à un dîner auquel elle ne peut pas participer. Quand deux développeurs choisissent Greendale pour le beta-test d'une nouvelle application de notations des personnes, Shirley tient là sa revanche.

Jeff, Shirley et Hickey découvrent des manuels de chimie cachés dans une des salles de Greendale, ils essaient de vendre leur découverte. Abed et Annie se disputent quant au choix de leur nouveau colocataire et décident de régler la question autour d'un jeu de société sur VHS.

Le professeur Hickey apprend qu'il n'est pas invité à l'anniversaire de son petit-fils. Quand le groupe apprend que celui-ci est amateur de jeux de rôle, le moyen est trouvé pour arranger les choses entre père et fils : une partie de Donjons et Dragons chez Abed.

Jeff a une hallucination : il vit un épisode de la série animée G.I. Joe où tout son entourage est présent. Il essaie de se remémorer comment il a sombré dans cet état.

Le comité de sauvetage de Greendale est parvenu à sauver la faculté en réglant tous les problèmes, ce qui laisse Abed en pleine détresse puisque rien d'extraordinaire n'a plus lieu d'être. Cependant, le conseil réserve une surprise de taille aux étudiants.

Le groupe de soutien part à la recherche du trésor laissé par le mystérieux premier doyen de Greendale. Mais Chang et les avocats de Subway tiennent à s'assurer que le contrat soit signé afin de faire enfin du profit avec la faculté.

Une nouvelle année commence à Greendale, où le groupe d'aide composé de Jeff, Britta, Annie, Abed et Chang se retrouve. Avec le départ de Shirley, le doyen propose une nouvelle membre pour la remplacer : Francesca Dart. Rapidement, tout le groupe la trouve trop ancré dans la réalité pour en faire un bon personnage, sauf Abed.

Le doyen s'est ruiné pour acheter un système de réalité virtuelle encombrant et dépassé, et le seul qui pourrait l'en sortir est le créateur du système. Britta découvre que toutes les dettes qu'elle a contractées auprès de ses amis ont été effacées par ses parents, qu'elle déteste.

Annie apprend que la fac rivale va lancer une campagne contre Greendale, les accusant d'avoir diplômé un chien. Elle réunit donc une cellule de crise au milieu de la nuit pour savoir comment y répondre. Manquant de temps, le groupe se retrouve rapidement confronté à un dilemme: Chercher la vérité dans les archives de l'école, ou discréditer le chien avec une publicité-réponse.

Le doyen se voit proposer de rejoindre le conseil disciplinaire de Greendale et pour l'image, il doit dire publiquement son homosexualité, ce qui est loin de le mettre à l'aise. Chang veut participer à l'adaptation théâtrale de Karaté Kid pour être le rôle-titre, mais c'est Annie, venue simplement le soutenir, qui décroche le rôle. Elroy et Abed sont chargés de remettre le wi-fi en marche dans l'école.

Frankie propose à l'école d'accueillir des détenus parmi les élèves qui suivraient les cours à distance ; Jeffrey y voit une manne financière pour l'école mais va vite déchanter quand les prisonniers deviendront très populaires. Britta veut organiser une soirée dans l'appartement d'Abed et Annie, et doit ruser pour le faire.

Un hacker menace de pirater le réseau de Greendale et de mettre en ligne les mails du groupe d'aide si le spectacle d'un comique raciste n'est pas annulé. Britta prend fait et cause pour défendre le comique, pour la défense de la liberté d'expression.

Britta retrouve son ex-petit-ami, ancien visage de la marque Subway, qui s'est reconverti dans le marketing guérilla pour la marque Honda. Elroy semble avoir du mal à s'intégrer dans le groupe, jusqu'à ce qu'Abed et Annie comprennent qu'il pourrait avoir un problème avec Jeff.

Chang a tourné une pub qui est vite devenue virale grâce à lui. Le cinéma lui tend les bras et ses anciens collègues de Greendale ont une idée : utiliser les rushes d'Abed où Chang apparaît pour tourner un mauvais film et revendre les droits.

Un cours d'arnaque est proposé à Greendale, et le groupe veut le suivre mais Jeff semble y voir, justement, une arnaque. Quand ses amis se retrouvent à payer pour un cours où ils ne font rien, Jeff accepte d'aider le groupe à arnaquer un arnaqueur.

Le groupe d'étude se retrouve en voyage dans le camping-car d'Elroy avec une main géante en fibre de verre sur le toit. Abed essaie d'insérer des flash-backs pour permettre la compréhension du spectateur et prévenir les catastrophes à venir, comme dans tout scénario de road trip. Mais Abed se retrouve très rapidement confronté à la réalité.

Frankie découvre qu'un tournoi clandestin de paintball a lieu dans Greendale et elle compte sur Jeff pour dissuader les élèves de participer. Quand un mystérieux joueur tirant des balles de peinture argentée arrive, l'objectif du groupe est clair : le démasquer avant la soirée de gala organisée par Frankie pour lancer son plan d'un Greendale plus propre.

Le groupe est invité au mariage de Garrett et d'une de ses camarades de classe. Le groupe va mal commencer sa soirée en ruinant peu à peu l'ambiance mais le pire reste à venir quand les maries découvrent la vérité sur leurs familles.

Leur sixième année touchant à sa fin et leur mission de sauvetage de Greendale étant à présent terminée, les membres du groupe imaginent chacun leur tour ce que pourrait être le scénario de l'hypothétique septième saison.