Contrairement à ce qu'on pourrait penser, les ninjas n'ont pas disparu du monde contemporain. Si les meilleurs d'entre eux sont toujours chargés de dangereuses missions secrètes, de nombreux autres sont simplement infiltrés dans la société et attendent désespérément qu'une mission vienne enrichir leur quotidien. Kurô Kumogakure est l'un de ceux-là.

L'étranger venu au Japon pour devenir ninja découvre ce qu'il pense être une méthode secrète de recrutement. Elle attire effectivement l'attention des ninjas, mais pas pour les raisons qu'il espère…

Tout en cherchant l'étranger, Kurô se prépare à infiltrer le lycée Kôdan. Mais il n'est pas le seul ninja sur la piste de l'émasculateur.

Plusieurs ninjas tentent de neutraliser l'étranger émasculateur. Lui qui rêvait de devenir l'un des leurs doit désormais faire face à ces redoutables combattants.

L'infiltration du lycée Kôdan par Kurô commence par son test d'admission, et là aussi, les techniques ninjas ont leur utilité. Mais c'est sans compter une jeune fille venue suivre des cours de rattrapage…

Kurô continue sa mission en allant affronter le concierge du lycée, sans oublier de protéger Eita, comme promis. Mais montrer ses capacités lui attire une nouvelle requête…

Le conflit entre NIN et UN se fait plus ouvert à mesure que l'attaque sur le lycée Kôdan semble s'approcher, surtout quand un agent d'UN commence à abattre tous les ninjas qu'il croise sur sa route.

À la veille de l'attaque sur le lycée Kôdan, chacun se prépare à sa façon. Il semblerait cependant qu'il y ait au bout du compte plus de forces en présence qu'originellement attendu.

Pendant que Kurô et Hibi vont retrouver Eita et Yamada au lycée Rakaï, Under Ninja lance son assaut sanglant sur le lycée Kôdan que les membres restants de NIN vont devoir défendre.

Saruta continue de semer la terreur dans le lycée Kôdan, mais les agents de NIN sont bien décidés à l'arrêter. De leur côté, Kurô et Hibi font face à Yamada sur le toit du lycée Rakaï.

Le lycée Kôdan s'est transformé en champ de bataille, où certains s'affrontent pendant que d'autres tentent de fuir. Le combat s'annonce aussi féroce contre Yamada, qui se révèle être une adversaire particulièrement coriace.

Les victimes de la bataille contre Under Ninja sont nombreuses, mais les membres de NIN semblent avoir réussi à stopper l'assaut. À moins que la véritable cible de l'attaque ne soit pas le lycée Kôdan ?