Iska, saint Apôtre de l'Empire, aide un ennemi à s'évader et se fait emprisonner pour son crime. Un an plus tard, il est relâché à condition de capturer une sorcière redoutable, contre laquelle l'Empire est impuissant.

Iska n'arrive plus à fermer l'œil depuis sa rencontre avec Alice. Il se rend donc au théâtre pour se changer les idées.

Iska décide de se rendre de nouveau dans la ville neutre. Il espère croiser Alice et ainsi mettre au clair certaines choses qui le tracassent.

L'unité N07 de la 3e division se voit assigner une toute nouvelle mission : enquêter sur l'apparition d'un nouveau vortex et empêcher les élémentalistes de s'en approcher.

Alice décide de se rendre avec Rin à l'endroit où le vortex a été repéré. Pendant ce temps, l'unité N07 continue les recherches pour trouver l'emplacement de ce dernier.

Alice veut de nouveau se rendre à Ein pour retrouver Iska et régler ses comptes avec lui une bonne fois pour toutes. Pendant ce temps, l'unité N07 se retrouve face à un problème dont elle peine à résoudre.

Jhin, Nene et Mismis se dirigent en territoire ennemi pour tenter de retrouver Iska. Pendant ce temps, Rin fait part de son mécontentement à l'égard de la menace que représente l'ancien saint Apôtre.

Risya décide de libérer Salinger, le Démon suprême, pour qu'il se retourne contre la reine de l'État souverain de Nebulis. Au même moment, Iska essaie de trouver un moyen de s'échapper de l'hôtel dans lequel il a été enfermé.

Iska décide de répondre à la requête d'Alice et de faire face à Salinger. Ses épées astrales seront-elles de taille face au Démon suprême ?

L'unité N07 est enfin rentrée de mission et doit trouver rapidement une solution pour l'emblème astral. Heureusement pour eux, le QG les oblige à prendre des vacances bien méritées, et leur accorde par conséquent du temps pour réfléchir.

Iska et son unité sont partis dans une ville neutre pour tenter de trouver une solution à l'emblème de Mismis. De son côté, Sisbell tente de convaincre Iska de l'accompagner à Nebulis pour l'aider à arrêter le traître qui en a après sa mère.

Object, l'arme expérimentale de l'Empire, a été envoyée pour s'emparer de Sisbell. Alors qu'Iska tente d'aider la princesse, Sire Masqué lui barre la route pour tenter à son tour de la capturer.

En s'associant à Alice, Iska et son équipe annulent la conspiration de l'Empire et de la Souveraineté et réussissent à protéger Sisbell. Après l'épreuve, ils se rendent à Alsamira pour profiter de leurs vacances. Cependant, Sisbell n'est pas encore retournée au palais et demande à l'unité N07 en vacances de l'escorter, lui offrant quelque chose qu'elle ne peut pas refuser. Pendant ce temps, Alice a l'intuition que le nouveau garde du corps de Sisbell pourrait être Iska...

Iska et Alice se retrouvent soudainement à la gare de Riesbaden. Alice apprend alors qu'il est le garde du corps de sa sœur Sisbell. Pendant ce temps, un incident majeur se produit dans la province centrale.

Pendant que tout le monde apprend ce qui s'est passé au palais royal, Sisbell comprend qu'elle seule peut démasquer le coupable. Elle décide donc de s'y rendre au plus vite.

En attendant le retour de Sisbell au palais royal, Alice et sa mère tentent de savoir qui est à l'origine de l'attaque.

Tout le monde se rend à la villa Lou à la demande d'Elletear, et Iska est sollicité de toute part.

L'armée impériale attaque le palais pendant qu'il y a encore des membres des Lou à la villa.

Les combats continuent à la villa Lou comme au palais royal, et chacun défend ses idéaux.

Les combats entre les familles continuent sur plusieurs fronts, et la reine se retrouve sans défense.

Alice a l'intention d'assouvir sa vengeance, et l'arrivée d'Iska n'arrange pas les choses.

Tous les amis de Sisbell s'organisent pour la retrouver, pendant que le chaos s'installe dans la capitale.

L'équipe chargée de secourir Sisbell pense qu'elle se trouve dans un bâtiment géré par les Hydra.

Pendant qu'Iska se bat avec Mizerhyby, Salinger affronte Vissoise, et les soldats impériaux s'enfuient.