Itsuki et son ami d'enfance Mahiru Kouzuki arrivent dans un monde étrange et étranger. Ils se retrouvent dans le monde magique de Granvania, qui est en danger à cause des « Kegare ». Itsuki est appelé en tant que « Malevito » pour sauver ce monde, et pour remplir sa mission, il doit accomplir une cérémonie appelée « Rite d'amour ».

Itsuki et Mahir célèbrent leur première cérémonie amoureuse. Après une période d'intensification des sentiments et des contacts, un « enfant des étoiles » naît, qui se bat pour purifier Kegare. Itsuki et Mahir sont ensuite transférés à Hoshin Gakuen, une école où sont réunies les « prêtresses des 12 constellations » qui seront les partenaires de la cérémonie amoureuse. Lors d'une soirée d'observation des cerisiers en fleurs, qui sert également de fête de bienvenue, Itsuki se lie d'amitié avec l'une des prêtresses, Luka.

Pour vaincre Kegare, qui est plus coriace qu'il ne l'imaginait, Itsuki est contraint d'accomplir la « Cérémonie de l'amour en W », au cours de laquelle il doit s'occuper de deux prêtresses à la fois. L'idée était que cela lui permettrait de créer de puissants enfants des étoiles, mais il n'y avait pas de précédent. Mené par les prêtresses aînées, Leone et Falun, Itsuki prend part à un acte inconnu.

Itsuki se rapproche de Yuzuha, une prêtresse des Poissons. Elle travaille comme peintre et, pour une raison inconnue, utilise un cercueil comme lit et dessine les rêves qu'elle fait en dormant dedans. Itsuki demande à Yuzuha de sortir avec lui pour se ressourcer, car elle dit qu'elle est en perte de vitesse ces derniers temps. Elle arrive alors avec un cercueil et .......

Un tour de natation est organisé pour aider Itsuki et les prêtresses à mieux se connaître. Cependant, l'information est divulguée à Seya, le playboy numéro un de l'école, et même lui vient pour essayer de séduire les prêtresses. Pendant ce temps, Itsuki se fait dire par Lilith, une prêtresse des Gémeaux qui travaille comme diseuse de bonne aventure, qu'elle mourra dans un avenir proche si les choses continuent comme elles le font.

Mana recommande à Itsuki Colette, prêtresse du Verseau, comme partenaire pour la prochaine « cérémonie de l'amour ». Cependant, Itsuki voit l'innocence de la jeune fille et se demande s'il devrait être celui qui la prend en main. Culpabilisé, il tente de renforcer son lien avec Colette en l'aidant à travailler dans la boulangerie qu'elle tient seule. ......

Colette tente de relancer la boulangerie, au bord de l'effondrement, en recréant la recette secrète du « pain heureux » de son grand-père pour attirer les clients. Itsuki l'aide et, en s'appuyant sur les quelques indices laissés par son grand-père, ils réalisent une série de prototypes. Après avoir passé la nuit ensemble, ils parviennent enfin à un moment de joie.

Mana, la fée tutélaire d'Itsuki, organise la « cérémonie de l'amour ultime » afin d'allumer un feu dans le cœur des prêtresses qui n'ont pas encore célébré la cérémonie. On dit que c'est une expérience paradisiaque, mais seule l'une d'entre elles peut être la partenaire d'Itsuki après avoir gagné son cœur lors d'une bataille amoureuse.

Itsuki découvre qu'il existe un treizième labyrinthe en plus du labyrinthe Hoshikuzu où réside le « Dieu Kegare », et qu'il y a également une treizième prêtresse, et il part à sa recherche. Cependant, il est possible que cette treizième personne soit un « homme ». Itsuki est sceptique, mais il va voir tous les hommes auxquels il peut penser. ......

La 13ème miko n'était pas un homme... À ce moment-là, une femme apparaît enfin devant Itsuki, prétendant être la 13ème miko. Cependant, Itsuki n'arrive pas à la reconnaître comme une miko et transmet la confession de la femme vêtue d'une étrange tenue de victoire des années 80.

La saison hivernale est arrivée en Granvanie. Alors que la ville est plongée dans une atmosphère de fête de Noël, Shangri-La révèle à Itsuki un fait choquant. Il s'agit du seul moyen de vaincre le « 13e fantôme », la source de toutes les blessures qui rôdent dans le 13e labyrinthe. Forcé de faire un choix extrême, Itsuki choisit la réponse suivante : .......

Itsuki relève le défi d'une dernière bataille afin de pouvoir vivre avec ceux qu'elle aime. Mais aucune attaque ne fonctionne contre le « 13e fantôme » et elle se retrouve dans une situation désespérée. C'est alors que le désir des prêtresses d'accompagner Itsuki fait naître un miracle !