Reed Strucker, procureur, et sa femme Caitlin découvrent que leurs deux enfants, Lauren et Andy, sont dotés de pouvoirs. Ils se décident à quitter le territoire américain, où une loi drastique décide du sort des mutants. Pourchassés par les hommes des Sentinel services, ils prennent la fuite...

Clarice s'aperçoit que ses pouvoirs la dépassent, après une expérience de téléportation. Elle est en état de choc. Caitlin et Marcos se mettent en quête d'un sérum susceptible de la secourir et de canaliser ses pouvoirs. Reed doit faire des choix impossibles pour protéger sa famille...

Dans un effort de réunification, Reed conclut un accord avec le Sentinel Services, tandis que Caitlin et les enfants cherchent de l'aide à l'extérieur de l'enceinte. Thunderbird commence à enseigner à Blink comment contrôler ses pouvoirs...

Les Mutants tentent une opération pour éliminer le Sentinel Services. Pour ce faire, Eclipse ressuscite une connaissance issue de son passé le plus sombre, espérant obtenir des informations utiles. Lauren et Andy tentent de combiner leurs pouvoirs pour aider le groupe...

Jace, poussé par le souvenir d'un événement tragique de son passé, concentre tous les moyens du Sentinel Services dans la recherche du QG du réseau des mutants. Les rêves de Blink, particulièrement frappants, la conduisent à affronter Dreamer...

Thunderbird s'active pour obtenir des réponses, conscient que le Sentinel Services s'en est pris à un vieil ami. De son côté, Lauren fait une nouvelle connaissance, dotée de pouvoirs qui pourraient lui être utiles. Blink prend une importante décision...

Eclipse reçoit un appel de son ancienne amante, Carmen. Il doit replonger dans son passé pour protéger le réseau. Pendant ce temps, Reed et Sage passent en revue les dossiers secrets sur lesquels ils ont mis la main et découvrent des informations inquiétantes au sujet du nouvel ami de Lauren...

Les réfugiés affluent dans le repaire du réseau undergroud. Un des nouveaux arrivants est en fait un espion à la solde du Sentinel Services. Dans le même temps, Reed rend visite à son père, un quasi inconnu. Il découvre à cette occasion qu'il pourrait utiliser à son avantage certains secrets de famille...

L'équipe élabore un plan risqué pour venir en aide aux mutants qui sont sous la garde du Sentinel Services. De son côté, Reed révèle à Andy et Lauren les détails de l'histoire familiale qui pourraient aider les Strucker à changer la donne...

Jace est face à un dilemme moral. Il est obligé de remettre quelque chose de précieux entre les mains du docteur Campbell. L'équipe du QG des Mutants est divisée sur la marche à suivre. Reed et Caitlin décident de prendre les choses en main...

Les tensions se multiplient au QG des mutants entre les membres de l'équipe, qui ne savent plus à qui se fier. Reed, préoccupé par la sécurité de sa famille, tente d'envisager l'avenir sous un angle nouveau. Parallèlement, le docteur Campbell propose à Jace un programme revu et corrigé, très prometteur...

Le docteur Campbell assiste à un important sommet anti-mutants, dans l'intention de faire progresser le programme Hound sur le plan national. Une partie de l'équipe prend des risques inconsidérés pour contrarier ses efforts. Polaris se rapproche de son passé...

Le QG des mutants est la cible d'une attaque. L'heure est grave et les cartes sont rebattues. Le clan des mutants pourrait tout perdre dans cette ultime bataille. De nouvelles alliances se forment alors que certains changent opportunément de camp...

Les Mutants Souterrains interviennent lors d'une descente des Services Sentinelles. Marcos et Caitlin partent à la rencontre d'un cyber hacker mutant capable de pénétrer tous les systèmes informatiques afin de mettre la main sur des informations précieuses concernant les plans du Cercle, dont Reeva Payge a pris les commandes en tuant tous les autres dirigeants.

Thunderbird contacte un avocat mutant, qui l'a recruté dans l’Underground il y a quelques années, dans l'espoir de l'aider à trouver le Cercle.

Le bébé de Polaris souffre d'une maladie mortelle. Dans l’incapacité de le guérir, le Cercle se tourne vers une solution inattendue pour l’aider. Dans le même temps, Reed et Lauren partent en excursion pour livrer des médicaments, mais les pouvoirs de Reed compliquent leur plan.

Alors que les Struckers cherchent à renouer les liens de confiance qui ont été brisés, Thunderbird, Blink et Eclipse se rendent chez Wire pour le convaincre de les aider à nouveau.

Caitlin et Thunderbird essaient de sauver la vie d'un mutant blessé lors de la libération chaotique d'un hôpital psychiatrique par le Cercle.

Le Cercle prépare une embuscade à laquelle Polaris est réticente à se joindre, et Reeva, à la tête du clan, demande à Esme de la convaincre.

Alors que Reeva révèle ses plans pour une importante mission du Cercle, l’Underground fait face aux pouvoirs instables de Reed.

Afin de stabiliser ses pouvoirs, Reed, accompagné de Caitlin et Lauren, rencontre le Dr Risman. Pendant ce temps, Polaris réfléchit à sa difficile relation avec son père et prend des mesures pour protéger Dawn du Cercle.

Les tensions atteignent un sommet dans le Cercle tandis qu'Andy défend Rebecca de Reeva. Lauren persuade Reed et Caitlin de détruire les recherches du Dr Risman et Jace travaille sur un plan avec les Purifiers. De leur côté, Blink et Thunderbird font face à leurs différences.

John a été capturé par les Purificateurs et emmené dans un repaire secret. Pour le localiser et le libérer, Marcos ne voit pas d'autre idée que de contacter Lorna pour utiliser les ressources du Cercle. Lorna et Andrew acceptent de les aider dans le dos de Reeva, mais les retrouvailles ne sont pas joyeuses.

Reeva a de nouvelles recrues mutantes que Lorna reconnait comme responsables d'un massacre. Doutant des plans du Cercle, Reeva recontacte Marcos pour prévenir les Mutants Souterrains qu'un nouveau grand coup se prépare. Depuis ses brèves retrouvailles avec Andrew, Lauren est devenue obsédée par la boîte à musique d'Andreas von Strucker, et l'écoute augmente ses pouvoirs. Jace Turner part pour une nouvelle mission pour les Purificateurs dans un refuge pour SDF.

Apprenant que Lorna se retourne contre le Cercle, Evangeline organise la réunion des chefs des Mutants Souterrains et invite Erg à représenter les Morlocks. Les pouvoirs de Laurent s'intensifient et quand Andy le découvre, les sœurs Frost proposent d'utiliser leur lien pour recruter Lauren.

Lauren arrête de dormir, pour limiter l'impact des forces oniriques qui la poussent à rejoindre Andy et à épouser son côté obscur. Glow est quant à lui en difficulté après avoir été touché par les Purifiers. Polaris prend connaissance du plan de Reeva...

Reeva renforce la sécurité après la disparition d'un des membres du Cercle. Il semblerait que l'enceinte soit menacée. Elle découvre, furieuse, que ses plans ne sont plus secrets. Caitlin et Reed envisagent d'utiliser le sérum pour empêcher Lauren, sujette aux cauchemars, de recourir à ses pouvoirs...

Lauren ne peut accéder à ses pouvoirs au moment où elle en a le plus besoin. Caitlin doit prendre les rênes, alors qu'elles sont poursuivies. Reeva révèle son plan, très sombre, pour le Cercle intérieur. Jace, de son côté, est pris de remords...

Les mutants membres de l'Underground tentent de survivre en cohabitant avec les humains. Reeva, à la tête du Cercle, a des méthodes plus radicales. Elle a recruté Lorna, qui porte l'enfant d'Eclipse. Les Strucker continuent la lutte. Les deux factions de résistants se livrent bataille.