Kei Nagai découvre qu'il est un Ajin immortel, ce qui en fait une cible. Il se tourne alors vers la seule personne de confiance pour l'aider.

Alors que Tosaki dirige les recherches du nouvel Ajin pour le gouvernement, des voyous attaquent Kei et Kaito afin d'empocher l'argent de la récompense.

Kei s'habitue peu à peu à son statut d'Ajin après s'être fait renverser. Izumi rend visite à la sœur de Kei afin d'en savoir plus sur son passé.

Izumi résiste à la silhouette présente dans la chambre d'hôpital d'Eriko. Kei reçoit une invitation mystérieuse après s'être séparé de Kaito.

Tanaka incite Kei à libérer son côté sombre alors qu'il subit des souffrances atroces dans un laboratoire du gouvernement. Sato élabore un plan de sauvetage.

Kei tente d'arrêter Sato qui commence à massacrer les employés du laboratoire. Il découvre alors que les Ajin ont un point faible clé.

Tosaki prend des mesures extrêmes pour en savoir plus sur les Ajin et sauver son travail. Sato profite d'avoir l'attention du public pour lancer un nouveau plan.

Lorsque Sato révèle ses horribles projets, un jeune Ajin nommé Ko prend la fuite. Kei trouve refuge à la campagne, où il s'entraîne à appeler son "fantôme".

Alors que Sato s'apprête à lancer ses attaques, Ko tombe sur l'endroit où se cache Kei et le supplie de l'aider. Tosaki reçoit une visite surprise.

Tosaki fait de nouvelles découvertes sur les "fantômes noirs". Les voisins de Mme Yamanaka commencent à se méfier de Kei, et Sato finalise ses projets.

Une scène choquante se déroule dans la ville le jour prévu des attaques. Une épreuve de force se prépare avec une équipe d'assaut élite.

Tosaki met une nouvelle tactique à exécution pour arrêter Sato alors que tout le pays regarde en direct. Kei perd sa couverture dans le village.

Au pied du mur, Kei fait appel à sa matière noire invisible pour tenter de s'échapper avec Ko. Sato annonce une prochaine vague de guerre contre l'humanité.

Quand Sato reprend l'offensive en s'apprêtant à assassiner 15 personnes, Kei et Ko comprennent vite qu'il leur faut trouver du renfort et contactent un allié potentiel.

Tandis que Kei et Ko s’entraînent avec l'équipe de Tosaki, ils reçoivent la visite d'une personne qu'ils croyaient morte. Sato se déguise pour un vol fatidique.

Tosaki imagine un plan pour capturer Sato, mais Kei ne se sent pas à sa place au sein de l'équipe. De son côté, Sato passe méthodiquement au deuxième nom de sa liste.

Deux agents du département de la Défense des États-Unis arrivent. Toujours prisonnier, Kaito protège Takeshi, son nouveau codétenu, de délinquants d'une drôle d'espèce.

Almeida et Myers enlèvent Tosaki et l'interrogent mais ses réponses ne les convainquent pas. Le ministre étant la prochaine cible de Sato, l'équipe se prépare à l'action.

Maintenant que Tosaki s'est fait capturer, Kei et le reste de l'équipe sont forcés de changer leurs plans. Le lien entre Izumi et Tosaki est révélé dans un flash-back.

Kei et l'équipe essaient de détourner la voiture d'Almeida avant qu'elle ne s'échappe vers l'ambassade des États-Unis. Sato prépare son prochain assassinat.

Il ne reste qu'une chance à Kei d'intercepter Sato mais pour cela, il a besoin que Tosaki fasse une demande délicate. Pendant ce temps, Sato prépare une arme secrète.

Les forces spéciales anti-Ajin commencent avec une longueur d'avance, mais Sato renverse la situation. Kei et son équipe vont en haut pour leurs derniers préparatifs.

Alors que Kei assume toute responsabilité pour l’échec de son plan et démissionne de l'équipe, Sato lance sa troisième vague d'attentats et envahit une base militaire.

Les négociations entre Sato et le gouvernement sont dans l'impasse et l’armée américaine arrive. Dans le groupe Ajin, la tension interne a d'importantes conséquences.

Les militaires américains passent à l'offensive mais Sato a toujours une longueur d'avance sur eux. Kei réintègre l'équipe. Ajin Okuyama fait une proposition à Tosaki.

Même pris au dépourvu, Sato a un dernier tour dans son sac. Quand il commence à éliminer les membres de l'équipe un par un, il ne reste que Kei pour pouvoir l'arrêter.