Depuis plus de 30 ans, Howard Silk est employé d'une agence d'espionnage située à Berlin. A l'abri des regards, dans un bâtiment sécurisé et en suivant une procédure des plus strictes, il échange des messages cryptés avec des interlocuteurs qu'il ne connaît pas. Il rêve d'une promotion qu'il ne parvient pas à obtenir et rend tous les jours visite à sa femme, dans le coma, à l'hôpital. Il découvre un jour la vérité sur l'organisation pour laquelle il travaille : celle-ci sert d'interface avec une dimension parallèle qui a vu le jour à l'issue d'une expérience au cours de la Guerre froide qui a mal tourné...

De retour dans sa version du monde, Howard rencontre son ex-femme Emily, puis échappe de peu à une tentative d'assassinat. Il n'a pas le temps de chercher à en savoir plus car il bénéficie d'un laissez-passer de 36 heures pour l'autre univers. Retrouvant son alter ego, il conseille à Quayle et Aldrich d'essayer de se renseigner sur le double de Baldwin. Virtuose du violon, celle-ci pourrait peut-être leur permettre de remonter jusqu'à la meurtrière...

Aldrich espère que l'interrogatoire de Baldwin permettra d'en savoir davantage sur son commanditaire. Le temps presse pour Howard, qui n'est pas sûr de pouvoir revenir...

Howard et son alter ego font équipe et poursuivent leur enquête concernant la conspiration. Pour sa part, Clare doit prendre une décision concernant la tueuse Baldwin...

Informés de l'existence possible d'une taupe, Aldrich et Quayle rendent visite à une ancienne connaissance susceptible de les renseigner. Howard et Emily s'intéressent eux à un site de livraison...

Lancés sur une piste aux côtés d'Emily, Shaw et Howard sont amenés à discuter ensemble. Pour sa part, Aldrich s'intéresse au décès d'un collègue...

Tandis que le passé de Clare est dévoilé, la fête organisée pour l'anniversaire de Quayle tourne au cauchemar pour le principal intéressé...

Les récentes découvertes émeuvent les différents protagonistes. De son côté, Quayle sait désormais la vérité sur l'identité de sa femme...

Howard et Emily sont sur la piste de Kaspar, tandis que l'autre Howard tente de déjouer les plans de ceux qui sont parvenus à s'infiltrer.

La tuerie perpétrée au sein du bureau des échanges provoque un certain émoi. Officiellement, Roland Fancher annonce aux médias qu'il s'agit d'un tragique cas de violence sur un lieu de travail et qu'il n'y a eu qu'un seul agresseur. Cette attaque met à mal la diplomatie entre les deux univers et, dans chaque dimension, des responsables sont auditionnés avant un choix crucial pour la suite des événements. Pour Howard comme pour son alter ego, la probabilité d'un retour dans leur univers initial s'éloigne.

Bloqué dans l'univers de son double, Howard compose pour ne rien laisser paraître, au travail comme dans sa vie privée. Quayle et Claire luttent pour détourner l'attention et ainsi respecter leur nouvel arrangement. La tâche s'annonce d'autant plus compliquée que la Direction Générale affecte une nouvelle enquêtrice aux côtés de Quayle pour tenter de démasquer d'éventuelles taupes au sein de l'agence...

De l'autre côté, Howard, emprisonné, voit sa loyauté mise à l'épreuve. Contre toute attente, Emily obtient une promotion et se voit attribuer une nouvelle mission.

Alors qu'Howard doit gérer une situation inattendue, une visiteuse permet à Emily d'établir une connexion avec son ancienne vie. De l'autre côté, Howard est transféré dans une mystérieuse prison nommée Echo. Malgré les recommandations de la D.G., Emily et Shaw poursuivent leur enquête...

Howard, Quayle et Claire sont contraints de s'unir pour éliminer un ennemi commun. Dans l'autre monde, Emily tente d'en savoir plus sur son double. Et Yanek sonde le passé d'Howard...

Confronté à un revenant, Quayle va devoir gérer une nouvelle crise, sous peine d'être démasqué. Pendant ce temps, Claire est encore sous le choc de ses retrouves avec un fantôme du passé. De l'autre côté, Shaw a été pris en faute : saura-t-il redorer son blason auprès de la D.G. ? Pendant ce temps, Mira se prépare à passer à l'action...

Les retrouvailles avec sa fille confronte Yanek à son passé. L'occasion d'effectuer un retour dans les années 80 pour découvrir l'origine de la dimension parallèle, née d'une expérience scientifique.

Les répercussions du verrouillage éveillent les soupçons autour du Bureau d'Echange. Howard et Emily Prime trouvent des indices à propos de l'histoire du Management. Claire remet en question ses convictions.

Howard Prime et Emily travaillent ensemble pour découvrir les plans d'Indigo. Claire et Quayle considèrent leur avenir. Howard doit affronter la vérité à propos de sa femme.

Management prend une décision historique. Emily lance une alerte. Quayle, Claire et Temple enquête sur la cellule finale Indigo. Howard Prime rejoint un ancien contact.

La menace imminente de Mira forge des alliances pour le moins inattendues.