Le conclave vient d’élire Lenny Belardo, dit Pie XIII, au Saint-Siège, faisant de lui le premier pape américain de l’Histoire ; âgé de 47 ans, c’est également le plus jeune. Cela ne l’empêche pas de faire valoir avec fermeté sa vision radicale de la papauté. Sur ce chemin, il doit toutefois compter avec le très puissant cardinal secrétaire d’État Voiello qui entend faire perdurer sa propre vision de l’Église. Immédiatement après son élection, Pie XIII fait venir au Vatican sœur Mary qu’il nomme son assistante personnelle, et premier rempart face à la curie. Depuis son plus jeune âge, parce qu’il fut abandonné par ses parents, elle accompagne Lenny ; toute dévouée à cet homme dont elle connaît les fêlures et les doutes, l’intransigeance et la détermination. Outre le cardinal Voiello, le souverain pontife va devoir composer avec plusieurs figures majeures du Vatican...

Pie XIII continue d'imposer ses choix. Il annonce notamment à Sofia Dubois, en charge du marketing du Vatican, qu'il n'apparaîtra jamais en public et n'autorise aucune reproduction de son image. Voiello s'inquiète de ces prises de positions, qui risquent de compromettre les relations diplomatiques et, plus grave encore, d'entacher l'image de l'Eglise catholique. Le cardinal secrétaire d'Etat entreprend alors de fouiller le passé du souverain afin de mieux cerner l'homme qui se cache derrière l'habit papal

L'homélie inaugurale de Pie XIII laisse entrevoir une vérité : le nouveau pape se révèle ingérable. Au Vatican, les cardinaux craignent pour la gouvernance de l'église catholique. Voiello tente alors de reprendre le contrôle et propose au saint-père de le représenter lors d'une conférence de presse. Le successeur de saint Pierre fait mine de s'y résoudre mais choisit au dernier moment soeur Mary pour lire un bref communiquer rédigé par ses soins.

Voiello veut faire éclater un scandale afin de jeter le discrédit sur le souverain pontife. Il choisit la belle et pieuse Esther comme appât. Les rumeurs entourant la survenue d’un miracle dans la campagne romaine emplissent les couloirs du Vatican. Il s’agirait d’un certain Tonino Petolla, modeste berger, qui dit avoir vu la Vierge et demande à être officiellement reconnu par l’Église.

Le père Tommaso prévient Lenny que son amitié avec Esther nourrit un peu plus encore les rumeurs qui courent à son sujet. Le pape rend visite au cardinal Dussolier qu’il connaît depuis l’enfance, lorsqu'ils étaient tous les deux les protégés de sœur Mary à l’orphelinat. Les deux hommes s’accordent une parenthèse dans les rues de Rome. De son côté, Voiello se trouve contraint à une remise en question radicale. La tiare pontificale est revenue au Vatican.

Voilà déjà neuf mois que Lenny a été élu pape, mais au lieu de galvaniser les fidèles, leur nombre ne cesse de reculer. Le Vatican traverse une crise grave, fragilisé par les positions radicales du pape. Voiello s’en inquiète. De son côté, Esther, qui a mis au monde un garçon, reçoit une visite inattendue. Avant d’occuper le poste de préfet de la congrégation du clergé auprès du pape, Dussolier repart dans son diocèse du Honduras pour faire ses adieux à la petite communauté qu’il régissait.

Lenny passe de plus en plus de temps avec Esther et sa famille, appréciant ainsi l'ambiance chaleureuse d'un foyer. Soeur Marie est convaincue qu'il serait meilleur dans ses fonctions s'il parvenait à se réconcilier avec son passé. De leur côté, Voiello et le cardinal Spencer fomentent un plan pour pousser Pie XIII à la démission. Dussolier se sent responsable de la mort tragique du jeune Angelo. La prêtrise lui avait été refusée en raison de son homosexualité.

Affligé par la triste nouvelle concernant son ami d'enfance, Lenny se réfugie à Castel Gondolfo, la résidence pontificale de villégiature. Suivant les recommandations de Sofia, responsable du marketing du Vatican, le pape décide de se rendre sur le continent africain pour son premier voyage officiel. Durant son voyage, le Saint-Père fait la connaissance de soeur Antonia, fondatrice des Villages de bienfaisance.

A New York, le cardinal Gutierrez met tout en oeuvre pour rassembler assez de preuves solides pour confondre le puissant cardinal Kurtwell, soupçonné d'abus sexuel. Une visite inattendue à l'hôtel où il séjourne, offre de nouvelles perspectives à son enquête. La visite du pape sur el continent africain est un véritable succès. Un peu partout, les fidèles sont de plus en plus nombreux à fréquenter les églises.

Pie XIII décide de se rendre dans quelques jours à Venise, la ville où ses parents se seraient rendus après l'avoir abandonné. Le pape compte y faire une apparition publique remarquée. Par ailleurs, il décide de proposer à Gutierrez le poste occupé par Mary qui est en partance pour l'Afrique. Le saint-Père connaît l'ambition du cardinal. En faisant de lui son secrétaire particulier, il pourra ainsi surveiller ses agissements plus aisément.