Agent de la CIA, Charleston Whitney Tucker, dite Charlie, a été choisie par Constance Payton, première présidente noire des Etats-Unis, pour devenir sa conseillère spéciale. Charleston est chargée de prévenir les attaques sur le sol américain et de cibler avec précision les menaces les plus critiques...

Charleston et son équipe livrent une véritable guerre des nerfs aux Russes pour s'approprier un sous-marin contenant des documents ultra-secrets. Constance Payton nomme un nouveau directeur à la tête de la CIA...

Charlie est confrontée à une mission à haut risque lorsque 21 jeunes filles originaires du Niger sont kidnappées par un groupe islamiste armé. Elle doit notamment faire en sorte de préserver les intérêts américains, tout en organisant la libération des jeunes filles...

Une épidémie de variole se répand au Panama. Charleston, en charge de ce dossier épineux qui touche l'opinion publique, met tout en oeuvre pour empêcher la propagation du virus. Une épidémie sur le territoire américain déclencherait en effet une véritable catastrophe sanitaire, difficile à enrayer...

Constance Payton demande des comptes à Nick Vera dans le dossier sensible d'une attaque de convoi. Cependant, Charlie se remémore l'événement...

La Présidente Payton se rend au Qatar pour rencontrer le premier ministre afin de discuter des bases militaires allouées aux américains. La visite officielle est compliquée par la présence à l'ambassade américaine d'une personne se faisant passé pour un agent de la CIA. Lucas, Dash et Kurt, de leur côté, recherchent toujours Al Moosari, suspecté d'être en lien direct avec Omar Fatah. Pendant ce temps, Nick est interrogé avec violence par un homme masqué. Charlie prend des mesures désespérées et dangereuses pour se souvenir des événements...

L'effroi s'empare des autorités américaines lorsque 65 photographies représentant des monuments emblématiques du pays, toutes agrémentées du symbole d'Ar Rissalah, font surface...

Jack Dawkins est kidnappé par les FARC - les forces révolutionnaires de Colombie - dans sa prison au Panama. Ils réclament une rançon pour sa libération et la Présidente est prête à tout pour le sauver. L'équipe s'emploi à déterminer où il se trouve. Constance et Marshall discutent de l'opportunité d'utiliser cet événement à des fins politiques. De son côté, Charlie revient à Langley pour coordonner l'opération Bellerophon. Quant à Maureen, elle éprouve des difficultés à assumer son nouveau rôle auprès de la Présidente Payton. Au Moyen-Orient, Nick et Al Moosari sont sur le point de rencontrer Fatah, mais ils doivent affronter un certain nombre d'épreuves avant d'y parvenir...

Alors que Raymond Navaro, le directeur de la CIA, est la cible d'un projet d'attentat terroriste, Charlie et les membres de son équipe tentent de prouver l'implication de Stacy Dover, une étudiante, dans la cellule terroriste Ar Rissalah...

La présidente Payton est de plus en plus critiquée pour sa gestion du terrorisme après l'attentat suicide de Stacy Dover. Charlie essaie tant bien que mal d'interroger les étudiants suspectés d'appartenir à la cellule terroriste, pour savoir si d'autres bombes sont cachées, mais aucun ne veut parler. Mais les services de renseignement savent que sept engins explosifs sont manquants. Une nouvelle attaque peut donc se produire à tout moment et il faut agir au plus vite. Par ailleurs, l'opération Bellerophon est compromise, alors que Nick Vera et Omar Fatah suivent une piste jusqu'aux Philippines...

Charlie et Lucas sont chargés de retrouver la trace d'un terroriste d'Ar-Rissalah qui est parvenu à prendre la fuite et à se cacher dans une forêt de Virginie...

Au QG à Langley, Charlie et toute son équipe sont sur le qui-vive, car Nick les a informés qu'il tient Omar Fatah et Sheik Hakam en ligne de mire. Une opération commando est donc programmée pour tuer les deux terroristes, tout en essayant de sauver Nick. Charlie et Constance Payton sont aux commandes de la manoeuvre. Elles doivent estimer au mieux les risques à prendre. Des sacrifices devront être faits pour mener à bien cette opération, et espérer écarter ce danger imminent...

Charlie, qui a démissionné et qui se trouve en Afghanistan, contacte Maureen pour lui dire que Sheik Hakam était une invention d'Omar Fatah pour tromper les américains. A Washington, un nouvel attentat a lieu dans un centre commercial et la présidente Payton se retrouve en mauvaise posture...