Après avoir passé 13 mois dans l'espace en mission solo, l'astronaute Molly Woods tente de reprendre une vie normale auprès de son mari John, un brillant scientifique, et de leur fils Ethan, un petit garçon androïde. Suite à la découverte de la stérilité de Molly, John a créé ce prototype de robot humanisé et cherche maintenant à financer la suite de ses travaux. Alors que son amie et docteur Sam Barton lui fait passer une série de tests à son retour sur Terre, Molly découvre qu'elle est enceinte…

Après que Molly s'effondre et expérimente une vision de sa rencontre avec les Séraphins, Sam accepte de lui faire passer une échographie afin qu'elle puisse en savoir plus sur sa grossesse mystérieuse. Parallèlement, Molly traque Kryger et il révèle les détails troublants de sa propre mission solo que l'Agence Internationale de l'Exploration Spatiale (ISEA) garde secrète.

Ethan intègre une nouvelle école où certains parents d'élèves ont du mal à accepter le garçon androïde, craignant pour leurs enfants. Alan Sparks annonce à Molly que sa grossesse est due à des expérimentations médicales pratiquées sur les astronautes, ce dont Sam Barton doute. Lors de sa soirée d'anniversaire, Molly retrouve le frère de Marcus, Tim, mais lorsqu'elle comprend qu'il s'agit d'une nouvelle hallucination, elle accepte d'être admise au centre médical de l'ISEA…

Après que Sparks tente de mettre en quarantaine Molly, elle et sa famille se réfugient sur une île lointaine avec son père, Quinn. Lorsque l'agence se rapproche de la vérité sur leurs allées et venues, Ethan est exposé à un grave danger. Pendant ce temps, Yasumoto expérimente une substance étrange et mortelle.

Lorsque la validité de la grossesse de Molly est remise en question, John commence à douter de son état mental. Pendant ce temps, Ethan subit un sérieux revers, et John et Julie s'affrontent sur ​​la façon de prendre soin de lui.

Molly découvre des images susceptibles de révéler la véritable raison pour laquelle l'ISEA l'a choisie pour la mission solo. Pendant ce temps, Ethan vit son premier rêve, une évolution imprévue pour laquelle il n'a pas été programmé, et Julie se détourne du travail avec un homme mystérieux qu'elle rencontre à la salle de gym.

Convaincue que l'agence a son bébé, Molly est déterminée à savoir où il est. Pendant ce temps, John découvre des avancées nouvelles et surprenantes dans la programmation d'Ethan, et Kern retient Kryger en otage dans une tentative pour récupérer la vidéo incriminante qu'il a volée à l'ISEA.

Molly apprend que son bébé est encore en vie et s'allie avec Kryger et Kern pour retrouver l'entité avant qu'elle ne soit déplacée par Sparks et Yasumoto. Inquiet par l'activité indépendante dont fait preuve Ethan, John envisage de ralentir le développement de son enfant androïde, contre l'avis de Julie…

Lorsque Sparks tombe sous l'influence de la vision de sa fille décédée, il s'enfuit avec le bébé de Molly à un emplacement distant. Maintenant, Yasumoto et Molly doivent compter les uns sur les autres pour traquer la progéniture.

Accompagnée d'un homme de Yasumoto, Molly est submergée par les souvenirs du bébé qu'elle a perdu après son accident avec Marcus à mesure qu'elle s'approche de son enfant. Sparks présente sa fille ressuscitée à son ex-épouse et veille à nourrir l'entité pour maintenir les visions de sa petite Katie…

Pendant que les pouvoirs de la progéniture grandissent, Molly apprend le chemin douloureux de Yasumoto vers l'immortalité. Lorsque Sparks commence à avoir des doutes sur la mission, Anya la prend en charge. Pendant ce temps, Odin tente d'accéder secrètement aux circuits d'Ethan.

Quand Molly arrive enfin en face-à-face avec sa progéniture, elle se rend compte qu'elle est peut-être la seule qui peut arrêter le danger à venir. Pendant ce temps, Julie découvre de graves secrets sur Odin.

Molly retourne dans l'espace dans le but d'éloigner les Séraphins de la Terre et de protéger la population mondiale des spores mortelles. En outre, John découvre que le plan d'Odin a mis Ethan dans un terrible danger.

Molly Woods a perdu son fils humanix Ethan, enlevé par la Sécurité Intérieure, son mari John, décédé dans un accident, et son fils hybride, mort d'une crise de convulsion chez un couple qui l'avait recueilli. Internée dans un établissement psychiatrique, l'astronaute s'enfuit après avoir reconnu le mode opératoire des hybrides dans la mort de plusieurs femmes enceintes. Chez la dernière victime, elle rencontre JD Richter, un policier indépendant qui enquête sur cette affaire…

Ethan a été confié à Julie, qui développe un nouvel humanix sous l'autorité pressante d'Anna Schaefer pour l'utiliser à des fins militaires. De son côté, le général Shepherd dirige une équipe du SWAT qui échoue à éliminer l'entité extra-terrestre. Molly ignore encore que son fils hybride est vivant…

Julie efface les souvenirs qu'Ethan avait de ses parents et accepte de transiger sur les valeurs éthiques du nouvel humanix, Lucy. Molly est la seule à pouvoir entrer en contact avec Adhu, son fils hybride qui a déjà atteint la trentaine et serait à l'origine du décès de nombreuses femmes aux grossesses accélérées… Elle accepte de collaborer avec la Sécurité Intérieure

Molly participe à la cartographie de l'ADN hybride dans le but de fabriquer un virus qui détruira l'espèce extra-terrestre. Ethan se souvient de Molly malgré sa mémoire effacée et décide de la retrouver, encouragé par Lucy qui le pousse à transgresser les règles…

Lucy est maintenant opérationnelle et attend la localisation de ses cibles, les hybrides. Molly se bat pour récupérer la garde d'Ethan, qui sera arbitrée par Fiona Stanton, chef de la Sécurité Intérieure. JD enquête sur les circonstances étranges de la mort de John Woods…

D'après son ADN en triple hélice, Molly comprend qu'elle porte en elle, depuis sa grossesse, une partie du génome extra-terrestre. Satisfaite des performances de Lucy contre les hybrides, Anna Schaefer demande à Julie de créer de nouveaux humanix sur le même modèle…

Convaincue par Adhu des intentions pacifistes des hybrides, Molly tente de convaincre Tobias qu'une coexistence est possible avec les humains. En découvrant que les femmes ayant porté des grossesses hybrides voient leur ADN évoluer

Réfugiés dans le camp des hybrides, Molly et JD font face à une attaque des humanix, qui libèrent le virus mortel. Gravement endommagée, Lucy doit être réparée mais Julie et Charlie estiment qu'il faut entièrement la reprogrammer pour limiter son libre arbitre. Adhu, lui, est profondément atteint par le virus, et Molly commence à en ressentir les effets…

Gravement infectée par le virus, Molly se rend au siège de la Sécurité Intérieure où elle est maintenue en quarantaine. Mourante, elle replonge alors dans les souvenirs d'une soirée passée avec son père. Julie et Charlie se dressent contre leur direction et décident d'annuler le projet humanix…

Le GSC est en état d'alerte et doit être évacué de toute urgence. Les humanichs passent à l'action avec ordre de tuer les hybrides. Terra et Ares ont l'intention de faire sauter l'immeuble. Ethan, de son côté, tente de retourner auprès de sa mère. Une véritable course contre la montre s'engage pour éviter un bain de sang.

Molly et JD doivent absolument retrouver Calderon, le seul à pouvoir mettre hors d'état de nuire les humanichs. Mais Molly craint toujours pour la vie de JD. Terra, quant à elle, est introuvable. Fiona nomme Lucy chef de la sécurité et souhaite que les humanichs travaillent au laboratoire pour accélérer le processus de production.

Les humanichs sont déployés dans la ville pour assurer la sécurité des habitants et détruire les hybrides. Dorothy tombe sur Terra, blessée, et lui porte secours. Charlie, dévasté, raconte à Molly, JD et Ethan les dernières exactions de Lucy. Ensemble, ils réfléchissent à un plan d'attaque. Mais la mission s'annonce des plus délicates.

Les humanichs, en possession d'un virus mortel, sont sur le point de le répandre partout dans le monde. Une véritable course contre la montre s'engage pour les en empêcher. Le groupe ne dispose que de quelques heures pour trouver une solution. Après les récents événements, JD, quant à lui, se retrouve dans une posture délicate.