Alors que c'est le premier jour de vacances, Ben trouve une montre étrange, l'Omnitrix, qui lui permet de se transformer en de nombreux aliens avec des pouvoirs incroyables. Mais des forces négatives viennent sur Terre afin de récupérer cette montre et de semer la terreur.

Le Dr. Animo, un vétérinaire et aujourd'hui un fou, crée un appareil, nommé Le Transmodulateur, afin de transformer la ville de Washington DC en un village préhistorique. Grâce à elle, il peut transformer les animaux en une bête mutante.

Un homme appelé Jonah Melville vole les œufs du Krakken, ce qui rend le monstre fou furieux jusqu'à terroriser le lac.

Ben rend visite à sa grand-tante Véra dans un village n'abritant que des retraités, mais découvre que des aliens appelés Limax ont pris l'apparence de la plupart des résidents.

Vilgax envoie trois chasseurs de primes (Sixsix, Crabe et Tetrax) afin de récupérer l'Omnitrix. Mais cette mission est loin d'être facile.

Ben visite Sparksville, une ville pleine d'expositions étranges, et libère accidentellement un alien, Mégawatt, avec un sens de l'humour plutôt dangereux.

Après une dispute avec grand-père Max, Ben se promène dehors, vexé. Il se lie d'amitié avec un garçon abandonné nommé Kevin Levin, qui devient vite l'un de ses pires ennemies.

Rojo et sa bande blessent Max lors d'un combat. Cependant, elle se transforma en robot lorsqu'un des drones de Vilgax se colla à elle. Ainsi, elle travailla désormais pour Vilgax.

Quand Zombozo, un clown diabolique, enlève Gwen, Ben doit vaincre sa peur des clowns pour l'arrêter.

Lorsque Ben donne un porte-bonheur à Gwen, cette dernière décide de devenir une super-héroïne appelée "Mademoiselle Chance".

Ben, anormalement resté bloqué sous la forme d'un de ses aliens, Le Têtard Gris, se fait capturer par un homme nommé Howell Wayneright, qui le remet à l'Organisation des Chevaliers Éternels.

Ben attrape un rhume, ce qui a des conséquences à double tranchant sur ses aliens. Au même moment un homme pouvant contrôler les insectes, Clancy, s'attaque à Chinatown.

Ben rencontre celui qui deviendra son pire ennemi, Vilgax, qui a pour but de voler l'Omnitrix et de l'utiliser pour conquérir l'univers.

Le groupe rencontre un ancien collègue de Max qui n'est pas si gentil que ce que l'on pourrait penser.

Ben doit faire face à une tique géante extrêmement dangereuse tout en essayant de maîtriser les pouvoirs d'un tout nouvel alien, Boulet de Canon.

Kevin est de retour! Cette fois, grâce à son nouveau pouvoir de transformation, il commet des délits et fait accuser Ben à sa place avant de muter en une forme incroyablement puissante.

Gwen a mis la main sur l'Omnitrix et tous ses super-pouvoirs. Ben n'a d'autre choix que de laisser Gwen 10 combattre Vilgax pour l'empêcher de s'emparer de la montre.

Ben et Kevin sont téléportés dans un vaisseau de guerre où ils sont faits gladiateurs et de battent contre différents aliens. Ils doivent mettre de côté leur rivalité et s'échapper du vaisseau... s'ils survivent d'abord.

Un groupe de super-héros fait équipe avec Ben pour battre Sixsix et Vulcanus qui envisagent de construire un bombe qui pourrait détruire le système solaire.

Quand d'impitoyables champignons extraterrestres envahissent un camp de vacances, Ben utilise les pouvoirs d'un nouveau héros pour mettre fin à la menace.

Une arme extraterrestre a été retrouvée au Texas. Les Tennyson partent à l'aventure pour tenter de la récupérer avant que les Chevaliers éternels ne s'en emparent.

Gwen retrouve ses super-pouvoirs après avoir acheté une pierre magique à Las Vegas, mais Hex est bien décidé à se débarrasser une fois pour toutes de Mademoiselle Chance.

Invités dans un nouvel hôtel sous-marin, Ben, Gwen et Max doivent faire face à un groupe d'extraterrestres déterminé à récupérer sa source d'énergie.

Après s'être échappé de l'Omnitrix, Spectral est devenu une créature à part entière. Ben doit trouver un moyen de le réintégrer à la montre avant qu'il ne soit trop tard.

Son Omnitrix cassé, Ben doit composer avec une étrange association de super-aliens, tandis que le Dr Animo, tout juste sorti de prison, décide de se venger.

Ben déverrouille le contrôle maitre de l'Omnitrix qui lui permet de se transformer quand il veut sans aucune limite de temps. Et puisque Vilgax et Kevin unissent leurs forces, il va en avoir besoin.

Quand Gwen, victime d'un enlèvement, se retrouve projetée dans le futur, Ben fait la connaissance de son alter ego adulte en partant à sa recherche.

Sublimino, un hypnotiseur maléfique, s'apprête à hypnotiser toutes les personnes d'un centre commercial pour qu'elles deviennent les esclaves de l'hypnotiseur... pour toujours!

Une fois de plus, les Tennyson doivent affronter l'Enchanteresse, qui tente de s'emparer du corps de Ben pour voler l'Omnitrix.

En traversant le désert, les Tennyson arrivent dans un étrange village de Noël où Max, confondu avec le père Noël, est pris en otage.

Lors d'un voyage au Nouveau-Mexique, Ben est attaqué par un loup-garou qui se révèle être un extraterrestre diabolique déterminé à construire un satellite.

En jouant à la console un jour de pluie, Ben et Gwen se retrouvent pris au piège d'un jeu vidéo. Comment parviendront-ils à s'en sortir ?

Ben découvre que ses super-aliens sont les stars d'un dessin animé bas de gamme qui a pris la place de son feuilleton de super-héros préféré.

Ben fait face lors d'une rude bataille à une Momie qui possède un étrange cristal, le Corrodium, qui pourrait bien transformer tout le monde en monstre.

Ben découvre que JT et Cash jouent dans un match de baseball. Cependant, l'équipe adverse ne peut pas être réelle, ses joueurs sont trop parfaits. Ce sont des robots. À la fin, on découvre que les Chevaliers Eternel étaient derrière tout ça et Enoch jure qu'il va s'occuper personnellement des Tennyson.

Max emmène Ben et Gwen à Chicago voir l'un de ses groupes préférés se produire sur scène. Sur place, ils croisent le chemin d'un robot météo incontrôlable.

Ben mène l'enquête quand une mystérieuse tempête violette retarde le lancement d'une navette spatiale.

Les Tennyson allient leurs forces pour empêcher Spectral de plonger la Terre dans une nuit éternelle.

Xylène, une amie alien de Max, revient sur Terre pour chercher l'Omnitrix, qui devait initialement être destinée à Max. Ben obtient un nouvel alien : Gobe-Tout.

Ben se réveille dans un monde où tout va bien, mais cette journée de rêve va vite se transformer en cauchemar.

Ben débloque un nouvel alien : Duplico. Mais le Dr. Animo revient avec un plan qui pourrait lui permettre d'utiliser l'Omnitrix pour conquérir le monde.

Hex est de retour et veut trouver la Fontaine de Jouvence.

Le trio assiste à un mariage entre un membre de la famille Tennyson et un alien.

Alors que la famille Tennyson se promena dans une route en plein milieu du désert, un trio de délinquant, Les Pirates de la route, voler leur van.

Pensant qu'il a cassé l'ordinateur de Gwen, Ben s'inscrit à un tournoi de lutte pour gagner l'argent nécessaire pour remplacer la machine.

Dans le futur, Ken, le fils de Ben, obtient un nouvel Omnitrix et rencontre un nouvel ami qui deviendra bientôt son meilleur ami. Mais cette personne s'avère avoir un lien avec Kevin.

Driscoll, le Roi Éternel, crée une équipe pour détruire Ben.

Ben se prépare pour la plus grande bataille qu'il ait jamais eue.

Ben en a fini avec l'été, mais il n'en a pas fini avec Vilgax.Qui s'attaque alors a sa ville.