Le commandant d'un sous-marin nucléaire américain refuse d'exécuter un ordre de frappe contre le Pakistan sans confirmation. En représailles, son navire est attaqué. L'équipage survit et prend le contrôle d'une île, menaçant de riposter contre toute agression, y compris des États-Unis.

L'état-major de Washington teste le périmètre de défense de l'île de Sainte Marina, établi par le commandant Chaplin. L'équipage de l'USS Colorado repère un avion suspect et craint un parachutage des Forces Spéciales. Sam Kendall et le lieutenant Shepard organisent une interception, tandis que le chef de pont complote secrètement contre Shepard.

Le commandant Marcus Chaplin négocie avec Julien Serrat pour libérer trois membres d'équipage disparus. Pendant ce temps, Kylie découvre que l'ordre de tir provenait d'un canal de communication secondaire, conçu pour remplacer Washington en cas d'attaque nucléaire.

Devant le mécontentement grandissant dans les rangs, le commandant Chaplin prend le pari osé de proposer à son équipage de choisir entre rester à bord et rentrer au pays. Une feuille avec deux colonnes est affichée dans le mess. Julian oblige Sophie à faire des prélèvements de roches pour trouver des minéraux précieux. Armé d'une grenade, le matelot Brannan prend le contrôle du sous-marin.

Le commandant Chaplin et son second Sam Kendall négocient avec une délégation gouvernementale. Pendant ce temps, Grace Shepard prend le commandement de l'U.S.S. Colorado pour une mission de réparation cruciale. À Washington, Kylie Sinclair cherche à rallier un nouveau soutien à sa cause.

L'équipage de l'USS Colorado et les villageois sont victimes d'hallucinations et de pertes de conscience suite à la contamination de l'unique source d'eau par une drogue puissante. Le commandant Chaplin plonge avec un équipage réduit pour cacher le sous-marin, tandis que Sam reste sur l'île pour défendre le poste.

Marcus et Sam recherchent la clé de mise à feu du commandant, tandis que le chef de pont lutte contre le trafic de drogue. James King découvre un secret impliquant un membre du commando clandestin, créant des tensions. Christine et Kylie partagent une information cruciale pour le retour de l'équipage.

Le chef ingénieur Hal Anders est accusé de viol lors d'une soirée de réconciliation. Le commandant Chaplin intervient pour empêcher un lynchage et impose un procès équitable. Il désigne Grace pour défendre Anders, malgré son manque d'expérience. Pendant ce temps, Sam persuade Booth de l'accompagner au poste de transmissions.

Face à un commando pakistanais qui prend en otage les familles de l'équipage du Colorado, Marcus Chaplin et Grace Shepard doivent choisir entre lancer un missile nucléaire ou laisser mourir les otages. Parallèlement, on découvre que Hopper avait reçu l'ordre de falsifier des preuves sur les armes de destruction massive du Pakistan, impliquant l'assassinat de deux innocents.

Sam et James partent pour Manille afin de libérer Christine. James sollicite l'aide d'un ancien des Forces Spéciales. Sur l'île de Sainte-Marina, un émissaire chinois propose son assistance au commandant Chaplin. Marcus, d'abord réticent, reconsidère l'offre face aux conditions de vie difficiles. Le chef de pont lutte contre une addiction aux antidouleurs.

Un typhon, une mutinerie et un coup d'État à Washington poussent Marcus Chaplin et son équipage à forger des alliances inattendues. Sam Kendal, en deuil, voit sa loyauté envers Marcus mise à l'épreuve. Face à un destroyer américain menaçant un navire de ravitaillement chinois, le commandant Chaplin envisage des mesures extrêmes pour protéger son équipage et les habitants de Sainte Marina.

Un groupe de patriotes, mené par Kylie et Robert, prépare la destitution du président américain. La mort suspecte d'un membre dans un accident de voiture complique leur plan. Pendant ce temps, le commandant Chaplin tente d'apaiser une mutinerie imminente, tandis que Sam se retrouve tiraillé entre deux camps.

Dans ce dernier épisode, la lutte pour le pouvoir est à son paroxysme sur l'île de Sainte Marina. Entre la "mutinerie dans la mutinerie" et le gouvernement chinois qui envoie trois navires sur l'île, l'U.S.S Colorado est l'objet de toutes les convoitises. Marcus et Sam pourront-ils reprendre le contrôle du sous marin avant qu'il ne soit trop tard ?