Youko est une jeune fille à la vie tranquille. Étudiante modèle,Yoko voit son quotidien perturbé par d‘étranges rêves peuplés de myriades de créatures fantastiques. Élève modèle Yoko est très soucieuse du regard de ses camarades de classe. Sur le chemin du retour, un étrange individu vient à sa rencontre et lui promet de lui être fidèle et de toujours la protéger des dangers. Ce n’est que lorsqu’ils se font tous deux subitement attaquer par un monstrueux oiseau géant que le mystérieux personnage en dévoile plus à Youko : elle est l’élue et doit le suivre dans son monde pour accomplir son destin.

Nos trois amis arrivent séparément sur les terres d’un monde nouveau. Yoko se retrouve seule, et sans qu’elle le sache, les traits de son visage ont changé. L’épée que lui a donné Keiki est l’objet de toutes les convoitises des habitants d’un village dévasté tout proche, mais Yoko parvient à la conserver. Elle est cependant capturée et emmenée dans une grande ville où elle retrouve Sugimoto. Toutes deux commencent à en apprendre plus sur cet univers inconnu et constatent qu’étrangement, Yoko est la seule à comprendre le langage des gens de ce monde. Les deux jeunes filles sont accusées de la destruction du village et sont emmenées à la capitale. En chemin, elles rencontrent également Asano, lui aussi prisonnier, qui de son côté a croisé Keiki se transformant en licorne…

Sur la route qui l’emmène vers la capitale de la région, le convoi qui retient prisonniers Yoko, Asano et Sugimoto, est attaqué par des créatures loups. C’est l’intervention de l’hinman, l’esprit que Keiki a introduit dans le corps de Yoko, qui les sauvera. Yoko, Asano et Sugimoto arrivent dans un village pour trouver de la nourriture et rencontre Takki, une jeune femme qui décide de les aider, mais dont Sugimoto se méfie. Takki leur propose de travailler à l’auberge de Kasai, dans le royaume de Kou : Yoko y découvre qu’il y a de nombreux réfugiés du royaume de Kei, car ce dernier n’a plus d’empereur et est donc en proie aux attaques de créatures malfaisantes.

Youko fait un autre rêve dans laquelle elle retrouve l’étrange garçon-singe. Il sème le doute dans l’esprit de Yoko en lui racontant que ses deux camarades ne sont pas ses amis et qu’ils lui en veulent pour tout ce qui leur arrive…Sur les conseils de Takki, nos trois héros se séparent pour ne pas se faire prendre par le gouvernement, et Yoko et Sugimoto sont les premières à partir le lendemain matin, laissant Asano seul.

Convaincue par Kourin, Sugimoto la suit, et laisse ses deux camarades derrière elle. Le garçon-singe réapparaît alors dans les visions de Yoko, et lui fait voir d’autres images du Japon, montrant sa mère et son professeur en train de se questionner sur sa disparition : fuite ? enlèvement ?…

Tandis que l’armée de Lady Johei et les troupes impériales livrent bataille, Yoko se réveille enfin, après trois jours de convalescence. Elle se rend compte qu’un individu géant aux allures de souris a soigné ses blessures et la protège du gouvernement. Rakushun, c’est son nom, conseille à Yoko de se rendre dans le royaume de En, car les étrangers n’y sont pas mal vus, et pour cela, il lui explique la géographie de ce monde, qui est divisé en douze royaumes : huit pays (Ryuu, Kei, Kou, Sou, Sai, Han, et Kyou) et quatre îles (Ren, Hou, Tai, et Shun).

Pour la première fois, Yoko éprouve du plaisir à se battre : elle le fait pour elle-même, pour sauver sa propre vie. Le garçon-singe de ses visions la trouble une fois de plus, lui racontant qu’elle n’a jamais fait tout cela pour sauver ses amis, mais juste pour les impressionner.

Sugimoto supplie Shuujo de lui donner une nouvelle chance pour éliminer Yoko et l’empereur accepte. Sugimoto se voit alors confier de nouveaux pouvoirs et remarque alors que son visage a changé, comme cela avait été le cas pour Yoko à son arrivée aux douze royaumes.

Yoko arrive dans la ville d’Ugou au royaume de En et y retrouve Rakushun avec bonheur. Ils voyagent alors vers Houryou où il font la connaissance d’un kaikyaku, Heki, qui lui en explique davantage sur les différentes lois des royaumes : si Keiki, un Taiho, lui a prêté serment, c’est qu’elle est très certainement la nouvelle impératrice de Kei !

Yoko et Rakushun font connaissance de Shoryu, l'empereur de En. Il explique à Yoko que c'est son épée qui lui sonne toutes ces visions et que cela constitue une preuve supplémentaire que la jeune fille est bien la nouvelle reine de Kei.

Shoryu raconte à Youko son histoire dans le Japon du 16e siècle, car Enki et lui en sont originaires… Abandonné par ses parents, Enki regardait Kyoto brûler lorsque son nyoukai le trouva et l’amena sur le Mt Hou, dans le monde des douze royaumes. Il était donc un Taiho, c’est-à-dire un kirin capable de désigner un empereur. Mais il refusa de faire cet acte, les empereurs étant selon lui à l’origine des guerres.

Youko demande à Rakushun quelques informations au sujet de la précédente impératrice de Kei, Yo-ou, et c’est son épée qui lui en donne quelques visions. Enki explique à Youko ce qu’il faisait à Hourai lorsqu’ils se sont rencontrés la toute première fois : il cherchait un kirin noir, Taiki, Takasato de son nom japonais.

Sugimoto réalise qu'elle a été dupée, s'excuse auprès de Yoko et lui avoue qu'elle veut rentrer chez elle. Kourin implore le Roi de Kou de rentrer au palais de Suikou avec elle car les cieux vont le punir pour ce qu'ils ont fait à Yoko, amis l’empereur de Kou refuse.

Rakushun raconte à Yoko l'histoire des douze royaumes. Jadis, l'empereur céleste détruisit le monde et reconstruisit douze royaumes. il créa la mer jaune et la mont Ho. Au Roi de chaque royaume, il distribua une branche, où était enroulé un serpent, les serpents soutenant la voûte céleste. Sur chaque branche, se trouvaient trois fruits symbolisant le trône, le pays et sa terre. Les branches se muèrent alors en pinceau. La terre représente le peuple, le pays représente la loi et le pinceau l'histoire. Le trône est incarné par l'animal sacré. Il y a douze royaumes, douze Rois et douze animaux sacrés. Ils sont les seuls à choisir les souverains du royaume. Si le souverain s'égare, l'animal sacré tombe malade.

En l'an 7 de l'ère Josei, Yoko devient la Reine de Kei. Bien qu'elle soit une Taika, son peuple l'accueille avec joie car Kei est enfin débarrassé des créature maléfiques qui l'infestaient. Grâce à son Taiho, Keiki, Yoko découvre peu à peu les habitudes de son peuple.

Dix ans plus tard, Taiki revient au mont Ho. Choyé par Sanchi et les prêtresses du palais , taiki s'habitue vite à sa nouvelle vie, bien qu'il soit un peu déstabilisé par la cérémonial qui l'entoure. Les prêtresses l'initient peu à peu à son rôle d'animal sacré et aux nombreuses responsabilités qu'il devra assumer lorsqu'il désignera le nouveau souverain de Tai.

La vie de Taiki est de plus en plus perturbée par son inaptitude à muer en animal sacré. L'arrivée impromptue d'une visiteuse au palais perturbe encore plus l'enfant qui se remet à penser à sa famille de Hourai. Afin d'aider l'animal sacré, la grande prêtresse convoque Keiki au palais.

Alors que le jour du choix d'un souverain pour Tai approche, Taiki n'a toujours pas réussi à muer et conserve la forme humaine qu'il avait au Japon. Bien qu'aidé par Keiki, le petit garçon n'arrive pas à maîtriser sa magie d'animal sacré. Les prêtresses, de plus en plus inquiètes, parviennent tout de même à convaincre Taiki d'assister au défilement des prétendants au trône.

Lors d'une partie de chasse en compagnie de Gyoso et Risai, Taiki se fait attaquer par un Totetsu, un démon d'une férocité incroyable. L'extrême gravité de la situation pousse Taiki a puiser dans son pouvoir. Contre toute attente, Taiki parvient à le maîtriser et à en faire son shirei !

Le jour de l'intronisation de Gyoso arrive enfin, mais Taiki redoute la colère céleste car il a désigné un Roi sans recevoir de message. Après la cérémonie, les souverains se retrouvent tous autour du trône du nouveau Roi de Tai et apaisent les craintes de Taiki.

Taiki, le Taiho du royaume de Tai, est absent depuis de très nombreuses années. Pourtant, lorsqu'il était dans le monde des douze royaumes, son apprentissage n'était pas sans difficultés et de nombreux doutes sur ses compétence l'assaillaient... Parallèlement au Japon, des meurtres mystérieux entourent un jeune homme du nom Takasato, qui fait la connaissance de Sugimoto, l'amie de Yoko...

Yoko découvre peu à peu son rôle de Reine de Kei. Emprisonnée dans un carcan protocolaire, elle peine à s'imposer vis-à-vis de ses sujet. Même son Taiho semble être dérouté par le refus de cette dernière de se plier aux codes hiérarchiques et son désir d'être proche de son peuple, quitte à ternir le prestige de son rang

Durant l'ère Meiji, Suzu, la fille d'un paysan est emporté dans les douze royaumes. Seule et perdue dans ce monde, elle devient prêtresse à la solde d'une femme tyrannique, Mme Riyo. Le Roi de Ho avait une fille, joyau du royaume, le nom de Shokei. Des rebelles assassinèrent la famille royale pour punir la cruauté du Roi et n'épargnèrent que Shokei. Devenue mortelle cette dernière trouva refuge dans un orphelinat. Le royaume de Kei avait une nouvelle Reine. Yoko, Suzu et Shokei étaient toutes trois des jeunes filles du même âge, mais ne se connaissaient pas.

Suzu était exploitée depuis 100 ans. Sa maîtresse Riyo lui apprend que la nouvelle Reine de Kei a le même âge qu'elle et qu'elle est aussi une visiteuse. Au même moment, dans l'orphelinat de Ho, Shokei l'apprend également. Se souvenant de son ancienne vie de princesse de Ho, elle nourrie une jalousie sans nom vis à vis de Yoko. Mais la Reine de Kei, adirée de Suzu et détestée de Shokei, doute de plus en plus de ses capacité à gouverner son royaume. A peine son couronnement terminé, Yoko est félicité par Shoryu, Enki et Rakushun. Malgré tout les incertitudes de la Reine de Kei se renforcent, car elle se demande comment faire plus pour son peuple... De plus, les rumeurs courent au sujet de Koukan, le ministre de la province de Baku, indiquant qu'il construirait une armée en secret.

Suzu vivant chez Suibi, à Sai, s'était fait punir par sa maîtresse. Cette dernière, pétrie de cruauté à l'égard de la jeune fille, l'envoie cueillir une plante qui pousse au sommet du mont Ha, la condamnant ainsi à une mort certaine. Pendant ce temps, au royaume de Kei, Yoko tente de s'entendre avec ses différent ministres pour choisir la meilleur politique à adopter au sujet de Koukan, mais aussi de la manière dont le royaume doit être remis sur pied. Mais ses doutes et incertitudes sapent de plus en plus la confiance de ses ministres à son égard.

Suzu vivant chez Suibi, à Sai, s'était fait punir par sa maîtresse. Cette dernière, pétrie de cruauté à l'égard de la jeune fille, l'envoie cueillir une plante qui pousse au sommet du mont Ha, la condamnant ainsi à une mort certaine. Pendant ce temps, au royaume de Kei, Yoko tente de s'entendre avec ses différent ministres pour choisir la meilleur politique à adopter au sujet de Koukan, mais aussi de la manière dont le royaume doit être remis sur pied. Mais ses doutes et incertitudes sapent de plus en plus la confiance de ses ministres à son égard.

Yoko, Reine de Kei, troublée par les luttes intestines divisant le palais, décide de partir étudier les coutumes de son pays afin de mieux pouvoir le servir et ce, quitte à laisser les rennes du pouvoir à ses conseillers en qui elle n'a guère confiance. Suzu, quant à elle s'enfuit de chez Suibi et se rend à Yunei, où la reine de Sai l'accueille. Cette dernière obtient de Madame Riyo que Suzu quitte son service sans qu'elle perde pour autant son statut d'immortelle. Suzu décide alors de rejoindre la Reine de Kei, persuadée qu'elle est la seule personne à pouvoir la comprendre. Shokei est expulsée du royaume de Ho sur ordre de Gekkei pour être transférée à la capitale de Kyo. La Reine de Kyo fait d'elle une servante du palais.

Yoko abandonne son palais et rejoint un orphelinat Kokei, lieu tenu secret que seul Keiki connaît. Suzu quitte le palais de Chokan. En chemin, elle rencontre un visiteur qui n'est autre q'Asano. Ensemble, ils décident d'aller à Kei, mais ils se heurtent au mépris affiché vis à vis des visiteurs. Shokei, servante au palais de Kyo, vole les bijoux et vêtement de la souveraine et s'enfuit vers Kei pour assouvir sa soif de vengeance contre la Taika élue souveraine de Kei: Yoko.

Enho enseigne le fonctionnement agricole du royaume à Yoko et lui donne de précieux conseils pour gérer au mieux Kei. Shokei, s'étant enfuie du palais, arrive au royaume de Ryu. Dans une auberge de luxe, elle rencontre Rakushun avec qui elle partage sa chambre. Mais elle est arrêtée pour vol par les gardes de Kyu. Pour leur échapper, Shokei accuse Rakushun du vol et ils retournent tous les deux en prison. Ce dernier lui explique à quel point son père, le Roi de Ho était dur et cruel envers son propre peuple.

Youko est dans sa chambre, réfléchissant à ce qu'elle a entendu Enho dire, quand tout à coup, la voix d'Auzura résonne dans la pièce, lui annonçant que Keiki était complice de son assassinat depuis le début. À Ryuu, Rakushun et Shoukei sont libérés après avoir soudoyé le conseil avec les bijoux qu'elle avait pris. Ils partent ensemble à la recherche de Youko.

Rakushun décrit à Shoukei un peu plus sur le fonctionnement du monde des Douze Royaumes. Il lui raconte également comment il a rencontré Youko et comment ils ont voyagé ensemble. Shoukei révèle à Rakushun tout ce qu’elle a traversé depuis que son père a été tué. Ailleurs, Asano discute avec Shoukou. Il lui raconte comment il a fini par arriver dans ce monde et ce qu’il a vécu avec Suzu. Shoukou propose à Asano de venir travailler pour lui.