Alors que Clain rentre chez lui après le marché de bric-à-brac, il sauve une fille mystérieuse du péril, mais elle disparaît de sa vie aussi vite qu’elle y est entrée, ne laissant derrière elle qu’un mystérieux pendentif.

Lorsque Clain examine le pendentif de Phryné, une jeune fille réaliste nommée Nessa apparaît. Lorsque sa curiosité et son comportement étrange lui causent des ennuis, Clain est forcé de la laisser en ville, mais il ne peut se débarrasser d’un nouveau sentiment que quelque chose ne va pas.

Enri emmène ses otages chez son frère, dans le village des Granites, où vit une faction du Lost Millenium. Là, Clain apprend qu'il y a plus que ce que l'on croit à l'intérieur du système Fractale.

Lorsque les Granites capturent Phryne au cours de l'embuscade du Festival des étoiles, les autorités du temple ripostent en attaquant le village secret dans l'espoir de récupérer la prêtresse.

Un problème dans le vaisseau de fuite des Granites les laisse perplexes, mais Clain utilise ses talents de pirate informatique pour révéler un sosie malicieux qui ne résiste pas à une partie de cache-cache !

Les Granites font atterrir leur vaisseau hors de portée du système Fractale pour effectuer des réparations. Clain et Phryne découvrent les effets des structures défaillantes de Fractale après avoir rencontré un collectionneur d'antiquités solitaire.

Après le crash de leur vaisseau, Clain et Nessa, malade, se retrouvent dans la ville extravagante de Xanadu, sous la garde de sosies faussement sympathiques.

Le grand prêtre retient Phryne et Clain, blessé, dans une base souterraine. Un sosie de Nessa montre à Clain à quel point le temple chérit Phryne. Pendant ce temps, Sunda recrute les autres factions du Lost Millenium pour une mission de sauvetage.

Après que les Granites aient sorti Clain, Phryne et Nessa des décombres du laboratoire détruit, les factions du Millénaire perdu sont confrontées à la décision fatidique de s'unir pour tenter d'abattre Fractale... ou de se rendre.

La bataille entre le Lost Millenium et les forces du temple fait rage. Phryne parvient à joindre l'archiprêtresse, mais ses appels à mettre fin à la guerre et à laisser Fractale s'éteindre tomberont-ils dans l'oreille d'un sourd ?

Clain est impuissant derrière un mur transparent alors que Barrot détaille le rôle de Phryne dans le système, mais la diatribe démente du prêtre est interrompue. Alors que le temple commence à s'effondrer et que Nessa commence à disparaître, l'avenir de Fractale - et de toute l'humanité - repose entre les mains de Phryne.