Tout en poursuivant des criminels extraterrestres nommés Bacillus et Geega, Birdy et Tute s'infiltrent sur Terre sous la couverture d'une idole japonaise en pleine ascension et de son manager. Une nuit, lors d'une mission de routine visant à appréhender ledit criminel, un civil nommé Tsutomu Senkawa est utilisé comme bouclier humain. Lorsque Birdy réalise qu'elle l'a tué dans un accident, elle décide que le seul moyen de lui sauver la vie est de fusionner son corps avec le sien afin de l'empêcher de mourir. Tsutomu pensait que tout cela n'était qu'un rêve jusqu'à ce qu'il se rende compte qu'il était incapable de contrôler son corps une nuit après qu'il ait été supposé mort.

Birdy et Tsutomu tentent de s'adapter à leur existence en partageant un même corps, mais en menant deux vies distinctes. Le commandant de Birdy, Magius, informe Tsutomu que son corps d'origine est en cours de restauration et qu'il lui faudra un certain temps avant de pouvoir vivre en dehors du corps de Birdy. Bacillus tente d'éliminer Birdy en l'entraînant dans un tournage de film comme couverture. Keisuke Muroto tente de prendre des photos de Bacillus et Birdy, mais tombe inconscient après avoir été assommé par des débris. Bacillus, blessé, a repris le corps terrien de Geegar, le premier ayant été endommagé par la détérioration et le combat contre Birdy.

Bacillus tente de localiser et d'éliminer Birdy, tandis qu'elle, Tsutomu et Tute se disputent au sujet des vies séparées qu'ils tentent de cacher au public. Tute est blessé par Bacillus avant qu'il ne donne à Birdy une capsule-bombe Elemental Destructor pour tuer Bacillus et éliminer la menace qu'il tue un civil né sur Terre au Japon. Birdy pleure la mort de Tute qui n'arrive pas à guérir de ses blessures dues à l'attaque de Bacillus.