Le Capitaine de police William Boone est recruté par les Taelons, également connus sous le nom de "Compagnons", pour devenir chef de la sécurité et des relations inter-espèces mais est amené secrètement à rejoindre le mouvement de la résistance humaine.

Boone poursuit le meurtrier de sa femme, déterminé à savoir si ce meurtre a été commandité par le compagnon nord-américain Da'an ou la résistance.

Une jeune femme, soignée par les Taelons, se retrouve partagée après sa guérison entre les Compagnons et l'Eglise des Compagnons. Cette Eglise est fondée par des humains qui assimilent la technologie Taelon à des miracles.

Boone découvre que les Taelons ont testé en premier leurs implants CVI sur des criminels lorsqu'un l'un d'eux apparaît et essaye de tuer Da'an et fait resurgir une vieille légende Taelon.

Boone se retrouve dans une position délicate lors de l'inauguration du Conservatoire de Musique Taelon, retrouvant un ancien amour qui clame être contre les Taelons.

Boone et Lili mènent une enquête sur des morts humaines mystérieuses dans une communauté Amish. Ces décès semblent être provoqués par un objet extra-terrestre.

Jonathan Doors réapparaît comme chef de la résistance, après avoir simulé son assassinat dans le premier épisode, conduisant une attaque médiatique contre les Taelons. Note : Il s'agit de la première apparition de Zo'or.

La navette de Lili est volé par un de ses anciens amis dont la mission sur Mars a été annulée par les Taelons. Boone est chargé de retrouver la navette.

Lorsqu'une arme mortelle biomécanique est volée dans le laboratoire de recherche des Taelons, Boone doit la retrouver avant qu'un désastre ne se produise.

Da'an est enlevé par un groupe de soldat qui prétendent que les taelons ont sacrifié leur unité lors d'expériences biologiques.

La résistance lutte contre une sonde extra-terrestre qui étudie la Terre.

Sandoval retrouve sa femme après un dysfonctionnement de son CVI qui le libère du contrôle des Taelons et prend en otage Da'an.

En Irlande, une ancienne tombe Taelon contenant le corps d'un Compagnons nommé Ma'el, est découverte et révèle leur présence sur Terre depuis des siècles.

L'expérience de création d'un nouveau guerrier hybride effectuée par les Taelons tourne au désastre lorsque un ancien extra-terrestre maléfique est ramené sur terre.

Un médium russe devient une cible en raison de ses connaissances sur l'occupation terrestre des Taelons.

Da'an sauve la vie de Lili après le crash de leur navette, causé par un virus informatique paralysant le système informatique des Taelons.

Les Taelons mettent au point une arme terrible qui ne tarde pas à être dérobée. Lili, effondrée par la mort de son père, tente de localiser les voleurs. Ce faisant, elle est arrêtée...

Le scientifique Taelon Ro-ha est accusé d'avoir tué le major. Il est jugé pour meurtre à Washington. Boone et Sandoval sont désignés pour le défendre. Mais Zo'or est l'un des membres du jury, et il parvient à convaincre les autres jurés qu'il faut condamner le Taelon à mort.

Les Taelons mettent à disposition du grand public, un système de voyages interdimentionnels permettant à quiconque de traverser le territoire en moins de 10 minutes. Mais des voyageurs, des scientifiques réputés et des personnages influents, sont enlevés au passage par les Taelons, qui effectuent sur eux diverses expérimentations...

Ne'eg vient de succomber à un virus contracté alors qu'elle étudiait une sonde extra-terrestre. Le virus attaque indifféremment les Taelons et les Humains. L'équipe de la résistance se lance dans la recherche d'un vaccin avant que la maladie ne décime toute l'humanité.

La Résistance est en danger. En effet, les Taelons sont en train de télécharger les informations contenues dans la sonde. Ces dernières concernent le groupe de rebelles.

Ha'gel, un Taelon primitif et violent enfermé dans sa cellule, est libéré sur Terre. Boone et Sandoval sont chargés de la détruire pendant que Beckett enquête sur des agents Taelons soupçonnés d'appartenir à la Résistance.

Becket a accouché de Liam, qui grandit et atteint sa taille adulte en quelques heures seulement. William Boone a trouvé une fin tragique, et Liam assiste à ses funérailles. Il sauve Da'an de l'attaque d'une sonde et devient son protecteur...

Augure met volontairement la vie de Da'an en danger lorsqu'il le déconnecte de la communauté. Ce faisant, il le transforme en une créature primitive monstrueuse que le Synod veut éliminer.

Après avoir accidentellement voyagé dans le temps et vu l'avenir, Liam se précipite au QG de la résistance pour tenter d'empêcher un massacre, généré par une expérience Taelon sur la manipulation des esprits.

À la suite du sabotage de leur navette, Liam et Augure se retrouvent projetés dans un univers parallèle. Ils y rencontrent Maiya et font une découverte surprenante sur leur dimension.

Augure est victime d'un chantage, ce qui l'oblige à se soumettre à une expérience des Taelons. Il est alors transformé en guerrier programmé pour combattre les Jaridians.

Une sonde Jaridian perturbe la communauté des Taelons, obligeant les extraterrestres à s'en prendre durement à tous ceux qui sont soupçonnés d'appartenir à la résistance. Ils utilisent des humains pour créer une nouvelle force spirituelle.

Des créatures qui se nourrissent de l'énergie d'autres espèces envahissent la Terre, en passant par les portes inter-dimensionnelles des Taelons, et menacent de détruire la planète.

Le CVI de Siobhan Beckett tombe en panne, annihilant son envie de servir les Taelons. Lorsqu'il apprend que Beckett a disparu, Liam Kincaid jure de tout faire pour la sauver.

Maiya, souffrante, doit fusionner avec son double dimensionnel, Isabel, avant que les Taelons ne l'utilisent pour détruire le mouvement de libération.

Joyce, la fille du docteur Belman, participe à une expérience de bio-ingénierie Taelon, qui la transforme en un hybride extraterrestre très dangereux.

Liam tente de sauver Lili, retenue en otage par un évadé Jaridian dans un vaisseau Kimera abandonné.

Sparrow, scientifique génial mais handicapé, s'associe à Da'an pour créer des clones biologiques, dans le but de transférer son esprit dans un corps sain.

La Résistance combat un nouveau groupe Humano-Taelon qui fait rajeunir les personnes âgées, et leur implante de faux souvenirs pour les transformer en fervents Compagnons.

Un scientifique renégat invente une machine à téléporter miniature et commence à assassiner les Taelons et leurs collaborateurs.

Un combattant de la Résistance ressort de l'ombre et prend la navette volée de Lili pour attaquer l'ambassade des Taelons à Washington.

Les résistants découvrent que les Taelons forment en secret des jeunes volontaires qui pourraient servir de soldats d'infanterie pour leurs guerres dans d'autres mondes. Ne sachant comment les contrer, les résistants tentent de mettre fin à cet enseignement guerrier.

Lili essaie de se sevrer d'une drogue très dangereuse qui pourrait provenir d'une ancienne tombe Taelon.

Liam est soupçonné de sabordage lorsqu'un Karilian endommage le vaisseau de ravitaillement et laisse les Taelons bloqués dans un espace interdimensionnel.

Un Taelon renégat vient sur Terre pour mettre la Résistance en garde. Il affirme que Da'an est maléfique et qu'elle a réduit leur planète à l'esclavage.

Augure tombe amoureux d'une femme magnifique qui l'engage pour fabriquer d'impressionnantes armes qu'elle vend à ses clients Taelons.

Une sonde Jaridian pénètre dans l'atmosphère terrestre. Malgré l'ordre donné par Zo'or, Da'an ne peut la détruire et la sonde s'écrase sur Terre. La Résistance s'en empare, mais elle est rapidement arrêtée par des membres de l'armée agissant sous le secret et contre les Taelons. À leur tête, Le major Liam Kincaid. Augure, Liam et Julia collaborent pendant que la sonde délivre un message de paix envers l'humanité.

Le président Thompson est blessé au cours d'un débat avec Jonathan Doors par un militant Taelon. Julia, qui était présente dans la salle avec une arme à feu, est arrêtée. Joshua Doors, qui n'a pas pardonné à son père son attitude vis-à-vis de sa mère, le trahit en le dénonçant comme le commanditaire de l'attentat. Au même moment, les Taelons mènent une vaste opération contre la Résistance. Doors, Augure et Liam, poursuivis par un hélicoptère, sont contraints de se cacher. Da'an est appréhendé. Lili, pour protéger le réseau, tente de détruire le vaisseau mère.

Thompson vient de déclarer l'état d'urgence et de priver les citoyens de leurs libertés. Des volontaires ont rejoint les forces de polices nationales, afin d'arrêter toute personne soupçonnée de soutenir la Résistance.

Alors que sa famille est en train de dîner, un commando débarque subitement et capture Lawrence Jantzen sous les regards horrifiés de sa femme et de son fils. Plus tard, à l'ambassade Taelon, Claire et Ty présentent leur dossier à Da'an. Liam supplie Ty de l'aider à retrouver son père...

C'est une véritable course contre la montre que doivent mener Liam et Renee afin de sauver la "Skrill Queen", enlevée par un groupe de Résistants.

Liam Kincaid découvre qu'un nouveau marché noir, où s'échange une technologie Taelon, pourrait être la cause de nombreux décès inexpliqués.

Gonsalves, en effectuant des fouilles clandestines, découvre une corde nouée, une amulette, deux petites idoles et un polyèdre. Sur le point d'être surpris, il s'enfuit. Liam et Renee, qui ont l'accès aux vestiges, décident de les emporter avant que Sandoval ne s'en empare...

Da'an trahit Liam et engage secrètement le mercenaire Max Pratt pour localiser Augure et endommager le système de sécurité ainsi que les voies de communication de la Résistance. Liam et Renee découvrent, alors qu'ils assistent à une réunion de la Résistance, qu'ils ont été trahis. Liam échafaude un plan...

Deux adolescents ont enlevé des femmes enceintes et se livrent à des expérimentations Taelons sur leurs enfants. Liam essaye de les coincer. Sandoval et Da'an discutent de l'utilisation de technologies Taelons sur les êtres humains : pendant l'opération qui devait sauver Silent Falls, rebaptisée Taelonville, d'un désastre nucléaire, il a créé un hybride qui tient à la fois de l'humain et du Taelon.

Liam et Augure regardent un match de Pad'ar. Autrefois utilisé par les Taelons pour résoudre les différends, le jeu est financé par un conglomérat où s'allient Zo'or et des investisseurs financiers. Liam remarque que le jeu a des conséquences biologiques sur Vernon Getz, le patron du bar. Un autre match se termine avec la mort de l'un des concurrents, signe que les Taelons veulent mettre au point des soldats plus forts.

Les Jaridians parviennent à détourner le vaisseau de Lili, pour pouvoir aller sur Terre.

Le cycle de reproduction de Zo'or a commencé. Cela se traduit chez lui par une série de cauchemars nocturnes et une difficulté croissante à stabiliser sa forme humaine. Pourtant, le Taelon tient à assurer ses obligations publiques. Il se rend donc, en compagnie de Kincaid et Sandoval, à la cérémonie d'Echange d'énergie qui se déroule au Cloître. Tandis que Zo'or s'épuise à donner le change au cours de la célébration, Kincaid et Sandoval reconnaissent en la personne de Soeur Elizabeth une ancienne résistante. A peine ont-ils le temps de la questionner sur sa nouvelle vocation que son corps est retrouvé flottant dans un bassin de méditation...

Une interview secrète de Zo'or est diffusée en direct à la télévision...

Liam et Zo'or se rendent à une assemblée diplomatique lorsque leur vaisseau heurte une vieille navette et s'écrase dans le Wyoming, sur la planète Terre. Liam n'hésite pas à risquer sa vie pour sauver Zo'or.

Avide de pouvoir, Zo'or ferait n'importe quoi pour accroître son influence au Synod. D'ailleurs, saboter et assassiner sont pour lui de bons moyens. Le représentant de l'Amérique latine vient de mourir. Tandis que la Résistance mène une enquête discrète, Sandoval demande à Hannah de continuer sa mission : faire avouer à Liam son engagement dans la Résistance.

Une bombe a explosé à l'ambassade de Chine ; cette agression menace de déclencher un nouveau conflit tant la portée de l'attentat est évidente : les terroristes ont frappé la semaine même de l'armistice. L'inquiétude pointe chez les Taelons, qui découvrent une brèche dans leur système de sécurité ; ils limitent l'accès de "Doors International" aux technologies Taelons et demandent à Renee de mener une enquête interne. L'ambassade Taelons est aussi la cible d'un attentat ; Liam et Da'an parviennent à s'en échapper de justesse.

Zo'or attrape un virus Taelon mortel, la Pesh'tal, très contagieux. Même si les effets en sont encore inconnus sur les humains, Zo'or risque de causer sur Terre une épidémie de peste. Le Synod a désigné T'Than pour remplacer Zo'or. Le nouvel homme fort des Taelons pense qu'il est peut-être temps d'éliminer définitivement son rival...

Le bouclier Taelon est vulnérable aux armes humaines. Scott Pierce réussit à le percer en ajustant un transformateur à un pistolet à impulsion. Mais il ne parvient pas à s'échapper pour très longtemps et est transporté dans une chambre secrète du vaisseau mère où Zo'or peut tranquillement prendre le contrôle de son corps et commettre une attaque contre sa propre ambassade...

Liam et Renee découvrent les activités de Ma'el. A bord du vaisseau mère, T'Than et Zo'or se provoquent en duel : l'un d'eux devra mourir.

Un esprit banni vient hanter Zo'or et cause des ravages parmi les Taelons.

Le révérend Murray enlève Gina Richardson, l'ami de Devon Zide. Celui-ci demande à Liam de l'aider à la retrouver. Chez le révérend, Liam apprend que Gina a fait voeu de silence. Dans sa conversation, il évoque les Prairies. Désireux d'en savoir plus, il s'adresse à Da'an, mais celui-ci élude ses questions. Sandoval lui présente ensuite une substance organique qui régénère les Taelons...

Au numéro 1 de l'avenue Taelon, on procède aux essais d'un prototype de navette. Mais celle-ci explose subitement, blessant à mort un membre de la Résistance. Il n'en faut pas plus pour que Liam commence à enquêter.

Des documents émanant de Ma'el révèlent que l'Humanité est un des liens nécessaires à l'évolution et à la survie des Taelons.

Lili revient enfin sur la Terre, ce qui va sans doute mettre un terme aux craintes concernant la survie des Jaridians. Elle semble réellement porteuse de leurs derniers espoirs...

Lili Marquette donne naissance à un enfant à moitié Jaridian, avec l'aide de l'énergie vitale de Da'an. Augure se cachant des volontaires, une vieille amie, Street, accepte de le remplacer auprès de Liam et Renee. Sandoval essaie de détruire les preuves de l'existence Jaridian.

Liam et Renee s'inquiètent à propos de rumeurs concernant l'exploitation possible d'êtres humains pour la culture du kryss, une drogue Taelon. Da'an est sous l'emprise de cette drogue, Liam essaie de lui faire prendre conscience du danger engendré par l'abus de cette substance.

Liam et Renee enquête sur Zo'or et sur ce qui le lie à une entreprise biomédicale clandestine.

Le meurtrier du général T'Than conduit Liam à la découverte du sombre projet des Taelons. En même temps, Jonathan Doors revient sous forme cybernétique pour asséner une frappe mortelle sur le vaisseau mère.

Pendant que Liam et Renee enquêtent sur des emprisonnements suspects, un ex-associé de Augure prévoit de voler la réserve d'or de Zo'or à bord du vaisseau mère.

Le ANA dirige les négociations pour l'amnistie des membres de la Résistance. Liam essaie de convaincre Halley Simmons d'accepter l'offre. Sandoval utilise des parasites pour que les volontaires exécutent des missions suicides contre la Résistance.

Les Taelons décident de quitter la terre suite à ce qui s'apparente être une imminente attaque Jaridian.

Renee découvre que son jeune frère sert de cobaye à Zo'or dans une expérience sur l'instinct de survie humain.

À bord du vaisseau mère, Renee est prise en otage par un être mystérieux qui hante les bas fonds du vaisseau.

Liam et Renee enquêtent sur un tueur en série qui assassine les gens durant leur sommeil.

Liam et Renee apprennent la naissance d'un enfant doté d'un CVI.

Un appareil de surveillance neuronal est implanté dans le cerveau de Liam afin de traquer Da'an qui quitte la terre pour un mystérieux "dernier" voyage.

Le vaisseau mère est heurté par une sphère de matière noire.

Zo'or menace d'attaquer la terre après qu'un artefact contenant le secret pour synthétiser l'énergie vitale Taelon ait été volé à bord du vaisseau mère.

Suivant les ordres de Zo'or, Sandoval essaye de capturer Street. Celle-ci découvre qu'elle a la capacité de réfléchir en multi-dimensions et détient du coup la clé pour la survie des Taelons.

Le destin de la terre et des Taelons sera peut-être révélé par trois astronautes découverts en état de stase. Ils semblent venir du futur.

En échange de l'immunité, Sandoval accepte de témoigner contre les Taelons.

Liam et Renee soupçonnent Zo'or d'être l'auteur de meurtres en série.

Renee est prise entre deux feux: son amour et son devoir, quand son petit ami est capturé par les Taelons.

La décision des Taelons de se mettre en état de stase mortelle entraîne une scission entre Da'an et Zo'or, ce dernier refusant de partager l'énergie vitale qu'il a accumulé. De son côté, Liam apprend qu'il ne lui reste plus longtemps à vivre.

Après qu'un rayon d'énergie Jaridian ait transformé plusieurs protecteurs de compagnons Taelons en assassins, Zo'or exige que ces protecteurs lui soient livrés dans les 24 heures ou il ouvrira le feu sur la terre. Da'an envoie Liam pour récupérer ces protecteurs vivants. Sandoval est utilisé par les Jaridians pour détruire la terre.

Le destin des Taelons, et probablement celui de Liam aussi, va dépendre de la découverte de la chambre de régénération de Ma'el. De son côté, Street résout l'énigme de Ma'el qui va permettre la fusion des Taelons et des Jaridians.

Alors qu'elles essayent de déterminer si Liam est toujours en vie, Renee et Street tombent sur les Atavus, apparus après la fusion des Taelons et des Jaridians.

Sandoval passe un marché avec les Atavus pendant que Renee essaye de convaincre Hubble Urick de l'existence de ces aliens.

Renee se bat pour détruire les Atavus. Ces derniers cherchent un procédé pour créer des hybrides Humano-Atavus.

Renee tente d'informer les médias de la présence des Atavus.

William Boone, le protecteur Taelon qui dirigeait secrètement la Résistance il y a trois ans, sort d'un état d'animation suspendu par Sandoval. Il apprend que les Taelons et les Jaridians ont fusionné et qu'une nouvelle espèce, encore plus dangereuse pour l'humanité, est apparue.

Renee aide un tueur en série à s'échapper de prison car elle espère récupérer des informations capitales pour tuer les Atavus, mais le plan se retourne contre elle.

Renee tente de saboter les plans de Sandoval et de Howlyn, à savoir la production des chambres de régénération Atavus.

Renee et Street découvre des chambres de stase Atavus sous Stonehenge. L'un deux est ramené à la vie dans une station de recherche en Antarctique. Il se nomme Green.

Renee retrouve William Boone en Himalaya et lui montre le cristal qui lui permet de localiser chaque Atavus sur terre. Dans l'espoir de récupérer le cristal, Sandoval ramène Zo'or à la vie en tant que Atavus. Sa mission est de tuer William Boone.

Renee voyage à travers le temps à la poursuite d'une Atavus meurtrière.

Renee souffrant d'une dépression à la suite d'un sauvetage ratée, elle et Street décident de se ressourcer dans un spa, mais elles se retrouvent confrontées aux Atavus.

Un adolescent est manipulé via son site Web par les Atavus pour recruter une armée de jeunes hybrides.

Un hôpital rempli de comateux est utilisé comme réserve pour servir de nourriture aux Atavus.

La mort de Juda insuffle de l'espoir à Renee dans sa bataille contre les Atavus.

Renee reçoit un morceau d'un vieux manuscrit provenant de son ancien professeur de Harvard, qui croyait que les aliens avaient vécu en ancienne Egypte.

Renee découvre la dure réalité des conditions de détention des hybrides dans les camps d'internement du gouvernement.

Renee et son petit ami risquent le tout pour le tout pour protéger les plans de la seule arme militaire capable de supprimer les Atavus.

Renee se remet en question concernant son avis sur les Atavus et leur inhumanité lorsqu'elle rencontre Yulyn, un jeune Atavus qui pense et agit comme un véritable humain. Elle décide de le protéger des griffes de Howlyn.

Renee passe en jugement pour avoir ouvert la première chambre de stase Atavus.

Street est devenue un hybride Atavus. Renee cherche désespérément un antidote.

Renee et le capitaine Michaels enquêtent sur une entreprise pharmaceutique fabricant un vaccin anti-hybride. Mais il y a quelque chose d'étrange avec le responsable, le Docteur Spangler.

Alors que Renee commence à perdre espoir dans le sauvetage de l'humanité, un vieil ami revient pour l'aider dans son combat final avec les Atavus.