Tôru fait partie de l'APDS, une agence gouvernementale chargée de protéger les citoyens de créatures invisibles. Alors que des monstres de plus en plus puissants font leur apparition, Tôru fait face à des créatures lui remémorant de mauvais souvenirs avec une certaine Aoi.

L'intervention au centre de Tokyo se poursuit après l'échec des premières équipes d'intervention. C'est à une unité spéciale du ministère de l'Environnement d'intervenir, et notamment à une certaine Kagura, armée d'un sabre comme l'un des esprits vengeurs.

Alors que son combat contre Yomi est plus que désespéré, Kagura se rémémore sa rencontre avec la jeune fille, autrefois exorciste, qu'elle considérait comme sa grande sœur.

Kagura et Yomi sont plus proches que jamais, et c'est ensemble qu'elles continuent d'exorciser des esprits vengeurs. Malgré la lignée prestigieuse de Kagura, cette dernière ne peut pas encore pleinement agir en tant qu'agent à part entière de la Division des Contre-Mesures des Désastres Surnaturels.

Yomi est promise à son collègue Noriyuki de la DCDS, d'une union souhaitée par leurs parents. Kagura va tout faire pour que ses deux proches s'entendent à merveille, mais la jalousie et la susceptibilité de Yomi vont être difficiles à gérer.

Kagura doute de ses capacités pour aider Yomi comme il se doit lors des interventions d'exorcisme. Elle va se confronter à une nouvelle attaque où elle va devoir se débrouiller seule.

Kagura vient de vaincre seule son premier catégorie D, le cadavre de l'infirmière parasité. Traumatisée, Kagura doute sur son destin d'exorciste et se confie à Yomi, mais aussi ses amies qui ont découvert son identité.

Le père de Yomi est mort dans de mystérieuses circonstances. Mei et son père montrent alors leur vrai visage et cette dernière parvient à devenir l'héritière du clan Isayama. Mais tout se complique lorsqu'une présence irrégulière apparaît sur les radars de l'équipe du ministère de l'Environnement.

L'issue du combat entre Yomi et Mei s'est soldé sur une situation dramatique, où Yomi a compris trop tard que Mei était manipulée par un jeune garçon. À l'hôpital, c'est une longue descente aux enfers qui s'amorce pour Yomi, qui est persuadée d'avoir tout perdu.

Yomi, hospitalisée et accusée du meurtre de Mei, ne sait plus où donner de la tête et sombre peu à peu. Alors qu'un esprit de catégorie B refait son apparition, une anomalie de catégorie A fait elle aussi son apparition.

Yomi est désormais un esprit vengeur de catégorie A. Difficile pour tous les membres de la DCDS de s'opposer à elle, notamment Noriyuki, mais surtout Kagura, qui ressortent d'un cuisant échec après un premier face-à-face.

Les membres de la DCDS échouent chacun leur tour à arrêter Yomi. Il ne reste plus que quelques membres et Kagura, qui a hérité de Byakuei, pour arrêter la jeune femme possédée par la pierre du fléau.