Ittoki est un jeune collégien en apparence sans histoire, dont la mère tient une aire de repos. Alors qu'il commence tout juste à profiter de son adolescence, il découvre qu'il est en réalité l'héritier d'un clan de ninja très renommé, le clan Iga. Cerise sur le gâteau, il apprend également que le clan Kôga, rival au sien, en veut à sa vie !

Après la tentative d’assassinat dont il a été victime, Ittoki apprend qu’il n’a que deux options, prendre la tête du clan ou mourir tué par le clan Kôga. C’est alors qu’on lui propose une troisième option : fuir…

Ittoki essaie tant bien que mal de s'intégrer à sa nouvelle école, mais des membres du clan Iga sont là pour lui mettre des bâtons dans les roues. Heureusement, tous les élèves ne semblent pas être ses ennemis.

Un examen portant sur la technologie ninja va bientôt avoir lieu. Un seul problème cependant, c'est que ce dernier risque d'être un peu ardu. Nos héros ont alors une idée : voler le sujet de l'examen...

Ittoki doit passer un nouvel examen, qui plus dangereux que le précédent. Alors qu'il s'y prépare tant bien que mal en sachant que ses poursuivants en auront après lui, le clan Iga continue d'enquêter sur la mort de Kishinmaru, l'ancien chef de Kôga.

Après les événements survenus durant l'examen, la mère d'Ittoki rappelle à ce dernier les responsabilités qui pèsent sur le chef du clan. En parallèle, nous en apprenons davantage sur le passé de certains personnages.

Tous les chefs de clan sont convoqués à un sommet afin de retrouver le responsable derrière l'assassinat de l'ancien chef de Kôga. Malheureusement, entre complots et prises de position, l'issue s'avère incertaine.

Alors que la cheffe du clan Iga se retrouve emprisonnée, celui-ci s'en retrouve divisé, entre ceux voulant intervenir et les autres. Ittoki va alors devoir endosser les responsabilités qui lui incombent et prendre une décision.

L'opération visant à sauver la mère d'Ittoki se poursuit, tandis qu'en parallèle, les traîtres comme les complots sont révélés au grand jour. Alors que tout semblait se dérouler comme prévu, l'inattendu se produit…

Après la bouleversante action commise envers le clan Iga, ce dernier est complètement sens dessus dessous. Ittoki doit alors prendre le commandement afin d'éviter que tout ne s'effondre davantage, alors que lui-même est assailli par le doute et le chagrin.

Ittoki semble bien déterminé à régler le conflit qui oppose Iga à Kôga, cependant, il refuse d'employer la violence. Ce qui est contre l'avis de la majorité du clan, qui souhaite venger la mort du précédent chef, quitte à enfreindre les règles.

Nous découvrons le plan qu'Ittoki a concocté pour mettre fin au conflit entre Iga et Kôga. Chacun devra alors être prêt à risquer sa vie pour défendre ses idées.